奕劻管部后，职权在铁良之上，因此军事系统的改组仍将在和袁氏有交情的人监督之下进行。奕劻素来党袁，乃人所共知。铁良曾想效法袁世凯以财货投其所好，将其拉到自己的阵营，便于奕劻生日时送以万金，不料奕劻说：“此不是来开玩笑乎？”奕劻本无货不收，而唯铁一处拒收，这对于铁良是一个很大的打击。在奕劻的牵制下，铁良举措失着。不久即有人谋倒铁良，其术极巧而工，致使铁良朝眷顿衰。其术其人为何，已不可知，但可以肯定，与庆、袁有关是无疑的。
同时，陆军部从袁世凯手中收回的四个镇也未完全保住。
1907年3月，东三省改设行省，徐世昌被任命为东三省总督兼管三省将军事务，并授为钦差大臣，而三省巡抚之职则分别为唐绍仪、朱家宝、段芝贵所得。一时间，袁世凯这些部将私党麇集东北地区，窃居了东三省的军政要职。徐世昌又借口巩固东北边防吃紧，要求带兵出关，为此奏请陆军部将“陆军第三镇全队拨赴东省，再于第六镇及二、四、五镇内抽拨步、炮、马各队，立混成两协，令赴东省，填扎外兵撤退地面，均归总督节制，以重边卫”。这样一来，原定部辖的北洋四镇中相当一部分兵权又被袁世凯在东三省的替身徐世昌夺走。袁氏集团就是用这种手腕，把铁良及其同党所掌控的六镇军队又夺去了一半。第三镇虽然名义上继续隶属陆军部，实际已在徐世昌管辖之下。至于第一混成协，不久连番号也失去了，它于1909年划归奉天，成为第二十镇的骨干。陆军部明暗吃亏，不仅失去它的一部分实力，还要出钱供养驻扎东三省地区的北洋军。北洋派依旧牢牢控制着北洋军队。不仅如此，原东北旧军40多营的张作霖部也收归北洋军支配。水涨船高，袁氏爪牙们的提升，表明袁氏集团的势力仍在潜滋暗长。
对于这种结果，满洲亲贵们自然不会甘心，他们仍然要求慈禧太后罢黜袁世凯。为了彻底削夺袁世凯的兵权，同年7月，袁世凯被内调为军机大臣兼外务部尚书。慈禧太后将袁世凯调京，表面上是提升他，给以主持全局的重任，实际上是让他离开直隶地盘，彻底失去对军队的直接指挥权，此乃削去实权予以高位明升暗降之计。但继任直督的却是袁所保荐的杨士骧。杨为袁亲信之一，受任后“一蹑故迹，不稍变，内外晏然，不知帅之易者”。直隶军政大权仍为袁世凯所牢牢控制。
主持外务部毕竟不是袁世凯之终志，他仍寻机夺取陆军部，袁铁之间仍然暗潮汹涌。早在袁世凯未入京之前，他就参劾铁良任用私人，毫无展布，将北洋数镇搞得前功尽弃。入京后，攻铁更加不遗余力。当慈禧问他奕劻贪否时，他说：“庆，人多谓其营私……其操守廉洁，实为当时之罕。尝闻本年（庆）寿时，宝（铁良）送寿仪巨，（庆）坚拒不纳，是之操履人所共知。而宝管军务不久，何来如许巨金？”庆王当初拒贿的目的原来在此，袁此时向慈禧奏明，用心颇深。铁良闻讯后，知自己已入他人圈套，急忙具折自陈说：“从前中央集权非创自奴才也，今果中央集权矣，而又有不愿者，请将奴才力予罢斥”，暗示袁世凯对于陆军部心怀叵测。此时慈禧对袁已有疑心，故对袁参奏铁良一事不予理会，却派奕劻赴铁良宅温谕慰留。袁世凯见势不对，急忙掩饰说：“我劾陆军，我岂能管陆军！”与铁良见面时又“力矢不管陆军”云云，其计终未得逞。但次年袁又向铁良提出：全国训练三十六镇新军的计划正在实行，统制、协统、标统和兵备、参谋、教练总办，非由武备学堂出身或久经训练新军者，不能胜任。今后各省添练新军，自统制以下各官，均应从北洋军中咨商调派，企图让自己的心腹爪牙去控制全国的新军，扩展自己的势力，手段愈加巧妙。如果袁世凯的计划得以实现，则全国的新军都将置于袁氏集团的控制之下。
载沣驱袁
历史往往是由一系列偶然的事件组成的。1908年，光绪皇帝和慈禧太后差不多同时去世。根据慈禧的遗命，溥仪继承皇位，载沣以摄政王身份监国。不久清廷即以袁世凯“现患足疾”，着“回籍养疴”，将他罢黜还乡。
载沣驱袁，一方面固然是为了发泄袁世凯当年戊戌告密之恨，但另一方面，驱袁也是满洲亲贵与袁世凯争夺军权的必然结果。载沣出使德国时，新见德皇族之威，军队之精，特请教于威廉亲王。亲王曾教以揽握兵权、整顿武备为第一要事，载沣感触颇深，监国后，即准备效法德国，集中军权。而在当时，内外军政方面，皆是袁之党羽，袁氏不去，即无法权归己手，因此袁世凯已成了载沣集权道路上的最大障碍，即使无光绪戊戌年之事，载沣也终将其去之。
袁世凯被罢黜回籍之后，仍与北洋集团保持着密切的联系，北洋诸将领心仍向袁。但与此同时，以载沣为首的皇族亲贵们也加快了集中兵权的步伐。1909年7月15日，载沣宣布由皇上亲任海陆军大元帅，具体事务由他代理。同时，将军谘处从陆军部中分出，由载沣之弟载涛和皇族毓朗共同管理。军谘处拥有制订军事行动计划，提名陆海军将领并指派参谋僚佐之权，成为军事首脑机关（1911年升格为军咨府）。良弼由陆军部军学司司长调任军谘使，尽管冯国璋也是军谘使，但实际权力由良弼掌握。同时，清廷中的亲贵又复利用湖北派陆军留学生，如卢静远、哈汉章等人，以挟持北洋派势力。中央军事机关如军咨府、陆军部、练兵处的重要人员，留日士官生回来的居其多数。其中，军咨府各厅处长悉为留学日本的士官毕业生，对于用人、行政握有相当的实权。
在北洋各镇中，北洋系的一统天下已被打开了缺口，士官生们也开始显露头角，其中所谓“士官三杰”吴禄贞、蓝天蔚、张绍曾均被任命为高级指挥官。吴禄贞取代段祺瑞出任第六镇统制，蓝天蔚出任第二混成协协统，张绍曾出任第二十镇统制。吴、蓝二人均为湖北人，且皆系革命党人。张绍曾虽为直隶人，且早就进入北洋军任职，但过去一直不受重用。如果不是武昌起义爆发，清廷被迫起用袁世凯，载沣这一“掺沙子”的政策定将还会继续下去。
据资料显示，从1901年到1910年，从日本帝国军事学院毕业的士官生共620名，其中大部分分布到北洋各军之中，而对于这些人，根本不能指望他们会坚定地跟袁走。可以说，载沣在扫荡政敌方面称得上大刀阔斧，不遗余力。但是，以袁世凯为首的北洋系的势力毕竟太雄厚了，北洋各镇，上上下下，各级军官数千人，均是袁世凯一手提拔起来，经过多年经营，私军性质已经定性，这些人心目中本来只知有他们的袁宫保，一时迫于朝命，虽都嘴上不敢说什么，而心中则无不期待袁世凯东山再起。载沣根本无法彻底把这些人撤换掉。事实上，载沣等人曾尝试用非北洋系的日本留学生，全面替换北洋高级军官，但最后还是失败了。可见，清廷和满洲亲贵们虽然剥夺了袁世凯的兵权，撤换了北洋系的一些高级军官，对袁世凯造成了沉重的打击，但是，对北洋系毕竟未造成毁灭性的打击，袁的潜势力仍然存在，袁世凯仍如卧山之虎，随时都有可能跃起。
谁拥有了枪杆子，谁就拥有了发言权
1911年辛亥革命爆发，袁世凯夺取政权的时机终于来临。武昌起义后，清廷命陆军大臣荫昌率一军进军湖北，冯国璋率第二军听候调遣。但北洋军不听荫昌调遣，荫昌束手无策；而冯国璋也按照袁世凯“慢慢走，等等看”的训示左右顾盼。军队怠战，局势益危，以载沣为首的满洲亲贵不得不向袁世凯低头，再度起用袁世凯收拾残局，授之以湖广总督并督办剿抚事宜。但袁认为时机未到，以“足疾未痊”为由拒绝出山。清廷无奈，只好授他以钦差大臣，准其节制各军，军咨府、陆军部不为摇制，从而将从袁手中夺得的军权又悉数奉还。
满洲亲贵召袁世凯出山，标志着袁世凯与满洲亲贵长期争夺中枢大权和军事大权的斗争，最后以满洲亲贵的彻底失败而告终。同时，也是行将灭亡的清朝统治末日的来临。袁世凯一旦军权再握，便立即用之将清廷逼入死地。
首先，他逼载沣请他担任内阁总理；其次，他把载沣的弟弟载涛挤出军咨府，代以荫昌。事后，又把另一位军咨大臣毓朗换了，代以自己的好友徐世昌；同时，又逼载涛辞去禁卫军头领之职，以自己的得力干将冯国璋继任之。对于禁卫军的官兵，袁世凯仍不放心，下令调该军出北京城，在城外驻扎，准备开拔。他另编一支拱卫军，交给心腹段芝贵负责，从而把宫城之内的寡妇孤儿（隆裕太后和宣统皇帝溥仪）操纵在掌心。最后，对于南方革命军，他决定讲价议和。这样，从军事方面说，使清政府最终垮台的，乃是北洋军队。这个历史结局，是带有必然性的。