疯狂的热度渐渐退尽。在寂静的吉乌德卡，他有充足的时间为自己的恐惧而感到羞惭。整个佛罗伦萨都在沸沸扬扬地谈论着他的逃亡。9月30日，市政议会下达命令，凡逃亡者，若在10月7日之前不归，将判处反叛罪。到了这一天，所有逾期未归的逃亡者都被宣布是叛逆者，而且他们的财产也会被没收。但是，米开朗琪罗并没有名列其中，而且市政议给了他最后的期限。这是因为佛罗伦萨驻费拉雷的使节加莱奥多·朱尼，提前通知佛罗伦萨的最高统领，米开朗琪罗并没有及时得到这样法令，而且他告诉对方说米开朗琪罗正准备返回自己的家乡，如果佛罗伦萨会赦免他的话。最终，市政议会真的饶恕了米开朗琪罗，而且还命石匠巴斯蒂阿诺·迪·弗朗切斯科将一张特别通行证带到威尼斯，交给米开朗琪罗。同时，巴斯蒂阿诺还给他带了十封友人的信，这些信的内容全都是恳求他回去的。其中有一封是豪爽的帕蒂斯坦·德·巴拉写给他的，这是一封充满对祖国热爱之情的召唤信：
“您所有的朋友，不管持哪种观点，都绝不迟疑、异口同声地恳求您回来，为了您宝贵的生命、伟大的祖国、亲爱的朋友，以及您的财产和荣誉，当然，还为了享受这个您曾经强烈渴求与盼望的新时代。”
米开朗琪罗深信，佛罗伦萨的黄金时代即将到来，于是他满怀希望地憧憬着自己光明的前途。但这个可怜的人儿却成为了梅迪契家族归来后，反动势力的第一批受害者。
米开朗琪罗被帕蒂斯坦的话打动了。他回来了，慢慢地回来了。帕蒂斯坦·德·巴拉前往卢克奎，准备迎接他的到来，可一连等了好几天，到最后都快不抱希望了。直到11月20日，米开朗琪罗才重新回到佛罗伦萨。三天后，市政议会撤消了对他的指控，但却决定未来三年内不允许他参加大会议。
他再次给米开朗琪罗写信，敦促他尽快回来。
四天前，市政厅下令将他的薪俸取消了。
根据他写给巴斯蒂安·德·皮翁博的信，可以发现，他还被罚了1500杜加的罚金。
回到佛罗伦萨后，米开朗琪罗自始至终恪尽职守地做着自己的工作。后来，他又恢复了在圣米尼亚托的职位，而此时的圣米尼亚托已经被敌人炮击了一个月之久。米开朗琪罗重新加固高地上的防御工事，还发明了一项新武器，用棉花和被褥把钟楼覆盖住。据说，被包裹住的大教堂并为遭到破坏。关于他在围城期间的最后一个行动，即1530年2月22日的一则消息上说：米开朗琪罗爬到大教堂的圆顶，以监视敌人的行动，并且可以察看圆顶的状况。
可是，预感到的灾难最终还是发生了。1530年8月2日，马拉泰斯塔·巴利翁叛变。12日，佛罗伦萨投降，皇帝把整座城交给了教皇的特使巴乔·华洛利。于是，行刑活动开始了。刚开始几天，任何人都无法抵制战胜者们的报复行为。而米开朗琪罗的那些挚友们，例如帕蒂斯坦·德·巴拉，就是第一批被杀害的。据说，此时的米开朗琪罗藏身在阿尔诺河对岸的圣尼科洛教堂的钟楼里。当然，他完全有理由害怕，因为城中传言他曾经想拆毁梅迪契府。但是，克雷蒙七世并为减少对他的关爱。按塞巴斯蒂安·德·皮翁博所说的，在得知米开朗琪罗深陷围城的紧张时期里，克雷蒙七世感到很寒心，但他也只能耸耸肩膀，说：“米开朗琪罗真不应该，我从来都没有要伤害他。”当怒气渐渐消了，克雷芒七世便给佛罗伦萨城的政府写信，命令全城寻找米开朗琪罗，并且还补充了一点：如果米开朗琪罗愿意继续修建梅迪契家族的陵寝，那么他将受到他应有的待遇。
1531年4月29日，塞巴斯蒂安·德·皮翁博在写给米开朗琪罗的信中这样说到。
根据克蒂维的记述，直到1530年12月11日，教皇才恢复了米开朗琪罗的月俸。
于是，米开朗琪罗从他的隐避所走了出来，重新担负起他那曾经遭人反对的荣耀的工作。可怜的天才还不止于此，他还同意为一个人--曾替教皇干过各种坏事的工具、杀害其好友帕蒂斯坦·德·巴拉的刽子手巴乔·华洛利，雕刻《拈手搭箭的阿波罗》。不久之后，他竟然否认那些被放逐的人是他的朋友。像他这样伟大的人物，被一个可悲的弱点逼得不得不卑怯的在物质力量的暴虐淫威下低下他那高贵的头，只为保全自己追求艺术的梦，不然它就会被任意扼杀！他把自己的晚年全部用在了使徒彼得建造一座超凡脱俗的纪念碑上，这是不无缘由的。他同彼得一样，当听到雄鸡啼唱时不止一次痛哭流涕。
被逼着说谎，被迫奉承华洛利，被迫对乌尔班公爵大加歌颂。为此，米开朗琪罗感到痛苦不堪、羞愧难当。他只好把心思全都放在工作上，把一切虚无狂乱统统发泄其中。事实上，他并非为梅迪契家族雕刻，而是在雕刻自己的绝望。当别人指出他所雕刻的朱丽安诺和罗内·德·梅迪契不像时，他巧妙地回答：“待千年之后，谁又能分辨出像与不像呢？”他将其中一个雕成“行动”，另一个雕作“思想”，基座上的那些雕像则是在诠释这两尊雕像--《昼》与《夜》，《晨》与《暮》，--它们似乎道出了人世间的痛楚以及对现世的厌恶。这些象征着人类痛苦的不朽之作完成于1531年。这是绝妙的嘲讽！但任何人都看不出来。当乔凡尼·施特洛看到这尊雕像--可怕的《夜》时，曾写下这样的诗句：
“《夜》，因你的目光而妩媚地睡着的《夜》，是一位天使在这块岩石上雕刻而成的；正因为它熟睡着，所以它活着。假如你怀疑，请将她唤醒，她将同你说说话。”
对此，米开朗琪罗回答道：
“对我来说，睡眠是甜美的。而能够成为顽石是难能可贵的，只要罪恶与耻辱还在无休止地进行着。眼不见耳不闻对我来说是一大幸福。因此，请不要叫醒我，啊！请轻声说话！”
出自米开朗琪罗《诗集》卷109，第16，17。
而在另一首诗中，他又这样呼喊道：
“人们睡在天空中，因为只有一个人才能占有许多人的好的东西！”
被奴役的佛罗伦萨城同他痛苦的呻吟相呼应：
米开朗琪罗想象与佛罗伦萨及其流亡者进行对话。
“您神圣的思想，请不要被扰乱迷茫。以为已把您从我这儿夺走的那个人，注定享受不到大罪大恶的乐趣，因为他时刻感到惴惴不安，会异常恐惧。对于恋人们来说，细微的欢乐都会令他们感到完满的快乐，因为它浇灭了欲念，只有苦难才会因希望过大而使欲念增强。”
出自米开朗琪罗《诗集》卷109，第48。
罗马的遭劫、佛罗伦萨的陷落对人们心灵造成的影响是不容忽视的：理智的破产与崩溃。许多人的精神都因此而堕入到哀苦的深渊之中，一蹶不振。
塞巴斯蒂安·德·皮翁博则加入了一个及时行乐的怀疑主义者的行列之中：
“我竟会走到这步田地，即使宇宙塌陷，我似乎都毫不介意，因为我嘲笑所有的事物……我认为自己已经不再是罗马遭劫前的那个巴斯蒂阿诺，我再也不能还原我自己了。”
此时的米开朗琪罗甚至想到自杀：
“如果自杀被允许的话，那么，对于一个心怀信仰但却过着奴隶般悲惨生活的人来说，我认为他是最应该给予这种权利的。”
出自米开朗琪罗《诗集》卷38。
米开朗琪罗的精神出现了极其混乱。终于在1531年6月，他病倒了。克雷蒙七世竭力抚慰他，但也无济于事。他让他的秘书和塞巴斯蒂安·德·皮翁博转告他，不要过度劳作，生活要有节制，更要在轻松的条件下干活，有时间就要出去散散步，不要把自己弄得像个囚犯一样。同年秋天，大家开始担心他的身体，甚至是他的生命。他的一个朋友在写给华洛利的信中说：“现在的米开朗琪罗已经精疲力竭了，他都瘦得不成人型。我最近同布贾尔迪尼以及安德尼尔·米尼说起过：我们一致认为，假如我们不认真地关怀、关心他，他将活不了多久。他干了太多的活儿，吃的却又少又差，而且睡眠严重不足。一年来，他整日忍受着头疼、心口疼的折磨。”--教皇克雷蒙七世真的担心起来。1531年11月21日，他下达指令，除了尤利乌斯二世陵寝和梅迪契家族陵墓，禁止米开朗琪罗做任何别的工作，否则开除他的教籍。这样做只是为了能够照顾他的身体，“使他能继续活下去，以便能更久地为罗马、为他的家庭、为他自己增光添彩”。
克雷蒙七世保护着他，使他免受华洛利们和阔绰的乞丐们的烦扰，因为这些人总喜欢跑来找他要艺术品，并且要求他替他们创作新的作品。“当有人向你求画时，”教皇派人代笔写信给米开朗琪罗，“你就把画笔系在脚上，随便划上几道，说：‘画画好了。’”当尤利乌斯二世的承继人开始对米开朗琪罗实施恐吓时，教皇克雷蒙七世还常在他们之间充当说客。1532年，乌尔班公爵的代表们和米开朗琪罗就陵墓事宜签订了第四份契约：米开朗琪罗答应另外再造一座新的小陵墓，计划在三年内完工，所有费用都由米开朗琪罗承担，并再付两千杜卡托，作为偿还他以前从尤利乌斯二世及其继承者那儿得到的一切。“只要在作品中使人感受到你的一些气息就可以了。”塞巴斯蒂安·德·皮翁博在信中对米开朗琪罗说。多么可悲的条件啊！米开朗琪罗签下的是他一项伟大计划的破产，为此，他还要付一大笔钱！年复一年，米开朗琪罗的每一件绝望之作，都是他生命的破产，是他“人生”的破产。
1532年3月15日，皮翁博写信给米开朗琪罗，说：“要不是教皇给你当挡箭牌，那些像毒蛇一样的人还不跳起来把你吞掉。”
此时，为陵墓修建的雕像中，只有后来立在梵柯利圣彼得堡大教堂的六座还没有完成，包括：《摩西》《胜利》《奴隶》和《博力石窟的群像》等。
在尤利乌斯二世陵寝的计划失败之后，修建梅迪契家族陵墓的计划也泡汤了。1534年9月25日，教皇克雷蒙七世逝世了。幸运的是，当时的米开朗琪罗并不在佛罗伦萨。他早就在佛罗伦萨活得胆战心惊了，因为城中的亚历山大·德·梅迪契公爵对他恨之入骨。若不是出于对教皇的尊敬，他早就派人将米开朗琪罗杀掉了。自从米开朗琪罗拒绝建造一座要塞，以控制佛罗伦萨全城，梅迪契公爵对他的仇恨就越演越烈。但对于胆小的米开朗琪罗来说，他的行为却是英勇之举，是他对伟大祖国的爱的表现。此后，米开朗琪罗就做好了迎接来自公爵方面的任何打击；而当克雷蒙七世逝世时，米开朗琪罗之所以能够保住性命，完全出于偶然--他当时不在佛罗伦萨。从此，米开朗琪罗再也没有回到那里去，他也不愿再见到它。修建梅迪契家族的小教堂计划也告吹了，永远无法完成了。我们所了解的所谓梅迪契家族小教堂，与米开朗琪罗最初所梦想的相差甚远，只有一点点相关之处，留给我们的顶多也就是墙壁上装饰的大致构架。米开朗琪罗不仅连雕塑的一半都没有完成，他所设想的绘画也没有完成，而且，后来当他的门徒们竭力要找回和补全他的构想时，连他自己都说不出它们当初的情况。就这样，他放弃了自己的一切工作，甚至把所有东西都忘得一干二净。
有几次，克雷蒙七世不得不在侄子亚历山大面前公然保护米开朗琪罗。皮翁博曾给他讲述了这么一个场景：“教皇说话时，情绪极其激动，充满了愤恨和不满，他的语气很生硬，表情严肃，真是无法形容……”
正因为这样的一座要塞，意味着对佛罗伦塞的奴隶和威胁。
人们不知道应该把雕塑好的作品放在哪，也不清楚他准备在空的壁龛里放哪个雕像。负责完成他未完成的作品的瓦萨里和阿玛纳蒂都曾写信想他咨询，可他也什么都想不起来了。1557年6月，他在回信中写道：“记忆和思想跑到我前面了，它们已经在另一个世界等着我呢。”
1534年9月23日，米开朗琪罗回到了罗马，之后一直呆在那里，直到去世。(7)他已经离开罗马二十一年了。在这段时间里，他创作完成了尤利乌斯二世陵寝的三尊雕像、梅迪契家族陵墓原本没有完成的七尊雕像，以及洛朗教堂的过厅、圣·玛丽·德·密涅瓦教堂的《基督》、和为巴乔·华洛利创作的《阿波罗》。他在艺术与国家之间丧失了健康、精力和信仰。他失去了最爱的一个兄弟(8)，并且失去了他崇敬的父亲(9)。为了缅怀兄弟和父亲，米开朗琪罗写了一首痛心疾首的诗，而这首诗也同他其他的作品一样--没有写完。诗句饱含着痛苦与对死亡的憧憬：
(7)直到1546年3月20日，米开朗琪罗才获得罗马市民的身份。
(8)此处指的是弟弟博纳罗托，1528年死于一场瘟疫。
(9)父亲死于1534年6月。
“上帝把你从我们的苦难中搭救出去了。请可怜可怜我吧，我是如死一般苟活着的人！你因死亡而变成了神明，以后，你再不必担心生存与欲念会有何变化了：(写到这里我怎能不妒忌……)带给我们不切实的欢乐与切实的痛苦的命运与时间，是不敢跨进你们的门槛的。任何云彩都无法遮挡你们的光亮，任何人都无法对你们施暴。必须与偶然也休想左右你们。黑夜扑灭不了你们的光华；即使光亮无比白昼也不会增加光华……由于您的死去，亲爱的父亲，您让我学会了死。死亡，并不像人们所想象的那样坏。对于死去的人来说，这一天是人生的末日，但它在神坛前却是开始之日，永恒之日。在那里，仰仗神的恩惠，我希望且相信能够再见到你，如果我的理智可以将我那冰冷的心从污浊的尘世中拉出来的话，如果能像一切道德那样，如果我的理智使在天上的我们增长父子之情的话。”
(10)出自米开朗琪罗《诗集》卷58。
人世间已经没有丝毫可以牵绊他、留住他的东西了：艺术、雄心、温情，任何的事物都不能使他依恋。他年已六十，人生的道路即将走完。他孤苦伶仃，对于自己的作品，他抱有怀疑之心。他怀念死亡，渴望最终能躲避“生存与欲念的变化”，“逃脱时间的暴力”，挣脱“必须与偶然”的专制。
“唉！唉！我那飞逝般的日子将我背叛了……因为我太过于期待……随着时间的流逝，我已垂垂老矣。我无力再与身边的死神们共同忏悔，我开始反省……我枉然地哭泣：任何不幸都无法同你失去的时间相比拟……
“唉！唉！回首往事，我没找到哪怕是一天真正属于我的！有的都是虚假的希望与徒劳的欲念。此刻我承认，我被它们羁绊住了。我哭、爱、激动、叹息--因为没有一种致命的情感是我所不了解的，而我却远离了真理……
“唉！唉！我想走出去，但不知去往何方；而且我害怕……假如我没有搞错的话，--(噢！愿上帝指引我出错吧！)--我看见了，主啊，我看见自己因为认识了善而又做了恶所受到的永恒的惩罚。现在的我只剩下期盼了……”(《诗集》49）