在专利制度诞生发展的将近四百年时间里，关于专利制度存废和理论根据的争论从未停止过。但无论是发展国家经济论、自然权利论、合同论、发明奖励论，还是工业产权论，都从一定程度上肯定作为市场经济的产物，专利制度都有着鼓励研究开发新技术、鼓励技术的应用、鼓励技术转移和吸引外资等作用。专利制度最普遍为人所接受的目的就是鼓励人们开发新的技术，换句话说就是如果发明人不能得到应有的利益，那么他就不愿意花费投资去开发新的技术，这对社会无疑是一种损失。发明人有了专利权就可以利用它来回收研究开发的投资并获取利润，为进一步研究开发积累资金。虽然有人可能说用奖励的方法一样可以起到鼓励发明创造的作用，但事实证明奖励制度有一定的缺陷。首先，在数量巨大的发明创造中一一确定其适合的奖励数额，既让发明者的投入得到补偿，又符合该发明对社会的贡献，这恐怕是不可能实现的。其次，发明的诞生只是，对发明进行奖励很难刺激发明人应用发明创造的积极性。所以，专利制度成了当今世界最为流行的鼓励发明创造，推动科技进步的制度。
专利制度是鼓励发明创造的制度，但是否专利制度就是惟一的或者说最好的保护方式却有很大的争论。特别是在基因专利的问题上，关于用专利制度还是用其他制度保护和促进基因技术发展上有很大的分歧。下面我样就针对专利制度的特点分析专利制度保护基因技术的利与弊：
（一）基因专利是否会妨碍基因技术的发展
专利制度是鼓励发明创造和科技进步的，但有人却认为授予基因专利将妨碍技术的发展。这种说法也确实并非无稽之谈。从专利制度排除科学发现授予专利权的原因之一就是担心妨碍技术发展。
人类对客观世界的认识是永无止境的，当发现一个自然规律之后，人们往往可以不断地利用它发明出无数的发明创造。我们在前文中已经论述过，发明是以发现为基础的，而一个发现可能直接或间接地诞生无数个发明创造。如果对科学发现授予专利权，则无异于垄断了一大片发明创造的领地，使发明者们举步维艰，这不利于人类的文明与进步。
举个例子，假如门捷列夫对发现化学元素周期表取得专利权，那么无数的发明创造都要为其支付使用费。另外，一个发明创造往往利用多个科学发现，有直接利用也有间接利用，如果都要支付专利使用费，那么也将限制人类科技的进步。所以有人说科学发现是因为太重要而不能获得专利权，这种说法也有一定道理。科学发现对人类的发展和进步都起着举足轻重的作用，如果授予某人对科学发现的专有权，则对所有人都是不利的。当然，不用专利保护科学发现并非不保护科学发现，专利制度也仅仅是保护非物质财富的一种手段而已了。在现实生活中，无论是门捷列夫、居里夫人、牛顿还是爱因斯坦都获得了丝毫不比发明家少的物质和精神回报。
那么对基因授予专利权是否会产生同样的结果，限制基因技术的发展呢？我们认为不会。原因是三个方面：首先，基因序列有着特定的性状，它的功能和表达往往是一定的。人类的5到10万个基因当中，每一个基因或一组基因都决定着细胞的功能，人类对基因的认识实际上就是对基因功能的认识。如发现了人类的衰老基因，那么就如同一把打开人类抗衰老的钥匙，其他问题就迎刃而解了。发现基因的功能是最重要也是最艰辛的一项工作，基因序列的应用比基因功能的发现要容易得多。其实这也是为什么近年来申请基因序列专利如此火爆的原因。基因序列一般是技术人员在对自然界的生物体进行研究时发现的，然后通过进一步的试验从生物中分离出该基因。显然，发现某一基因以后，其后续应用发明的数量会很多，远非研究人员自身能尽数料到。而发现者无法将所有的后续发明垄断时，他们就考虑对其发现并分离的基因序列主张授予专利权。我们认为这种想法是合理的，做法也是可行的，特别是有利于发挥专利制度的功能，推动科技的进步，也由于基因功能的确定性而不至于导致不良的后果。
其次，基因序列具备相当的实用性。所谓专利的实用性，根据我国专利法第二十二条的规定，就是“该发明或实用新型能够制造或者使用，并且能够产生积极的效果。”专利的实用性实际上就是该专利可以在工业生产中应用，这里的工业生产也包括社会生活中含有技术性质的领域，包括农业、交通运输等行业。专利的实用性实际是专利制度设计中的当然选择，因为获得专利的人不但不会得到一分钱，还要给专利局缴纳专利维持费。专利权人所得到的利益必须到市场中实现，通俗地说就是要从市场中赚来钱。否则，专利权人的专利证书就成了一纸空文。所以，我们在前文中论述过，科学发现不授予专利权不仅仅是专利制度中的强制规定，即使授予科学发现专利权，那么大多数科学发现也不会去申请专利。因为大多数科学发现距离开发出发明创造，并在工业生产中应用还非常遥远。不会有人为了虚名（当然实质上专利权也并无虚名）而耗时、耗力、耗费金钱去申请一个无用的专利证书。所以，在美国在20世纪20年代就基本接受了实用性由市场检验的观点，在专利审查时并不着重审查实用性。在这一方面基因与其他科学发现有很大的区别，发现基因序列的功能往往离对其工业上的实际应用只有一步之遥。在这种情况下如火如荼的基因专利申请也就不难理解了。既然如此，基因序列可以非常容易地具备实用性，又何必给它人为地增加一道障碍呢？当然，具备实用性也是基因取得专利的必备要件。如果只是指出某一基因序列的碱基序列，或者仅仅指出该基因同某一遗传现象的关系，就会因为其缺乏实用性而不能够取得专利权。相反，如果知道如何利用该基因改造现有动植物品种的遗传特性，如何利用基因技术制造该基因序列所编码的蛋白质，并指出该蛋白质的基本用途等，就可以认为具备实用性。
第三，专利制度本身也为防止过度垄断设计了解决措施。专利权的垄断可能对公众造成不利的影响，这在专利制度诞生之初就已经被人们所认识，所以在各国的专利法中都有对专利权人的限制。在我国专利法中这种限制表现在：一是规定了专利权的期限。有人担心基因专利的获得使他人永远地失去了利用它的机会，或者要永远地为这项专利付费。稍微熟悉一点专利法的人都知道这是不可能的，我国专利法规定一项发明专利的保护期限只有20年，一项实用新型或外观设计专利的保护期限只有10年。也就是说，即使像有些人说的那样人体内的5万到10万个基因都被申请了专利，那么也不意味着基因被永远的垄断，20年后所有的基因专利都将进入公有领域，人类的基因技术又可以进入一个全新的阶段。
二是规定了“对违反国家法律、社会公德或者妨害公共利益的发明创造，不授予专利权。”在其他国家的专利法中也有类似的条文，这可以有效地防止某些可能造成不良影响，或者涉及重大公共利益的基因序列获得专利权。
三是规定了指定实施、强制许可等权利限制的内容。“国有企业事业单位的发明专利，对国家利益或者公共利益具有重大意义的，国务院有关主管部门和省、自治区、直辖市人民政府报经国务院批准，可以决定在批准的范围内推广应用，允许指定的单位实施，由实施单位按照国家规定向专利权人支付使用费。中国集体所有制单位和个人的发明专利，对国家利益或者公共利益具有重大意义，需要推广应用的，参照前款规定办理。”指定实施的规定可以解决对国家利益、公共利益具有重大意义的基因专利的推广应用问题。
我国专利法还规定：“具备实施条件的单位以合理的条件请求发明或者实用新型专利权人许可实施其专利，而未能在合理长的时间内获得这种许可时，国务院专利行政部门根据该单位的申请，可以给予实施该发明专利或者实用新型专利的强制许可。”“在国家出现紧急状态或者非常情况时，或者为了公共利益的目的，国务院专利行政部门可以给予实施发明专利或者实用新型专利的强制许可。”“一项取得专利权的发明或者实用新型比前已经取得专利权的发明或者实用新型具有显著经济意义的重大技术进步，其实施又有赖于前一发明或者实用新型的实施的，国务院专利行政部门根据后一专利权人的申请，可以给予实施前一发明或者实用新型的强制许可。在依照前款规定给予实施强制许可的情况下，国务院专利行政部门根据前一专利权人的申请，也可以给予实施后一发明或者实用新型的强制许可。”这些规定都可以很好地解决基因序列取得专利权后有可能造成的过度垄断、损害公共利益的情况。
（二）基因专利是否会损害他人的利益
有人担心基因序列取得专利会使人成为他人的奴隶，这是缺乏基本专利常识的无稽之谈。基因专利即使针对的是人体内的基因，那么也是被分离出来的作为化学物质存在的基因序列，再前卫的专家也不可能主张对人体内的基因直接获得专利权，更不要说使人成为他人的奴隶了。
也有人认为对基因序列取得专利会使他人的研究活动产生困难。这种想法也是不正确的，我国专利法规定只有“以生产经营为目的”使用他人专利才构成侵权。此外专利法还专门规定：“有下列情形之一的，不视为侵犯专利权：？？（四）专为科学研究和实验而使用有关专利的。”科学研究是自由的，任何人在科学研究时不需要顾及他人的专利权，也不存在侵权的问题，只有利用他人的专利获利时才要支付一定的费用，这是专利制度的基本原则之一，也符合促进科学技术发展与鼓励发明创造的目标。所以，担心基因获得专利后他人的科学研究会受到限制是不必要的。
基因获得专利垄断之后，对他人的利用造成了一定的障碍。从这一点上说，他人的利益多多少少会受到一定的影响。进行基因诊断、基因治疗、生产转基因动植物和基因药物等都要支付一定的基因专利费，从这个角度上说利用基因者必然有所付出，但是这种付出也是应当的。众所周知，基因的发现需要大量时间和金钱，从目前来说发掘基因这座金矿需要付出极为高昂的成本，而且带有很大的风险，一旦开发失败，巨额投资将付之东流。而且随着基因技术投资额的飞速增长，政府资金的支持已经越来越显得捉襟见肘。以美国为例，美国政府基因技术研究与开发的投入占整个研究与开发经费的比例从以前的二分之一降到2000年的三分之一，到2002年只有14％。这就意味着，私营公司要大幅度增加对于研究与开发的投入。如果没有强有力的专利法保护，公司会采用保密的方法来保护自己拥有的基因，由此造成大量低水平的重复研究。因此授予基因专利将会使有限的科研资金可以得到合理的配置，全部用于研究开发新产品和新技术。所以，无论从技术贡献的补偿，还是从鼓励技术公开的角度，对于基因授予专利都是符合公众利益的。如果没有了专利制度的保护，没有人为此投资，最终受损害的将是社会中的每一个人。
（三）基因专利是否会损害发展中国家的利益
基因专利会造成生物技术发达国家垄断基因成果，从而损害发展中国家的利益，也是很多人反对基因序列授予专利的理由之一。近年来美国、日本等生物技术发达的国家抢夺人体基因专利的竞争逐步升级，许多生物技术企业已经在试图通过控制人类基因来控制未来人类社会的资源。目前，发达国家与发展中国家之间、地区与地区之间的贫富差距正在进一步拉大。有人担心基因专利可能使全人类共同的宝贵资源为少数国家或商业机构所垄断，造成世界贫富差距问题的严重。2000年9月1日，17个欧洲国家的70余名医生于在芬兰首都赫尔辛基强调，有关人体基因信息是人类共享的财富，反对给予人体基因专利权。在2000年7月召开的巴西第三届生物伦理大会上，巴西专利法学家贝格尔大声疾呼，为人类基因颁发专利不利于对基因做进一步的研究，对于欠发达国家来说尤为突出。