完善行政、司法制度的建议。元朝诸色户计各有所司管理，东宫、中政院、宣政院、宣徽院、怯薛、王府、诸投下机构等衙门纷杂，政出多门，严重干扰着政务、监察部门的正常运作。鉴于“近侍诸衙门往往奏事干预朝政，省台未免沮抑，事致纷庞”，儒士们请颁旨“戒饬近侍及诸衙门，除本管职务外，凡关系有司一切合行政事，毋得干预陈奏”［元］刘敏中《奉使宣抚回奏疏》，《元代奏议集录》（下）。。诸色人户互讼，法律规定须各管衙门约会审理。有时涉及三四个衙门，文案往来数月之久，难得约会齐开审。审理过程中，各家往往偏袒、包庇所属人员，严重干扰司法工作。有的士大夫便主张取消约会审判制，由统一的司法机关审理，“以望政归一体，狱无久淹”（《上奏一纲二十目·定律》，《元代奏议集录》（下））。
士大夫们普遍希望建立健全监察制度。元世祖即位后，深知“今任职者多非材，政事废弛，譬之大厦将倾，非良工不能扶”。张雄飞建请设置御史台为天子耳目，进言政事得失，民间疾苦，纠劾百官奸邪贪贿，“如此，则纪纲举、天下治矣”。《元史》卷一百六十三《张雄飞传》宰执传旨命张德辉参议御史台条例，他上奏请先颁行律法，然后再设置御史台，因为“御史执法官，今法令未明，何据而行”。御史执法，若无法可依，监察工作缺乏足够的权威，对奸贪无震慑力，不如不设御史台。过了几天，元世祖召见他，说已考虑成熟，一定要设置御史台。他奏对说：“若必欲行之，乞立宗正府以正皇族，外戚得以纠弹，女谒无令奏事，诸局承应人皆得究治。”皇族、外戚、宫嫔、怯薛等特权集团违法乱纪现象严重，御史台是否有权弹劾、究治他们，关乎整个监察工作的成败。听了他的话，“上良久曰：‘可徐行之。’”《元朝名臣事略》卷十《宣尉张公》。大概元世祖自己也知道，要约束那些皇亲国戚谈何容易！御史台、按察司设立后，士大夫们呼吁“重御史、按察之权，严纠弹、考核之任，使贤者日进，不肖者日退”［元］许衡《论生民利害疏》，《元代奏议集录》（上）。。张养浩说：“省有宰执，为朝廷股肱；台有言官，为朝廷耳目。夫人必先聪耳明目，然后乃能运用股肱。若耳目有所蒙蔽，股肱虽能运动，讵得如其意哉！以是论之，则人主苟欲保全宰相，莫如精选言官。言官得人，则宰相必恒恐惧，修省不至颠危。言官不得其人，则宰相必肆行非度，卒与祸会。”《时政书》，《元代奏议集录》（下）。
故台纲重乃宰相之福、国家之福，台纲弱乃宰相之祸、国家之祸。风宪官既然是监察百官的，如果由中书省、吏部铨调迁转，就可能受制于彼，御史中丞崔彧请由御史台负责风宪官的选用、迁转《元史》卷一百七十三《崔彧传》。。这一建议被采纳。武宗即位后，将御史台铨调选用台察官吏的权力收归新设置的尚书省，文人士大夫对此持强烈的反对态度，后来很快改了回来。省台各自铨选官员，经常发生“撞车”，“今宪台选用官员，所至之处，吏属尚未尽识，而省部论择，复与改除。其省用者，台亦如之。遂使一人之身一岁数迁”《至正集》卷七十四《公移·风宪十事·廉使频除》。。许有壬认为各级台宪官频繁调动是造成纪纲不振的原因之一，建议任期未满之前，省部不得调动他用。
广开言路，广求直言，采议得失。刘秉忠对潜邸中的忽必烈说：“君子不以言废人，不以人废言，大开言路，所以成天下、安兆民也。天地之大，日月之明，而或有所蔽。且蔽天之明者，云雾也；蔽人之明者，私欲佞说也。常人有之，蔽一心也；人君有之，蔽天下也。常选左右谏臣，使讽谕于未形，忖画于至密也。”《元史》卷一百五十七《刘秉忠传》。元世祖忽必烈诏令官庶上书，言民间利弊、时政得失。但百官却瞻前顾后，敢上书者“万无一二”。有人建议皇帝策问百官，鼓励百官奏对，言之可行的，迁转考课时加官进阶，不可行的，言者无罪。参见《畅八脉以鼓天下之正风·采公议》，《元代奏议集录》（上）；《元史》卷一百七十三《崔彧传》。赵天麟还上书元世祖请“革副封”，就是说不让地方官吏以留存副本为名过目百姓所上书：“今国家诏令上书陈言者，实封呈献闻奏，未有绝追照副封之明文，窃恐外路诸司因缘作弊。夫上书言者，非言朝廷之得失，即言军民之利害；非言军民之利害，即言官吏之情纵。设如官吏恶其直笔，挟愠于内，托名校勘，迁延岁月，迷而争辩，则非盛德之所宜，退而自止，则盛事弗达乎上。”《畅八脉以鼓天下之正风·革副封》，《元代奏议集录》（上）。只有禁止地方官司留存副本，密封上书才有意义，才会保证言路无壅。
第三节限制贵族权力，取消民族等级
元武宗时，张养浩批评“今国家为制宽大，所以诸王宗室皆有生人、杀人、进退人之权。夫庆赏刑威，当出于上，久假不归，则飞扬跋扈之势成”，“厥今藩王宗室，左右大臣，侈肆尤甚”。
《时政书》，《元代奏议集录》（下）。他呼吁政柄归一，严格约束诸王、驸马、左右大臣。再就是呼吁取消或限制别里哥选。元制，“以省部除授之官指为常选，以天子委用之人指为别里哥选”。别里哥选主要是优待皇帝近臣如怯薛的。成宗时，郑介夫上书非议这种“一朝省而自分为两途”的做法扰乱选法，请清理怯薛之冗滥，制定怯薛出职入官条例，“今后宜限以名数，择其人品，又以所职贵贱高下，定其出身之例，遇有名阙，方许选补”，怯薛“既有出身定例，则别离哥选不禁自无”。《上奏一纲二十目·怯薛》，《元代奏议集录》（下）。
元朝法令“时有蒙古人不在此限之文”，就是说蒙古人的法律地位高于其他民族。布衣儒士赵天麟对此提出异议：“臣窃以九州四海，一札十行，大仁覃于邃远而不之遗也，大义及于灭亲而不敢私也。天子者，天之子也；民者，天之所阴骘也。彼群方庶类，形异音殊，在天子视之虽有亲疏，而天溥视之则无彼此之疏也。人君代天理物，当合天意以行之，若独爱蒙古人，则既非公道之坦夷，又异皇天之溥视也。且凡明诏之文，其究归于丰化、节财、壮本、卫生之理尔，若独以蒙古人不在例，则爱之适所以使之不丰、不节、不壮、不卫以害之也。”《太平金镜策·请颁法典》，《元代奏议集录》（上）。皇天之大仁大义，对各民族一视同仁，天子也不应该有厚此薄彼之分。元末文人叶子奇在元朝灭亡后说：“治天下之道，至公而已尔。公则胡越一家，私则肝胆楚越。此古圣人所以视天下为一家，中国为一人也。元朝自混一以来，大抵皆内北国而外中国，内北人而外南人。以至深闭固拒，曲为防护，自以为得亲疏之道。是以王泽之施，少及于南，渗漉之恩，悉归于北。”《草木子》卷三上《克谨篇》。这种治天下以公、视天下为一家的思想，在元朝文人士大夫中是普遍存在的。
元代官僚队伍中，南人始终处于最劣势。中央省、台、院，地方行省、行台的主要官员，路、府、州、司、县达鲁花赤，多由蒙古族、色目人担任，其次是汉人，而南人官员不仅职位低，而且数量少。参见《草木子》卷三上《克谨篇》。如前所述，“江南官吏多是北人”，南人在北方任职的更是寥若晨星。元世祖时，程钜夫上疏请“通南北之选”，取消对汉人、南人官员的区别对待政策，疏曰：“圣主混一车书，兼爱南北，故北南之人皆得入仕。惜乎北方之贤者间有视江南为孤远，而有不屑就之意，故仕于南者，除行省、宣慰、按察诸大衙门出自圣断选择，而使其余郡县官属指缺，愿去者半为贩缯、屠狗之流，贪污狼藉之辈。南方之贤者列姓名于新附而冒不识体例之讥，故北方州县并无南方人士。且南方归附已七八年，是何体例难识如此？欲乞令省部刷具北南府、州、司、县官员脚色，参对今后北南选房流转定夺。若以南人为未识体例，则乞于北方州郡每处且与参用一二人，一任回日却与通行定夺。其北人注南缺而不赴者，重与罪过。庶几吏称民安，可以上副圣主兼爱南北之意。”《雪楼集》卷十《奏议存稿·吏治五事·通南北之选》程钜夫认为各级监察机构不用南人，而北人不谙江南人情、风俗、利弊，这是江南盗贼不绝、吏治败坏的一个重要原因，因而内外各级监察机构都应“公选南方晓事耆旧及清望有风力人员”《雪楼集》卷十《奏议存稿·公选》参用。