（二）关于谋杀已伤可否首原的问题。这是一个争论时间最长，宋神宗曾四次为此下诏而仍然争论不休的问题。王安石、司马光、吕公著等皆曾提出，断狱“当先原立法之意”。但从对阿云谋杀案定罪量刑的争论中看，司马光等人并没有真正从所谓的“圣人制法”的原意上去考虑。吕公著等在详断王安石与司马光的论争时曾说：臣等窃寻圣人制法之意，“苟杀人未至于死，于物尚可以偿，于事犹可以自还者，皆得以首，是原首以开善者也”。王安石亦曾提出：“断狱务在生之。，”《宋刑统》中规定：“因犯杀伤而自首者，得免所因之罪。”另条规定：“犯罪之徒，知人欲告及案问欲举而自首陈，……各得减罪二等坐之。”《疏议》中亦说：“过而不改，斯成过矣。今能改过，来首其罪，皆合得原。”这些规定表明，所谓的圣人立法之意，在于给犯者改恶从善的自新机会。从宋代的司法实际中看也是如此。
《宋史·刑法志》中称：宋代之君，“以宽仁为治，故立法之制严，而用法之情怨”。“自开宝以来，犯大辟非情理深害者，多得贷死”。宋仁宗《嘉祜编敕》中亦规定：“应犯罪之人，或因疑被执，赃证未明……但因盘问便具招承。如此之类，皆从律按问欲举首减之科。”阿云所犯，“被问即承”，当系按问欲举，所因之罪应当原减。因此说，王安石、许遵提出阿云之罪“合从原减”，是符合律敕规定和“圣人好生”之意的。而司马光等人对阿云之罪，则坚持“首而不原”，“按文杀之”，显然是“未尽圣人制法之意，而于律文有所不达也”。
因此吕公著等在评断司马光的上章中说：“今于损伤尚有刑可以相当，而必令不得首其可悔之谋罪，而即偿以死，恐不尽圣人好生之心，而无以开愚民改恶之路。”由此看来，司马光并没有真正“原立法之意”，而是武断地“一切按文杀之”。所以权河北盐牧使崔台符称谋杀自首之法，是“数百年误用刑名，今乃得正”。韩维也说：“安石、许遵前议谋杀人未死许首，犹曲宥其自新，意义甚美。”但司马光仍坚持己见说：“阿云谋杀其夫，重伤垂死，情无可愍，在理甚明，已伤不首，于法无疑……今议论岁余而后成法，终于弃百代之常典，悖三纲之大义，使良善无告，奸凶得志”。他甚至以教训的口吻对宋神宗讲：“人有礼则生，无礼则死”；“分争弁讼，非礼不决”；“阿云之事，试以礼观之，岂难决之狱哉。”他又说：“夫夫妇三纲之一，天伦之大者。阿云既嫁与韦，则韦乃阿云之天也，天可背乎？使韦有恶逆之罪，尚在所容隐，今徒以其貌丑陋之故而欲谋杀之，其得罪于天而悖于礼也，甚矣。且妻之于夫，存其将之之心固不可，况又有伤之之迹乎！”
司马光之所以如此的怨愤，是因为在决断阿云之狱中，有悖于封建礼教纲常之故。在司马光看来，礼应是分弁是非曲直的惟一标准，决断刑狱，亦应如此。凡是违礼的犯罪行为，不管首与不首，应当一切按而杀之，不准自首，更不许原减，否则就是“开奸凶之路，长贼杀之源”。在这里，司马光的封建礼教纲常卫道士的面目充分的表露出来了。他还指责宋神宗不应管田妇有罪之类的小事情。他说：“彼谋杀为一事为二事，谋为所因不为因，此苛察缴绕之论，乃文法俗吏之所争，岂明君贤相所当留意邪？”又说：“以田舍一妇人有罪，在于四海之广，万机之众，其事之细，何啻秋毫之末。朝庭欲断其狱，委一法吏足矣，今乃纷纭至此，设更有可疑之事大于此者，将何以决之？”阿云之狱引起的刑名之争，本来是一场人命关天的大事，而司马光却把它看作是明君贤将不应该留意的小事情。
在他看来，刑名之争，田妇之狱一类的事情，应是文法俗吏的事。至于他们如何曲法妄断，按而杀之，并无关紧要，只有严守“祖宗成宪”，维护礼教纲常，才是最重要的大事。可见司马光还是一个视人命如草芥的重刑主义者。他在宋哲宗元祜任宰相之后，“以复祖宗法度为先务”，废除了熙宁按问自首之法，使“四方死者视旧数倍”。连守旧的范纯仁也说司马光的“以辟止辟”的重刑政策，“深亏宁失不经之义”。
（三）关于敕在断狱中的地位问题。在阿云之狱的争论中，王安石、许遵、吕公著等皆主张敕律并用，而法司、刑部、司马光等人却“弃敕不用”，坚持按律文而杀之。所以搞清敕在宋代司法实际中的地位，也是辨别这场论争中的是非的重要问题。
汉朝杜周曾说：“前主所是著为律，后主所是疏为令。”律是一种比较稳定的法律形式，是国家通用的行为规范。令是皇帝发布的诏敕，命令。在封建****主义制度下，后主的敕令既可以补充、修改、甚至废弃法律，也可以对特定案件作出裁决而置律文于不顾。《宋史·刑法志》中说：“宋法制因唐律令格式，而随时损益则有编敕。”即编修后主的敕令，成为宋代的主要立法活动。通过对散敕的编修，使敕上升为全国通行的法律。
早在宋太祖《建隆重详定刑统》中，已经吸收了不少的前代敕令条款，作为因袭唐律的补充而存在，并确定了敕在断狱中的地位。在吸收的唐长庆三年（823）的敕节文中规定：“伏缘后敕，合破前格，自今以后，两司检详文法，一切取最向后敕为定。”又准后唐长兴二年（931）八月十一日敕节文：“今后凡有刑狱，宜据所犯罪名，须具引律令格式，逐色有无正文，然后检详后敕，须是名目条件同，即以后敕定罪。后敕内无正条，即以格文定罪。格内又无正条，即以律文定罪。”《宋刑统》所引这两条敕文的规定，明确了适用敕律的顺序。自宋太宗至仁宗年间，法律的适用基本上是以敕补律。而在宋仁宗的《天圣编敕》中，始有“丽于法者”，即开始附有刑名。这一变化，不仅对《刑统》有了重大的修订和补充，而且“皆在律令外者也”。对此宋仁宗曾宣布：“敕令者，治世之经”，“自今有司毋得辄请删改”。可见仁宗时敕的地位进一步提高了。苏颂曾说：刑统“虽历数百年，其间敕条之更改者多矣”。吕公著等也说：“今律所不备，别以后敕从事者甚众。”许遵亦讲：“而敕有因疑被执，招承减等之制。”由此可知，在宋神宗熙宁之前，依敕断狱已经是很普遍地执法行为，而且减等断遣亦非神宗所创。但在审理阿云之狱时，审刑院、大理寺、刑部却故意“弃敕不用”，甚至将宋神宗的敕令“封还中书”，扣压“不即下”。
在谋杀刑名的论争中，司马光等人对敕的适用避而不谈，死死抓住律文不放，乃至“多引奇罪”进行搅辩。他们如此的不择手段，甚至意气用事，更表现了这些人不仅守旧、而且顽固。
三、阿云之狱论争的实质
阿云案件之争，明人丘溶早有评断：“宋朝制刑，有律有敕，阿云之狱，既经大理、审刑、刑部，又经翰林、中书、枢密；名臣如司马光、王安石、吕公著、富弼、文彦博、唐介；法官如刘述、吕诲、刘琦、钱颉、齐恢、王师元、蔡冠卿。议论纷纭，迄无定说。推原所自，皆是争律敕之文。”丘溶把阿云案之争归结为敕律地位之争，抓住了这场论争的实质。但在敕律地位之争的背后，更深层的变法与反变法斗争的原因丘溶没有看到。
主张“变风俗，立法度”的王安石等人认为，要变革不适时宜的旧法度，调整阻碍生产力发展的生产关系，必须冲破祖制的束缚，扫除长期形成的因循守旧势力的阻挠和破坏。要做到这一点，只有握有最大权力的皇帝，凭借强大的国家力量，利用他的最高立法权，才能办得到。所以他们极力主张提高皇帝敕令在现时生活中的地位和作用。王安石、许遵等人力主以敕律决断阿云之狱，强调奏听敕裁，都是从其变法改革的政治目的出发的。宋神宗在阿云之狱的论争中也看到了提高敕令地位的重要性，所以他多次以诏令的形式支持王安石、许遵等人的意见。司马光等人也清楚地意识到，谋杀刑名的论争，不仅仅是阿云之狱本身如何断遣的问题，而是关系到能否坚守祖制、固守祖宗成宪的大问题。如果在阿云之狱的审判中承认了宋神宗敕令的优先地位，就等于承认了宋神宗支持王安石事事变革更张先朝制度的合理性。所以他们在阿云之狱的审判与论争中，对敕的适用避而不谈，弃而不用，甚至不顾神宗几次降诏，仍然拼命坚持依律从事。这自然与他们坚守祖制和反对变法改革的政治目的相一致的。
阿云之狱的争论，至熙宁二年（1069）二月王安石参政并主持变法之后发生了变化。论争的内容已超出了对阿云如何定罪量刑的范围，反对派攻击的对象也由原来对许遵的用刑妄法，议法不当，转向对王安石执政和主持变法的攻击。这是阿云狱论争性质发生变化的重要表现。
早在宋神宗欲用王安石主持变法之前，参知政事唐介就说：“安石好学而泥古，议论迂阔，若使为政，恐多所变更，必扰天下。”妄图阻挠正在议论中的变法的开展。熙宁二年（1069）二月王安石拜参知政事之后，守旧派对王安石的攻击更突出的表露出来。吕诲首先说王安石“不通时事，大用之，则非所宜”。判刑部刘述等人也上章攻击王安石，说王安石执政未腧数月，因轻易法度，致使“中外人情嚣然胥动”，要求宋神宗早罢安石，“以慰安天下元元之心”。六月丁已，御史中丞吕诲上疏劾安石，他说：“安石自居政府，事无大小，与同列异议”，“安石初无远略，惟务改作立异”，“如久居庙堂，必无安静之理”。他又私下对司马光说，王安石“置诸宰辅，天下必受其祸”。司马光却狡猾地说：“今未有显迹，盍待他日。”可以看出，此时反对派的攻击矛头已经集中在王安石执政和主持变法上。他们认识到，只有把王安石从执政的位子上拉下马，才能阻止变法更张。所以他们又把王安石执政与变法改革结合起来加以攻击，使这场谋杀刑名之争转向变法与反变法的斗争。而法司、台谏成为这场论争中的急先锋。
在这场论争中，使宋神宗认清了守旧分子的真面目，看到了守旧势力的顽固，也认识到提高敕令地位的重要性和迫切性。因此，在阿云案争结束之后，宋神宗很快就宣布：“律不足以周事情，凡律所不载者，一断以敕。”并把自唐以来的律令格式改为“敕令格式”，“律恒存乎敕之外”。进一步提高了敕的地位，为大规模的变法活动提供了法律保障。与此同时，又从组织上创置了“制置三司条例司”和“详定编敕所”，使之成为制定新法和编定神宗敕令的最高立法机关。以保证变法改革的顺利进行。
四、这场论争势在必然
熙宁之前的宰执大臣，多“因循苛且，逸豫而无为”，以“祖宗之法不可变”为其理论依据，反对任何变法改革。视墨守成规为老成，视变法图治为生事；以“同俗自媚于众为善”，称改革之言为异端邪说。这些流俗之见，在宋代朝野上下形成了一种顽固势力，成为社会前进的严重障碍。在宋代的官僚中，“游谈之众，因得以乱真。交私养望者，多得显官，独立营职者，或见排沮，故上下偷惰取容而已”。像富弼等，“智略无以过人”，“但能一切合流俗以为声名而已”。在这样的官僚群体中，安素守常，明哲保身成为宋代官僚士大夫们的处世哲学；偷惰取容、嫉贤妒能，用其私智，游谈好争成为士大夫们的通病。在这种“官风”的笼罩下，即使一些有识之士欲有所为，“众皆指为生事。必嫉之、沮之、非之、笑之，稍有差失，随而挤陷”。“庆历新政”就是在这种守旧势力的反对和挤陷之下而迅速失败的。在这种邪恶势力的笼罩下，改革成为一个非常敏感的危险区。
王安石对“本朝累世因循末俗之弊”早有清醒的认识。他在《上仁宗皇帝言事书》中已明确提出：“圣君”，“贤相”欲“立善法于天下”，“立善法于国家”，就不能被流俗的浮言所感，不能怕流俗的反对，只要创立的法制有利于天下与国家，就应该果断的坚持下去，不管守旧分子喜欢还是反对。他说：“因循苛且，逸豫而无为可以侥悻一时，而不可能旷日持久。”因此，他主张应“视时势之可否，因人情之患苦，变更天下之弊法”。
宋神宗赵顼即帝位之后，面对内忧外患、积贫积弱的政治经济局势，欲行革弊求治，而那些官高禄厚的元老重臣，多言“祖宗之法不可变”，“积弊不可顿革”。在这种情况下，王安石首先向宋神宗提出，“以变风俗、立法度为先”。“慨然有矫世变俗之志”。但是王安石知道，变法革弊并非容易，特别是“人习于苟且非一日，士大夫多以不恤国事”。要改变这种顽习，必然会受到流俗的反对。他对宋神宗说：“臣所以来事陛下，固愿助陛下有所为，然天下风俗法度一切颓坏。在廷少善人君子，庸人则安常习故而无所知，奸人则恶直丑正而有所忌。有所忌者倡之于前，而无所知者和之于后。虽有昭然独见，恐未及效功而为异论所胜。”王安石认为，在异论纷纭之下，“若人主无道以揆之，则必为异议众多所夺，虽有善法，何由而立哉”。因此他又告诉宋神宗：“陛下欲以先王之正道胜天下流俗，故与天下流俗相为重轻。流俗权重，则天下之人归流俗；陛下权重，则天下之人归陛下。”所以王安石力主加强皇权。从阿云之狱的论争中可以看出，王安石的这些认识和意见，不是没有道理的。
司马光等人，因袭宋代传统的流俗之见，把提倡变法改革，视为“首倡邪术，欲生乱阶，违法易常”的不法行为。虽然他们对时弊也发过一些不满的议论，但是不满现状不等于革新。而“祖宗之法不可变”才是他们的一贯思想。早在嘉祜六年，司马光就曾对宋仁宗讲：“夫继体之君，谨守祖宗之成法。”他从“天地不易也，日月无变也，万物自若也，性情如故也，道何为而独变哉”出发，认为祖宗之法，应“世世相承，无有穷期”。
所以在神宗即帝位之后，他们首先建议：“凡左右之人，不须才智，但令谨扑小心不为过斯可矣。”但宋神宗却欲有所为，“求治如饥渴”，所以司马光又借给神宗讲述西汉史的机会，大讲“祖宗之法不可变”的道理。范纯仁也劝神宗说：“变改法度，人心不宁。”宋神宗刚思革弊变法，这些人就如此地不宁，王安石真要更张祖宗法度，他们又“何为而不汹汹”呢！所以说围绕阿云之狱出现这场论争是势在必然。可以说这场论争是改革与守旧势力的第一次公：开较量，是变法与反变法斗争的一个前奏序曲。