丁卯（明熹宗天启七年）
六月，海寇郑芝龙等犯闽山、铜山、中左等处。
芝龙，泉州南安县石井巡司人也；或曰，漳州府之漳镇人。芝龙父绍祖为泉州库吏，蔡善继为泉州知府。府治后衙与库隔一街相望。芝龙时十岁，戏投石子，误中善继额。善继擒治之，见其姿容秀丽，笑曰：『法当贵而封』，遂释之。
不数年，芝龙为父所怒，持棍逐之。芝龙大恐，与其弟芝虎奔海上船，乃恳巨商携往海外。芝龙姣媚妩顺，音律、樗蒲，靡不精好。同抵日本，日就岛主宴饮歌舞。时主室有文君，悦之，乃日本长崎王之族女，即赐姓成功生母也。
再一年，前舰复至，乃附归，所娶、所生，姑留日本。至中途，为海盗劫夺，芝龙只身随舰，货作千金，分与主寨之首领颜振泉。海有十寨，寨各为主，芝龙之主，又主中主也。
停半年，主有疾，疾且死，九主为之疗祭。芝龙乃泣而求其主曰：『明日祭后，必会饮，意欲求众力为我放一洋，获之有无多寡，系我之命』。时缓言恳之，主如言，众情允乐。劫得四船，货物皆自暹罗来。每艘分其半，九主重信义，尽畀之，富逾十主矣。
海中以富为尊，主亦就殂，芝龙升为十寨中之一。时则通家耗，辇金还家，置苏杭、两京细软宝玩，兴贩琉球外国等物。沿海州县，抢掠一空，官兵莫能抗。始议招抚。以蔡善继尝有恩于芝龙，因量移泉州道，以书招之。芝龙感恩，为约降。及受降之日，善继坐戟门，令芝龙兄弟囚首自缚请命。芝龙素德善继，屈意下之；而芝虎一军皆哗，竟叛去。
天启六年丙寅春，遂据海岛，截商粟。闽中洊饥，望海米不至，于是求食者多往归之。七月，劫商民船，势侵大。其党谋攻广东海丰嵌头村以为穴。十二月，芝龙乃入闽，泊于漳浦之白镇。巡抚朱一冯遣都司洪先春率舟师击之，而以把总许心素、陈文廉为策应。鏖战一日，胜负未决。会海潮夜生，心素、文廉船漂泊失道。贼暗渡上山，诈为乡兵出先春后，先春腹背受敌，遂大败，身被数刃。然芝龙故有求抚之意，欲微达于我兵，乃舍先春不追；获卢游击，不杀；又自旧镇进至中左所，总兵俞咨皋战败，纵之归；中左人开城门求不杀，芝龙约束麾下，竟不侵扰。
警报至泉州，知府王猷知其详，乃曰：『芝龙不追、不杀、不焚、不掠，似有归命之意。今剿难猝灭，抚或可行，不若遣人往谕退舟海外，仍许立功赎罪，有功之日，优以爵秩』。兴泉道邓良知从之，遣人谕意。
戊辰（怀宗崇祯元年）
春正月，工科给事中颜继祖劾福建总兵俞咨皋，下狱。
初，巡抚朱钦相招抚海寇杨六、杨七等。芝龙求返内地，杨六绐其金不为通，遂流劫海上。继祖上言：『海盗郑芝龙生长于泉，聚徒数万，劫富施贫，民不畏官而畏盗。总兵俞咨皋招抚之议，实饱贼囊。旧抚朱钦相听其收海盗杨六、杨七以为用。夫抚寇之后，不散于原籍，而咨皋招之海，即置之海。今日受抚，明日为寇。昨岁中左所之变，杨六、杨七杳然无纵，咨皋始缩舌无辞。故闽帅不可不去也』。疏入，逮咨皋下于理。
三月，禁漳州人贩海。芝龙纵掠福建、浙江海上。
六月，议招海寇郑芝龙。
九月，郑芝龙降于巡抚熊文灿。工科给事中颜继祖言：『芝龙既降，当责其报效』。从之。
己已（崇祯二年）
春二月，海寇李魁奇伏诛。魁奇本郑芝龙同党，芝龙忌之，击斩粤中。
夏四月，广东副总兵陈廷对约郑芝龙剿盗。芝龙战不利，归闽。不数日，寇大至，犯中左所近港。芝龙又败。寇夜薄中左所。
辛未（崇祯四年）
春正月，上召廷臣及各省监司于平台，问福建布政使吴旸、陆之祺：『海寇备御若何』？旸曰：『海寇与陆寇不同，故权抚之。但官兵狃抚为安，贼又因抚益恣，致数年未息』。上曰：『前抚李魁奇，又何杀之』？旸曰：『魁奇非芝龙比，即抚终不为我用。今锺斌虽抚，亦反侧不可保也』。上问：『计将安出』？之祺曰：『海上官兵肯出死力，有司团练乡兵，多设火器，以守为战，剿之不难』。上问巡抚熊文灿，旸曰：『文灿才胆俱优，但视贼太易，故前有吉了之败』。之祺曰：『锺斌与郑芝龙势不两立。七月间，斌扰福州，抚臣计诱往泉州。前闻抚臣同芝龙讨贼，僇其兄，贼遁去』。问广东布政使陆问礼，对曰：『广东海寇俱自福建至，舟大而多火器，兵船难近；但守海门，勿令登陆，则不为害』。
壬申（崇祯五年）
冬十一月，海盗刘香老犯福建小埕，游击郑芝龙击走之。
癸酉（崇祯六年）
夏六月，海盗刘香老犯长乐。
甲戌（崇祯七年）
夏四月，海盗刘香老犯海丰。
十二月，总督两广熊文灿奏道将信贼自陷。时文灿令守道洪云蒸、巡道康承祖、参将夏之本、张一杰往潮州海角之道山，调集猺獞蛮黎与土汉诸军入海招降刘香老；不三日，香老诈降，两道两将皆被执入海。上以『贼渠受抚，自当听其输诚，岂有登舟往抚之理？弛备长寇，尚称未知，督臣节制何事』？命巡按御史确核以闻。已令文灿戴罪自效。
乙亥（崇祯八年）
夏四月，福建游击郑芝龙合粤兵击刘香老于田尾远洋。
初，刘香老蹈芝龙故辙，仍为海边患。芝龙知其技力窘乏，视风色之东西，潮头之上下，穷逼追击，几无泊处。香老恨已甚，访芝龙之在漳镇，选遣心膂，直捣芝龙之室，或杀或擒，期了局以杜后患。芝龙先知之，假叹曰：『我自就抚以来，为贪官污吏索缚，正欲仍来入伙，今众义来邀，喜不可说』。即遣家眷行李登所来之船，并锅铁器械、海中所需必欲取之市者，无不席卷。芝龙曰：『室中酒肉甚多，何不畅饮、啖空而去』？速令治具，取精腆丰美者恣为饱啖，后则数拳高歌，更为碗酒块肉，极量忘怀。海中来党至醉，极酩酊矣。醉而酩酊者，腰刀快斧，咸挂于壁，或眠或坐，笑谑罔顾。芝龙阴伏兵于屋上，忽鸣锣一声，皆明甲明盔，奋勇从屋跳下。海中之党，或醉卧未起，或解甲高歌，皆砍杀无遗。芝龙仍命舟中取上家口，解脱来人衣甲，家丁披挂，驾彼来船。芝龙挺立桅下，开船下海。刘香老遥望本船与驾船服饰稍别，再睨船前独立果系芝龙，大喜，呼曰『来矣』！芝龙拱手而应曰：『来矣』！立跃上岸，乘其不备，举刀乱砍。香老见势蹶，胁兵备道洪云蒸出船止兵。云蒸大呼曰：『我矢死报国，亟击勿失』！遂遇害。香老举火****死，精锐皆尽。康承祖以老疾，卒于海。夏之本、张一杰脱归。
八月，香老家属六十余人，部属千余人，至黄华降于温处参军。
庚辰（崇祯十三年）
秋八月，加福建参将郑芝龙署总兵。
芝龙既俘刘香老，卷其资蓄，复来漳镇。其八主皆为芝龙劲旅，从此海氛颇息。通贩洋货，内容外商，皆用郑氏旗号，无儆无虞，商贾有廿倍之利。芝龙尽以海利交通朝贵，寖以大显。
癸未（崇祯十六年）
冬十一月，设南赣兵三千，以副总兵郑鸿逵统之。
甲申（崇祯十七年三月，北京陷，崇祯亡。世祖章皇帝顺治元年。福王即位南京）。
春正月，兵科给事中曾应遴荐副总兵郑鸿逵缓急可用，诏益南赣兵三千，命鸿逵镇守。
五月十五日，诚意伯刘孔昭、司礼监韩赞周等立福王，即位南京，改元宏光。兵部尚书史可法请督师江北，凤阳总督马士英入专国政。
封福建总兵官郑芝龙为南安伯，赐蟒衣。
乙酉（大清顺治二年，宏光元年。五月，南京破，宏光亡；闰六月，唐王即位福州，改元隆武）。
封郑鸿逵靖虏伯。
左良玉下武昌，破九江、安庆，至池州。时阮大铖、黄蜚屯板子矶，郑彩屯三山峡，黄得功屯芜湖。阮大铖筑垒板子矶小山上，造二浮桥达北岸。诸军俱舣舟矶下。天大雾，郑彩溯江而上，劫左营，夺其舟数十艘于紫沙洲梅根，转战而前。黄蜚嫉其功，拦江，不听彩艘下。左兵追之，炮击彩舟，伤百余人，杀四将领。彩讼之朝，蜚亦以彩越汛地邀功致败，互相讦奏。朝命大铖两平之。
大清兵既破扬州，沿江窥渡。郑鸿逵率水师御之京口。大清兵编筏张灯向镇江，而别由老鹳河渡。
五月，大清兵开闸放舟，蔽江而南。郑鸿逵、郑彩见之，杨帆东遁。
大清兵渡江，福王走至芜湖，为降将刘良佐擒解豫王。郑鸿逵、郑彩守镇江，拥舟师不战，走还闽。至浙，于江口逢唐王，鸿逵奉之至福州。福建巡抚张肯堂、巡按御史吴春枝、礼部尚书黄道周、南安伯郑芝龙等会议监国。鸿逵固请正位，以闰六月十五日即位，改元隆武。起曾樱、何吾驺等入阁办事。晋封芝龙为平虏侯，寻封平国公；鸿逵为定虏侯，寻封定国公；芝豹为澄济伯；郑彩为永胜伯；赐芝龙长子森国姓，名成功，封忠孝伯。赐姓以天启甲子年七月十五日生于日本，母颜氏出也；芝龙后遣人将母子取回。又封芝龙部将施天福为武毅伯，洪旭为忠振伯，林习山忠定怕，张进忠匡伯，陈辉忠靖伯；鸿逵部将陈豹为忠勇侯，林察为辅明侯。
八月，隆武诏至粤西，有靖江王称监国，不奉诏；总制丁魁楚、巡抚瞿式耜擒送至闽，斩之。
十月（此二字疑为衍文），芝龙集廷臣议战守事宜。自僊霞关外，守者共一百余处。其战兵，以元年冬操练，二年春出关。一支出浙东，一支出江右。略计兵共二十万，合八闽、两粤饷计之，不支一年。郑芝龙遣给事中梁应奇入广督饷。应奇往督，因参迟误者数十人，俱奉旨提问；然迟疑未有提至者。潮州知府杨球欲入朝，闻旨遂止粤界，不敢入。
芝龙又令抚按以下，皆捐俸助饷。官助之外，有绅助。绅助之外，有大户助。又借征次年钱粮。又搜括府县库积存银，厘毫皆解。不足，又大鬻官爵：部司价银三百两，后减至百两；武扎仅数十两，或数两。娼优厮隶，尽列衣冠，但无俸、无衙门，空衔而已；然借此倩轩盖、雇仆役，拜谒官府，鞭挞邻里，甚至府县莅讼，两造皆称职官，立语不跪，互殴于庭而莫可制。
郑芝龙所招关门兵，不过数百疲癃。廷臣请出关者章满公交车。隆武每欲躬履行闲，而芝龙俱以缺饷为辞。
十月，隆武未有嗣，芝龙令子郑森入侍。隆武意有所向，先赐国姓，改名成功（此八字疑为衍文），成功辄先得以告芝龙，由是廷臣无敢异用者。芝龙、鸿逵自恃有援立功，骄蹇无礼。唐王尝赐宴大臣，芝龙以侯爵位辅臣上。大学士黄道周引祖制武臣无班文臣右者，固争之，遂首道周，芝龙怏怏不悦。诸生有佞芝龙者，上书言道周迂腐，非宰相才；唐王怒，敕督学御史杖之。芝龙又荐其门下士朱作楫为吏科给事中、叶正发为户部主事，皆不允；以是益怀怨望。唐王行郊天礼于南台，二郑皆称疾不出。户部尚书何楷劾奏：『郊天大典，芝龙、鸿逵不出陪祭，无人臣礼，当正其罪』。唐王赏楷有风裁，即日令掌都御史事。已而鸿逵挥扇殿上，楷呵止之。二郑皆怒。楷知不为所容，亟请告退。唐王欲曲全之，允其回籍，俟再召。楷至中途，盗截其一耳以去，抵家未久死；盖芝龙令部曲杨耿害之也。兵科给事中刘中藻亦以忤郑氏去。有密告芝龙揽权者，隆武辄责芝龙；芝龙怒，佯欲谢事。隆武心知芝龙不可恃，无以制之，因复固留曰：『此非朕意，乃某人言也』。芝龙潜中伤之。于是左右无一同心矣。
廷臣屡请命芝龙出关，芝龙亦知不出关无以服众心，因分兵为二，声言万人，实不满千；以郑鸿逵为大元帅出浙东，郑彩为副元帅出江西。隆武仿淮阴故事，筑坛郊拜而送之。二帅既出关，疏称候饷，不行，逗遛月余，隆武下诏切责曰：『倘畏缩不前，自有国法在』。二帅不得已逾关行四、五百里，仍疏言饷绝，留住如故。
大学士黄道周愤师不前，因请以募兵江西，以江西多其门生子弟也。隆武命芝龙与之资，芝龙不予一钱。隆武给空札百函为行资。道周以札联络忠义，纠合乡勇，得九千人，驻广信，与杨廷麟、万元吉相应，出兵金衢，前后斩级数百。适衢抚与议不合，忌其师屯境上，密疏其短，道周不知也。继而请兵请饷，绝不一应。及知其由，遂决意长驱，深入婺源，出徽。婺源令，其门人也。北帅张天禄执令妻子，命令设计诱道周至明堂里执之，并从军主事赵士起、中书毛之冰、蔡时培、赖叔儒俱送南京，不屈见杀。
时阁臣蒋得璟（明史作「蒋德璟」，卷二百五十一有传）自请行关，相机督战，隆武许之。比至，则疲兵弱卒，朽甲钝戈，无一可为，因叹息告病去。
郑遵谦起兵江上，与张国维、陈函辉、熊汝霖等迎鲁王于台州监国，驻绍兴。遣都督陈谦奉书至闽，久住衢州，持两端，云鲁王已封芝龙靖卤侯，欲以此邀封于唐王。唐王敕芝龙取其侯印为验，谦赍印，唐王即召入关，启函称「皇叔父」，不称「陛下」，隆武大怒。御史钱邦芑劾其久住三衢，徘徊闽、浙之界，自以举足左右，足为重轻，因欲要取封侯，以闽要浙，以浙要闽，祇恃构鬪之谋，敢行挟制之术。又历数其在衢****不法状。遂下之狱。谦，武进人，乙酉春赍宏光诏封芝龙南安伯，比读券，误书安南，谦谓芝龙曰：『南安仅一邑，安南则兼两广，请留券易诏』，厚赠而别。及半途，而南京变，谦遂留闽。芝龙德之，故力为申救，行贿五千金于邦芑，请免谦死。邦芑惧以闻于唐王。遂决意杀之，即命邦芑监刑。芝龙闻之，过市，命且停刑，亟入朝见唐王，请以官赎谦死。唐王密斥行刑，故与芝龙久语慰劳之，过期，芝龙出，而谦已斩矣。芝龙伏尸哭极哀，以千金厚殓之。从此益怀异志。