由于干蛇毒（粗蛇毒）的吸水性较强，且又不耐热，在高温、潮湿、阳光的影响下，极易变质失去酶的活性。所以，必须做好以下几点才能长期保存，确保质量与纯度不会降低。
将干燥冰冻好的粗蛇毒用锋利的小刀从干燥器内刮下，装入已清洗消毒过的遮光玻璃瓶内，用蜡将口封好或用软木塞堵好瓶口密封，存放于室内阴凉通风处或冰箱内恒温冷藏保存；也可用黑色的纸或锡箔纸包紧避光保存，并防止受潮受湿。切忌放置在阳光下曝晒或存放在温度超过35℃的地方。
蛇毒是剧毒品，保管贮存工作应有专人负责，必须按国家规定的剧毒药物管理规定进行妥善保管，并立专册登记蛇毒的详细进出数量、需货单位和用途，以备参考。对大瓶装的蛇毒，为了尽量减少不必要的开启次数，可提前将蛇毒分成若干份或预留样品在瓶外，以供客户看样订货或供化验用；并详细标明蛇毒的种类、重量、执行标准及相应的备注等项。
为了更好地确保干制粗蛇毒的质量，最好每隔一段时间（约一年左右）再进行真空干燥一次，以免因回潮而影响蛇毒质量。