国家杜马的“大赦令”曾引起叶利钦总统、坚定的“民主派”代表人物的强烈不满。然而，由于决定实行大赦属国家杜马的权限，叶利钦总统劝阻总检察长卡赞尼克暂不执行国家杜马大赦决定的努力也未获成功，终于使大赦成为事实。
二、签署《社会和睦条约》，稳定社会政治局势
莫斯科十月流血事件结束了“双重政权”局面，但远未消除政治紧张局势。立法机关和执行机关、政府与政府反对派之间的不信任甚至对抗并未因新宪法的通过和新议会的选出而终止，国家杜马通过“大赦令”使俄罗斯再次面临政治斗争升级的危险。与此同时，广大民众对高层权力斗争和党派之争已日益厌倦，渴望社会和解、国家安定，要求当权者采取有力措施使经济尽快走出困境。
在这种社会政治背景下，叶利钦于1994年3月初发出“和解”倡议，号召国家各权力机关及各派政治力量共同承担维护国家稳定的重任，签署一项社会和睦文件，缓和紧张的政治局势，以此树立“顺应民意”的总统形象，巩固自身地位。
1994年4月28日，《社会和睦条约》签字仪式在克里姆林宫隆重举行。俄罗斯总统、议会上下两院主席、政府总理以及联邦主体、大部分主要政党、社会团体和工会的领导人和代表共200多人在条约上签字。俄共、农业党、“亚博卢”集团等政党，以及克麦罗沃、弗拉基米尔等州的领导人因存有不同意见而未在条约上签字。但他们均表示原则上支持社会和睦主张，遵守宪法和法律，以合法方式开展政治斗争。此后，政治局势出现相对稳定的局面。
三、车臣战争爆发导致“民主派”分裂和左翼力量的崛起
在新俄罗斯初期政治斗争异常激烈进行之时，早在苏联解体过程中就已经出现的车臣问题进一步失控。主张车臣独立的杜达耶夫当选车臣总统后公然宣布车臣独立，拥兵与联邦政府军对峙。由于联邦中央忙于解决国家最高权力问题，无暇顾及这一重大问题，致使以杜达耶夫为首的民族分离主义势力逐步坐大。在终于结束了“双重政权”局面，打垮了反对派之后，叶利钦总统、联邦政府终于有时间来解决车臣问题了，而这时车臣分离主义势力已经羽翼丰满了，更难对付了。联邦中央动用各种手段——从要求举行谈判、收买扶植车臣当局反对派，到武装反对派与车臣当局对抗、间接参与车臣内战，等等，均未能撼动杜达耶夫政权。1994年12月11日，叶利钦总统下令出兵车臣，试图消灭以杜达耶夫为首的车臣分离主义势力，以武力解决危及联邦统一、领土完整的车臣问题。
车臣危机打破了相对平静近一年的俄罗斯政局，形成了一股强大的政治冲击波，引发了又一轮政治危机，民主派队伍再次出现分裂。“俄罗斯民主选择”、“民主俄罗斯”、“民主改革运动”等激进民主派从叶利钦的坚定支持者变为当局的反对派，一致反对出兵车臣，并组织群众抗议集会，声言要揪出总统身边的“战争党”，甚至提出弹劾总统。坚决支持总统的“俄罗斯民主选择”重要成员、外长科济列夫声明因不同意该党的立场而退出“俄罗斯民主选择”。俄共、农业党、“亚博卢”集团等党派也坚决反对叶利钦的决定，强调应政治解决车臣危机。根据对车臣战争的态度和立场不同，俄罗斯政治力量出现了新的组合，形成了总统支持派和总统反对派两大派别，总统反对派的力量明显占上风。
车臣战争使总统与议会再次发生对立。议会上、下两院对总统撇开议会独自决定对车臣动武的做法极为不满，多次通过议案反对总统的决定，主张和平解决车臣危机。国家杜马还多次向车臣派出代表团进行和谈斡旋，试图发挥独立作用。车臣战争使叶利钦的威信大大下降，在车臣战争爆发半年后的1995年6月，叶利钦的支持率降到6％。
1995年，在车臣战争正酣，社会经济危机依然深重，总统选举临近的背景下，俄罗斯迎来了第二届国家杜马选举。竞选阶段，各政治力量展开激烈角逐。以俄共为首的左派力量抓住当局政策失误，人民生活水平大幅下降的事实，扩大宣传，争取民众，其影响和实力明显上升，成为俄罗斯政坛上一支举足轻重的政治力量，对叶利钦政权构成严重威胁。
为扭转政治力量格局不利的态势，重建自己的政党基础，遏制俄共等反对派势力的进一步上升，并最终赢得未来总统选举的胜利，叶利钦总统于1995年4月25日提出将分别成立以总理切尔诺梅尔金和国家杜马主席雷布金挂帅的“中右”和“中左”两个竞选联盟。两个竞选集团于同年5月和7月分别成立，但却出现了不同的发展结果。以切尔诺梅尔金为首的中右集团——“我们的家园—俄罗斯”（简称“家园党”）因众多中央和地方官员的加入，并得到“俄罗斯天然气工业公司”
超级工业集团的财政支持，迅速壮大，成为俄罗斯政坛的一支重要力量和现政权的主要支柱。而以原农业党成员、国家杜马主席雷布金为首的中左联盟，却因遭到农业党为首的中左、左派政党的坚决抵制，进展不顺，始终未能成为一个有影响的政党。这使叶利钦试图以此为基础在俄罗斯建立“两党体制”
的设想化为泡影。与此同时，叶利钦重新笼络盖达尔等对政府车臣政策不满的“民主派”代表人物，力促“民主派”重新联合，共同对付“左派威胁”。
第二届杜马选举投票率超过上届约10个百分点。选举结果仅有4个党派进入国家杜马：俄共得票率22.3％，获157席；“我们的家园—俄罗斯”得票率10.13％，获55席；俄罗斯自由民主党得票率11.18％，获51席；“亚博卢”联盟得票率6.89％，获45席。其中，最为突出的是俄共所获议席比上届激增92席，一家独揽国家杜马三分之一以上的席位，远远领先于其他党派，成为优势明显的议会第一大党。俄罗斯自由民主党的得票率比上届下降了一半以上，仍为议会第三大党。
切尔诺梅尔金领导的“我们的家园—俄罗斯”联盟虽成为国家杜马第二大党，但所获席位仅为俄共的三分之一，而雷布金领导的中左联盟惨遭淘汰。激进民主派输得最惨，上届国家杜马第一大党“俄罗斯民主选择”未过5％大关，仅在单议席选区获得9席，其领导人盖达尔被关在国家杜马大门之外；前财长费奥多罗夫领导的“前进，俄罗斯”运动也仅获3个选区议席；其他激进民主派政党几乎一席未获。中间派势力也战绩不佳，中派政党均未突破5％大关，其影响和作用再次进入低潮。
第二届国家杜马选举之后，基本上形成了俄共与“政权党”（“家园党”）两强对峙、多种政治力量并存的格局。其中最大变化是俄共成为能与当权者抗衡的最大反对派，而以“家园党”为代表的“政权党”则取代了先前与俄共对垒的“俄罗斯民主选择”。
第三阶段（1996年7月至1999年12月）
为取得总统选举的胜利，叶利钦及其所代表的政治势力竭尽全力，新兴的官僚资产阶级、大财团、金融巨头为自身的利益联合起来支持叶利钦，并在叶利钦获胜后获取丰厚的政治回报。尤其是叶利钦总统健康状况不佳，使得各种非选举产生的机构，以及在大选中出了力的金融巨头开始干预政治进程，暗中操纵国家政权。也正是在这时，俄罗斯金融工业寡头问题出现了。叶利钦总统的社会支持率一路走低，1998年“8·17”
金融危机迫使叶利钦选择普里马科夫任政府总理，中左势力逐渐壮大。为遏制中左势力在下一届总统选举中获胜，叶利钦采取种种手段，最后将普京推上最佳位置，并扶植新的政治力量作为普京的社会政治基础。1999年12月31日叶利钦宣布辞去总统职务，为普京成为新一届总统铺平了道路。
一、总统选举遭遇强大挑战，叶利钦艰难险胜
1996年，俄罗斯举行第二届总统选举，各派政治力量纷纷将自己的政治代表人物推到竞选场上一决高低。最后经中央选举委员会审定，有11人获准提名。他们主要有：俄共推举的总统候选人久加诺夫，在任总统叶利钦，俄罗斯自由民主党推举的日里诺夫斯基，“俄罗斯公众大会”推举的退役将军列别德，“亚博卢”集团推举的亚夫林斯基，前苏共中央总书记、苏联总统戈尔巴乔夫等。
此次竞选十分激烈，有望夺魁的久加诺夫和期望卫冕的叶利钦代表了两股势不两立的政治力量。选举之初，叶利钦开局不利。“民主派”四分五裂，一盘散沙。曾于1991年助他登上总统宝座并长期作为其重要政治支柱的激进民主派，由于在内外政策特别是在车臣问题上与叶利钦的主张相左而分道扬镳。作为“民主派”重要力量的“亚博卢”集团也与叶利钦离心离德，推出自己的领导人亚夫林斯基作为总统候选人。与此相反，俄共的竞选准备却进展顺利。1996年3月4日，俄罗斯10多个左派、中左派政党和组织成立了“人民爱国主义力量联盟”，一致支持久加诺夫竞选总统，之后又有140多个政党组织加入了该联盟。根据民意测验结果，在1996年2、3月份，久加诺夫的支持率比叶利钦高10多个百分点。
面对落后的形势，叶利钦利用丰富的经验，精密策划，精心实施，逐渐变被动为主动。首先成立全国性的总统竞选委员会，并得到了政府总理切尔诺梅尔金的全力支持。组成了由第一副总理索斯科维茨担任竞选总部领导人，拥有实权的总统首席助理伊柳申、联邦安全总局局长巴尔苏科夫、总统安全局局长科尔扎科夫、总统办公厅主任叶戈罗夫、莫斯科市市长卢日科夫、独立电视台台长马拉申科、叶利钦的女儿塔季扬娜·季亚琴科等人参加的总统竞选班子。后来，又起用颇有才干的丘拜斯领导了一个“研究小组”，实际上成为另一套竞选班子。
叶利钦及其竞选班子采取大造社会舆论，将此次总统选举说成是前进还是倒退、是改革还是“复辟共产主义”两种命运的较量的重要竞选策略。当局利用对新闻媒体的控制，在社会上掀起了一股“反对共产党复辟，防止市场经济夭折”的浪潮。
叶利钦还及时调整政策，争取选民谅解，挽回在选民中威望不断下降的颓势。为配合竞选，叶利钦改组了政府，撤掉了在民众中名声不佳的第一副总理丘拜斯、外长科济列夫等激进民主派代表人物的职务，起用一批易被左派接受和政治派系不明显的人物入阁。叶利钦还许诺要提高人民生活水平，在大选前结束车臣战争，并面向国际社会，争取大国支持。经过数月的艰苦努力，叶利钦的支持率直线上升，逐渐缩小了与久加诺夫的差距。
在1996年6月16日俄罗斯举行的第二届总统选举中，所有总统候选人的得票率均未超过半数，其中得票最多的两名总统候选人叶利钦和久加诺夫进入第二轮竞选。第一轮投票虽未决出胜负，但形势已经明朗：争取在第一轮投票中投其他总统候选人票的中间选民的支持成为获胜的关键。其中曾支持列别德、亚夫林斯基等人的选民在第二轮投票中的倒向将起决定性作用。早在总统选举前，叶利钦及其竞选班子就曾寻求与列别德、亚夫林斯基等人合作。首轮投票后的第二天，叶利钦再次会晤列别德。6月18日，叶利钦任命列别德为俄罗斯安全会议秘书、总统国家安全事务助理。叶利钦还通过其他一系列方式得到了亚夫林斯基、日里诺夫斯基、费奥多罗夫等人不同程度的支持，最终在7月3日举行的第二轮投票中以53.8％的得票率战胜久加诺夫。
叶利钦能够蝉联总统，原因是多方面的，除身为在任总统，掌握着强大国家机器和舆论宣传工具的优势，及竞选策略运用得当外，得到俄罗斯金融工业寡头的全力支持是一个不容忽视的重要原因。为阻止俄共领导人久加诺夫获胜上台，防止改革进程发生逆转，确保自身地位和财产不因总统易人而受损，俄罗斯部分金融工业寡头达成联手支持叶利钦的协议，并委托丘拜斯负责协调他们的行动。为保证叶利钦竞选成功，俄罗斯七大金融寡头为其集资数亿美元。金融工业寡头们控制的舆论宣传工具也为叶利钦的竞选大造声势，甚至直接参与其竞选班子的工作。
此次总统选举意义深远，它在一定程度上是对1991年“8·19”事件以来俄罗斯选择社会发展方向的再确定。叶利钦竞选成功反映了这一历史时期俄罗斯民众的社会选择意向，反映了多数民众不愿回到过去，不愿社会再出现剧烈动荡、求稳怕乱的心态。值得注意的是，尽管俄罗斯两大阵营的根本利益不同，矛盾尖锐，竞选事关双方前途，但对立双方都能在宪法规定的框架内展开“文明”的竞争。竞争双方的胜负虽然取决于多种因素，但毫无疑问选民的抉择对俄罗斯社会的发展来说是决定性的。
二、局势相对稳定，政府暗伏危机
总统大选之后，俄罗斯在一段时间保持了相对稳定的政治局面，但稳定中潜伏着危机，特别是大权独揽的总统叶利钦多病在身，成为政局不稳的最大隐患。
叶利钦连任总统之初，组成了以总理切尔诺梅尔金、总统办公厅主任丘拜斯和安全会议秘书列别德为中心的“三驾马车”。列别德作为“军人政治家”，有一股闯劲，但其锋芒太露，加之不熟悉上层的“游戏规则”，很快便被叶利钦解除了所有职务。