要非常注意军事，须知政权是由枪杆子中取得的。
——毛泽东
甲午一战，李鸿章惨淡经营30年的淮军武装，顿时土崩瓦解。清政府痛定思痛，意识到旧兵不足恃。他们看到日本专用西法取胜，认识到中国今日当务之急，就是亦应仿用西法创建一支新式军队。于是，清廷决定全面改革陆军军制，开始着手编练新军。袁世凯抓住这个机会，运动权贵，将新建陆军的领导权抓到自己手中，从此开始了他角逐权力的生涯。
实际上，清廷让袁世凯主持练兵，并不是就放心地把军队领导权全交给他。值得注意的是，在派袁世凯前往天津小站督练新军的同时，清政府又委派满洲道员荫昌，挑选八旗精壮子弟，附入天津武备学堂。清廷此举，意味深长，编练新军，本来就是想培养一个像曾国藩、李鸿章那样能控制整个大局的满洲亲贵。派遣荫昌等满人子弟进入天津武备学堂，一来预储他日将才，等时机成熟代替袁世凯；二来因同在天津，相距不过数十里，可以起到监视袁世凯的作用。可见，清廷从一开始就力图加强对新建陆军的控制。
对于新建陆军，清廷是寄予厚望的。光绪皇帝在1896年6月24日的上谕中说：“新建陆军督练洋操，为中国自强关键，必须办有成效，方可逐渐推广……总期精益求精，悉成劲旅，俾御侮确有把握，用副朝廷实事求是至意。”正因为这样，袁世凯才得以向清政府放手要饷要枪，一般都能得到满足。以新建陆军为起点，袁世凯从此开始了他驰骋纵横中国近代政治军事舞台的发展时期。
经过庚子八国联军之役，清政府的军事力量又一次几乎丧失殆尽，只有袁世凯的军队毫发无损。凭借这支军队，他一跃而成为清王朝权势最大的地方封疆大员。
成为北洋军领袖
1900年义和团运动之后，清王朝在政治、经济、军事等各方面的衰败已无可掩饰地暴露了出来。清政府为了保住自己的统治地位，转移人民斗争的视线，强化国家的统治机器，不得不实行国策的转移，开始迈开西化的步伐，以此来维护其摇摇欲坠的统治，实现王朝的自救。
1901年1月，清政府颁布了筹办新政的上谕，4月成立了推行新政的主持机关——督办政务处，并陆续颁布了一系列关于新政的法令。对于这次新政，大多数疆吏鉴于戊戌变法的教训，都表现得不太积极。然而袁世凯敏锐地意识到，这是一个发展个人势力的绝好机会，只有抓住时机，进一步将自己的力量安插到军队的各个主要部门，才是攫取更大权力的最佳办法。
编练新军创建北洋六镇，是清末新政的重要内容，也是以袁世凯为首的北洋集团最热衷的改革。1901年11月，袁世凯被任命为直隶总督兼北洋大臣。他抓住新政这一机会，竭尽全力训练和扩充其军队。从1901年到1905年，袁世凯完成了北洋新军六镇的编练，袁世凯的军事实力和北洋军阀的基础完全形成。
北洋新军在全国各省新军中人数最多，官兵达7万之众，它拥有同时代最先进的武器装备，训练也相当正规，可以说是当时中国最强大的一支现代化武装力量。更重要的是，在扩编六镇的过程中，已经形成了以袁世凯为中心的比较完整的北洋派系。
袁世凯能在短短几年中迅速地完成编练北洋六镇，这与他善于抓练兵权有着极大的关系。袁世凯在编练新军中深深懂得：要使自己的军事实力迅速扩大，一定要取得清廷中央的练兵领导权力。为了达到这一目的，1903年3月，袁世凯上奏了他拟定的《陆军训练简易章程》，并建议在清廷中央设立练兵处。而当时清政府也正想通过成立练兵处集中全国新军的军政和军令于朝廷，牢牢地把新军兵权掌握在清皇室的手中，因此，对袁世凯的建议极表赞同。同年12月，练兵处在北京正式成立。慈禧太后任命皇族奕劻为总理练兵事务大臣，袁世凯为练兵会办大臣，皇族铁良为练兵襄办大臣。从表面上看，练兵处的大权是由清皇族所掌握，但实际上大权却掌握在袁世凯手中。因为练兵处成立不久，奕劻就以自己年老多病，奏请慈禧太后将练兵具体事务责成袁、铁“悉心经营”。铁良虽为满人，但年轻资浅，又缺乏练兵经验，而袁世凯却多年练兵有方，所以实际上掌握了练兵处的最高领导权。另外，练兵处下设的各机构要人都是袁世凯的亲信。袁世凯曾向慈禧太后推荐其心腹徐世昌、刘永庆、段祺瑞、王士珍等人，说他们“随同臣当差有年，知之最悉，均属切实可靠”。在他的推荐下，后来徐世昌升为练兵处提调，刘永庆升为军政司正使，段祺瑞升为军令司正使，王士珍升为军学司正使，练兵处的重要职位几乎全被袁氏集团的成员所包揽。袁世凯还通过练兵处，制定了各种章则法令，包括新军的编制、官制、训练、装备、薪饷等各项法令。通过这些措施，袁世凯控制了全国练兵的用人权、经费权、军械制造权和练兵考察权。掌握全国的练兵权为他迅速编练北洋六镇提供了有利的条件。他通过练兵处，吸全国之财，以供北洋一区练兵之用。他向各省摊派练兵费，将这些经费集中用于编练北洋六镇。如1905年，各省实际交练兵处的白银911万两，而其中600多万两用于扩编北洋六镇。
袁世凯扩军为的是扩张自己的军事势力，形成以他为核心的北洋派系。因此，各镇重要将领都是由他亲自选定，又几乎都是小站出身。
第一镇统制先后为凤山、何宗莲；
第二镇统制先为王英楷，后换张怀芝；
第三镇统制先为段祺瑞，后改为曹锟；
第四镇统制为吴凤岭；
第五镇统制为吴长纯，后改为张永成；
第六镇统制为王士珍，后改为赵国贤。
统制以下的统领（旅长）、统带（团长）以及一部分管带（营长）均出自小站时的旧班底。除第一镇因是旗兵，袁世凯不能完全控制外，其余五镇都是袁的嫡系部队。
除了六镇正规军以外，袁世凯还把驻直隶的淮军各营整顿改编为39营，分为前、后、中、左、右五路，以属下夏辛酉、张勋、李天保、徐邦杰、邱开浩分别统带，驻扎直隶各州县，作为北洋常备军的别动队。宋庆的武卫左军（又称毅军）共20余营，其中各将弁多系袁世凯先人旧部。1902年宋庆死后，由马玉昆接统，其中八营拨归姜桂题统率，倪嗣冲被任命为营务处长官，至1908年马玉昆死，毅军全部由姜桂题接收，纳入袁世凯的北洋军系统。这样，袁世凯以北洋大臣的身份统领着近10万全副现代化武装的北洋新军，形成了以他为中心的一个庞大的北洋军事团体，为他日后以军事力量操纵政坛、夺取政权奠定了基础。
木秀于林，风必摧之
表面上看，袁世凯建立北洋军易如反掌，但情况并不简单。练兵处之设，是继承督办军务处而来的，形式上是统一军政，收回各省兵权，而其重点很明显的是将北洋所练新军收回中央，这是中央与地方之争；清廷想通过练兵处削除汉人手中庞大的兵权，这是满与汉之争。督办军务处打算培植荣禄以替代李鸿章，练兵处打算培植铁良以代替袁世凯。前者荣禄保荐袁世凯督练新建陆军、发展武卫右军，义和团事变、庚子八国联军之祸成就了袁世凯。后者铁良虽曾参与京旗训练，但其才具资望远不如荣禄，其所恃仅为暗中谋划者良弼。但良弼回国未久，资历尚浅，不能放手活动，只有在练兵处招致士官派以对抗武备派。
军谘副使哈汉章说：
中国军队，最早多半行伍出身，自小站练兵，始取材于武备学堂。后来派遣学生到日本士官学校留学，近年学成陆续回国，因为北方军队的武备派成了一种势力，不能插进，所以分散各省。良赍臣（弼）系满洲镶黄旗籍，他是红带子，在旗人中有此崭新军事人才，而且才情卓越，故在北京能周旋于亲贵之间，时常游说：“我们训练军队，须打破北洋武备势力，应当找士官做班底，才能敌得过他。”枢要（反庆、袁的）中人都很领会。所以练兵处成立就调在湖北的士官第一期吴禄贞，第二期哈汉章、易迺谦、沈尚濂等；又向各省增调第一期卢静远、章遹骏、陈其采，第二期冯耿光等数十人来京，在练兵处担任草拟各项编制饷章及有关教育训练并国防上应有计划重要职务（也有参加兵部的）。于是练兵处就成为士官派的大本营，良弼即暗中作为士官派与北洋派争夺军权的领导者。
其时，袁世凯在北洋包揽军权财权，春风得意，人人对他无不侧目而视，言官纷纷纠弹，御史王乃徵直指其为元恶大憝，可见一时权臣之敢为，朝士之敢言。
王乃徵在弹劾袁世凯的奏章中言辞犀利，不留余地：
古今中外不闻举国兵柄利权挈而授于一人之理。今练兵之事，旨派庆亲王为总理，袁世凯为会办，兼有铁良襄办矣。顾庆亲王分尊事见，素不典兵，何从识武将一人？何能议军政一事？铁良之才，素无表现，愈益可想！然则大权在握者，固惟独袁世凯耳！观旨派提调三司，如徐世昌等皆该督荐举，素日为其心腹，将来济济师旅感挟纩之恩而指挥唯命者，岂复知有他人？又况督责天下之饷需，欲户部不得过问；举劾天下之将弁，欲兵部不得持权，既历史所未有，亦五洲所不闻。枝重有拨本之嫌，尾大成不掉之势，此其立召祸乱者五也。凡此五者，事至易明，理至易辨。昔宋臣欧阳修著有《为君难论》，引秦符坚听慕容垂之言而代晋，清泰帝听薛文遇之言而移晋祚，谓两君皆力扼群议，专信一人，以致亡国。臣恐今日之事，正有类此。
再，臣闻袁世凯之请派饷练兵也，所谓司马氏之心，路人皆知，岂果奋忠谋以维国势哉！……臣观国家二百余年，虽事变不一，从无强臣逼僭之嫌。何则？制驭有法，恩不至竭而生其慢，位不至极而长其骄耳！今该督年甫四十，曾无勋绩足录，而宠任之隆，已为曾国藩、李鸿章所未有满溢之戒。该督既不自知逾分之嫌，朝廷独不加虑乎？夫禁兵卫士自来必用旗藉，今宫廷之前皆列该督练军，是其爪牙布于肘腋也。京卿重秩必于勋旧有功，今杨士琦授参议，徐世昌擢阁学，皆奔走于该督而由所荐举，是其腹心置于朝列也。自来枢要重臣或由廷推或膺特简，而那桐之授外部，荣庆之入军机，人言藉藉，谓由该督托庆亲王保荐，是其党援置于枢要也。臣愚尤所不解者，从前大学士荣禄当国，该督所诌事而固结者，知有荣禄一人而已，其余枢臣尚皆仰该督鼻息。今春荣禄薨逝，闻该督皇皇失势不可终日。是时有天津罢市之事，朝命罢去印花税，不准借端科敛、巧立名目，该督愈益悚惧。何意数月之久，而庆亲王之倚信反有十倍于荣禄者。此次该督练兵筹饷之奏，闻兼拟进谕旨，庆亲王即袖之以入。枢臣如王文韶、鹿传霖等闻虽退有后言，而皆随同画诺。所有旨派提调三司，既由该督荐举，归所统辖，而皆尊以副都统之衔。又闻创立名目，有四科二十余股之称，至于官弁、饷需、军械、征调、度支，欲举吏、户、兵、工四部之权，一人总摄。群情骇异，谓疑于帝制，自为倚信，至斯可谓古无今有。臣窃私心揣测，诚知圣明轸念时艰，固将倚一重臣，以资柱石，而庆亲王之倚信不疑，亦必有冥冥然契合于无间。臣敢谓朝廷待之以赤心，而该督不报之以战栗哉！特是观人者，必究其本原；谋国者，必虑其深远。如该督之不惬于舆论，不信于朝臣，岂皆悠谬不足凭？而北洋两年一切举措若何，人人耳目周知，得失不难立辨。顾复欲假美名以济其私，握重权以便于己，一封朝奏，诏旨立颁，岂忠奸可以不辨、微渐可以不防乎？夫自古元恶大憝，非必先事即著，亦岂必初心所甘？恩极位极，权宠逾溢，而羽翼之攀附，国势之凌夷，复有所积渐而致之、相逼而成之耳！以今日国家兵赋大政悉听一人，专恣如此，即使忠纯如曾国藩、胡林翼、左宗棠，臣抑以为未可，况该督之断断非其人也。
此时京师空气，对于袁世凯异常恶劣，但袁世凯始终不能被政敌所撼动，仍是北洋六镇的实力在起作用。
袁、铁之争
1903年春，掌握中央军权的荣禄去世，满洲亲贵中能够制驭袁世凯的力量不复存在，双方争夺军权的斗争骤然激化，最突出的表现便是袁世凯与铁良的军权之争。
铁良曾为荣禄幕僚，得以与袁世凯交往。1902年11月，袁世凯以“才长心细，器识闳通”为由，奏请以铁良为京旗练兵翼长；12月又保铁良署兵部左侍郎；次年5月又请已授户部右侍郎的铁良仍会办京旗练兵事宜；练兵处成立后，又荐铁良为襄办练兵大臣。
铁良因屡受袁世凯提携，被时人目为“袁之爪牙”，与徐世昌、荣庆并称袁氏麾下“三君”。然而，铁良毕竟是满人之中“深于种族之见者”，曾谓“海外党人排满之说甚炽，以汉人久握军事大权，甚非慎固根本之计也”，因而与袁世凯有着根本的利害冲突；同时，袁虽屡荐铁良以至高位，但始终视其为附庸，而不予他实权。铁良对此自不甘心，随着“朝眷日隆”，“乃思夺世凯之权”。
袁、铁交恶，是从粮饷收放权的争夺开始的。