上述几种军队，充满着矛盾，有地方军与正规军的矛盾，地方军与地方军的矛盾，黄河北岸军和南岸军的矛盾，湘系与淮系的矛盾，错综复杂。当曾国藩接到督师剿捻的命令，还没有踏上征途时，就发生了直隶提督刘铭传与浙江处州镇总兵陈国瑞相互残杀之案。陈国瑞，湖北人，太平军叛徒，僧格林沁的部将，是一个典型的无赖，最喜争功械斗，在皖北时，就与郭宝昌、英翰的皖军厮杀过。6月7日，刘铭传军抵山东济宁，6月12日首战捻军于长沟，取得胜利。陈国瑞率军后至，既恶淮军先入长沟，又见淮军将士所携洋枪精利，就想争功夺洋枪，亲率亲兵500人突入长沟，见淮军勇丁即杀。刘铭传闻变，率部与战，全歼陈国瑞亲兵，把陈国瑞软禁起来。“强寇在门，内乱又作”，这使曾国藩感到“殊深焦灼”。所有这些，预示国藩的攻捻生涯，很难一帆风顺。
二、攻捻方略
任柱、赖文光部捻军在山东受挫后，即回驰皖北，与张宗禹部汇合，围攻雉河集，以期夺回皖北根据地。曾国藩亟调刘铭传等驰援。7月24日，刘铭传、周盛波等援军齐至。铭传由石弓山、龙山，盛波沿涡河两岸推进，“纵横扫荡，所向无前”，战至次日，捻军渐渐不敌，弃雉河集而去，两路入河南，张宗禹部经柘城、商丘、太康进入豫西南，在南阳、卢氏及湖北襄阳等地往返游击；任柱、赖文光由太和、沈邱、陈州西趋，走西华、临颍、郾城，复折往东南，趋西平、上蔡等地。
7月21日，曾国藩抵达临淮后，即着手部署他的攻捻方略。
曾国藩长期与太平军作战，对捻军知之不多，“此次北征，初不知捻匪伎俩何如”，正道出他对“捻患”认识的浅薄。但捻军与太平军有过一段相当密切的关系，在镇压太平军过程中，对一度与之胶合一起的捻军当然不可能充耳不闻。事实上，作为经世实学家，他对捻军也表现出一定程度的关注。1859年11月20日他在上奏中称：“自古办窃号之贼与办流贼不同，办流贼法当预防，以待其至，坚守以挫其锐；办窃号之贼，法当剪除枝叶，并捣老巢。今之洪秀全踞金陵，陈玉成踞安庆，窃号之贼也……龚(德树)、张(乐行)捻股之分合无定，流贼之象也。”(《全集·奏稿》)这里，他已经看出捻军势成“流贼”之象，并据此提出了“预防”之方。
正如国藩所料，捻军采用的是一种“流动”作战的战略战术。僧格林沁对这种战法认识不足，“贼流与之俱流”，一味穷追不舍，甚或“一日夜三百余里”。曾国藩断言，“此于兵法，必蹶上将军”(《清史稿·曾国藩传》)。不可一世的科尔沁亲王果然被捻军消灭了。
既然追飞逐走难以奏功，那么“预防”便顺理成章地成了曾国藩清除“捻患”的主导思想。于是，他开出了第一副处治之方——重点设防。
1865年6月2日，即他接到北上命令后的第七天，上了一纸奏章，说捻军已成流寇，飘忽靡常，应“各练有定之兵，乃可制无定之贼”，提出以徐州为老营，在山东兖州、沂州、曹州、济宁，河南归德、陈州，江苏淮安、徐州、海州，安徽庐州、凤阳、颍州、泗州所谓“历年捻匪出没最熟之区”的十三府州之地置防对策。但不久捻军并力围攻皖北雉河集，他不得不前往安徽临淮督师，这样坐镇徐州及专力于十三府州之地的计划略加修改。6月14日他在上奏中称，现既由临淮进兵，将来安徽即以临淮为老营，江苏以徐州为老营，山东以济宁为老营，河南以周家口为老营，四路各驻大兵(其余十一府州驻扎少量军队)，多储粮草子药，为四省之重镇。一省有急，三省往援。这个“四镇”之局，便是曾国藩着力推行的“以逸待劳”，“以有定之兵，防无定之贼，变尾追为迎击，制贼不流”(黄佩兰：《涡阳县志·兵事》)的重点设防方略。曾国藩抵达临淮后，即檄调淮系刘铭传、潘鼎新、张树声、周盛波各军，湘系刘松山、张诗日各部，分驻四镇，到9月底，四路定局。
捻军两路入豫，任、赖一路进入陈州，活动在国藩划定的战略区内，国藩派刘铭传等部堵击。9月23日，曾国藩自临淮移营徐州，就近指挥。而张宗禹一路已入豫西，朝廷命国藩派兵追击。国藩料定“万难追及”，仍坚持他的重点设防方略。他在给朝廷的奏折中说，捻军已成流寇行径，若捻流而官兵跟着追赶，则节节尾追，步步落后，终年奔波，有损无益。因此，坚持初议，于捻军必经之途驻扎重兵，如刘铭传驻周家口，捻军回窜扶沟、鄢陵，即自周家口迎头痛击；张树声等驻徐州，捻军回窜永城、萧县、砀山，即自徐州迎击；捻军趋蒙城、宿州，则刘松山等自临淮迎头拦击；捻军至曹州、单县，则潘鼎新自济宁截击，变尾追之局为拦头之师，以有定之兵制无定之捻，军务可望渐有起色。国藩还说：“皇上如以臣议为可采，则于臣驻兵四处之外，请旨敕下湖北、河南督抚，于豫之巩、洛、宛、邓，楚之随、枣、黄、麻，各驻劲兵一支，与诸将坚约，重在拦头迎剿，不重在贼退尾追，似亦制胜之策。”(《全集·奏稿》)不仅坚持，还要朝廷推广他的重点设防、以“点”带“面”的攻捻方略。
国藩的重点设防，能否收到清除“捻患”的奇效，不仅朝廷表示怀疑，刘铭传也颇不以为然。10月1日，他在给李鸿章的信中说：“屡阅爵相(曾国藩)奏疏，坚持驻兵徐州、临淮，铭传窃以为非。若以前定十二(十三)府之议，则爵相可驻徐州，若论眼前地势贼情，爵相拟带六世叔同树、盛两军驻扎归德，湘勇拟驻亳州，琴轩拟驻曹州，三处相离不足五百里，声势相连，贼断不敢越境东犯，即东犯亦易合击。传军可为专剿之师，以马队追踪击贼，步队遥为控制，不使攻破圩寨，日久或可饥散。现贼马较前更多，我军必得强健马队三千，方可立平此寇”，要李鸿章“务祈转请爵相，万勿以运道之艰，初议难改，划疆自守，不求有功”，并说“铭传深受吾师(李鸿章)及爵相之知，故不避苛责，渎烦上听，非为自谋建树耳。”(江世荣：《捻军史料丛刊》第3集)刘铭传此函是有深意的：一是认为曾国藩的重点设防方略太过刻板；二是刘铭传宁可为“专剿之师”，不愿株守周家口坐等捻军自投罗网；三是攻捻必须有一支强健的马队。尽管刘铭传并不赞同曾国藩的攻捻方略，但“向不梗令”，还是勉力与捻军作战，10月1日，败捻军于沈邱，旋再败之于阜阳，9日又败之于河南睢州。任柱、赖文光见势不妙，遂又由考城驰入山东，往返于曹县、定陶、郓城、菏泽等地。曾国藩唯恐捻军进入山东半岛“完善之区”，急命驻守济宁的潘鼎新淮军扼守运河，副都统色尔固善的马队、张树珊的淮军跟踪追击，刘铭传仍驻周家口，周盛波进驻归德，以防捻军南下。从江南调来总兵杨鼎勋、郭松林等部进驻宿迁、徐州，以备后援。朝廷对国藩的布防感到满意，但对进入豫西的张宗禹部却忧心如焚，认为该路捻军“不西趋秦境，必北扰晋疆”，陕西与河南毗连，路路可通，山西虽有黄河之隔，但霜降水落，抢渡不难，“该省素称完富，且为畿辅屏蔽，稍有疏失，关系匪轻”。曾国藩在徐州调度，正当吃紧，对豫西鞭长莫及。有鉴于此，10月25日，朝廷准备命李鸿章督带杨鼎勋等军驰赴豫西进攻张宗禹捻军，兼顾山、陕门户，命漕运总督吴棠署理两江总督、李宗羲署理漕运总督、丁日昌署理江苏巡抚。曾国藩奉“上谕”，“愧悚难名”，李鸿章督师攻捻倒没什么，关键是，李督师豫西，必然从东路将淮军调走，他的攻捻方略土崩瓦解不说，他凭什么攻捻！于是11月7日上《奉旨复陈近日军情及江督漕督苏抚事宜折》，建议朝廷暂勿令李鸿章赴豫。朝廷允其所请，“旨罢前议”。
当曾国藩与朝廷讨价还价之时，任柱、赖文光捻军乘虚蹈隙，突由山东折入江苏丰县、沛县、砀山一带，11月3日破辛家集，徐州戒严。11月21日，捻军被张树声、潘鼎新击败于丰县，23日即由丰县经山东鱼台、金乡、单县西进河南，26日又败于河南睢州，29日在扶沟为刘铭传所败，走许州，与张宗禹捻军会合，流动于襄县、叶县、舞阳一带。一连打了几次胜仗，曾国藩大喜，以为他的重点设防之策收到了奇效。他在给朝廷的奏报中说，捻军徐州小挫，丰县、睢州、扶沟大败，皆由拦头要截。周世澄在《淮军平捻记》中对此更是大加张扬，说自设四镇而汛防有定，“贼之流走者处处投触罗网，遂不能逞其故智”；从前各军剿捻皆以追奔为能事，自四镇之设，变尾追之局为拦头之师，以有定之兵制无定之捻，办捻之局自此“始渐有纲纪”。但是，这种“重迎剿，不重尾追”的办法，仍不能致善以“乘虚蹈隙”的捻军于死地。照曾国藩的话说，“该逆狡诈多端，飘忽异常，从不肯与堂堂之阵约期鏖战，必伺官军势孤力竭之时出不意以困我……该逆死党极多，行走甚速，乘虚蹈隙，是其惯技”(《全集·奏稿》)，很难对付。曾国藩已经意识到了这一点，时人亦然。御使刘毓楠在《奏陈河南军情贼势请饬邻省督抚合兵会剿折》就评论说，捻军飘忽无常，转瞬驰骋数百里，与太平军占据城池、盘踞固守情形迥不相同，曾国藩设兵四镇，欲待其至迎击围剿，唯其往往避兵而行，未必肯向重兵屯扎处所自投罗网。河南的尹耕云致书曾国藩，也有所论列，说临淮离周家口数百里，周家口离徐州数百里，徐州离济宁也有数百里，骑兵之力不出百里，步兵之力不出十里，过此则如入无人之境。如捻军避兵而行，抵隙乘虚，无论驻扎之老营株守无益，即游弋之劲骑也将奔命不遑。这些议论，揆诸捻军战争的特点，毫无疑问言中了重点设防的漏洞。曾国藩也觉察到了这一漏洞。因此，这年12月，便腾出刘铭传一军作为游击之师，另札李昭庆所办游击之师驰赴前线，两处游兵(后又增加鲍超、刘松山、刘秉璋三军为“游击”)略仿僧格林沁之法，与捻军纵横追逐，以补重兵株守之漏。尽管如此，所办游击之师，难与僧格林沁蒙古劲骑同日而语。四镇、游兵，与实现清除“捻患”的目的相去甚远。
如果说重点设防旨在“遏流”，为相对意义的“战”，那么曾国藩在实施重点设防的同时开出的查圩之方则意在“清源”，为相对意义的“守”。照曾国藩的话说，即“于四处设立重兵，以遏其流；又拟查办民圩，以清其源”，“设立重兵，以为战，又令乡村设立圩寨，以为守……各县皆有圩寨，则无掳人掳粮之患。”(王定安：《求阙斋弟子记》)战与守，遏流与清源，相辅相成，成为曾国藩清除“捻患”的法宝。
圩，又称寨、围、坞、堡，总称“圩寨”。据历史资料记载：“自道光之季，吏习于恬熙，皖豫间盗大起，豪猾大姓辄筑寨自固，谓之圩，圩大者千余家。”(孙衣言：《逊学斋续文钞》第4卷)可知圩寨至迟出现于道光之际。
圩寨是社会动荡的产物。捻军起义后，黄淮地区就开始了大规模的村庄圩寨化的过程。所谓村庄圩寨化，简单地说，就是小村并大村，实行坚壁清野，村外环筑围墙，围环以壕，吊桥通内外，犹如碉堡，这是圩寨的一般形式。捻军起义期间，黄淮地区出现四种类型的圩寨：第一种是所谓的“贼圩”，也就是捻军的圩寨，官书上常以“圩寨林立，不可数计”形容捻军圩寨之多。在相当长的一段时间里，具体地说从1857年到1863年这段时间，捻军就是利用圩寨来保存自己，对抗清军的，这种战争形态，在捻军军事史上被称为“圩寨战术”。第二种是地方割据势力苗沛霖集团的圩寨，史称“苗圩”。圩寨是苗沛霖割据的基础，1860年建立“天顺”王国时，由他控制的圩寨就有数千，地跨安徽、河南两省。第三种是所谓的“民圩”，也就是地主士绅为进行乡村防御、对抗捻军而修筑的圩寨，这种圩寨，黄淮地区到处都有。第四种是首鼠两端的圩寨。这类圩寨，有的既不抗清，也不抗捻，清军来了，插上清军的旗号，捻军来了，马上换上捻字旗号；有的既抗清又抗捻，谁也别想染指。这类圩寨，完全是为了自保，所以是处于“中间”状态的圩寨。各类圩寨，结构尽管不尽相同，但都非常注意对圩寨的经营，“加砖增堞，坚如城郭”(黄佩兰：《涡阳县志·兵事》)。所以，圩寨完全可以称为“城郭村落”。1863年，张乐行前期捻军覆没、苗沛霖被铲除后，捻圩、苗圩被夷为平地，朝廷又谕令曾国藩督饬地方文武夷毁其他圩寨，因有悖于坚壁清野之议，没有实行，这就为曾国藩推行查圩政策创造了条件。
还在北上征捻途中，曾国藩发布《剿捻告示》，说，本大臣奉命督师，赴徐州一带攻捻，议战，则责成官军，议守，仍需整理圩寨，为此晓谕安徽、河南、江苏各圩练董知悉，随时前来徐州，本大臣亲问各路情形，面谕修圩、挖壕、防守各事宜，云云。这个《剿捻告示》就是国藩推行“查圩”政策的先声。
曾国藩抵达临淮后，立即实施“查圩”。
查圩要点，曾国藩在7月21日发布的布告(《全集·诗文》)中列举了四条：
1坚壁清野。捻军骚扰多年，凡苏、皖、鲁、豫四省捻军必经州县，人人皆知修筑圩寨，自相保卫，但恐岁久人贫，渐渐松懈，现要大加整顿，墙子要高，壕沟要深，这是坚壁。同时，人丁及牲畜、米粮、柴草，一一搬入圩内，“贼来全无可掳，此清野也”。如捻军围攻圩寨，国藩立即派兵救援，近或三日五日，远的十日半月一定赶到，决不食言。如不能坚守半月，是该圩之过，如半月救兵不到，就是国藩的过错。各圩要操练壮丁，自保身家，决不调圩练助剿，也不派圩董支应杂差。
2分别良莠。曾国藩认为，“分别良莠为正本清源之道，关系甚重”，因此，命令地方绅耆在捻军活动地区进行户口清查，凡“有捻之州县，一体清查”，其中安徽蒙城、毫州、宿州及河南永城是捻军的老巢，限三个月清查完毕。负责查圩的官员督同圩长，挨户清查，造具清册，“倡首为乱及甘心从逆者，为莠民册，全未从匪者，为良民册。偶从与胁从者，为自新良民，亦编入良民册内。入莠民册者，在外则到处追剿，在籍则擒拿正法。入良民册者，五家具保结于圩长，有事则五家连坐；圩长具保结于州县，有事则圩长连坐”。希图以这种办法切断捻军与人民的联系。
3发给执照。各圩管事之人，有的称“圩主”，有的称“寨主”，“主”字不可妄称，现一律改称“圩长”。每圩设圩长一人，副圩长二三人，最多不能超过四人。圩长由各圩大众共同推选，上报州县，州县核查确实上报国藩处。正圩长由曾国藩发给执照，盖关防章；副圩长由州县发给证明，用印信章，“收执为凭”。圩内有阳顺官兵，阴从捻军者，圩长捆缚送官正法。“匪”圩而诬叛“良”圩，吓逼邻圩者，各圩共同禀究。送“匪”最多者，奏明请奖；匿“匪”不报者，将圩长革去究惩。平日不废农务，临警守圩有功者，奏明优奖。圩长苛敛财物，不服人心者，准圩众公禀查明革换。
4询访英贤。曾国藩在所颁布的布告中说：“淮徐一路，自古多奇杰之士，山左、中州，亦为伟人所萃。方今兵革不息，岂无奇才崛起？无人礼之，则弃于草泽饥寒贱隶之中，有人求之，则足为国家干城腹心之用。本部堂久历行间，求贤若渴，如有救时之策，出众之技，均准来营自行早明，察酌录用；即不收用者，亦必优给途费。如有以邻境之匪名单来告者赏银三十两；如有以巨捻藏匿之踪迹来告者，赏银四十两；如有荐举贤才者，除赏银外，酌予保奖。”“藉一方之人才，平一方之寇乱”，这是曾国藩网罗“英贤”的目的所在，也是其人才思想的具体表现。