米开朗琪罗曾提到：“在这片土地上，只有维多利亚的高贵品德才能激起、感染人们的品德，除了她，没有人能够像她那样带给人鼓舞。”
还有一首则更加温柔，诗中赞扬了爱的伟大，它甚至能战胜死亡：
“当这个屡次将我从悲叹中拯救出来的女子在我面前悄然离世时，曾认为我们能与之相提并论的大自然也感到羞愧，也为此情此景而哭泣。但是死神，请你不要吹嘘自己的能力，因为即使你熄灭了众太阳中的一个太阳，其他太阳还会衍生出新的！爱情是伟大的，它获得了胜利，从而使她在天上，在圣人之间复活。令人厌恶的死神以为将她崇高的德行掩饰住了，把她美丽的灵魂磨灭掉了。但她的诗文所表达的正相反。它们赋予她更多的生命，使她比生前更加光彩照人，而在死后，她征服了她未曾征服的天国。”
在这段严肃而宁静的友谊里，米开朗琪罗完成了他最后大作的绘画与雕刻：《最后的审判》、波利内教堂的壁画，以及那个耗时较长的尤利乌斯二世陵寝。
1534年，米开朗琪罗离开了佛罗伦萨，来到罗马安家。然而，当时的米开朗琪罗认为，克雷蒙七世已经去世，自己便可以从其他的工作中摆脱出来，能够安安静静地搞完尤利乌斯二世的陵寝，如此一来，他也可以卸掉心头的重负，使内心得到宽恕。但是，他刚一到罗马，就被他的新主人牵绊住了。
“保罗三世召见他，示意要他为自己效劳……但米开朗琪罗拒绝了，解释说自己不能这样做。因为他跟乌尔班公爵签约在先，而且在这段时间内要服从乌尔班的安排，先完成尤利乌斯二世的陵寝。然而教皇为之大怒，说道：‘三十年来，我始终抱有这个愿望，而我现在已经是教皇了，难道连这样的愿望都不能满足吗？我要把你的那张契约撕得粉碎，无论如何，我都要你为我效劳。”
根据万塞里耳的记述。
为此，米开朗琪罗决定再次逃跑。
“他很想躲到热那亚附近的一座修道院里去，因为那里的阿莱里亚主教是他的朋友，也是尤利乌斯二世的朋友。那里距离卡拉雷很近，他可以在那儿安心地完成自己的作品。有时，米开朗琪罗也想到乌尔班那边去过隐居的生活，毕竟那儿有安静祥和的环境，他也希望当地人会因为缅怀尤利乌斯二世间接地善待他。于是，米开朗琪罗派了一个人先去查看情况，替他买了一幢房子。
但是，就在下决心的时候，米开朗琪罗又开始动摇了。他像往常一样，勇气全无，担心自己这样做的后果。他幻想着自己可以通过某种妥协的方式脱身，但这却是永远无法实现的幻想。这一次他又被套牢了，继续拖着沉重的负担，直到生命结束。
1535年9月1日，保罗三世下达了一道敕令，委任米开朗琪罗做圣保罗大教堂的总建筑师、雕刻师和绘画师。其实在同年4月份，他就接受了创作《最后的审判》的工作，而且在1536年4月到1541年11月这段时间里，也就是维多丽亚·科洛娜留在罗马时，他全身心地投入到这项创作上。在完成这项巨大的工程过程中，大约是1539年期间，一天，米开朗琪罗曾从脚手架上摔了下来，腿部严重受伤。“被疼痛折磨的米开朗琪罗性情十分暴躁，他不愿接受任何医生的诊治。”(据万塞里耳记述)因为他讨厌医生，当他得知自己的某一位家人冒昧地请医生救治时，他在他的信中表达了-种可笑的惶恐。
“幸运的是，在他摔下来之后，他的一位朋友，佛罗伦萨非常有头脑的医生巴乔·隆蒂尼--与他关系甚笃，十分同情、可怜他--有一天到他家拜访。敲了一阵门，无人应声，他便径直上楼，一个房间一个房间地找。当躺在床上的米开朗琪罗看见他时，很不高兴。但巴乔并没有马上离开，而是一直为他治疗，痊愈后才离去。”(据万塞里耳记述)
“正如尤利乌斯二世那样，保罗三世教皇经常在礼仪长比阿奇奥·德·切塞纳的陪同下前来欣赏米开朗琪罗的画，边看边征询他对作品的意见。”万塞里耳记述道：“一天，保罗三世问切塞纳对作品有什么看法。切塞纳是个非常迂腐的人，他声称在如此庄严的地方画那么多猥亵的裸体是大不敬。另外，他还补充一点：像这类画只配装饰浴室、休息室或者旅店。对此米开朗琪罗只能克制自己的愤怒，等切塞纳离开之后，就凭借自己的记忆把这个令人厌恶的家伙画到画中，把他画成判官米诺斯的样子，永远深陷地狱之中，与一群鬼怪为伴，被毒蛇缠住腿。
后来，切塞纳跑到保罗三世的面前抱怨、诉苦。而保罗三世却打趣他说：‘如果米开朗琪罗把你放进了炼狱里，我还能想想办法救救你，可惜他把你放进了地狱里，我是爱莫能助了：一旦进入地狱，就永远无法挽救。’”
其实，认为米开朗琪罗的画有伤大雅的人，并不只有切塞纳一个。整个意大利正在提倡世风贞节活动。当时，距离韦罗内塞因为一部被认定是有伤风雅的《西门家的基督的最后晚餐》而被送上宗教裁判所的时间已经不远了。许多人在看到《最后的审判》时，都大叫有伤大雅，其中叫喊得最凶的就是阿雷蒂诺。这位淫秽大师竭力想给贞洁的米开朗琪罗上上课，于是他给米开朗琪罗写了一封极其无耻的答尔丢夫式的信。他痛斥米开朗琪罗所表现的都是些“连妓女看了都要脸红的东西”，而且还向刚成立的宗教裁判所密报，说开朗琪罗的不虔诚。阿雷蒂诺说：“如此亵渎他人的信仰要比他自己不信教更加罪孽深重”。阿雷蒂诺向教皇发出请求，希望教皇下令把壁画毁掉。在指控米开朗琪罗是路德派的残余时，他还卑鄙地诽谤米开朗琪罗道德败坏，而且，为了将米开朗琪罗于死地，他诬陷米开朗琪罗偷了尤利乌斯二世的钱。这封卑鄙无耻的信将米开朗琪罗心灵中最深刻的东西--虔诚、友谊、荣誉感--统统玷辱殆尽。
面对这封信，米开朗琪罗不禁报以轻蔑的一笑，可是也不禁愤懑痛哭，但他并不想给以任何回击。想必他想到了自己在提到某些敌人时，用一种不屑的神情说过的：“这些人不值得给以还击，因为战胜他们是毫无意义的。”而且，当阿雷蒂诺和切塞纳对《最后的审判》的看法日益占据上风时，米开朗琪罗没有任何反应，也没有做任何事情加以阻止。当他的作品被当作“路德派的垃圾”时，他什么也没说。当教皇下令卸下他的壁画时，他依旧一声不吭。当达尼安·德·沃尔泰尔接到教皇的命令，为他的那些英雄“穿裤子”时，他还是什么都没说。当教皇讯问他的意见时，他毫不动气，表现得十分平静但话语中却带有讥讽和怜惜，他说：“禀告教皇，这只是一桩小事，很容易整顿的。但愿教皇也能把世界整顿一下：整顿一幅画又能费多大事。”他很清楚自己是在怎样热烈的信念下，在与科洛娜的宗教话题中，在她那颗圣洁的灵魂的庇护下，完成这件作品的。而要捍卫这些寄托着自己英雄思想的贞洁的裸体雕塑，要抗御那些伪君子、灵魂卑劣的人提出的肮脏猜测、影射，他就会感到羞惭。
在完成了西斯廷的壁画时，米开朗琪罗原以为自己终于有权建造完尤利乌斯二世的陵寝了。但贪婪的教皇却要让这位年事已高（七十高龄）的老人接着绘制波利内教堂的壁画。这使得米开朗琪罗差一点儿就没能完成放在尤利乌斯二世陵寝的几尊雕像，那是用来装饰小教堂的。值得庆幸的是，他可以同尤利乌斯二世的继承人签订第五份，也是最后一份合约了。根据此合约，他要将已完成的雕像交给对方，并雇了两名雕塑家来借助他完成陵寝的收尾工作。这样一来，米开朗琪罗便永远摆脱了其他一切责任了。
然而，他的苦难并没有真正结束。尤利乌斯二世的继承人始终逼他偿还他们所认为的那笔之前支付给他的费用。教皇则命人通知他不要去想这些事情，专心搞他的波利内教堂的壁画。米开朗琪罗则回答说：
“可是，我们毕竟是用脑子去画，而不是用手。对自己的问题不闻不问的人是不知荣辱的，所以只要我心里有事，我就找不到丝毫灵感或好的东西……我的一生曾与这个寝陵紧密相连；然后我浪费掉自己的青春来到利奥十世和克雷蒙七世面前，为自己辩白；最终我还是被自己那份过于认真的良心给击败了。一切都是命中注定的！我看见很多人每年都能赚到两三千埃居；而我呢，无论怎样玩命干，最终还是受穷。有时甚至会被人当作窃贼！在人们面前--我不说是在神的面前--我自认自己是个诚实的人，从未欺骗过谁……而且我不是窃贼，在佛罗伦萨，我是一个有产者，出身高贵，是一位体面之人的儿子……然而当我不得不同这帮混蛋斗争时，我最终变成了疯子！”
为了赔偿他的对手们，他亲手做了《积极的生命》和《凝思的生命》，这是合约上所没有的。
1545年1月，尤利乌斯二世的陵寝终于在温科利的圣彼得大教堂落成。最初的美好计划中剩下了什么？只有《摩西》了，当初它只是个局部映衬，现在变成了中心。这是一幅伟大计划的讽刺画！
结束了，所有的负担都结束了。米开朗琪罗终于从一生的噩梦中摆脱出来了。
二、信仰
在维多丽亚·科洛娜去世后，米开朗琪罗原计划要回到佛罗伦萨，以便“让自己的老骨头歇息在父亲身边”。但是，在他在为几位教皇尽心尽力地劳作之后，他倒要把自己余下的时光奉献给上帝。也许他这一想法是受了那位女友的影响，也许他是想了却自己最后一个心愿。1547年1月1日，维多丽亚·科洛娜死后的一个月，保罗三世的下令委任米开朗琪罗为圣彼得大教堂的总建筑师，受命全权修造这座建筑物。接受这项任务并非毫无难色，而且也不是因为教皇的一再坚持才是他决定用自己七十高龄老人的肩膀，担起这份从未接受过的最重的重担。他反而认为这是他应尽的义务，属于神的使命：
“很多人都认为--而且我也认为--是上帝将我安置在这个职位上的。”他这样写道，“无论我多么衰老，我都不愿放弃它，因为我是出于对上帝的爱而甘愿服务一辈子，现在我将全部希望都寄托在上帝的身上了。”
1557年7月7日，米开朗琪罗写给侄子的信。
为了这项神圣的使命，米开朗琪罗拒绝任何报酬。
在这件事上，他曾多次与敌人交手，正如万塞里耳所说的，敌人就像“桑迦罗派”，以及所有的管理人员、供货商、工程承包商等。米开朗琪罗将他们营私舞弊的丑闻揭示出来，但桑迦罗却视而不见，不闻不问。万塞里耳说：“多亏了米开朗琪罗，是他将圣彼罗从窃贼与强盗的手中救了出来。”
这些敌人联合起来反对米开朗琪罗，他们的领导是一个厚颜无耻的建筑师巴乔·比奇奥。万塞里耳曾指斥比奇奥偷了米开朗琪罗的财物，并伺机要取而代之。但也有一部分人散布谣言，说米开朗琪罗根本不懂建筑，完全是在浪费钱，他就是在毁坏前人的作品，甚至连圣彼得大教堂行政委员的人也都反对米开朗琪罗。就在1551年，在教皇的住持下，他们搞了一次慎重的调查。在萨尔维亚蒂和切尔维尼两位红衣主教的支持下，监工和工人们都跑来指证米开朗琪罗。而米开朗琪罗对此却不愿做任何申辩：他拒绝所有为自己的辩论。他对切尔维尼红衣主教说：“我没有必要将自己应该做或想要做的事告诉您，或者其他人。您的任务就是监督财政支出，剩下的事情只和我有关。”米开朗琪罗想来都是这样骄傲难缠，从不肯告诉别人自己有什么计划。对于他身边一味抱怨的工人，他回答道：“你们的任务是抹灰，凿石，锯木，把自己的事情干好，执行我的命令就可以了。至于你们想知道我的脑子里想了什么，你们是永远都不会知道的，因为这有损于我的尊严。”
幸好有教皇们对他的恩宠，为他挡住了那些由他自己激起的仇恨，否则他别想有一刻的安生，因此，就在尤利乌斯三世去世，切尔维尼成为教皇时，米开朗琪罗决定要离开罗马。但是马尔赛鲁斯二世登上教皇宝座后不久，便逝世了，保罗四世承继教皇之位。米开朗琪罗重新获得了新教皇的庇护，得以继续奋斗。在他看来，放弃这个创作，是一件丢人的事情，灵魂都将得不到救赎。
“我是情不自禁地承担这项任务的，”他说，“八年来，我陷身于各种烦恼与疲惫之中，徒劳地消耗着自己的精力。现在，工程已经有了一定的进展，都可以造圆顶了。如果我这个时候离开罗马，会使作品功亏一篑。对我而言，这是莫大的耻辱，而且，对我的灵魂来说，也是一种罪孽。”
出自1555年5月11日写给侄子里昂那多的信。
那些敌人们丝毫没有退让的意思，在一段时间内，斗争带上了一种悲剧的特色。1563年，在修建圣彼得大教堂的过程中，米开朗琪罗最忠实的助手比尔·吕伊吉·加埃塔被人诬告盗窃，送进了监狱；而这项工程的总管切萨尔·德·卡斯泰尔迪朗特也被人刺杀了。米开朗琪罗为了报复这些敌人，便任命加埃塔接替切萨尔的工作。但行政委员会的人却强行将加埃塔赶走了，反而任命米开朗琪罗的敌人兰尼·迪·巴乔·比奇奥为他的助手。米开朗琪罗勃然大怒，不再去圣彼得大教堂查看工程进度了。于是，一时间人们议论纷纷，都说他被解雇了，而且行政委员会还委派兰尼接替他。接到命令的兰尼立即以主宰自居，他想通过各种方法让这个被重病缠身的八十八岁的老人感到心灰意冷。但兰尼并不了解这个对手的真正实力。米开朗琪罗当下就去见教皇，他威胁说，如果教皇不还他公道，那么他只能离开罗马了。他坚持重新调查，用事实证明兰尼的无能和他所编造的撒谎，然后将他赶走。这是1563年9月，米开朗琪罗去世前四个月的事情。由此可见，直到他走到人生的最后一刻，都无法摆脱同嫉妒与仇恨的斗争。
就在米开朗琪罗去世后的第二天，兰尼就恳求科斯梅大公，希望能继任米开朗琪罗在圣彼得教堂的职位。
我们无需为他抱不平。米开朗琪罗是一个善于自我保护的人，即使在临终时，他也能凭借自己的力量--如他以前对弟弟乔凡·西莫内所说的那样--“将这帮畜生打得落花流水”。
除了圣彼得大教堂这件大作之外，其他的建筑项目也都占满了他的晚年时光，诸如朱庇特神殿、圣玛丽亚·德利·安吉利教堂、佛罗伦萨的圣洛朗教堂的楼梯、皮亚门，以及像其他计划一样流产了的大计划--圣乔凡尼教堂。