练兵处初设时，曾由庆王奕劻奏定“原拨新练各军饷项及续筹专饷，均解由臣处（练兵处）饷局收放，所有各项支发，按年由臣处核议奏销，无庸由各部核销，以免纷歧。其续筹各专款，统由臣处督催经理”。然而，袁世凯一手包揽练兵处，造成“向来各省协济练兵经费，及土药税费，均解由北洋粮饷局接收，练兵处只备案而已”。铁良掌户部后，立即从粮饷入手限制袁世凯势力的扩张。他先是拒绝袁世凯寄予厚望的印花税之请，不准袁世凯“借端科敛，巧立名目”，同时又利用手中之权“钩稽精核”，处处掣肘，致使“北洋财政竭蹶，不免牵萝补屋”，窘迫无状，袁因而对铁良大为不满。
军务方面，铁良虽然暂居篱下，但“彼此手下，俱有一各不相下之势隐在心中”。铁良为了与袁世凯相抗，进而取而代之，决心从培养自己的势力入手。此时乃有亲贵子弟良弼由日本学成回国，铁良倚之为谋主，遂以练兵处为大本营，广招士官学生安插其中，以力图形成士官派势力，打破袁世凯的北洋武备派势力。
袁世凯对于铁良、良弼等人的活动目的十分清楚。为了挫败铁良的计划，他立即运用权力调良弼出练兵处，至第三镇为标统。良弼毕业未久，即任标统，在外人看来当为殊遇，然而第三镇为袁氏私党段祺瑞所带，袁调良弼于“夙以屠名”的段氏手下，其目的无非是想将他严密控制起来。良弼心中也十分明白，故坚辞不往，运动调回练兵处。袁世凯闻讯大怒，“言将不用命”，并“以去就相争”，良弼只好复回军中，然而三个月后，在铁良的活动下，良弼“仍调京用”，袁世凯竟也无可奈何。
袁世凯扩军张势，引起了慈禧太后的警觉。1906年9月，厘定中央官制上谕下，规定“兵部著改为陆军部，以练兵处、太仆寺并入。应行设立之海军部和军咨府未设立之前，均暂归陆军部办理”。同时任命铁良为陆军部尚书，另两位满人为左右侍郎，中央兵权，遂尽落满洲亲贵之手。袁铁之争暂以袁世凯失败而告一段落。
铁良既掌陆军，立即着手削夺袁世凯手中的兵权，其采取的措施主要有：
第一，收各省军队归陆军部统辖。1906年10月，清廷颁布上谕。上谕说：“现在专设陆军部，所有各省军队，均归该部统辖”，欲借统一全国军政之名，夺取北洋六镇，削夺袁世凯兵权。这项举措，实际是军队由国家（清廷）控制还是由个人地方集团控制的一场斗争，亦即兵为国有还是兵为将有的斗争。对此，袁世凯心中十分清楚，认识到照此发展下去，对他十分不利，但瞻前顾后，要反抗又没有确保胜利的实力，只能以退为进，蓄势待时，不敢遽发，以图东山再起。于是奏请将第一、三、五、六这四镇“归陆军部直接管辖，无庸由臣督练”，而第二、四两镇，则因“客军尚未尽撤，大局尚未全定，直境幅员辽阔，控制弹压，须赖重兵”，故“请仍归臣统辖督练，以资策应”，试图以“多还少留”的手法试探清廷对他掌握部分兵权的态度。结果朱批“现在各军，均应归陆军部统辖，所有第二、第四两镇，著暂由该督调遣训练”。表面上清廷对袁做了让步，但“统辖督练”改为“暂由调遣训练”，却明白地显示出清廷准备在日后将二镇收回的意图。
四镇收归陆军部后，铁良立即任命满人凤山任练兵会办大臣，接统袁世凯交出的北洋四镇，从而将四镇控制于满人之手。
第二，收回高级军官的任免权。北洋诸镇成军之初，军官全为袁世凯一手安插，因而要职皆为袁氏心腹，军官之进退荣辱也全操于袁世凯一人之手。长此以往，他们与袁形成了浓厚的人身依附关系，只唯袁一人之命服从。练兵处成立后，其章程规定“遇有才具出众、堪资任使各人员，由臣处不拘阶途，奏请破格擢用。所有隶属臣处各武职，均由臣处分别注册，咨行兵部另档立案”。这样，袁世凯就可以名正言顺地安置党羽，培植私人势力，兵部却只能仅备案而已。铁良掌陆军后，为了打破这种局面，摧毁袁世凯的根基，决定先从高级军官入手，规定“欲收集天下兵权，凡天下各镇统制，皆由部奏请简派，督队官始由督抚委用”。这样一来，既可以排挤袁氏私党，又可将庆赏之权纳于己手、笼络军队以为我用，可谓一箭双雕。
第三，收北洋学堂归陆军部管辖。清末北洋六镇的编练成功，使清政府重新拥有了一支新型的武装力量，这是符合清王朝利益的。但另一方面，这支军队却有着严重的地方分权性质，特别是一系列北洋军事学堂的开办，更使袁世凯建立了自己的亲信网络，形成了北洋集团，以至于掌握了清王朝的大部分武装力量，这无疑引起了清廷的猜疑和忌恨。满族权贵们在实践中也逐渐认识到军事教育对掌握军权的重要性。铁良当初用士官派与袁世凯争权时，即因武备派成了一种势力，不能插进。掌陆军部后，铁良立即采取种种措施，将袁世凯所创之军校，全部归入陆军部管辖，以力图改变袁世凯等人对办军校事务的独霸，夺得了军事教育权，以保证清廷对新军教育的控制权。
第四，收回筹饷之权。军饷为军队之性命所系。袁、铁争夺新军筹饷权由来已久。陆军部成立后，为了加强对军饷的控制以扼制袁世凯势力的发展，铁良以接管练兵必须先清饷源为由，规定协饷均解由度支部转陆军部收。为了达到这一目的，铁良曾拟亲自以陆军部尚书兼署度支部尚书，以统一事权，后来虽然度支部尚书职务改由别员接任，但仍为满人，因而所有军饷牢牢地握在了铁良之手。
经过一番大刀阔斧的改革，铁良将原属于袁世凯的权力大都抓到自己手中，从表面上看取得了一定成效，实现了满洲亲贵梦寐以求的重掌兵权的愿望。然而，结果远非铁良等人所愿。这些措施产生的影响是有限的，盘根错节的北洋势力并未遭到廓清，袁世凯仍能在暗中掌握并控制北洋新军。这是因为：
首先，被铁良倚重的满洲将领凤山，对铁良并不忠心，和满洲亲贵青年也合不来，相反却与袁世凯关系密切。在接收北洋四镇之前，凤山就先去拜访袁世凯，面询机宜，因而人事任用等安排多出于袁的意见，北洋四镇实际还是庆王和袁世凯在背后掌握着。同时凤山接管四镇，操兵饷之权后，即效法袁世凯，以截旷之饷送往庆王府邸，大中奕劻之意。因而出现“尚书（铁良）权力日衰，而将军（凤山）又袭前人衣钵，炫耀一时”的现象，大出铁良意料之外。为了试图重新控制凤山，铁良以拒绝保凤山任陆军部侍郎相威胁，其结果反而使两人矛盾更加激化，这就必然影响到铁良对北洋旧部的淘汰改造工作。
铁良最头疼的还是北洋旧部。袁世凯尽管交出了部分兵权，但除第一镇外，其余几镇本是袁世凯一手编练而成，原有将校均为他一手选拔的心腹死党，即便是袁氏离开了他们，其影响力仍然是决定性的。袁世凯依然对这些军队保持高度的影响，保持一种可以左右军务的力量。故三、五、六镇名义上归陆军部管辖，但陆军部根本指挥不动。另外，老成的慈禧太后虽罢免了袁世凯的兵权，但并没有将他置之于死地的打算，仍然重用和维护他。
时任军机处领班章京的华世奎说：“自陆军部成立，收回北洋军队，部省摩擦日甚。袁督虽出第一、三、五、六四镇，而统制以下各级军官都是袁旧部武备派旧人。军部拟陆续以士官派更换，自非旧派所能甘服。”双方矛盾日益激化。为防止铁良的士官派与袁世凯的武备派因冲突而闹出事端，1907年3月，慈禧太后发布“奕劻着管理陆军部事务”的上谕。上谕中有“循私偏执，一并严惩”之语，显然是指责铁良排挤袁系过急，故以奕劻调处两者之间，防止酿成事故。足见满洲亲贵欲夺袁世凯的兵权，也并非轻而易举。