确实，段祺瑞和冯国璋反对袁世凯帝制自为并非像蔡锷那样出于维护共和的目的，这两人反对袁搞帝制完全是为了一己私利。到袁政府的后期，两人的势力渐渐坐大，如果政体不改为君主制，则冯、段都有问鼎总统的可能，而一实行君主制，皇位世袭，冯、段就再无当上元首的可能。
段祺瑞被称为“北洋三杰”之虎，民国以后，段祺瑞久掌陆军，逐渐培植起自己的势力，因此袁、段之间开始有了芥蒂。
关于此事还有一段小故事。
袁称帝以前，小站旧人都恢复了跪拜礼，只有段祺瑞不肯跪，其他问题他都觉得无所谓，就是反对民国时代还要屈膝跪拜。这年正月，冯拉了段一齐到袁那儿去拜年，冯国璋较随和，劝他说：“芝泉，你别任性吧，皇帝和终身总统有何区别？跪拜礼和脱帽鞠躬礼又何尝不是一样？”两人见了袁世凯，冯国璋自己先跪下去，段祺瑞没有办法，只得依样画葫芦也跪下了。袁见这两员大将跪在自己面前，倒有点不好意思了，慌忙站起身来，哈着腰说：“不敢当，不敢当！”
两人坐了一会儿，又到袁克定处，也行跪拜大礼，心里当然是十二万分的委屈，谁知这位大少爷比他老子的架子还大，端坐不动，受之泰然。段祺瑞一肚子委屈，怒气冲冲地离去，他埋怨冯国璋说：“你看，老头子倒还谦逊不遑，大少爷却架子十足，哪里拿我们当人！我们做了上一辈子的狗，还要做下一辈子的狗！”冯也连连摇头说：“芝泉，莫说你发怒，我也忍耐不住，今后我跟着你走，我们不能再当一辈子狗了。”后来有人将冯、段的不满告诉袁克定，埋怨他不该摆架子激怒北洋的两员大将，谁知袁克定却淡淡地说：“这正是我的安排，这两个人都是老头子养大的，现在他们都有点尾大不掉，我若不折折他们的骄气，将来他们更不得了，难免不爬到我的头上呢！”
老袁在接受北洋系将领大礼时，总是喊着自己儿子的名字说：“你们快来还礼呀！”袁克定从不答应，俨然以未来储君自居。
这是小过节，然而，问题虽小，却足以使北洋系的将领对袁离心。不过这还不是致命伤，最致命的，是他们逐渐感觉到袁世凯不肯向他们说真话，又想解除他们的兵权，他们觉得“鸟还未尽而弓已藏，狡兔未死而走狗将烹”，既然老头子已不把我们当作自己人了，我们又何必对他忠心呢？
当袁世凯小站练兵，也就是袁氏集团草创之初，袁世凯心无旁骛地从事建军工作，所有的事他都亲力亲为，诸如新军规章制度的制定，遴选军官，训练制度的引进、完善等。随着袁世凯在政坛上逐渐得势，一人得道，鸡犬升天，北洋集团的势力也日益壮大，袁世凯以军事将领而成为封疆大吏，精力转移到地方行政上去了。而北洋军就交给“北洋三杰”负责了，以北洋三杰为首的北洋将领的权力也水涨船高。辛亥革命之后，袁世凯一跃成为民国总统，国事更加繁忙，军事上的事就完全交给了段祺瑞、冯国璋等北洋将领。
民国初年，“北洋三杰”之中，王士珍退出政坛，归隐正定；冯国璋坐镇南京，成为东南的一方藩镇；而段祺瑞则留驻中央，主管陆军部。三杰之中，以他的权势最大，终袁世凯任总统时期，除了在袁帝制自为的一段时间里，段祺瑞一直担任陆军总长，掌握全国的军权，不但北洋集团的军权握在段手中，就是各省非北洋系的军权，段祺瑞也能统筹调度。段祺瑞既为陆军总长多年，渐渐培养了自己的势力，当时军官选拔、提升都由段祺瑞负责，因此北洋军中的中下级军官多是段的学生和部属，段祺瑞在北洋系中的势力逐渐羽翼丰满。
原来，冯、段两人在北洋军中势均力敌，现在段的势力远远超过冯，冯国璋心中自然不满。
面对这种局面，袁克定劝袁世凯把兵权收回自己手上，同时另外组建一支新军，冯国璋也极力推动。
这样，袁世凯和段祺瑞之间的矛盾，在二次革命后就开始激化起来。
当时，留学日本的士官生中，蒋方震和蔡锷、张孝准并称“士官三杰”，蒋方震是当年日本士官学校的第一名，相当于中国的“武状元”，日本天皇还亲自颁给他一把军刀作为奖励，因此很受袁世凯的赏识。袁任命蒋方震为保定军官学校校长。但是因为事先没有和段祺瑞商量，段心存芥蒂，但是又不敢说袁什么，于是蒋方震就成了段祺瑞的出气筒。该校的经费归陆军部划拨，段祺瑞常常为难该校，身为校长的蒋方震负气自杀，但自杀未遂，乃愤而辞职。袁世凯改派蒋方震任总统府军事处参议。当时段以陆军总长兼任总统府军事处长身份，拒绝发委任状给蒋方震。事情被袁世凯知道后，勃然大怒，便又亲笔写条子，派蒋方震为军事处头等参议，并在头等上加了两个大圈圈。但蒋方震不想受段祺瑞的气，一直不到任，直到段解除军事处长兼职后，才去办公。此事对袁世凯的触动很大，于是，他开始了一系列不动声色的对北洋军的改造工作，开始逐步减削段祺瑞对北洋军将领的兵权。
袁世凯把全国兵权从陆军部收归到自己手里的第一个具体措施，是取消总统府军事处，成立陆海军大元帅统率办事处，削弱陆军部的权力。
陆海军大元帅统率办事处是1914年5月9日成立的，囊括陆军、海军、参谋三个部，袁本人凌驾其上，总揽军权。办事处设办事员，由陆军、海军、参谋三部总长及大元帅所派高级军官组成。
统率办事处成立后，段祺瑞的权势大大削弱，陆军部成为了办事处下的一个办事机构，陆军总长也退为办事员之一。段对袁的做法来了一个消极抵抗，不到部办公，一切事务交由他的得意门生、陆军次长徐树铮代为办理。
大元帅统率办事处成立后，袁世凯见收拢军权的第一步已经付诸实现，于是就开始在全国范围推行第二步废省改道、废督裁兵、集权中央的计划。
但是，废督计划还在筹划阶段就走漏了风声。北洋将领们立刻怨声四起。有人大发牢骚：“咱们出生入死替袁打天下，袁现在准备做皇帝，就想把咱们打入冷宫！”为了对抗废督计划，北洋将领互通声气采取各种手段抵制，有的要求发清欠饷，有的公然制造兵变。袁世凯见势不妙，考虑到北洋军毕竟是自己的老部下，他害怕闹僵了，于是就来了一个缓兵之计。一是先废除都督，改称将军，改名而暂时不改变职权；二是恢复前清文官掌握兵权的制度，将各省巡防营、警备队等地方部队划归民政长官管辖，以分地方军事长官的兵权。
6月30日，袁世凯下令在北京建将军府，并设将军的名号。在将军名号里大有文章，各省有兵权的将领冠以“武”字，没有兵权和地盘的则称“威”。如冯国璋为宣武上将军，段芝贵为彰武上将军，段祺瑞为建威上将军，蔡锷为昭威将军等。
按照袁世凯的解释，无论中央、地方，无论有没有兵权，都称将军，因此将军可以互调，在中央的将军仍可以出掌各省的兵权，而各省将军也可以上调到中央，这样就无损于将军们的威尊。但袁世凯的真正意图，是逐步解除地方上那些拥兵自重、尾大不掉的疆吏的兵权，逐步将他们调到北京来，用“将军府”的虚衔加以安置，最终完成他废省废督、集权中央的计划。因此，“武”将军只是一种暂时的过渡，最后，全国将军都将成为只有“威”风，而无用“武”之地的山猫。
袁世凯改造北洋旧军的第三个措施就是编练“模范团”。
一般来说，人们普遍认为，袁、段最终决裂是因为袁克定编练“模范团”导致的。
袁氏父子成立“模范团”显然是不放心北洋系将领渐渐坐大，想以新军取代北洋军，以取卸磨杀驴与暗度陈仓之计划。对此，北洋系的将领都感到寒心，他们感觉到袁世凯已经不再和他们一荣俱荣、一损俱损，不再是从前那个和北洋军荣辱与共的袁宫保大人了。
显然，袁世凯以北洋军起家，但天下局势还未稳定，就急欲取消北洋军，这是他一生之中最大的失策之处。
最初，袁世凯不愿太刺激段祺瑞和北洋旧将，因此把模范军改为模范团，模范团的性质与规模都有别于模范军，更像一个大规模的军官训练班，模范团筹备处处长为王士珍，由统率办事处直接管辖。
1914年10月23日，模范团正式成立，地址设在西城，袁世凯自兼团长，以曾任赤峰镇守使的陈光远为团副，王士珍、袁克定、张敬尧、陈光远为办事员，团本部设在北海。
显然，模范团是袁家班“大圈圈中的小圈圈”。
据史料记载，在筹建模范团之初，袁世凯决定让袁克定担任模范团团长一职，但遭到了段祺瑞的严拒。段以袁克定资格尚浅，不懂军事为由，断然提出了反对意见。袁世凯大怒，曾当面质问段祺瑞：“那么我任这个团长够不够资格？”厌恶之情，溢于言表。
模范团成立后，士兵由北洋军各师下级军官中抽调，又派荫昌从保定军官毕业生中抽调直、豫、吉、奉各省的280人为中下士，以北洋军各师中的上级军官为该团下级军官。袁预定模范团分作5期训练，每期训练半年，每期可产生四旅的新军军官，暂以训练十师的模范军官为目标。策划训练成熟后，袁特设“新建陆军督练处”。成立拱卫军步兵四旅、炮兵一团、骑兵一团、机关枪营一营、辎重营一营。模范团的军火都是购自德国的最精良的武器弹药。
但是，袁世凯显然心情太急，第二期就以袁克定为模范团团长。司马昭之心，从此路人皆知矣。袁克定到任后，自作聪明，特挑选一批中学以上学生与各师下级军官配合训练，毕业后因程度不够，仅能成立两旅，第一期成立者在后来编为第十一、十二两师，第二期后来仅编为第九师一师。袁世凯则每星期必乘马至模范团观操一次，观操的时候必召集军官训话。
袁世凯在军队中培养自己新的军事力量的同时，还有意冷落段祺瑞，平时对他的消极态度视而不见，但陆军部一出差错就找到他，训斥段一通。
有一天，袁召段进府查问一事，段回答说：“要到部查明。”袁世凯大为光火：“怎么还要查明，你的呈文不是已经送来了吗？”段祺瑞非常尴尬。因为他根本就没看过这份公文，是徐树铮代他签名送上来的。
袁世凯因此借题发挥，指责冯、段。他常对人说：“咱们北洋团体，还成一个什么样子的团体，冯国璋要睡到12点以后才起床，段祺瑞老不到部！”
袁政府和日本就“二十一条”进行谈判的时候，陆军部上了一道呈文，请求增加职员薪水，袁世凯做了如下批示：“稍有人心，当不出此！”
“二十一条”签署后，袁克定公开向人表示：所以要向日本屈服，只是因为中国不能抗日；为何不能抗日？因为陆军不能作战，陆军部务无人负责，因此袁政府不能孤注一掷，冒险去抗日，将签约之责，一股脑全推到段祺瑞的身上。
不久，陆军部发生茶役藏置炸弹案，日本报纸大肆宣扬此事为袁谋杀段的政治阴谋，这件事可能不是袁世凯干的，但是谣言的流传说明了袁、段矛盾已成了公开的秘密。
炸弹事件之后，段从此不再到陆军部上班。
徐树铮是段祺瑞最亲信的人，当然也就是袁世凯最讨厌的人。袁想将他调职，段祺瑞怒不可遏，与袁争论了起来，最后干脆威胁：“很好，请总统先免我的职，随后要怎样办就怎样办。”
回去后，段祺瑞向袁世凯呈上辞职函，不等批准就赴西山养病去了。
这正中了袁世凯的下怀，现在段祺瑞请辞正是求之不得，袁世凯于是就命“北洋三杰”之一的没有羽翼的王土珍出任陆军总长。
袁世凯选归隐已久的王士珍而不选北洋的另一大将冯国璋，个中原因人们十分清楚。
“北洋三杰”中，王土珍喜欢黄老，个性最随和。民国成立后，王土珍功成隐退，回到了正定原籍，不再过问民国政治，相比重兵在握、坐镇南京的冯国璋，王土珍归隐多时，手里没有军队，袁世凯自然对他比较放心。
早在1914年春，袁世凯就派长子袁克定到正定以叙旧的名义将王士珍接到了北京。王、段两人私交甚厚，王土珍不肯出卖朋友，一再表示不愿出任陆军总长，但见袁的心意已决，为自保起见，只好走马上任，挂个职务而已。
1915年5月31日，袁世凯派王土珍署理陆军总长，并下令给段祺瑞两个月的病假，赠人参4两，医药费5000元。后来，经过虚情假意的挽留后，袁世凯正式下令解除段祺瑞陆军总长的职务，这是1915年8月29日的事。
段离职后，陆军次长徐树铮也被撤职，袁世凯让肃政厅弹劾徐树铮订购外军火浮报40万元，于6月26日免去他陆军次长职，以田中玉继任。
袁、段之间由于段的病假、袁的明令给假而惹起满天风雨，外间普遍谣言袁、段已经正式决裂。为了辟谣，8月3日，段祺瑞不得不发表通电：
廿年前大总统在小站练兵时，祺瑞以一武备学生充下级武秩，与大总统素无关系，乃承采及虚声，立委为炮队统带，升任统制，不数年由千总微秩，擢道员、总兵、副都统各职。及大总统东山再起，祺瑞复见任湖广总督、陆军总长各职，以大总统知祺瑞之深，信祺瑞之坚，遇祺瑞之厚，殆无可加。是以感恩知己，数十年如一日，分虽部下，情逾骨肉。近数年来，祺瑞因吐血失眠，吁恳息肩，乃包藏祸心之某国报纸，以挑拨离间之诡计，直欲诬祺瑞为忘恩负义之徒，甚至伪造被人行刺之话，更属毫无影响。不得不略表心迹以息讹言。
中国官场向来是谣言越辟越真，段所谓行刺及某国报纸，指的就是陆军部发生的茶役偷置炸弹案，日本报纸指为是袁欲谋杀段的政治阴谋。