己丑（顺治六年、永历三年）
广东提督李成栋反叛，迎永历。于是永历有诏使至，以为恢复在即，诏各勋镇考试诸生赴广省入场。成功遂考送生员叶后诏、洪初辟等十数人，令黄志高赍疏赴广。舟至潮阳，遭风飘坏，余人不得达，独黄志高至粤，诏以志高为兵部职方司主事，使监成功军，命以舟师直取南都；其后成功入寇长江，承此诏旨也。诏使并赍秦王孙可望告示一张，其文云：『秦王告谕天下』，中闲叙湖、广（夺「杀」字）敬谨王、四川杀八固山之捷，入滇擒逆黔父子云云。又檄文一册，中有云：『恢复两京者准封为公，一省者封为侯，四府以上者封为伯；今有无尺寸之功，而擅封五等之爵』云云。又定西王李定国告示一张，其文云：『西宁王奉秦王令旨』，中闲叙破广西定南王孔有德焚死之捷云云。
三月，成功遣施琅、杨才、黄廷、柯宸枢等寇漳浦。副将王起俸密赴纳款，谋泄，弃家由龟镇至铜山投见，成功授伪都督同知，挂统练军门印，令管北标将。
十月，成功舟进云霄港，由白塔登岸，分道并进。云霄守将张国柱迎战，为左先锋下伪副将施显所杀，遂攻城。中军姚国泰拒守。城陷，国泰重伤。成功获之，令医调治，送军前效用。进抵诏安，札营龙峰、磁灶等处。令中冲镇柯宸枢、左冲镇（应作「援剿左镇」）黄廷、右冲镇林（应作「洪」）习山等守盘陀岭，以遏漳援。漳镇王邦俊、副将王之刚调集各州县守兵合攻盘陀岭。是日大雾，海师咫尺不辨，柯宸枢及其弟中军宸梅俱战死。
十一月，成功解诏安围，督兵由分水关入潮州，抵黄岗。时潮属多土豪拥据，三河坝有吴六奇，黄岗有黄海如，南洋有许龙，澄海有杨广，海山有朱尧，潮阳有张礼，碣石有苏利。时武毅伯施天福来见成功，黄海如亦至。海如说成功取潮阳县，资其富饶，且近海口，有海门所、达濠浦可以抛泊海艘，通运粮米，且须由南洋鲎澳过达濠浦，方可至县，恐许龙、张礼为梗尔。成功遂令移兵南洋，许龙逆战，败走汉阳。旧将陈斌来归，伪授后劲镇。杨广、朱尧、唐玉各迎降，遂移兵鲎澳，张礼拒命，立破其达濠、霞美二寨，进攻青林寨，张礼乞降，准其归命。遣援剿右镇黄山督诸军往靖海卫，并巡下惠来县，以中军汪汇之理县事，正兵营卢爵守城。黄山等回攻南山寨，破之。成功遂移兵入揭阳，会郑鸿逵，并带张礼往见，成功（应作「鸿逵」）忽夜沈之水，成功甚悔之。
庚寅（顺治七年、永历四年）
先是，大清兵破湘潭，何腾蛟死之；破南昌，金声桓死之。二月，破信丰，李成栋殁于阵。永历皆追赠王爵，抆泪亲祭。及报南雄不守，遂移德庆，抵梧州；榕江兵溃，桂林陷，瞿式耜、张同敞俱死之。
三月，成功入潮阳，知县常翼风率父老郊迎，成功令三镇洪旭驻镇，征输转运。杨才攻破平和寨，屠之。陈斌克狮头寨，寨首黄亮采请降，许之。右先锋杨才病故，以正总班林勇为右先锋；后征苏利阵亡，以甘辉管亲丁镇，黄廷管右先锋镇，施显管援剿左镇。以监督王秀奇为戎旗镇，管亲随兵，以林胜为中协，陈瑞为右协。
四月，成功移师揭阳。鸿逵言新墟寨负固不服，合兵攻之，用龙熕击其城，遂乞降。（门辟海中放光，郑鸿逵令人没水捞起，得大铳，夹两龙为耳，用船车出之，号龙耳，所击无不摧破。后刘国轩用以攻泉城，火引不发，鞭之，口遂裂，城竟不破）。守潮州新泰伯郝尚久率步骑数千来援。成功挥诸将迎击。陈斌跃马入阵，擒我中军陈禄，诸军继进，斩首数千，尚久仅以身免。
五月，诏安九甲义将万礼等来附，施琅所招也。
六月，引兵攻苏利，不克。利据碣石卫叛，后平南王发兵攻杀之。
成功谕诸将议攻潮州，陈斌进曰：『潮郡东南环溪，通漳大路只一浮桥，必须断桥以绝援兵，然后移札西南攻围之，十全必克』。成功从之。初一交战，尚久大败，浮桥并石桥一齐焚毁，随移师攻城，三面围之。尚久闭城不出，遣人乞援于漳。郝文兴来援，许龙渡之入城。尚久削发归我朝，城守益坚，成功久攻不下，又天暑士卒多病，乃解围退屯潮阳。黄亮采等复叛，攻袭行营，甘辉逆击，斩其父子，始散去。
郑彩、郑联屯厦门，与芝鹏有隙。成功用施琅之策，以米千石饷郑联，欲袭取之。郑彩曰：『是毒药也！宜全军出避』。联不从。联建生祠于万石岩，十五夜，宴辖下诸将。二鼓后，成功将至，尽收其战舰兵卒，其将陈俸、蓝衍、吴豪等皆归成功。成功拨亲随兵守其衙。后月余，芝鹏说成功置酒万石岩，夜归，伏甲于路杀之。时郑彩以舟师百余艘逃于广东南海之间，成功遣人往请回岛，不遇而还。其部将杨朝栋、王胜、杨权、蔡新等来见，成功以朝栋为义武营，王胜等管水师。旧将蓝登来见，授援剿后镇。彩飘泊数载，士卒星散，成功以书招之，遂回，后病死于岛。
山寇攻陷惠来县，知县汪汇之、守将卢爵俱死之。三镇洪旭报潮阳山寇复起，不复追征。成功以闽安侯周瑞为水师右军，挂印黄大振为援剿前镇。命郑芝鹏镇守厦门，阮引、何德管水师，蓝登管陆师。
十一月，成功至潮阳，提塘黄文自广至，报请成功入援。我平南王尚可喜、靖南王耿继茂率满汉数万下广州，粤西望成功南下会兵甚切。
闰十一月，成功传令各镇，齐备船只，南下勤王。时陈斌与施琅相抗，不睦，带兵而遁；后据潮州归命。黄海如在达濠浦欲逃，成功令林习山致之死。
十二月，守将杜永和奔琼州。王师下广，成功抵揭阳，与郑鸿逵议往接之。
辛卯（顺治八年、永历五年）
正月，成功至南澳，施琅进曰：『勤王、臣子职分，但琅昨夜一梦，似大不祥，乞藩主思之』。成功默然，遂令将左先锋印并战士委别将苏茂管辖。郑鸿逵送萧拱辰、沈奇等赴军前效用，成功以拱辰为中冲镇，沈奇为护卫右镇，随师南下。郑鸿逵同洪旭、施琅带陈埙、郑文星等回岛。
二月，成功至白沙河，飓风大作，各船飘至盐州港。成功正副坐船风大不得泊，坐帆溜下，几覆数次。天明方霁。后升管中军船蔡进福为水师内司镇，管副中军船施举为水师后镇。
三月，成功至大星所，杀退惠州援兵，遂攻城，下之。
我闽抚张学圣急调提督马得功，集同安县十八堡、刘王店各处民兵及船攻厦门，伪守将郑芝鹏乘舟遁，禁城中居民不许搬移。得功数十骑下船，飘至五通，始登岸，无有御之者。守高崎水师镇阮引不战而走。城中百姓哭声振天。成功董夫人仓皇抱木主至海口，不得船，厦门港居民林礼乐始于舟中负登小舟，至芝鹏大船。其夜乱兵焚毁庐舍，火光竟天。前文渊阁大学士、吏部尚书曾樱在城中，家人请掖之出城，樱曰：『此一片清静地，正我死所，去将何之』？是夜，自缢于所居楼上，时为二月（应作三月）十三日。越三日，公之门人阮旻锡入城寻母，遇公邻居蓝姓者在西门外，询之，蓝曰：『公不肯出城，是晚某进粥一盂，公不食。及晓，再候之，公已自尽矣。无人可收殓也』。时已昏黑，不得入城。旻锡往寻僧文台，又至东岳庙寻公之门人陈泰共议。天未明，文台以僧龛同陈泰抬公尸至曾厝湾下船，付其家人。乡绅副宪王公忠孝、枢部诸葛倬等以寿棺贮之，司马卢若腾、副院沈佺期、枢部诸葛倬等皆视殓。后兵部主事刘玉龙疏陈辅臣从容就义事，永历下诏曰：『曾樱身死纲常，允宜优恤，追赠光禄大夫、上柱国、太师，谥文忠，赐祭葬，荫一子中书科舍人，一子锦衣卫百户，世袭。其门人知县陈泰，冒险负尸，积劳殒殁，着赠鸿胪寺少卿』。
三月初一日，大清巡抚张学圣同兴泉道黄澍渡海，见岛屿孤悬，波涛环绕，惊为绝地，争先引回；令知县张效龄安抚居民。初四日，马得功行牌于各乡安民，意欲据守（此段记事与前文矛盾，说见「后记」）。初八日，会郑鸿逵舟师至，截港围之。命镇将杨抒素登圆筜港与战，互有胜负，副将吴■〈孛攵〉战死。施琅率陈埙、郑文星百余人登厦门港与战，大败之，几获得功。于是得功求过海。巡抚张学圣遣人至安平乞和于郑芝龙之母，嘱鸿逵以船送马得功步骑三百及余兵尽回。
先是鸿逵遣都督郑德、翼将周全斌等至大星所，报称马得功攻岛，请成功回师。成功于四月初一日到浯屿，得功已渡海二日矣。成功怒甚，不许亲戚与鸿逵相见。鸿逵移屯白沙。初十日，成功驻厦门港，议失守功罪。先赏施琅花红银二百两，陈埙一百两，斩郑芝鹏、阮引等以徇，何德捆责，蓝登免罪。军士皆踊跃欢呼，锐气百倍，以将士家在岛上，遭郑、阮等抢掠，得泄其忿故耳。成功命忠振伯洪旭管理中左，参军潘庚锺追各绅士助饷。潘加派各户，搜掠一空。
诏安、平和二县复降于郑氏。
定西侯张名振、平彝侯周崔（鹤）芝、英义伯阮骏等自舟山至，成功各授水师镇。
海澄守将郝文兴密约纳款。