先是，芝龙、鸿逵已密遣人通内院洪承畴、御史黄熙允（胤），及闻钱唐信息，因疏称『海寇猝至，今三关饷取之臣，臣取之海，无海则无家，非遄征不可』。拜表即行。隆武手敕留之曰：『先生稍迟，朕与先生同行』。使奉敕至河，而芝龙飞帆已过延平矣。
芝龙既去，守关将施天福声言缺饷，尽撤兵还海。僊霞岭二百里间，空无一兵，惟所遣守关主事及内臣文员侦探兵信以闻耳。
丙戌（顺治三年、隆武二年）
二月，江楚迎驾疏相继而至，唐王遂决意幸赣，与湖南为声援。芝龙欲挟君以自重，固请回天兴，命军民数万人遮道号呼，拥驾不得行，乃驻驆延平。芝龙初以海寇受抚，虽晋爵五等，与地方有司不相统属，闽士大夫辄呼之为「贼」，绝不与通。及拥戴唐王即位，芝龙位益尊，权益重，全闽兵马钱粮皆领于芝龙兄弟。是芝龙以虚名奉君，而君以全闽予芝龙也。故芝龙不肯听唐王出关，思长有闽也。
三月，大清贝勒王驻兵钱唐北岸。
五月，江上师溃。
六月初一日，大清兵渡江，江潮不至。方国安、马士英欲献监国为投降计，遣人守监国；守者忽病，乃得脱，遂上海船，遁入舟山。督师张国维、兴国公王之仁、兵部侍郎陈函辉、大学士朱大典俱死之。方逢年、方国安及刑部尚书苏壮俱薙发投诚。马土英、阮大铖犹拥残兵数千，请入关，隆武以其罪大，不许。士英前后七疏自理。有李蘧者，士英私人也，与唐王有旧，密疏言：『士英有治兵才，与阮大铖皆宜在使过之列』。唐王特允士英以青衣视事，戴罪立功，但无钱粮兵马专任。士英计穷，逃至天台寺为僧，为大兵搜获。阮大铖迎降。贝勒俱令随内院办事。大兵过顺昌，获龙扛，搜之，得马士英、阮大铖、方国安父子及方逢年连名请驾出关为内应疏，在已降后。大铖方游山，闻信，知不免，自投崖死；仍命戮尸。士英等四人俱斩于延平城下，家眷百余口悉给赐兵丁。时杉关守将陈秀、陈曦投降，而僊霞关无一守兵，寂如也。
大兵过延平而东。时隆武定计入赣，已至汀洲，见兵未至，因停一日晒龙凤衣。忽有数十骑叩城曰：『我扈跸兵也』，门者纳之。陈谦之子追至，直入行宫，遂及于难。
九月，大兵入泉州，德化知县陈光晋迎降。既而汀、漳皆陷。惟郑芝龙退保安平，军容烜赫，战舰齐备，炮声不绝，响振天地，楼船尚五百艘。因前通洪承畴信未到达，故不敢迎降，乃使人言其撤兵不守，以待大兵之至，有功，当得大用。贝勒知泉绅郭必昌与芝龙有旧，因遣招之。芝龙曰：『我非不欲忠于大清，恐以立唐王为罪耳』。会大清固山兵逼安平，芝龙怒曰：『既招我，何相逼也』！贝勒闻之，乃切责固山，令离安平三十里驻军，别遣内员二人持书至安平。书略曰：『吾所以重将军者，以将军能拥立也。人臣事主，苟有可为，必竭其力，力尽不胜天，则投明而事，乘时建功，此豪杰事也。若将军不辅立，吾何用将军哉？且两粤未平，今铸闽粤总督印以相待。吾欲见将军者，欲商地方人才及取两广事宜也』。芝龙得书大悦，劫众议降。诸将多不欲。有周崔（鹤）芝者，以死谏，不听。其弟鸿逵、芝虎皆劝芝龙入海，曰：『鱼不可脱于渊』，芝龙不从。其子成功涕泣力谏，芝龙不听。于十一月十五日至福州朝见贝勒，握手甚欢，折箭为誓。芝龙益喜，命酒痛饮，赂遗不可胜计。饮至三日，夜半，忽拔营起，遂挟之北去。至京，封同安侯。
闽事略定，贝勒将归，邀芝龙送之。贝勒过芝龙舟，必进一食，必加赞叹，见一人，必加褒奖，信宿乃去。芝龙过舟投谒，贝勒疑之曰：『我所用人，粗悍卤莽，何足当公意』？命悉取芝龙舟中庖厨仆从来供饮食，侍左右。芝龙乃大喜，不知堕其术中也。留信宿。已出闽，乃谓芝龙曰：『公功高，同我入京一见天子如何』？芝龙以未宿戒辞。曰：『公之左右仆从，悉在此矣，岂忧无行李费』？命取二万金置舟中。令从行者五百人皆拘置别营，不可相见。对面作家书数行，但称本朝恩德，嘱其家世世无忘。已又曰：『北上面君，是我本愿，但子弟拥兵海上，素非驯良，脱有不测，我且奈何』？贝勒曰：『即有之，无与公事，且亦非吾虑所及也』。
芝龙既降，其家人以为可免暴掠，遂不设备。贝勒至安平，乱兵大肆淫掠，成功母亦被淫自缢死。成功大愤，剖其母腹，出肠涤秽，重纳之以殓，发丧后遂起兵。
丁亥（顺治四年，隆武亡。是岁，桂王即位于肇庆，改永历）
初，芝龙撤兵，密谕成功，欲与俱见贝勒，成功不从，鸿逵阴令逸去。至是，率所部入海。芝豹独奉母居安平镇。
郑彩率舟师至舟山，迎监国鲁王南下。鲁王封郑彩为建威侯，寻晋建国公；其弟郑联为定远伯，寻晋侯。郑彩及阁部熊汝霖进取福宁州，诸县响应，遂入兴化府。熊阁部鼓舞义兵，诸起义者皆来给札，兵至数万，然多乌合。郑彩谋夺其权。虽与之结姻，忌之，乘夜遣兵攻其舟，并全家杀之。于是义兵愤怨解体。时义兵所在蜂起，汀、邵并乱，据建宁，闽邮为阻。
是夏，朝中命三大人陈锦、佟国器、李率泰督兵至，破建宁，屠之，所失州县尽复。
郑彩至海坛，复为乡兵所败，遂同鲁王至厦门。时郑联亦纠合浦南桥义兵杨重等攻入漳浦县，以洪有祯为县令。未几县破，有祯被执，不屈，遂剐。郑联率义兵攻海澄县，然见敌骑即走，争舟堕水死者甚众。平和县曾庆等与诏安等处义兵立德化王慈烨，据将军寨，陷大田，攻顺义、将乐，然皆为大兵所败。
初，隆武之亡也，旧相苏观生、何吾驺俱遁回广东，与布政使顾元镜于十一月立唐王弟聿■〈金粤〉监国，改元绍武。十二月，大清总兵李成栋率兵袭广城，副将杜永和获绍武，并周王、益王、辽王尽斩之。苏观生从死，吾驺、元镜皆降。
福建既陷，两广总制丁魁楚与广西巡抚瞿式耜会议监国。式耜首为言永明王贤，且为神宗嫡孙，应立。王讳由榔，桂王之子，初封衡阳，以寇乱徙梧州。会桂王薨，王以衰绖于十月十四日监国，改元永历，以肇庆府署为行宫。丁魁楚、吕大器为大学士，式耜以吏部侍郎兼阁学掌铨事。封总兵陈邦傅为思恩侯，寻晋庆国公。后广西破投诚，率兵追永历，为李定国所擒，父子俱死。
时成功往南澳募兵，而兵将战舰，百无一备。闻永明王自立粤西，遥奉永历年号，称「招讨大将军罪臣」，以众三百人泊于厦门之鼓浪屿训练，即今中左所也。浯州者，金门也。委黄恺于安平镇措饷。芝龙旧将咸归心焉。
七月，成功以洪政、陈辉为左右先锋，杨才、张进为亲丁镇，郭泰、余宽为左右镇，林习山为楼船镇，入寇海澄，札营祖山头。数日，援兵至，洪政中流矢，与监军杨期潢俱被杀，不克而还。
八月，与郑鸿逵合兵围泉州，列营桃花山。大清提督赵国佐率数百骑冲之。张进、杨才逆战，鸿逵遣林顺等夹击，大胜之。别遣水兵破溜石炮城，我参将解应龙死之，军声大振。泉绅郭必昌之子显欲内应，国佐杀之，灭其家。
九月，我副将王进自漳来援，成功解围走。
戊子（顺治五年、永历二年）
闰三月，成功攻同安，守将廉郎、知县张效龄遁，遂入之。复寇泉州。
七月，陈锦、佟国器、李率泰援之，成功乃退。大兵屠同安，郑氏镇将邱晋、林壮猷、知县叶翼云、教谕陈鼎咸被杀，凡死者五万余人，「同安血流沟」之谶应焉。（先是，同之诸生陈姓、绰号「泥鳅」，自省回，至罗汉山中，所称「生阎罗」者授以片纸云：『泥鳅死半途。同安血流沟。嘉禾断人种。安平成平埔』。陈生果至小盈岭而死。是后凡获满兵，辄断掌放回以应之。然后来安海城竟毁拆，而厦门竟迁空无人历一纪云）。
是岁大饥，成功及建国公郑彩各发兵民船至高州籴米。高州为思恩侯陈邦傅所辖。成功船免饷，余照丈尺征饷。船有千余，多是民船。斗米，闽中近千钱也。
时成功将士分驻各岛。监国鲁王别将平夷侯周崔（鹤）芝、闽安侯周瑞、定西伯张名振、总兵阮美等守舟山之沙埕。郑彩、郑联等守厦门、金门。郑鸿逵守安平之白沙，使其将陈豹守南澳。成功泊厦门；以亲丁三百人，遣其叔锦衣卫郑芝鹏护家眷，使张进守铜山所，太子太师郑香守海澄港之石尾，有众数千人，后为大兵所败，二子郑广、郑海死焉。然粮饷缺乏，取之民间；而郑彩营将章云飞等扰民尤甚。郑鸿逵遂率舟师至潮州随地取饷。