正当郑观应积极经营轮船招商局等企业并初见成效时，发生了法国侵略越南和中国的战争。一向以救国为职志的郑观应，在强敌压境之际，采取了积极抵抗的态度和行动。还在1883年，他曾向老朋友、粤东防务大臣彭玉麟处善理湘军营务的王之春表示，愿为抗法之战洒一腔爱国之血。王之春把郑观应推荐给彭玉麟同时，郑观应也致书彭玉麟自荐。
1884年3月22日，郑观应奉彭玉麟委派，总理驻琼州（今海南岛）兼署雷琼的湘军十四营务处的事宜。据他说，总理营务处事务并非他的本愿，他是想利用他和南洋一带的亲朋关系，到那里侦察敌情，并密约那里的壮士联合袭击法国侵略者。这时清军在越南战场上节节败退，法军侵略军已占领红河三角洲并到中国凉州进行挑战。抵抗派彭玉麟和新任两广总督张之洞等人为了挽回败局，想袭击西贡（今越南河内），铲决法国储粮之地，奏请清政府派郑观应前往南洋侦察敌情，以便寻找机会给法国侵略者以致命的打击。
1883年，郑观应曾经为了整顿和发展轮船招商局的南洋航业，亲赴南洋考察业务，对那里的人员，情况都比较熟悉，而赴南洋侦察敌情也是他的宿愿。因此，任务虽然很艰巨且有极大的危险，他仍乐于前往。1884年6月11日郑观应拜别彭玉麟，坐保安轮船于第二天到达香港。随即附搭法国轮船离开香港，于6月16日到达西贡。在作了一些布置后，即于第二天6月17日乘船前往新加坡，与事先预定帮助策划的陈金钟相见。陈金钟是中国人，任暹罗（今泰国）驻新加坡领事兼中国轮船招商局新加坡分局总办，本来对郑观应此行的活动抱不支持的消极态度，但在郑观应严厉批评和热切鼓励下，表示愿意建设暹罗当局联合起来以抵抗法国侵略者。后来，越南虽被法国占领，郑观应仍积极往返于新加坡槟榔屿、西贡等地，为联合抗敌而奔走，但终于未能实现预定的计划。尽管目的未达到，郑观应的冒险救国的精神，却是值得称赞的。
他还不断地上条陈、提建议，为抗法战争贡献力量。首先是关于重视和整理琼州防务的主张。他认为法国侵略者之所以万里迢迢敢来侵犯中国，所依持的是中邻近的土地。如果说南洋一些地方是法国人的根据地，那末琼州则是它窥伺中国的重要桥梁。法国侵略者已对琼州垂涎已久，中国须立即加紧那里的防务整顿。琼州森林矿产丰富，应招商集股开采，采取“奖励引诱”的方法，将森林矿产开采出来销售，一方面利国利民，且免于外国人的掠夺，另一方面，可改善当地黎族人民的经济文化生活，使其成为巩固边防的一支重要力量。
第二、广练民团以御外侮。他在70年代看到边疆危机日深，认为举办民团以御外侮是很可行的办法。郑观应的民团思想不仅继承了中国古代的寓兵于农，而且学习了其办法，扩展到寓兵于士工商贾，对民兵进行严格的军事和政治训练，做到“处处团防，村村联络，声势相应，休戚相关”。中法战争期间，他将理论运用实践，分析当前的危机形势，认为强敌已于四周压境，单靠国家防军是远远不够应付敌人的，必须立即招集各省之民，选将才，练民团，授以武器，以补充兵力之不足。
第三、关于培养军事人才和军事部署的建议。中法战争之初，郑观应即建议设立水陆军学堂。他认为中国武备有两个缺点：一是到西洋学军事之人，虽然饱学军事之道，然未必可以使用；二是弹药船械的制造和购买均依靠国外，太容易受人牵制。他提出的解决办法是：用西洋人培养人才的方法，于沿海适当地方设一水师学堂，各省设一所陆军学堂，聘请英、德、美、法等国有名的、对我国兵强国富事业热心而愿尽心教授的人为师。至于器械等军备问题，须赶快设厂自造，但必须真正请精通技艺的人主持工作，以免误国。
郑观应不仅是一系列抗法措施的积极建议者，而且身体力行、付诸实践。1884年秋，他刚从南洋回到广东不久，法军开始大力攻掠台湾，他被委派办理援台事宜。他的主要工作是办理转运事宜，即利用他与中外商人的关系，到香港租轮船运军队、运粮饷，以便有效地接济沿海地区，尤其是台湾地区。为了信息灵通，避开法国轮船的阻挠，他还以港商的名义租外国轮船，除装载客货往来于香港、琼州、廉州外，更重要的是为了军事上通信息和装载器械的需要，与此同时，郑观应还曾向彭玉麟请求亲自带兵千人，以作为牵制敌人的力量。凡此种种，都可以说明郑观应的爱国之心和具体的救国之行为。
当郑观应经营轮船招商局步步致胜，以期在商战中与帝国主义一争高低之时，中日甲午战争爆发了。日本为了侵略中国吞并朝鲜，对中国和朝鲜发动了侵略战争。1894年7月25日，日本不宣而战，袭击了中国运兵船，从此，中日之间进行了持续9个月的战争。郑观应本着一腔爱国之血，始终抱着积极的抵抗态度。他上条陈，提建议，随时随地关心着时局的变化和发展。1894年10月，他上奏盛宣怀的《管见十条》，系统地反映了他积极抗战、保卫祖国的思想。
第一、严防奸细。战争之初，郑观应看到日本特务活动猖獗。8月1日，中日宣战后的几天，他根据飞鲸轮买办的报告，向盛宣怀详述日本奸细活动的情况。其中说到中国地方当局不但听任其自由活动、四处刺探我军情报，即使万一被查，也对其处理日本奸细过宽。如有些日本奸细，混迹城市，或做小生意，或理发、做衙门仆从，在进行刺探军事秘密等非法活动中被捕，处理办法竟然是交回本国领事馆罚款一元五角就当场释放，而与日本人同谋的中国人也随即释放。如此，奸细胆子愈来愈大，对我国战事极为不利。为了提醒中国官民国际上不容外奸活动，郑观应还将《万国公法》第二章第一节至第八节——《公法便览》和《公法会通》中的有关部分，汇刻成册，送至官府和商人，让大家了解公法条文，不致被外国人轻视我对此无知。公法对当时一个弱国来讲虽然未必能起多大作用，但却可以看出郑观应关心国家安危和民族存亡的爱国精神。
第二、严密控制电报不准为日本人服务。他知道对外国在中国的电报局难以干预、控制，但中国自己办的电报局则应严密控制。他还奏请清政府传谕中国电报局：严戒不得与日本人往来，为日本人打电报及泄露电报给日本人。各局总办应派人密查，如有人违犯，即照军法从事，不能稍为姑息。
第三、从日本来的船只不准进入中国港口，中国人也不能买日本商品。这样，一方面可防止日本奸细混入，为其军队购买米粮等物资，同时也可禁止日本商品进口。日本全靠商业税收入来维持战争费用。我们不用他们的产品，不与其通商，可以让其银根紧缩，拙其锐气。
第四、严密监视日本兵船活动和扣留换用别国旗的日本船。长江口是日本人注意的地方，中国除派兵船不停巡逻外，还应委派人员在各处登高台守望，如有日本兵船到近处海面，即行通知吴松、上海等地提高防备。对日本的轮船，要时刻注意它换用别国国旗，在其它国的掩护下进行非法军事活动。
第五、用招商局船为战争服务。他看到战争中轮船使用频繁，在战争之初即主张把招商局轮船拨给官用。
第六、他在战争之初得知日本拟向外国借款5000万元，购买大铁舰4只，水雷船20只，便建议中国应像日本一样，向外国借款5000万元，多购买一些铁舰、快船、水雷船、枪炮，以增加自己的实力。他还利用与中外人士有广泛交往的各种关系，尽力为抗战服务。在开战之前，他即将日本增兵的消息报告清政府。有一次向盛宣怀报告说：日本有一轮船改名细普渡，由外国装满军械，约8月17日路经新加坡，请求清政府派兵截止，夺为己用。当时外间谣传日本有兵四五十万之多，海军兵舰如何多强时，郑观应作了细致的调查，并将调查结果报告盛宣怀。他调查到的情况是：日方大小军舰如扶桑、吉野、高千穗共计38艘，并不比中国强多少，而兵力则远不如中国。他分析道，日本平时养兵56640名，有军务时可调兵245310名，另御林军5400名。所谓日本有兵四五十万，都是虚作声势，不足信。这些对于消除畏日情绪，提高士气是起到了一定的作用。
第七、他还积极主张操办民团。早在中法战争中就曾提出以练民团来补兵力不足。到90年代初，中国的边疆危机更严重，他办民团的思想也更急迫。他说，英、法在缅甸和越南，俄国在西伯利亚修筑铁路，列强窥视祖国疆土之心、武力征服中国之行已不容忽视，为保家卫国，操办练民团则更是刻不容缓之事。甲午战争期间，当1895年初日本进攻威海一带之际，他奏请清政府在沿海特别是在江南富庶地区尽快操办民团。此外，他还担心台湾乃一孤岛，易攻难守，估计日本可能进攻台湾，建议台湾巡抚唐景崧在台湾“广办民团”，以备不测。从这些建议、措施中看，郑观应确是有远见之人。
第八、在政治上，郑观应还发出了赶快变法的呼吁。他在详细分析了国际帝国主义之间的矛盾性和一致性，以及国内经济和军事败退的形势后指出，无论与外国以何种方式议和，我国都不会再有高枕无忧之日。因此，我国应参照日本的变法，迅速作出变法救国的决议。出榜招贤，申明赏罚；仿照西欧军制，选定民团章程，就地练兵；建设工厂，多造枪炮，免去被外人挟制，多借外资，振兴实业；广办学校，培养人才。
这些主张、建议都是郑观应本着爱国之心、救国之切，在观察分析敌我情况的基础上提出来的，大部分都是确有远见且意义深邃的。中国近代社会是半殖民地程度不断加深的时代，外国侵略者从政治、经济、军事、文化各个方面的侵略从未间断过，要在每一时期、每一件事上都做到时时维护民族利益，提出符合时代发展的方针、建议是极不容易的，而郑观应恰恰做到了这一点。