在曾国藩看来，清查圩寨捻首，杀一捻即“除一害”，清一圩即少一患，这是治捻的根本，临阵擒斩百人不如清圩时斩数人来得得当。因此，在捻军活动地区，特别是在捻军起义的发祥地皖北一带，力行搜查之法。查圩一方开出不久，他便派知府桂中行、朱名璨赴蒙城，同知李炳涛、知县薛元炳赴亳州，知州张云吉、游击吴靖基赴宿州，直隶州尹沛霖、游击翁开甲赴阜阳，会同地方绅土，监督“查圩”政策的施行。这一政策的推行，确给捻军造成很大危害，不少留在皖北坚持抗清的捻军将土或捻军的同情者、支持者惨遭杀害，在《曾国藩全集·批牍》中就有“委查亳州圩务李丞炳涛禀查获迭叛捻首刘二能等五名汛明正法由”、“委办宿州查圩事务张牧云吉禀拿获捻目高继周等讯明正法由”、“委办蒙城圩务桂令中行禀查获莠民李全信等九名讯明正法由”等之类的批牍，在《查办蒙亳宿阜民圩擒斩著名积捻折》中，开列了120名被“正法”的著名“积捻”，这在一定程度上割断了捻军与人民的联系。更为严重的是，它使捻军生活资料接济发生困难，“匪徒野无所掳，寇氛缘此渐息”(王枚：《睢州志》第2卷《寨工》)。
然而，查圩与重点设防一样难达“药”到“患”除之效。以查圩根本之点坚壁清野为例，曾追随僧格林沁及山东巡抚阎敬铭、丁宝桢并为之出谋划策的潘骏文就发了一通议论，说：“欲使贼无所得食，寝以饥疲，则不外坚壁清野之策……见诸施行而未遽收戡定之效者，则非斯策之不效，而所以用斯策之未尽善也。何也？圩寨之御贼可暂而不可久。使兵不时至，则罄其所有悉投凶焰，况乎饵贼以求安，不能尽咎小民之接济矣。”(潘骏文：《潘方伯遗稿》第5卷)一方面仍有人民的支持，一方面“饵贼求安”的畏祸心理也使得一些“民圩”给捻军以接济，这种情况在当时非常普遍。这就使捻军在接济困难的情况下不至于枵腹荷戈。此外，“清野”受着季节时令的约制，“严冬之野可清，而夏秋之野不可清”，捻军照旧可以生存。曾国藩“急切无制贼之良法，中怀时复闷闷”(李榕：《十三峰书屋文集》第4卷)。
重点设防不灵，查圩之法虽有“消患于未形”的功能，但既难于立见成效，又难以如愿施行。这使曾国藩感到“难操胜算”，要取得攻捻战争的胜利，看来还得另寻“制寇之方”。
当曾国藩办游击之师变更战略部署时，捻军跳出他的战略设防区，分路攻入湖北。1866年(同治五年)1月18日，湘军成大吉部在鄂东麻城宋埠闹饷哗变，“勾通捻匪”任柱、赖文光入鄂，里应外合，大败成大吉，烧了他的军营，成大吉“仅以身免”，逃往滠口，23日捻军攻陷黄陂。与此同时，张宗禹部由邓州、新野进入湖北襄阳(不久折入河南)。2月18日，任、赖捻军在黄冈大败清军，阵斩总兵梁洪胜等多人。鄂势甚危，武汉震动，朝廷大怒，将湖北巡抚郑敦谨革职，调曾国荃为湖北巡抚。国荃居乡一年多，“终不能退藏避事”，此次出山，也只好“置祸福毁誉于度外，坦然做去”。曾国藩也挺高兴，他在给国荃信中说：“余办捻事，正苦鄂中血脉不能贯通，今得弟抚鄂，则三江两湖均可合为一家，联为一气。论公论私，均属大有裨益。”(《全集·家书》)
捻军在湖北连打两次胜仗，湖广总督官文急忙请兵救援。曾国藩命总兵喻俊明等率水师驰赴武汉，檄调刘铭传自周家口驰赴光山、固始，径援湖北。刘铭传提兵转战而前，3月14日，亲督道员刘盛藻，提督唐殿魁，总兵刘维桢、黄桂兰，洋将毕乃尔(Penell)攻克黄陂城，任柱、赖文光败走麻城，转趋豫境。
捻军全军入豫，曾国藩准备实施刘铭传创议的“防河”方略了。
还在上年，刘铭传在豫攻捻时，就鉴于河南地势平坦，无险可扼，是以捻军纵横往来、毫无忌惮等情，向曾国藩提出了扼守沙河、贾鲁河的攻捻方略，而曾国藩则以“兵力未齐”为辞，没有答应。但攻捻战争的实践证明了曾国藩的重点设防漏洞百出，并不能制捻军于死地，而刘铭传、李昭庆等游击之师，其马队实力远不及僧格林沁的蒙古骑兵，加之1866年3月后捻军由鄂境全军折回，迫使曾国藩不能不重新考虑刘铭传的“防河”创议。
所谓“防河”，即东以运河为防线，西以沙河、贾鲁河为防线，沿河岸构筑长墙、壁垒，派兵驻守，阻截捻军进入山东半岛、江苏和豫西、湖北，并在这个范围内将捻军圈而聚歼。
1866年3月17日，任、赖捻军由麻城折回河南，经光山、陈州、项城、沈邱、中牟、兰封、考城进入山东，张宗禹捻军自河南遂平、舞阳、禹州、新郑、兰封进入山东定陶，4月20日败潘鼎新、李昭庆所部淮军于郓城，进至寿张、范县，4月29日与任、赖捻军在开州汇合，势将渡运。曾国藩见此情景，将“防河”提上了日程。4月4日，国藩自徐州抵山东济宁州驻营，5月16日给朝廷上了一个奏折，说“臣以东北则畿辅为天下之根本，东南则江苏为臣军之根本，屡经奏明注重东路。既以东路为重，不得不借运河衣带之水以为流寇阻截之界。惟河浅且窄，汛长千有余里，防不胜防。臣拟会阎敬铭等大加修浚，增堤置栅。”(《全集·奏稿》)提出在运河设防的建议。20日，国藩即偕同山东巡抚阎敬铭巡查运河，并责成阎敬铭克期布置河防。22日，国藩、阎敬铭与直隶总督刘长佑在申家口会晤，商定分段扼守运河：潘鼎新等防守济宁到苏鲁之交的韩庄段，杨鼎勋守韩庄以南，东军守济宁到黄河段。在黄河防线上，范县豆腐店以西至东明、长垣由直隶军防守，豆腐店以东的张秋、东阿一带由东军防守。布置初定，6月1日，国藩回驻济宁老营。
7月，捻军在山东受阻，由鲁西而豫、而皖，徘徊于怀远、凤台、睢州一带，“捻匪各股回窜豫、皖两省，中原平旷之地，四通八达，若不择地设防，此剿彼窜，终不能大加惩创”。于是，曾国藩接受刘铭传沙河置防建议，于沙河、贾鲁河布置河防，分段设守。沙河地段：从周家口到槐店由刘铭传部防守；从槐店到正阳关由安徽巡抚乔松年派皖军设守；正阳关以下即系淮河，由曾国藩派水师与皖军会防。贾鲁河地段：从周家口到朱仙镇由潘鼎新、张树珊部防守；自朱仙镇以北70里至黄河南岸，没有河流，由河南巡抚李鹤年派兵挖壕防守。各分汛地，层层布置。这样，就形成了一个跨皖、豫、鲁三省的三角形防线，曾国藩的治捻方略由此由“点”演变而为“线”。他在给朝廷的奏折中声称，“防河之举，办成则有大利”，“不能办成，或有损于大局，臣愿独当其咎”（《全集·奏稿》)，似乎稳操胜券。
事实上，河防方略的施行，确给捻军带来切肤之痛。捻军是“以走致敌”、“以走自活”，根据多骑的特点及有利地势大规模地流动，以保存实力，抗击清军。这种“以走致敌”战略战术尽管使曾国藩“心惊胆寒”，但在没有根据地为依托的情况下，存在着一个致命的弱点，即张宗禹所说“不怕打而怕围”。如果说曾国藩的“点”无大损于善乘虚蹈隙的捻军，那么如环之“线”则可以将其圈在一个相对狭小的区域内，使之处处触网，失其所长，“来无去路，马难驰骋”。这对捻军来说，无疑是一个致命的威胁。不打破这种格局，捻军确有被曾国藩聚歼的可能。
三、“我是打捻无功之人”
1866年7月至9月，捻军数次力图冲破曾国藩的河防，均未能成功。曾国藩看来也有破釜沉舟之心，8月25日他赶到临淮驻营，9月6日自临淮登舟西上，经蒙城、涡阳、亳州，17日拖着病体到了河南周家口，坐镇指挥。可是，国藩驻营周家口没几天，9月24日，张宗禹部与任柱、牛洛红、赖文光部于河南中牟会师，在开封附近的芦花冈击溃豫军，乘夜突破沙河——贾鲁河防线，进入山东水套地区。功败垂成，曾国藩“闻信之余，实深焦愤”。经此打击，国藩身体有些不支，“心气甚亏，偶一用心，辄复出汗不止，夜眠则盗汗浃体；旧患耳鸣已久，日则渐至重听”，心力交瘁，感到剿捻实在剿不下去，“不得不广求资助，冀以免于大戾”。求谁“资助”？不外乎门生李鸿章、老弟曾国荃了。10月1日，国藩奏请朝廷令李鸿章携带两江总督关防驻扎徐州，与山东巡抚会办东路剿捻军务；湖北巡抚曾国荃移驻襄阳，与河南巡抚会办西路剿捻军务，自己居中，与豫抚、皖抚商办攻捻，联络一气，呼吸相通。
沙河——贾鲁河防线被撕裂，曾国藩于心不甘，他在给朝廷的奏折中，承认“防守沙河、贾鲁河，至系策之至拙者，非不知之。无奈马队远不如贼……不得已，乃出于防河之下策”，但他又说，“若贼再回窜，仍当扼防沙、贾两河”(《全集·奏稿》)，仍然抱守防河之策。
冲破沙、贾防线后，捻军进逼运河防线，“百计图渡”，企图突破运河防线，到海岱富庶之地饱食休息。10月8日捻军由城武猛攻运河堤墙，未果，又在城武、郓城、菏泽、曹县、东明等处连连受挫，不得不折回豫境。23日，在许州分为东西两部，相为犄角。11月，张宗禹率西捻军冲破清军的阻截，穿越秦岭进入陕西；任柱、赖文光率东捻军谋于曹县抢渡运河，失败，复折而西向，再次突破沙河——贾鲁河防线，进入湖北。这样曾国藩的河防政策宣告破产。
河防政策破产，曾国藩声名重创。自上年奉命剿捻以来，至今已有一年零五个月，不仅“毫无成效”，而且使捻军“势益蔓延”，朝廷再也无法忍受，下诏严加斥责：“大局糜烂至此，不知该督何颜以对朝廷！”御史朱镇、卢土杰、朱笃学、穆缉香、阿凌阿等纷纷上疏，弹劾国藩“办理不善”、“督师无功”、“骄妄”，要朝廷“量加谴责”。谤议盈路，舆论大哗，曾国藩又惭又惧又羞又恼，只好考虑自行退出“剿捻”舞台。11月26日，曾国藩上奏朝廷，以剿捻无效，病难速痊，请开协办大学士两江总督缺，并请另简钦差大臣，接办军务，注销一等侯爵袭职，自以道员身份，留营效力。攻捻大局糜烂如此，不屑说，朝廷也要换马。同日，“上谕”命李鸿章代替曾国藩署钦差大臣，湘、淮各军均归节制。当然，朝廷也不会让曾国藩下不了台，12月7日，命曾国藩回两江总督任。既不堪为星使，又岂可为江督？如此灰溜溜退出，实在太难堪，上疏朝廷，请求不回江督本任，朝廷反复开导他“回两江本任，办理饷需军火，源源筹解，俾李鸿章得离江境，统兵追剿。则筹饷与剿匪之功均为国家倚重，正不必以开缺赴营，始足为朝廷宣力也”，希望他仍“遵前旨，将军务交与李鸿章接办”，但他一再请求开缺。他在给儿子曾纪泽的信中说：“余决计此后不复作官，亦不作回籍安逸之想，但在营中照料杂事，维系军心。不居大位享大名，或可免于大祸大谤。若小小凶咎，则亦听之而已。”(《全集·家书》)
12月29日李鸿章在徐州接任钦差大臣，不久，1867年(同治六年)2月15日授为湖广总督，督办剿捻，长兄李瀚章调为江苏巡抚，署理湖广总督。朝廷不准曾国藩在营“照料杂事”，仍着回两江总督任，筹办剿捻军饷。曾国藩只好从命，3月21日自徐州南下，回驻金陵，沿途呢呢喃喃：“我是打捻无功之人”(刘声木：《苌楚斋随笔·四笔》第4卷)
捻军继打败了僧格林沁之后又重挫曾国藩，这不能不承认捻军战法的高明，不能不承认捻军斗志顽强，也不能不承认民众抗清的威力。