翠微寺及其下院自宋初更名为“永庆”与“严福”之后，一直趋于稳定发展，香火不断，而声名却远不及唐代。在即将淡出历史视线的时候，恰好碰上元朝对于佛教的推崇政策，寺院经济与佛事活动重新兴盛起来。元文宗天历元年（1328），日僧雪村友梅法师被元文宗赐宝觉真空禅师尊号后，请往长安翠微寺任住持，这使得翠微寺在继唐末无学禅师住持之后再次出现了禅风盛行、僧侣竞凑的空前盛况，盛名远播于海外。
雪村友梅（1290～1346），号幻空，越后白鸟（今日本长冈市）人，源氏贵族，母须田氏。十二岁于巨峤建长寺出家，为中国东渡高僧一山一宁禅师的侍童。十八岁入元，历访名宿，参道场叔平隆。弘安战役后不久，被怀疑为日本间谍，险被斩首，因临刑时口诵无学祖元禅师的《临剑颂》而免于一死，遂被囚禁于湖州监狱，后流放长安，幽禁于长安翠微寺。在翠微寺期间，元朝许多高官名士慕名前往拜访，遂被小人所嫉，诬其攀慕高官，继而流放西蜀。元文宗即位后，听闻雪村友梅的经历，深为感动，特赐宝觉真空禅师尊号，钦命为长安翠微寺住持。后来，雪村友梅搭乘商船归国，历任日本诸寺住持，晚年居于京都建仁寺，于正平二年（1346）圆寂，终年五十六岁。雪村友梅精通汉学、深谙书画、颇富词藻，为日本五山文学始祖，有《岷峨诗集》两卷、《宝觉真空禅师录》两卷行世。
据日僧大有有诸所撰《雪村大和尚行道记》载，雪村友梅在云游少林、大都、湖州等地后，慕元朝大书画家赵孟頫之名，访于翰苑，当场挥毫献艺，令赵孟頫感叹不已，称赞雪村友梅的书法有唐代李邕笔势，并取出珍藏多年的麝煤香墨赠之，以表赞赏。雪村友梅幽禁于翠微寺期间，赵孟頫曾多次与他书信来往，并写有《赠翠微二十五长老》诗一首赠之。因为此诗写于雪村友梅二十五岁的时候，所以赵孟頫称他为“二十五长老”。擅长诗作的雪村友梅自然也不会忘记将翠微寺的美景记载下来，《九日登翠微》一诗，便是他在重阳节出寺登游翠微山时所写：
一迳盘回登翠微，千林红叶正纷飞。
废宫秋草庭前菊，犹看寒花媚晚晖。
入元之前，雪村友梅一直师侍一山一宁禅师，并得其亲传。一山一宁（1247—1317），俗姓胡，号一山，浙江临海人，自幼出家，得法于顽极行弥，嗣临济宗杨岐派虎丘法系的曹源派禅法，元大德四年（1300）东渡日本。雪村友梅入元以后又参谒道场山叔平隆，叔平隆与一山一宁同是顽极行弥的法嗣门生，所以说，雪村友梅一直承嗣的是临济宗禅法。当他住持长安翠微寺后，更是将临济禅法在此处广为弘传。
早在唐末，无学禅师住持翠微并创建下院之时，翠微寺就已经从皇家功德寺转变为禅宗道场。据《景德传灯录》记载，无学禅师承传的是青原系禅法，而南岳系下许多禅僧亦曾参谒过翠微法席。翠微无学的师父丹霞天然也恰恰是从青原系下石头希迁处得法，南岳系下马祖道一处得名。看来，翠微寺僧素来与两宗的僧人交好。唐朝之后，连年征战和后周世宗的灭佛运动使得各地禅僧纷纷隐居终南山深处避难，翠微寺也就成了禅宗各派僧人杂居的地方。元代时的北方佛教，禅宗有万松行秀、雪庭福裕一系的曹洞宗师和海云印简一系的临济宗师，藏传佛教在西北地区也日益兴盛。雪村友梅驻锡终南山后，使得上院永庆寺与下院严福寺成为了南岳系下的临济宗寺院，为我们研究元代北方地区或者是西北地区的佛教弘传，提供了宝贵的资料。
三、永庆没落 严福中兴
元朝末年，朝廷的统治日益残暴黑暗。百姓受到了空前的压迫，怨声四起。元顺帝时期，红巾军起义爆发，朱元璋参加了红巾军，随即南征北战，最终于公元1368年称帝，以应天府（南京）为京师，国号大明，年号洪武，建立了明朝。明代政权建立之初，有鉴于元代过于崇奉藏传佛教的流弊，转而支持汉地传统的佛教各宗派，因此藏传佛教在内地渐衰，而禅、净、律、天台、贤首诸宗逐渐恢复发展。明太祖朱元璋十七岁于濠州（安徽凤阳）皇觉寺出家，二十五岁投入白莲教徒郭子兴部下，加入了打着佛教旗号的农民起义军行列。他也目睹了元代过度崇尚藏传佛教所产生的诸多流弊，以致成为腐败亡国的因素之一。因此，他对佛教与社会政治的关系深有所知，即位后，对佛教虽然继续推崇，却也加以整顿。洪武元年（1368），朱元璋在南京天界寺设立善世院，命僧慧昙管领佛教，又置统领、副统领、赞教、纪化等员，以掌管全国名山大刹住持的任免。洪武三年又召集各地僧耆，规定寺院为禅、讲、教（包括依瑜伽教修行及应赴佛事等）三类，要求僧众分别专业。随后又召集江南名僧至南京，启建“广荐法会”及点校藏经，进行刻版。对于僧人普给度牒，废除过去计僧卖牒的免丁钱，并命各地沙门讲习《心经》、《金刚》、《楞伽》三经。到了洪武十五年，对于佛教的整顿更为积极，不仅仿照宋制设各级僧司、僧官，制定僧服色别，而且更为严格地区分禅、讲、教三类。洪武十七年，采纳礼部尚书赵瑁的建议，规定每三年发度牒一次，并加考试，不通经典者淘汰。诸如此类的佛教政策使得僧团内部更加规范，僧人的素质与修行环境也有了很大的提高。
洪武二年（1369），明太祖朱元璋把奉元路改名为西安府，西安之名由此出现，并且沿用至今。洪武三年（1370）又封次子朱樉为秦王，镇守西安，同时下令在西安营建规模庞大的秦王府并扩建城池。明政权除了对西安城进行大规模的扩建以外，对历代战乱中遗留下来的一些长安大寺也进行了整修。此间，严福寺得以复兴，进入了鼎盛时期。
如前文所述，北宋太平兴国三年（978），翠微寺易名为永庆寺，下院命名为严福寺。而“严福”之名虽然确立，在当时却并未标志着另一个寺院的诞生，严福寺的身份依然是翠微寺的附属寺院。宋代以后，由于严福寺所在地为董村，人们又习惯把它称为“董村寺”。
如北宋张礼所书《游城南记》中曾提到：
而董村者，翠微寺下院也。
又据清代嘉庆《长安县志》卷二十二载：
翠微下院在县南五十里董邨，成通七年置。
由此得知，唐代以降，严福寺在历史上一直是扮演着翠微寺下院的角色。明朝时期，南山深处的永庆寺已鲜有人至，开始没落，而山口处的下院严福寺却在洪武年间得以扩建，法事大兴，翠微寺的弘法中心也随之转移到了下院严福寺。
据周文敏先生所著《长安佛寺增订版》记载：
严福寺，历史悠久，几经兴衰，宋太平兴国三年改寺名自会修复，明洪武年间，寺院复兴，寺分前寺和后寺，前寺为比丘道场，后寺为比丘尼道场，而前寺和后寺之名仍沿用至今，位于白石峪至皇峪沟之间的山坡是寺院的柴山，直至现在还被当地群众呼为寺院坡。
笔者曾考察了“庙前地”、“庙后地”、“寺旮旯”、“寺院坡”等严福寺遗迹，“庙前”与“庙后”如今已成为耕地，寺院坡长度大约两公里。如果将这几处遗迹连起来的话，面积约有百顷。由此可见，明代严福寺的规模是极其宏大的。看来，明朝政权建立伊始，在扩建西安城和修复长安大寺等遗迹的政策中，包括了翠微寺的整修计划。而考虑到上院永庆寺所处山区不便施工的因素，遂将朝廷所拨款项悉数用在了下院严福寺的整修上。这也印证了当地群众“明代严福寺，骑马关山门”的传说。
相比下院严福寺，明代永庆寺的情景却是尽显萧条。自唐初直至明代，翠微寺上院一直没有大规模整修的记载，七百多年来，几经兴衰，历经沧桑，最终还是没落了。明孝宗弘治年间（1488—1505），秦简王朱诚泳登临永庆寺吊古，感慨之余，也曾赋诗一首：
翠微深处翠微宫，避暑当年说太宗。
吊古不须增感慨，凭高聊复得从容。
千章古木苍烟合，数尺残碑碧藓封。
独喜满岭吟兴好，参天万朵玉芙蓉。
此诗名《吊翠微宫》，收录于清人林一铭撰修的《宁陕厅志》，开头便是追忆唐太宗避暑的历史情节，随后描写翠微山的景色，而对永庆寺的境况只用了一句“数尺残碑碧藓封”加以概括，相比于盛唐时期“亭台楼阁数十重”的场景，尽显荒凉落寞。
20世纪80年代中期，西北大学李建超教授等人曾在翠微寺上院遗址进行考古调查，发现了明代万历己酉年（1609）雕刻的《重修永庆寺住持墓碑》一块，碑记的落款为：“俗姪：张至海、张至江”。由此得知，此住持墓碑为其俗世的家人所立，而不是寺院的僧众所立。看来，明末翠微寺的上院虽然存在，而僧众却是所剩无几了。
明神宗万历四十六年（1618），文人赵蛹在游历了西安城南的佛寺名胜之后，撰写了《游城南》一文，从文中内容来看，赵蛹曾来过严福寺，却未登临永庆寺：
（子午）镇西十五里，为董村寺……山上寺为翠微，余不得至，呼寺僧问之，不知也。
当赵蛹来到董村寺（严福寺）之后，因慕山上翠微寺之名，想登临此处，由于不知路途，所以询问董村寺僧人，而寺僧的回答居然是“不知也”。看来，到了明朝末年，随着永庆寺的衰落，两寺的僧人也几乎断绝了往来。
四、清代衰落 民国消亡
顺治元年（1644），清军入关，建立了中国历史上又一个少数民族统治的政权。清朝对于佛教的政策几乎是完全继承明代的遗绪，宗派方面，仍以禅宗与净土为盛，僧官制度与职别名称都和明代无异，对藏传佛教和汉传佛教也施行同等的礼遇，而对于寺庙造像和僧尼数量却加以限制。正是这一原因，造就了清代居士佛教的流行。道光以后，国势衰落，佛教不振，佛徒多致力于经典的校刻与流通以传播佛法。清末的太平天国运动与民国时期的庙产兴学使得佛教遭到了严重的破坏，教内虽然有太虚、圆瑛等法师组织了革新运动，却仍然没有扭转佛教衰落的趋势。总体说来，清代直至民国，是中国佛教史上较为零落衰微的时期。同中国佛教的命运一样，翠微寺也正是在这个时期步入了最低谷。
清代灵感寺慧禅法师在《闲嚼集·黄谷寻翠微寺遗迹》诗云：
金沙河连金沙泉，几户人家几炊烟。
青苔埋没柱石基，牧儿时拾残玉环。
忽见旌旗满山谷，疑看金阙高九天。
一代君王今何在，依稀绿水伴青山。
从诗文内容来看，当禅隐法师走访黄谷（太和峪）之时，永庆寺已然不复存在，取而代之的是依稀散落的“几户人家”和长满青苔的“柱石基”。君王、高僧、宫阙、庙宇终究湮没于无常的岁月里，后人只有从青山绿水和残碑缺玉之中遥想当年的胜景了。