曾国藩是绞杀太平军的元凶，声威远播，朝野上下无与匹比，但捻军却把他打得名声扫地。曾国藩攻捻失败，当然有他失败的原因，他一直没有一支堪与捻军抗衡的骑兵，这是事实，他用对付太平天国那种结硬寨打呆仗的办法搬来对付捻军，当然不行。但曾国藩的攻捻方略，不论是1866年5月以前的“点”(重点设防)、“面”(查圩)交叉，还是以后的以“线”(防河)为主，都寓有“以有定防无定”、寓战于防的战略指导思想，都在一定程度上给捻军带来了危害，特别是河防方略，更切中捻军要害，可是曾国藩还是没有取得攻捻战争的胜利，这里面也与统治集团的内部矛盾有莫大的关系。
先看曾国藩与李鸿章之间的矛盾。曾国藩挂帅征捻，李鸿章署两江总督负责前敌军饷。但李鸿章“言饷缺不得增兵，事事干涉”(刘声木：《异辞录》第1卷)，有意拆曾国藩的台，难怪国藩埋怨说，李鸿章没有竭力筹饷，1865年仅发到8月，1866年仅发5个月的饷，“士卒已微有怨言”。这还不算，李鸿章对他苦心经营的淮军始终不舍得放手，时时施加遥控，处处给曾国藩出难题。当曾国藩派李鸿章之弟李昭庆的“幼军”为“游击之师”，李深恐乃弟重蹈僧格林沁的覆辙，极力反对，要求曾国藩将“幼军”改作“防济之师”，曾国藩寸步不让，板起面孔教训他：“君家昆仲开府，中外环目相视，必须有一人常在前敌，担惊受苦，乃足以稍服远近之心。”(王定安：《求阙斋弟子记》)李鸿章心中不满，又无处发泄，当然就用压饷来报复他。当曾国藩力行“防河”之策时，李鸿章又是极力反对，“力争不可”，还说什么“古有万里长城，今有万里长墙，不意秦始皇于千余年后遇公等为知音”云云(刘声木：《异辞录》第1卷)，极尽讽刺挖苦之能事。“防河”之策出自淮系刘铭传，曾国藩生怕刘铭传被李鸿章摇动，赶紧写信给刘铭传，说无论何等风波、何等浮议，国藩一力承担，不与建议者相干。曾国藩又以铭传首划此策，即令其与潘鼎新、张树珊部淮军会防，“力任其难”，扼守朱仙镇以下400余里。李鸿章则以铭传驰驱转战，尤形劳惫，加以阻挠，要求曾国藩予以“休息”，唆使刘铭传“告假回籍”，这使曾国藩大为恼火，致书李鸿章云：“目下淮勇各军既归敝处统辖，阁下当一切付之不管，则号令一而驱使较灵。以后鄙人于淮军，除遣撤营头，必先商左右外，其余或进或止，或分或合，或保或参，或添募或休息、假归，皆敝处径自主持。”(王定安：《求阙斋弟子记》)骂归骂，李鸿章对淮军决不撒手。国藩当初敢于抱定“与贼(捻军)相终始”之志，主要在于有淮军作锋镝，但对淮军指挥调度不灵，迫使他中途退出“剿捻”舞台，对国藩来说，最使他伤心者莫过于此了，悔不该过早裁遣湘军，弄得他无兵可用，事到如今，三叹“聚九州之铁，不能铸此大错”。
李鸿章是曾国藩的得意门生，裁湘留淮无非用来镇压捻军。但朝廷扬李抑曾，李鸿章立意自立门户，急着取代曾国藩。1865年11月4日，他就致书曾国藩，“商代”督师剿捻，要国藩回驻金陵。1866年4月30日，曾国藩答复李鸿章说，再等几个月，如攻捻没有起色，“当奏请其北征剿捻”。曾国藩没有食言，只不过让他负责“东路剿捻”军务，自己倒没退下来。曾国藩攻捻失败下台，李鸿章“亟于任事”，竟派人向曾国藩硬要钦差大臣关防，气得曾国藩“怒病交加”，连朝廷也引为“私忧”，再三抚慰，才把曾国藩送回两江总督原任。师生之间，明争暗斗，虽然没有闹到决裂的地步，但紧紧捆住了曾国藩的手脚，使他放不开手去自由地指挥攻捻战争。这是国藩打捻失败的重要原因。淮系集团得势，湘系集团失势，这也是一个关键。
曾李关系如此，曾国藩与地方的关系更是难以协调，他的攻捻方略就始终没能够得到地方将吏的支持，“主防主剿，意见难于遽同”，受到层层阻挠。如对其四镇之设，“山东、河南民士习见僧王(僧格林沁)战事者，皆怪曾国藩以督师大臣安居徐州，谤议盈路”(王恺运：《湘军志》)，不与合作。对其防河之策，诸将则纷纷推诿，均愿游击，不愿防河。因防河者兴工之时，荷锸负土十分辛苦，不比游击者半行半住，稍觉安逸；防河者工竣之后；又要保守汛地，厥责甚重，不像游击者易于报功，难于见过，“故勇丁愿行路不愿挑土，将领愿做活事不愿做笨事”(《全集·批牍》)。这一点，河南方面表现得十分突出，“河南文官之议，均谓贼衰，宜于速剿，不必为防河之谋……几乎众口一词”，连巡抚李鹤年也“惑于众论”(王定安：《求阙斋弟子记》)，与曾国藩立异。当曾国藩令其督饬地方文武挑沟挖壕，派兵设防时，他却行动迟缓，消极对抗，“自朱仙镇以北至黄河南岸七十里，豫军未能认真兴办”，也“不肯以全力扼守”(《全集·书信》)，从而给捻军留下了突破口，捻军数次从河南冲破沙河——贾鲁河防线，原因正在于此。地方官吏的不支持、不合作，实为曾国藩攻捻失败的要因。
在攻捻期间，曾国藩也遇到许多干扰，处理“湖田案”就让他费了不少神，束缚了他的手脚，这也是他攻捻失败不可忽视的原因。这里先梳理一下“湖田案”的来龙去脉。
湖田案，也称“湖团案”，是苏北铜山、沛县土著与山东曹州流民因湖田纠纷而起的冲突事件。湖田滨于微山、昭阳两湖西岸，南迄铜山，北跨鱼台，绵延200余里，宽数十里，大部分在铜山、沛县境内。
1851年(咸丰元年)，对铜、沛农民来说是一场劫难，就在这一年，黄河在丰工下游决口，铜、沛等地正当其冲，于是两湖漫溢，合微山、昭阳之湖地，铜山、沛县、鱼台之民田，汇为巨浸，一片汪洋。铜、沛农民不得不踏上黄泥路，流离迁徙，渡江南下，以为从此“故乡永成泽国，不复顾恋矣”。
4年后，也就是1855年(咸丰五年)，黄河再度决口，这是黄河变迁史上的一件大事，从此，黄河有了自己的入海口。黄河改道北移，对铜、沛农民来说未尝不是一件值得庆幸的事。但对曹州府属的农民来说，却是一场灾难。黄河在兰仪决口，曹州府首当其冲，田庐漂没，居民奔散，郓城、嘉祥、钜野等县的难民，蜂拥到了徐州府属。其时，昔年铜、沛巨浸，已经半涸为淤地，于是他们相率寄居于此，垦荒为田，结棚为居，持器械以自卫，立团长以自雄。徐州道员王梦龄认为他们形迹可疑，下了逐客之令。继而来者日多，也无可如何。1857年(咸丰七年)，河道总督庚长派人丈量湖荒地，计有2000余顷，分上中下三等，设立湖田局，按质论价，招垦湖田，又在土著和客民交错的地方，筑起长堤，名为“大边”，“以清东民与土民之界限”。当时地方多故，捻军遍地开花。为了剿灭“发捻”，清廷号召团练乡勇保卫桑梓，垦种湖田的农民，得创立各团：唐团、北王、北赵、南王、南赵、于团、睢团、候团(后改成刁团)，均以首创之人姓氏为名，如唐团的首创者为唐守忠，故名。“湖团”之名由此而来。
湖淤地肥沃，频年岁丰，渐渐富饶起来。山东客民原以为可以安居乐业了，但不幸的事情发生了。原先逃难在外的铜、沛流民，纷纷还乡，当看到昔日巨浸变为良田，成了山东客民之产，心怀不平，遂起争讼，土著说客民霸占有主之田，客民则说所种之田全是湖荒地，相持累岁，屡酿巨案。1859年(咸丰九年)，侯团抢劫铜山郑家集，经徐州道派兵拿办，并将该团民驱逐出境，另行遴董招垦，辗转更置，成立刁团。1862年(同治元年)，又有山东客民在唐团边外占种沛地，设立新团，屡与沛民械斗。土客冲突日渐扩大化、复杂化，直到这个时候，官府仍未拿出得力可行的解决办法，终于导致1864年(同治三年)的流血事件。这年7月，新团以二人被杀，遂攻破刘庄寨，连毙数十命，民情汹汹。漕运总督吴棠饬派徐州镇道带兵剿办，平毁新团，擒斩达千人之多，退出团地，以解“沛民之愤”。但事情并没因此而得到解决。
土客构讼，已成不解之仇。沛人贡生张其浦、张士举，文生王献华等与刘庄事主刘际昌先后赴京，以新团一案，唐守忠主盟指使，情同叛逆，请将各旧团一概剿办各情，在都察院呈控。京城哗然。钦奉谕旨，交吴棠密速查办。旋经吴棠以唐守忠来团最早，声名显著，核查所控各词，毫无实据，且与原呈不符，不过欲将新旧各团一概驱逐而夺其成熟之田等语，奏复在案。而沛人纷纷构讼，仍复不休。田产纠纷，逐渐演化为政治性事件。清廷焦灼不安，只得让曾国藩亲自出马了。
1865年9月，曾国藩到徐州指挥攻捻，受命处理湖田争讼一案。铜沛绅民即赴曾国藩行辕控告湖团，呈词数十纸。曾国藩“以案情重大，实肇兵端，未敢遽为剖断”。实际上国藩对此并没有定见。这从他所上的奏折中可以看出：“(湖团)初至有领地之价，后来有输地之租，而讼者不问案牍之原委，必欲尽逐此数万人而后快。此又新团既剿以后，沛民健讼不顾其安之情形也。”对铜沛绅民构讼，颇不以为然。可是在另一折中，又说：“湖田一事，与剿捻大有关系。臣拟将通捻之团酌量惩办，其余数万人全数资遣回籍。现经两次派员前往山东郓城、钜野等处，察看该团民原籍尚足安插否？如可，则遣之东归，在沛县可免占产之讼，在徐州亦无招捻之窝，臣再将资遣事宜，专疏奏办，而臣之赴豫，则须稍迟；如其不可安插，臣亦不勉强驱遣，在徐、沛不无后患。而臣之赴豫可以稍速。”(《全集·奏稿》)即有将数万山东客民资遣回籍之意。两份奏折对照，可以看出曾国藩并未寻到解决湖田一案的适当办法。如果全数资遣，可能会激而生变，于攻捻大局不利，实际上已牵制曾国藩不能迅速赴豫督剿，何堪再由事态扩大！如果对铜沛之民的控告置若罔闻，又可能使土客冲突继续升级，同样有关剿捻大局。这使曾国藩举棋不定，左右为难。
但曾国藩毕竟老于世故，颇富政治经验，他从“通捻”这一点上受到了启发，终于找到解决问题的突破口。曾国藩在给朝廷的奏折中称，1865年11月1日，任柱、赖文光捻军由山东攻入江苏丰县、沛县，进逼徐州，远近探报，均称湖团“勾贼”，“南王团有人函约贼来，百口一词，虽反复研究，未得主名”，“刁团平日窝匪，与南王团相等”。除王、刁两团外，其余六团“或凭圩御贼，或圩破被害，遭贼焚掠杀戮，其情状历历在目，其为并未通贼亦属确有可据”(《全集·奏稿》)。湖团有没有“通贼”，曾国藩并没有十分把握，但他把焦点集中于“通贼”嫌疑最大的王、刁两团而不及其余，也许是他的高明之处。
那么，湖团有无“通捻”事情？据《铜沛湖田纪事始末》、《济宁直隶州续志》、《豫军纪略》等资料记载，确定无疑，而且还不止于王、刁两团。铜沛是捻军出入熟路，就是土著也不能说与捻军毫无瓜葛。但曾国藩为不致事态扩大，权衡利弊，决定采取“折中”办法来解决湖田一案，做到既能服铜沛之人心，又不尽逐湖田客民。于是，将对付捻军的“分别良莠”之策搬了出来。“不分土民、客民，但分孰良孰莠”，凡有田契而田被湖团所占要求清还者，是土著中的良民；无田契产业，只知敛钱构讼，激起众怒挑起祸端者，是土著中的莠民。平日安心耕作，如唐团抗拒捻军，受害极惨者，是客民中的良民；平日凌辱土著，如王团之“勾贼”、刁团之“容贼”，是客民中的莠民。良莠既分，曾国藩立即通行晓谕，勒限1866年3月1日(同治五年正月十五日)前将王、刁两团逐回山东本籍，派刘松山一军前往弹压。
王、刁两团被逐后，如何处理善后事宜，也是烦难之事，一旦处置失宜，同样会留下后患，这一点，曾国藩是颇为谨慎的。经再三思考，1866年3月24日上疏奏陈酌定善后事宜三条：酌给钱文以恤已逐之团，设立官长以安留住之团、拨还田亩以平土民之心。在这个《善后事宜三条》中，曾国藩既为“骂贼”而死的客民(唐守忠父子)树碑立传，又对激众构讼的土著文生(王献华等)褫革衣衿；既认定王、刁两团“通贼”，却拿一个在逃者尽法处治。驱逐王、刁两团，不外乎“拨还田亩以平土民之心”。应该说，曾国藩尽量做到“不偏不倚”。他在左右为难中寻找这种“折中”的办法，在当时不失为上策，正因为如此，他的办法得到清政府的首肯和支持，上谕“均照所请办理”。轰动全国，长达近10年之久的湖田纠纷案，总算是画上了句号。
曾国藩查办湖田案，从接案到结案，费时半年多，劳师费神，一定程度上束缚住了曾国藩的手脚，使之难以全力以赴指挥攻捻战争。曾国藩攻捻失败，去此不无关系。