毛泽东缓缓地讲完了“开场白”，紧接着话锋一转，直截了当地提出了中国共产党目前存在的严重问题：学风、党风、文风都还有些不正的地方。并形象生动地指出，这些不正之风，是一股逆风，一股歪风，一股从防空洞里跑出来的风。他明确指出，我们整风的任务就是反对主观主义以整顿学风，反对宗派主义以整顿党风，反对党八股以整顿文风。马文瑞认真地听着，觉得既新鲜，又切准了要害，把自己心中多年来一直疑惑不清的一些问题，从理论上点破了。他这才明白，中国革命所遭受的巨大损失，何以会来自党内错误路线和错误主张。心想，从今天开始，这些错误的东西就要在全党着手清除了，革命的征途上又要搬掉许多拦路虎，心中便像即将卸掉沉重包袱一样的轻松。
毛泽东分析主观主义的学风，说有两种类型的人，使马文瑞产生了强烈共鸣：一方面是不注重实际的空头理论家，一方面是误用经验偏于感性和局部知识的实际家。下面的两段精辟的论述，被马文瑞认真准确地记录在自己的笔记本上：
“……我们党内的主观主义有两种：一种是教条主义，一种是经验主义。他们都是只看到片面，没有看到全面。如果不注意，如果不知道这种片面性的缺点，并且力求改正，那就容易走上错误的道路。
“但是在这两种主观主义中，现在在我们党内还是教条主义更为危险。因为教条主义容易装出马克思主义的面孔，吓唬工农干部，把他们俘虏起来，充作自己的用人，而工农干部不易识破他们；也可以吓唬天真烂漫的青年，把他们充当俘虏。我们如果把教条主义克服了，就可以使有书本知识的干部，愿意和有经验的干部相结合，愿意从事实际事物的研究，可以产生许多理论和经验结合的良好的工作者，可以产生一些真正的理论家。我们如果把教条主义克服了，就可以使有经验的同志得着良好的先生，使他们的经验上升成为理论，而避免经验主义的错误。”马文瑞一边听，一边认真做笔记，同时联想着自己的工作和思想实际，联系着自己周围的人们和西北革命斗争的历史实践，觉得毛泽东的话，具有着真理的普遍性，觉得教条主义的歪风，在过去多年，不是个别人、个别现象，而是大量地存在着，甚至在每个有一定文化程度、有阅读能力的人身上存在着，觉得以往工作中，许多地方正是吃了教条主义的大亏。
毛泽东的报告，有观点，有事实，有分析，也有解决问题的方法，真像是一位吃透了病人病情的高明医生，不仅能够述说症状、分析病理，还指出了医治的方法，令人心悦诚服。譬如讲到防止宗派主义倾向时，毛泽东说：“以上所讲的局部和全体的关系，个人和党的关系，外来干部和本地干部的关系，军队干部和地方干部的关系，军队和军队、地方和地方，这一工作部门和那一工作部门之间的关系，老干部和新干部的关系，都是党内的相互关系。在这种种方面，都应该提高共产主义精神，防止宗派主义倾向，使我们的党达到队伍整齐、步调一致的目的，以利战斗。”这其中所讲到的种种关系，对于长期担任地委书记的马文瑞来讲，是深有体会的。在陇东工作期间，他处理这些关系时，只是考虑了顾全大局的问题，譬如在处理军队干部与地方干部关系时，只是注意严格要求地方干部，而没有同自己已是有所觉察的宗派主义倾向作斗争，结果使得宗派主义倾向曾经一度在个别同志思想上有所抬头，影响到了党、政、军之间的团结。贺龙有一次批评他说：“文瑞同志，你的肚量太大了，怎么能允许他们那么做呢？
”这时，他才意识到，贺龙所批评的，正是自己对宗派主义的危害认识不够，只考虑维护军政团结，从而忽略了必要的批评和斗争，姑息迁就了宗派主义。
“最后，我们反对主观主义、宗派主义、党八股，有两条宗旨是必须注意的：第一是惩前毖后，第二是治病救人。”在热烈的掌声中，毛泽东结束了他的报告。这时已是中午时分，和暖的阳光照在院子的树上，照着树下拴着的那匹安详的白马。人们拥出礼堂，目送着毛泽东骑马涉过延河。人们感到身上暖洋洋的，意识到延安的春天又一次降临了。
4月3日，中共中央宣传部作出《关于在延安讨论中央决定及毛泽东整顿三风报告的决定》，其中指出开展整风，是“党在思想上的革命”。
要求各部门各单位进行深入的讨论、研究，在讨论中每个人都要深思熟虑，反省自己的工作和思想，反省自己的全部历史。要求大家联系实际开展批评与自我批评。
马文瑞回忆当年在中央党校听毛泽东报告后的情形说：“紧接着每人发了两厚本子书，名为《六大以来》。一本是正确的东西，其中包括二十二个文件，另一本是错误的东西。这两本文件汇编，集中反映了毛泽东的正确路线和王明机会主义错误路线的实质及其分歧和斗争。一直到1945年七大召开之前，整风学习才告结束。”党内历史上着名的“西北高干会议”是陕甘宁边区整风运动中的一件大事，也是西北地区革命历史上具有重要意义的一次会议。会议从1942年10月19日至1943年1月14日在延安召开。参加者有陕甘宁边区各级党、政、军、民、学负责干部共二百六十六人，旁听者二百零九人。朱德、刘少奇、任弼时、陈云、彭真等中共中央负责人也出席了会议。会期之长、参加人数之多、范围之广、规格之高，在西北革命史上都是空前的。马文瑞自始至终参加了会议，且就西北革命历史中有争议的问题，作了发言。
这次会议，实际上是西北局开展整风运动的一个特殊形式。西北局作为中共中央所在地陕甘宁边区和西北地区党的领导机关，主持了这次会议。了解西北革命斗争史的人都知道，西北党的组织过去受王明“左”倾路线的影响比较大，曾犯过“冒险主义”、“肃反扩大化”、“闹独立性”等错误，加之对一些历史问题存在着意见分歧，中高级干部中团结方面还存在着问题。有的对个别领导人有看法，有的对个别人有意见，争论到最后甚至有人钻牛角尖，对刘志丹、谢子长包括高岗的排列顺序上都有不同的看法。总之，团结问题显得尤为突出。这引起了毛泽东、党中央的关注。西北局的整风关系重大，西北局高级干部思想认识的统一也关系重大。会议开始，中共中央西北局书记高岗宣布这次会议的任务是：
“整党、整军、整政、整民、整关系、整财、整学。”毛泽东在会议开幕和闭幕时亲临会议并讲了话。根据毛泽东讲话的精神，朱德、刘少奇、任弼时、陈云、彭真等中央领导人也分别讲了话。任弼时几乎从始至终参加了会议。
马文瑞作为西北地方革命活动早期的负责人之一，对历史问题是有发言权的。但在会议开始争论的相当一段时间内，他保持着沉默。他认真倾听每个人的发言，回顾思考着历史。他采取尊重历史、实事求是的态度，从自己所亲历过的历史事实出发，判断着是非曲直。起初，有人对他的沉默不大理解，甚至以为他是害怕得罪人故意保持中立。会前有人对他说：“文瑞同志，对于陕北历史，你是最有发言权的人，应该说句公道话呀！”马文瑞笑着说：“你不用着急，该我说话时，我自然会说的。”果然这天会议一开始，马文瑞首先发了言。后来许多参加过会议的人回忆说：“当时，那么多人都讲了，对某些问题各执一词，争论不休。大家听了马文瑞同志的发言，争论的火气便降下来了。他讲得客观中肯、旗帜鲜明、言之有据，批评很注意事实和分寸。”马文瑞在发言中，概括回顾了陕北党和武装斗争创建、发展的历史，肯定了第二次国内革命战争时期陕北、陕甘边的土地革命斗争，批判了党内少数同志在王明“左”倾冒险主义影响下所犯的错误，对地方工作中的官僚主义、军队工作中的军阀主义倾向也作了批评和自我批评。他的这个发言，对西北革命历史上的是非观点同会议最后的总结报告《陕甘宁边区历史问题检讨》的总体精神是吻合的。他的长篇发言不回避矛盾，尽量不带个人的感情色彩，注重摆事实讲道理，以理服人，争论的双方显然都能接受。甚至在刘志丹、谢子长这两位西北革命领袖的排列顺序上他都讲了自己的意见，认为还是以“刘、谢”称谓较为合适。他的一些意见，被吸收到会议最后的总结报告中。马文瑞至今认为：“那个报告，虽是由高岗代表西北局作的，但会后经由胡乔木、贾拓夫整理，又经过一些同志反复讨论修改定下来，是基本正确的。”时过半个多世纪以后，马文瑞如是说：“延安整风在我党历史上具有十分重要的意义，是一次发动全党，特别是党的高级干部广泛而深入的马克思主义的学习运动。通过联系实际的学习，提高了干部思想觉悟和理论水平，提高了识别真假马克思主义的能力，弄清了党的路线问题，清算了王明机会主义路线，肃清了它在思想上、政治上的消极影响。总之，澄清了是非，统一了思想，增强了团结，特别是达到了党内领导层思想的高度统一。今天回顾起来，延安整风这一十分重要的历史经验，仍然具有现实指导意义。”中国有一句生动而富有哲理意味的俗语：“经是好经，可惜被歪嘴和尚念歪了。”这里要讲的一位“歪嘴和尚”，可不是普通人，而是1943年时便担任着屮共中央政治局委员、中央社会部部长的康生。
1937年初冬的一天，延安城上空传来嗡嗡的飞机声。城外东关简易的飞机场上，聚满了人群。延安各界人士，各方面的领导同志，连同毛泽东、张闻天、周恩来、朱德、博古、张国焘等中共中央以及陕甘宁边区党政领导人，也多聚集于此，等候飞机降落。连自动前来看热闹的老百姓也由那前所未有的隆重欢迎的阵势看出，有一位了不起的大人物将自天而降。
飞机将要落下来了，地面上人们看得清飞机上的外文字码了。忽然，它又升入高空，像是故意炫耀似的，在延安城上空盘旋了好一阵子，才降落下来，使人感到有一种“千呼万唤始出来”的感觉。飞机终于在散发着黄土气息的跑道上停住，机舱门打开，走出一个年轻人，他身材矮小，腰板挺得笔直，穿一套藏青色西服，脚上的高腰皮鞋擦得油黑锃亮。那一身行头，加之气宇轩昂的派头，往飞机滑梯上那么一站，真正像尊“天使”一样神气。然而这个名叫王明的人，却并非是我们要讲的那位“歪嘴和尚”。紧随中共中央驻共产国际代表团团长王明从天而降的，还有一个人，是戴着一副深度近视眼镜、神情显得有些阴沉的康生。
康生原名张少卿，山东诸城人。1924年，他手持青岛德国天主教会开办的礼贤中学的毕业文凭，考入上海大学社会科学系，更名赵容，或称赵云。三年后，他开始从事中共地下活动。在1931年1月的中共中央六届四中全会上，由于共产国际东方部负责人米夫的支持，刚从苏联留学回国的王明一跃而当上了中共中央政治局委员。作为大会记录人的康生很快得到王明的信任，会后成了中共中央组织部部长，成为王明眼中的红人。
同年10月，王明去了苏联。一年后，康生也来到莫斯科，被王明提升为驻共产国际的中共代表团副团长，协助王明遥控国内的中共中央。在王明的错误指导下，中央革命根据地第五次反“围剿”斗争失败，使根据地丧失，几十万红军蒙受惨重伤亡，党的白区工作几乎全部损失。但康生却多次提出拥护王明任党的总书记，甚至还肉麻地叫喊：“王明同志万岁！”苏联肃反期间，王明、康生照搬苏联的“经验”，成立了“王康办公室”，罗织罪名，把一大批在苏联学习的中共党员打成反革命，许多人被判刑流放，惨遭杀害。
康生随王明一回到延安，便在十天后召开的中共中央政治局会议上，经王明竭力举荐，摇身一变，成为中共中央书记处书记之一，从此成了延安显赫一时的人物。康生出于感恩，到处颂扬王明那本《为中共更加布尔什维克化而斗争》的小册子。不料，整风运动开始后，王明受到毛泽东、党中央的严厉批判，并发动全党清算他的教条主义和“左”倾路线错误，曾经不可一世的王明从此一蹶不振。康生很快转变，把过去的错误一股脑儿推到王明身上，他自己俨然是一位一贯反对王明教条主义的“英雄”，蒙骗了许多人，于是又像不倒翁一样，平步青云，担任了指导整风运动的中央总学习委员会副主任（主任毛泽东）兼中央直属机关总学习委员会主任。
恰在这时，据可靠情报，国民党特务潜入边区。针对革命队伍成分不纯的问题，毛泽东提议搞审干反奸。在马文墙看来，这项工作本来是应该做的，但当时具体负责这项工作的康生，把这部“金刚经”念歪了。马文瑞目睹了这一过程：1942年12月6日，康生在西北高干会上声色俱厉地做《反奸细斗争的报告》时说：“……审干的重点对象应该是青年，首先是外来的青年。”他没有想到，陕甘宁边区，特别是延安当时有成千上万由国统区来的进步青年，把这样一个广大的人群定为审干的“重点对象”，会造成怎样的后果。
康生还进一步指出，国民党特务“渗入到了边区各个部门，各种工作岗位，可见他们的活动是深而广的”。这就意味着：“审干”的领域还不仅仅局限于从国统区进入边区的青年，而包括整个陕甘宁边区的“各个部门”、“各种工作岗位”。
他最后还声嘶力竭地喊出一个很古怪的口号：“抢救失足者！”于是毛泽东提出的“审干反奸”，就一下子变成了“抢救失足者的运动”。
马文瑞回忆当时情形说：“到处搞逼、供、信，把延安许多青年学生、地下党干部和知识分子出身的党员，都搞成了失足者，把陕西、甘肃、河南、四川等省的地下党组织都打成了红旗党（红皮白辄子搞残酷斗争无情打击，采用轮番谈话的车轮战术，进行审问，使得许多人被迫招供，人为地制造了冤假错案。”经过一番紧锣密鼓的“抢救”和“坦白”，仅延属地区各县就挖出“国民党特务”两千四百六十三人。军委三局有一所电讯学校总共二百多人，就挖出“特务”一百七十人。中央秘书处六十余人，也挖出来十多个“特务”。西北公学五百多人，只有二十人没有被“抢救”，百分之九十六是“特务”，连一些中小学生也被卷入了“抢救运动”。《解放日报》报道：“绥师已有一百六十余人觉悟改悔，在大会上自动坦白者二百八十余人，被揭发者一百九十余人。”有一个十四岁的小女孩叫刘锦梅，走上讲台，只比桌子髙一点，坦白她参加了“复兴社”。十六岁的小青年马逢承，手里提着一大包石头，坦白他是“石头队”的负责人，说那包石头是他在特务组织指使下，阴谋杀人的武器。绥师的控诉会一直开了九天，在这些十几岁的学生中，最后竟挖出了二百三十个“特务”，占该校总人数的百分之七十三。
那个叫马逢承的绥师学生，是马文瑞的一个远房侄子。这个人被逼得没法，只得满嘴胡说，叫承认什么，就承认什么。结果还说他“坦白”得好，到处开大会叫他作所谓“坦白报告”，由绥德一直讲到延安。马文瑞以后见到他问你到底是不是特务？”他说：“唉呀好四叔哩，逼得我没办法嘛，不承认不行。”“那你怎么还编出个石头队？到底咋回事？”马逢承手挠着头皮不好意思地说：“编造不圆，人家不依嘛，只好满嘴胡编。”马文瑞听得哭笑不得。
孙铭因为是第一批由国统区到延安的学生，自然也在“抢救”之列。她连续几天几夜被关在一间屋子里“自查”、“谈话”，不许回家，不许休息，几乎被逼出精神病来。马文瑞只能保持沉默。突然，延安发来电报，说统战部长孙作宾是甘肃“红旗党”头子，命令立即派人捆送延安。马文瑞没有照办，他想用不予理睬的办法抵制。不料，只过了几天，就又连收三封电报，急令送人。地委经过讨论，无奈只好照办。孙作宾的爱人正在怀孕，电令一并送来延安。马文瑞回电说明情况，并对即将分娩的孕妇安排照顾周详。等孩子出生后，才派人将她送去延安。她至今感激不尽。最令马文瑞痛心的是，同他一道创办陇东中学的陆为公被打成“特务奸细”，押解到延安被活活整死了。
陇东地区“审千反奸”初期，倒是在地区党委的正确领导下按照中央有关指示精神真正把矛头对准国民党特务，马文瑞亲自指导地区保安处（处长为赵苍璧）下工夫侦破一起全陕甘宁边区最大的国民党派遣特务案，把一批潜入解放区准备进行特务活动的国民党特务挖出来押送延安。但此项工作很快被康生搞偏了方向，强调“审干反奸”要深入“内部”。