1997年3月叶利钦改组政府，任命丘拜斯、涅姆佐夫两位“年轻改革家”为政府第一副总理，开始新一轮改革。然而，改革进展并不顺利。国家权力上层的勾心斗角使得“丑闻”不断。1997年11月，俄罗斯媒体将丘拜斯等五人借撰写《俄罗斯私有化史》之机向出版单位索取高额稿酬一事曝光。
“稿酬丑闻”使丘拜斯严重受挫，切尔诺梅尔金成为“三驾马车”中最大的赢家。切尔诺梅尔金一向小心谨慎地执行总统的命令，关键时刻总是站在叶利钦一边。但叶利钦从未视其为亲信，始终对他怀有戒心，不断采取措施加以制约。“稿酬丑闻”曝光后政府分工调整中，切尔诺梅尔金借机排挤叶利钦用以在政府中对自己地位起牵制作用的丘拜斯和涅姆佐夫，权势迅速扩张，地位明显上升，高层权力结构出现失衡，引起总统的不安。1998年3月23日，叶利钦以政府在经济改革中缺少活力和安排切尔诺梅尔金负责2000年总统选举事宜为由，突然解除了切尔诺梅尔金的总理职务，任命35岁的燃料动力部长基里延科为政府第一副总理，代行总理职务，负责组织政府。3月27日叶利钦正式提名基里延科为政府总理，要求国家杜马尽快批准，并称“若不予批准，将解散杜马”。叶利钦的威胁引起各政党的愤怒，4月10日和17日国家杜马两次就叶利钦对基里延科的总理提名进行表决，未能通过。按照俄罗斯宪法，如果国家杜马连续三次否决总统对总理的提名，总统有权解散国家杜马。在决定国家杜马命运的严峻时刻，俄共领导人仍然立场强硬，决心与总统对抗到底。为保全国家杜马，国家杜马主席谢列兹尼奥夫转而呼吁投票支持基里延科，联邦委员会也发表呼吁书请求国家杜马议员批准总统提名的总理人选。4月24日第三次投票采用秘密方式，对基里延科的提名终获通过，政府危机得以缓解，对抗升级的危险得以避免。
基里延科政府一上台就面临堆积如山的经济和社会问题。
5月中旬，俄罗斯爆发了空前严重的金融危机，经济形势更加严峻，罢工抗议活动迅速升级。反对派政党利用罢工再次掀起新的倒叶高潮，两大权力机关之间的矛盾和斗争不断加剧。为削弱总统和政府的权力，反对派政党推动国家杜马通过一系列重要法案。俄共发起了新的弹劾总统运动，至5月下旬，已征集到177名议员签名。部分地方议会也开始联手倒叶。
面对突然而至的金融风暴，基里延科政府陷入困境，不得已推出极具风险的“应急”措施，结果导致金融市场陷入更大的混乱——出现了灾难性的“8·17”。8月21日国家杜马特别会议讨论了国家金融形势，通过了对政府工作不满意和要求总统提前自动辞职的决议案。为稳定局势，维护自身权力地位，叶利钦不得不宣布解散基里延科政府，任命五个月前被解职的前总理切尔诺梅尔金为代总理。次日，叶利钦正式提名切尔诺梅尔金为总理人选，请求国家杜马予以批准。但此时切尔诺梅尔金已不被国家杜马各党派所接受，国家杜马两次表决否决了总统对切尔诺梅尔金的总理提名。为打破僵局，时任外长的普里马科夫成为议会多数党派可以接受的总理人选。9月11日，国家杜马通过了叶利钦总统对普里马科夫的总理提名，至此，持续近20天的政府危机得以化解。
三、普京临危承大任，叶利钦时代终结
与叶利钦时期的各届政府不同，普里马科夫政府具有明显的中左政治色彩。普里马科夫主张改变改革模式，并对以前的改革政策进行大胆的批评，认为几年来的改革一事无成，主张结束激进的经济改革、加强国家宏观调控、稳定金融体系、调整私有化政策，提高国有资产管理效率、扶持生产发展。政府还注意加强社会保障，缓解社会危机，把偿还拖欠工资作为重要任务。普里马科夫在大力整顿经济秩序过程中，采取了肃贪反腐措施，直接揭露了上层的黑暗和腐败。当普里马科夫政府帮叶利钦渡过金融危机的难关，并保持社会政治稳定后，1999年5月12日，叶利钦总统突然宣布解散普里马科夫政府，同时任命两个多星期前由内务部长提升为第一副总理的斯捷帕申为政府代总理。其真实意图在于遏制普里马科夫权势和社会影响力进一步扩大，确保自身的权力地位，阻止国家杜马正在进行的对总统的弹劾进程，扭转对己不利的政治态势，同时抑制不断壮大的中左派政治势力，进而控制未来的议会选举和总统选举。叶利钦的策略收到了预期的效果。5月15日，以俄共为首的左翼力量发起的弹劾总统案在国家杜马未获通过。5月19日，国家杜马批准了叶利钦总统对斯捷帕申出任总理的提名。
1999年8月9日，叶利钦解散了上任仅三个月的斯捷帕申政府，推举普京为政府总理，使普京成为未来总统竞选的最强有力竞争者。1999年12月31日，叶利钦突然宣布辞去俄罗斯总统职务，普京成为俄罗斯代总统。
第四阶段（2000年至今）
经过卓有成效的竞选活动，普京顺利当选俄罗斯总统，俄罗斯进入“普京时代”。普京执政以来重新审视了俄罗斯的改革道路，提出必须校正改革的方向，提出振兴俄罗斯的战略目标。他大力弘扬“俄罗斯思想”，以爱国主义为旗帜，动员和团结人民，加强民族凝聚力。面对叶利钦时期遗留下来的错综复杂的局面和积重难返的政治现实，普京依靠广泛的社会支持，以强力部门为依托，大力整顿社会政治秩序，恢复国家政权机关的权威，加强中央对地方的控制。
一、通过法律程序强化国家垂直权力体系，实行“法律专政”
普京上任伊始就采取了一系列措施，对俄罗斯联邦体制进行改革。2000年5月13日和18日，普京连续颁布了关于在俄罗斯按地域原则成立七个联邦区及任命驻联邦区全权代表的总统令，89个联邦主体被全部划归这七个联邦区，总统通过向联邦区派驻全权代表的方式直接管理联邦区内事务。通过垂直权力体系，加强中央对地方的领导和监督。
普京重视建立完善联邦制的立法基础，他向联邦议会提交了一整套有关改革联邦体制的法律草案，包括：《联邦委员会组成原则修正法案》、《俄罗斯联邦主体国家立法与执行权力机关基本原则的修改与补充法案》、《俄罗斯联邦地方自治设置原则的修正法案》。目的十分明确，即削弱地方领导人的实权，改变中央对地方事务进行管理的失控局面，将管理国家各级权力机关的主动权掌握在联邦中央尤其是总统的手中，消除大量地方法规严重违反联邦宪法和联邦法律的现象，为建立一套有效的国家垂直权力体系奠定必要的法律基础。这三个法案尽管遭到联邦委员会的强烈反对，但在国家杜马多数代表的支持下最终顺利通过。
对长期闹“独立”并不断制造恐怖事件的车臣分离主义势力，普京采取坚决措施给以迎头痛击。他吸取第一次车臣战争的教训，利用车臣非法武装分子入侵达吉斯坦共和国、制造恐怖事件、造成大量平民死亡、举国上下一片声讨之声的有利时机，采取果断措施，实行军事清剿。1999年10月1日，经过充分准备，联邦军队兵分三路进入车臣，开始对车臣非法武装的大规模军事清剿行动。由于措施得当，打击有力，联邦军队取得了节节胜利，消灭了数以万计的车臣非法武装。此举极大地提高了普京的威望。为了解决车臣地位问题，普京坚持由联邦中央直接控制车臣，签署了关于在车臣共和国建立临时执行权力机关的法令，并任命在车臣人中享有威望的宗教领袖卡德罗夫为车臣临时政府首脑。普京希望通过任命可信赖的受联邦中央控制的车臣人管理车臣事务，逐渐实现车臣问题的政治解决。
二、推动形成成熟的政党体制
为使自己的政权拥有牢固的社会基础，普京鼓励形成新的、真正意义上的“政权党”。
1999年国家杜马选举前，在叶利钦总统及其智囊团的精心策划下普京拥有了自己的“政权党”——“团结”联盟（“团结党”），并使之成为对抗日益壮大的反对派力量，特别是以普里马科夫和卢日科夫为首的“祖国—全俄罗斯”中左联盟的重要政治力量。在第三届俄罗斯国家杜马选举中，有6个政治组织和选举联盟突破了5％的下限进入国家杜马，它们依次是：俄共（110席），绍伊古领导的“团结”联盟（74席），“祖国—全俄罗斯”联盟（66席），基里延科领导的“右翼力量”联盟（29席），“亚博卢”集团（21席），“俄罗斯自由民主党”（17席）。“团结党”成为第二大党，“祖国—全俄罗斯”成为第三大党，两党力量联合在席位上已经远远超过了以俄共为首的左派阵营，从而形成“团结党”和俄共两强对峙、亲普京的中派力量占优势的局面。政府可以轻而易举地获得议会多数的支持，提出并通过有利于自己的法律法规。
普京向国家杜马提交的《俄罗斯政党法》草案于2001年6月经国家杜马通过、联邦委员会批准、普京总统于7月初签署生效。《俄罗斯政党法》扩大了政党在国家政治生活中的作用，并通过法律手段促进政党联合、集中的趋势，为形成稳固的政党体制奠定了基础。在《俄罗斯政党法》的推动下，俄罗斯主要党派加快了进一步联合的步伐。
三、运用法律手段，打击不听话的寡头势力，迫使其就犯
叶利钦时期，金融寡头出钱、出力给叶利钦竞选总统以大力支持。叶利钦连任后，金融寡头获得了丰厚的回报。他们在国家私有化过程中巧取豪夺，大肆侵吞国家财产，造成严重的社会贫富差距，社会不满情绪不断蔓延。同时，他们公然直接对政权机构施加影响，在政治家背后操纵国家。
削弱寡头势力，让其“安分”地从事经济活动，排除寡头对政治进程的干扰，是普京巩固其权力的重要步骤。既要严厉打击寡头对政权的渗透和腐蚀，又要考虑到寡头手中资源对国家的特殊影响。要协调改革过程中的利益冲突，体现社会公正，就要解决寡头势力这个“黑洞”，但是出于稳定国内政治经济局面的需要，又不可能大规模重新审视过去的私有化。在对待寡头的问题上，普京采取区别对待的慎重态度，一方面召开圆桌会议，警告寡头不要染指政权，并重新制定游戏规则，另一方面，以法律手段打击一些不听话的寡头，如司法部门着手调查某些寡头经营中的违法活动，追究其刑事责任，借此削弱寡头的势力。古辛斯基、别列佐夫斯基这两个“不听招呼”
的寡头受到沉重打击，流亡国外，他们的政治影响到此结束。
显然，普京总统反寡头行动就是要通过法律手段挤压寡头集团的势力范围，并力图使他们成为对政权有益无害的民族资本。
针对寡头控制新闻媒体、肆意操纵公共舆论、兴风作浪的不正常局面，普京通过规范新闻领域的运作，加强了对舆论的控制。2000年9月9日普京总统批准了《俄罗斯联邦信息安全学说》，强调国家安全从根本上取决于信息安全的保障，而当前信息安全程度并不完全符合社会和国家的需要，必须迅速采取措施改善该领域业已形成的局面。作为打击寡头行动的一部分，当局迅速清理寡头的媒体王国，夺回舆论报道的主导权。2001年4月初“独立电视台”风波使这场斗争达到高潮。
“独立电视台”是俄罗斯全国惟一一家私营股份制电视台，由古辛斯基创办于20世纪90年代初。近几年来，古辛斯基控制的媒体反对叶利钦和普京的政策，在事关国家发展道路的大政方针等问题上与当局背道而驰。当局利用经济手段夺回对这家电视台的控制权：法庭判决古辛斯基失去集团董事会表决权，使得拥有“独立电视台”46％股份的天然气传媒公司和拥有“独立电视台”4.4％股份的美国人乔丹联合起来，重新选举电视台领导班子。2001年4月3日，天然气工业公司和乔丹的公司在古辛斯基和其他股东拒绝与会的情况下改选了董事会。在新选出的董事会9名成员中，天然气工业公司占5名。
随后董事会宣布成立“独立电视台”新领导班子。天然气公司下属的“天然气—传媒”集团总裁科赫当选为董事长，“独立电视台”原总裁基谢廖夫被解职，俄裔美国人乔丹被任命为新总裁，俄罗斯国家通讯社俄新社董事长库里斯季科夫被任命为总编。
四、整饬纪律，惩治官员腐败
叶利钦时期权钱交易盛行：当权者收受巨额竞选资金，金融寡头以金钱换取高官厚禄；在私有化过程中，政府要员直接插手各种有利可图的国有资产的拍卖活动，介入实业界内部不同利益集团之间为瓜分国有财产而展开的争斗。凡此种种，成为阻碍俄罗斯未来发展的祸根。
2001年夏天开始，普京开始大规模的反腐败行动。俄罗斯检察院、审计委员会已经对紧急状态部、交通部、海关、渔业等部门开始调查，甚至审计部门连总统办公厅事务管理局也不放过。俄罗斯总检察长宣布，2000年共查出4800起行贿受贿案，而2001年上半年已经查出3700起。2000年共发现55000起盗窃和浪费国家资金的涉案行为，2001年上半年已经立案38000起。当然，这其中还是以小人物居多，查处大案要困难得多。
经过十年来的风风雨雨，进入“普京时代”的俄罗斯终于稳定下来，开始走上健康发展的轨道。