己亥（顺治十六年）
正月，成功驻沙关。
二月，成功到盘石卫。
三月，成功催各提镇限本月二十五日到盘石（卫）听令。
四月二十八日，成功率将士齐到定关。二十九日，入宁波港。
五月初一日，成功抽兵下船。初四日，至舟山烈港。十七日，成功至羊山，诸将请先取崇明，以为老营，成功不许。十八日，成功至崇明。十九日，成功差监纪刘澄密书通江南提督马进宝。
六月十四日，成功合张煌言诸军至焦山。十六日辰时，成功集诸将议曰：『瓜镇为金陵门户，宜先破之』。成功进兵攻瓜州。****江都御史朱衣佐率游击左云龙领满汉兵数千扎营城外迎敌。成功乃令右提督马信、前锋镇余新进夺谭家洲。督左右武卫居中、中提督居左、左提督居右、后提督抄瓜州之后，两阵相对，隔一小港，铳矢交击。成功令材官张亮督善泅者荡舟斩断滚江龙，挥兵大进。满兵列大铳守岸。左冲镇周全斌挥兵下水，直渡小港；水深铁重，兵从水底行，没顶，多溺死。突上岸，守兵不意海兵至，惊骇，全斌直冲其阵。左云龙及右协杨富率兵会战，背而军，战未合，云龙已阵亡十余人。全斌率兵直抵城下，诸军直逼而进，满兵退走入城。正兵镇韩英乘胜夺梯，奋力先登，左先锋杨祖继进，城遂破。已时，遂克瓜州，左云龙阵没，朱衣佐被擒，斩首数千。是日，右提督马信攻夺谭家洲大炮，张兵官罗蕴章等攻满洲木城三座。木城用大杉木板钉平竖栅，内容兵五百人，火炮四十门，火药、火礶不计其数；从上流压下，船遇之立碎。至是歼焉。成功以全斌轻渡港，失兵多，欲斩之；诸将跪请，乃许戴罪立功。朱衣佐至镇江，乞归养亲，成功赐路费遣之。以援剿后镇刘猷镇守瓜州、监纪柯平督理江防，管州事。委张兵官、杨戎政督水师入芜湖，牵其战船，直逼金陵，以分其势。
十九日，成功督师进泊镇江南岸七里港。二十日，登岸扎营。时我提督管效忠以步兵驻守银山，海师扎于银山对面山上，相距只隔一港。满洲骑兵惊，移大路扎营，留绿旗兵数百守银山。成功于二十二日二更，移营到银山下。寅时，传令登山开队，以银山迫府治，先争地，夜引兵夺之。迟明，大军分五路，三迭压垒而军。海师日逼，镇江告急。副将高谦守镇江，江南总督郎廷佐檄吴淞提督马逢知以兵赴援。满帅哈哈木发满兵一千援镇江，逢知将骑兵三千至丹阳，闻成功兵盛，返斾松江，三檄不至。副将高谦将兵二千，惧不敢战。援剿林副将将闽兵二百五十人跳荡敢战。海师益逼，林副将曰：『我辈赴援至此，闭城不战，何以拒敌？请以所部为诸军先』。开西门出战。高谦以兵继之。闽将挥兵，奋勇陷阵，入海师营，击杀数百人。成功亲督右武卫周全斌、左虎卫陈魁等四面围之。周全斌直冲其锋，以长绳介阵后曰：『兵退至绳者斩』！于是奋勇争先，满兵披靡。诸将继之。林副将血战，部曲杀伤过半，仅余七十余人，决围出。高谦不战而走。时西门道狭，止容一人一骑，且沟港甚多，自相蹂践，死者不计其数。后军阻于道狭不能进，故败退入城。明日，合满汉兵复战，汉兵居前，鸟枪弓矢待敌。海师火器先发，铳鸣，我师皆伏地，声毕皆起。海师发火筒，烟眯目不得开，烟过，海师已短兵接。鸟枪弓矢不得施，刀击藤盔簰皆不入，大败走，海人逐之，尽奔入城。提督管效忠将披甲八百援京口，欲与成功战，将士皆退缩不战。效忠曰：『战而胜，一军尽为忠义；若不胜，我乞援走江宁，不复入此城矣』。将士复不应。效忠单骑入海师阵，血染甲裳而还。我师见，气壮，亦开营出战。有旗将奋勇入阵，军士见红旗，气百倍；须臾，旗仆，海师乘之，我师大败，一军尽覆，仅余数十骑，走江宁。海师进逼城，总镇高谦大集绅士问战守，相顾皆默然。一武生起曰：『海师势大，将军当为一郡生灵计』。谦曰：『提督管公期坚守二日，提师必至，踰二日不至，当如诸生言』。武生群哗曰：『瓜州且立破，焉能二日待』？高谦推案仆，绅士失色，谦脱帽掷地，痛哭曰：『我子已登武科，驻云闲，事急不复能相顾，请从诸君以纾祸乎」！高谦率知府戴可进遂通款。成功大喜，送文武各官红袍冠带各一袭，犒师白金三千两，罗列于案，藉以红罽，鼓吹舁入城，士民夹道观。各官遂冠带。父老耆宿，高巾、宽衣、大袖满江市，日夜张乐歌舞。衣工缎肆顿增价，浙中昂邦阴遣人持数百金买缎匹于京口，潜通款成功。周全斌身带重伤，成功令镇守镇江，以工官冯澄世为常镇道、兵部事李胤为知府，以监纪林若霖为司理。时诸州县多来降。太平府守将刘世贤献地降。芜湖一路俱送款。庐凤以上，望风归附。
成功议取金陵。中提督甘辉进曰：『断瓜州则山东之师不下，据北固则两浙之势不通，但坐镇此南都，可不劳而定也。或请从陆路进兵，以为乘破竹之势，一鼓可下；或攻取外面州郡，以绝援兵，则城孤亦难守。若水路，恐风信稽迟，则援兵四集，江上又难冲锋矣』。诸将多以天时炎热久雨，沟河难通，成功因此不听，遂由水路进发。
七月初四日，成功督诸军下船。初七日，成功至观音门。初八日，令右冲镇黄安总督水师守三■〈氵义〉河口。十二日，成功令前锋镇余新、中冲镇萧拱辰扎狮子山，堵御凤仪门；左提督翁天佑为应援，中提督甘辉、后提督万礼、左先锋杨祖俱离前锋镇之第二大桥头山上屯扎；右提督马信、宣毅后镇吴豪扎旱西门。成功督左武卫林胜、左虎卫陈魁、右虎卫陈鹏、五军张英屯扎岳庙山。甘辉以守御既固，恐难猝拔为谏，成功不听。时宁国府、池州府、和州、滁州等州县俱降；杭州及江西九江等处俱有密谋通款者。成功遣监督高绵祖、礼都事蔡政往苏松通好提督马进宝，约其同时会师。马信赍书于崇明总镇梁化凤，化凤许纳，约下金陵后即纳版图。
江南提督管效忠调集各府兵将齐备，谋欲冲营。成功舟师营江上，将士登陆，逼城为营，因山树栅，环金川、神策、凤仪三门，城中震恐，文武将吏，皆怀二、三。唯满帅哈哈木、总督郎廷佐、提督管效忠坚持战守，飞章告急。成功逼城，大造望楼冲车。罗将军自广班师至，明爱达里自浙至，援师渐集江上，见成功兵盛不敢战。廷佐檄调崇明总镇梁化凤入援。化凤将步骑各三千至江宁，哈哈木令屯江上。见梁兵战马雄壮，令兵夺之。梁兵汹汹思叛。管效忠言于哈哈木曰：『江广援师既败，外援已断，惟化凤一军，远赴危城，谓必有以慰劳之，奈何夺其战骑乎？军心苟变，为祸弥速矣！速犒之，归其马』。哈哈木即命效忠劳化凤军，归其马，开城纳江上兵。成功屯岳庙山上，军容甚盛。廷佐集满汉诸将议出战，满兵惧，诿候旨进兵。化凤曰：『必待命而战，贼已逼城，人心一变，大事去矣』！廷佐乃严整部伍，刻期待战。
十七日，甘辉请成功速攻城，恐援兵日至，师老无功。成功定于二十二日安炮进攻。
二十一日，成功营将关尚贤犯令当斩。夜亡抵金川门，缒而入，尽以营中虚实告城中曰：『营中令双日尽解甲，明日又成功生日，诸将上寿，必置酒，若欲破敌，不出此日。营中地雷、伏弩、大炮、长枪，随鹿角以密布，无隙可入，必从中而起，出不意，始可破之』。郎廷佐集诸将谋曰：『成功营抱三门，中央神策门，自明初塞之，近三百年，凿之出兵，直捣中坚，彼自溃矣』。昧爽，穴神策门，去其土石。梁化凤以所部五千人为前锋，关尚贤导之，升屋踰垣，直入先锋余新营。新兵不及甲而战，举火焚营，火器迸发，伤一二百人。化凤兵大呼奋击，营中大乱，生擒余新，萧拱辰泅水而逃，全军覆没。后提督万礼扎于桥外，救应不及。满兵见汉兵胜，其气亦倍，遂蜂拥出城外扎营。
二十二日晚，甘辉、林胜以金陵守御既固，恐难猝拔，劝成功收兵回至观音山。成功欲再决一战。令杨祖、姚国泰、杨正、蓝衍等扎营于山上，甘辉、张英等伏于山中，林胜、陈魁等列于山下；成功督陈鹏、万禄等扎观音门为声援，万礼、万义等堵御大桥头大路，马信、吴豪、韩英由水路蹑其后，黄安专督水师防江。
二十三日，满汉兵大队抄出山后，直冲左先锋杨祖之营。杨祖兵尽藤簰，就地滚杀。化凤用枣木大棍，概以棒之，执簰者乱倒于地，弃甲曳兵而走。时成功传令，无令不许轻战，而山上、山下又隔远不相联属。我兵矢发如雨，杨祖众寡不能当而走，蓝衍战没。成功遣陈鹏、万禄往援，山高不得上。满兵从山后出其背，前后夹攻。甘辉、张英等在山上被围，力战不得出，张英阵亡，甘辉且战且走，至江擒焉。林胜、陈魁在山下战败，全军俱没。万礼等在大桥头，满汉兵首尾合围，万礼东西驰突不得出，亦被擒焉。万义泅水而逃。成功见大势已去，扶创收兵下船，顺流返京口。满汉水师舣集，共追成功。成功挥黄安火炮御之，击沈数艘，渡载诸眷姬及诸残兵出港。
成功查失将领中提督甘辉、后提督万礼、五军张英、亲军林胜、陈魁、镇将蓝衍、魏标、朴世用、副将洪复并户官潘庚锺、仪卫吴赐等数十人。后甘辉等解至金陵，总督固山会审，万礼、余新皆跪，甘辉以足蹴之曰：『痴汉尚欲求生乎』！大骂不屈，俱被杀。
海师之入长江也，大江南北，无不争先献册上印，南及徽宁，西及九江，俱遥通款。禁中闻风思动，两浙人心摇摇，将吏坐观向背，满兵望风退缩，不敢争锋。江南巡抚弃句容走，丹阳筑堰自守。报至北京，举朝震骇。诸王固山议出师，逡巡莫敢任。当局决计亲征，召前海澄降将苏明问之，对曰：『海兵不能持久，不数日常有捷音』。后三日而江宁捷报至，乃罢。
二十四日，成功至京口，察战士痍伤者疗治之，分派各镇补缺管辖，令五军都督忠明伯周全斌将甲士五千入镇江，列营待战，追者不敢逼。
二十八日，诸将领俱下船，驾入长江。成功徐发镇江所寄家口载舟中。高谦及诸武生主款者尽携家口从之。将发，大掠城中乃行，载粮数十万石，出焦山口。
张煌言将舟师屯巢湖，身率亲信数百人登陆招抚各邑。闻成功败，舟师全军东下，乘风顺流过三山，无敢撄其锋者，遂出镇江口。煌言闲道走山中，宵行，倍道自广德趋独松关，渡余杭至台州下海。
八月初一日，成功率师回至狼山上沙。初四日，成功泊吴淞港，遣蔡政往见马进宝，入京议抚。初八日，成功至崇明，以作老营。先是，梁化凤以海人连败，出海必攻崇明以抒愤，连夜提师返崇明。十一日，海师攻围甚急，城崩数丈，适梁化凤兵至，内外夹攻，海师大败。正兵镇韩英、监督王起凤云梯登城，俱被炮伤死。成功欲令诸将再攻，周全斌曰：『城小而坚，难以骤拔，得之亦无用』。适马进宝差中军同蔡政来劝退师，以待奏请，看抚局成否；成功从之，乃遣蔡政往京。十八日，成功回师至浙江，以杨富管正兵镇，分派各提镇就温、台、舟山各港口屯扎操练，仍拨数镇屯扎蓁屿、三都、兴化、南日沿海地方。
九月初三日，成功令开船。初七日，至思明州。
十月，援剿后镇刘猷屯温州，深入内地取饷，被诱战没。
十二月，蔡政自京回，云抚事不成，系同安侯郑芝龙于狱，并逮马进宝到京问罪，遣满洲将军达素带披甲万余前来剿海，并令三省水师会剿。
庚子（顺治十七年）
正月二十一日，报满洲统兵将军达素头站兵至福州。
二月，成功调回北汛诸提镇，候拨防守。
三月，将军达素到泉州，催促船只配兵。成功调回南下各兵，分派屯扎。
四月初三日，成功改右提督马信为提督亲军骁骑镇，传令各提镇将士眷口搬往金门所，委英兵镇陈瑞保护，同户官郑泰一同管辖。初四日，遣中卫镇萧拱辰等泊崇武，堵御泉港；委辅明候林察为水师总督，共商机宜。派援剿右镇林顺、礼武镇林福防守海门，派右武卫周全斌、骁骑镇马信防泊裂屿尾。派游兵镇胡靖、殿兵镇陈璋为陆师，守高崎等处；援剿后镇张志为水师，抛泊高崎应援；拨林福防守倒流寨。
二十六日，泉州官船二百余号驾到洋芝澳；陆师山上扎营放炮，水师依山边而行，遂进至围头。成功令林察、萧拱辰等泊刘五店，遏止围头官船不得入同安港会合；命行户官郑泰，将前派守围头兵丁船只一尽防守金门，抛泊城保角，以防广海许龙等船。成功拨右虎卫陈鹏守五通、高崎东一带，拨援剿前镇戴捷守高崎寨，殿兵镇陈璋、前冲镇刘俊、智武镇颜望忠防守■〈虫解〉保寨并赤山坪，游兵镇胡靖防守东渡寨。仍委戎政王秀奇总督高崎等处，协理戎政杨朝栋总督东渡等处，临期商酌调遣。成功令神武营康邦彦扎崎尾，兼管神前一带；拨宣毅后镇吴豪、后冲镇黄昭、援剿后镇张志并陈广、吴裕水师应援高崎、五通等处，堵截邀击。
五月初一日，成功驻演武亭。拨忠靖伯陈辉、闽安侯周瑞、援剿右镇下杨元标铳船、前提督下方左荣等船泊海澄港，以截漳州大队水师。成功亲督前提督黄廷、右武卫周全斌、援剿左镇黄昌、右镇林顺、正兵镇杨富等屯海门准备迎敌。
初八日，漳州港中先选大船一百号配汉兵，总督李率泰同海澄公黄梧督之，出海澄港、同安港收拾小船；将军达素同同安总镇施琅以小船配满兵，横渡高崎；俱下船，约初十日进兵。