郑和命令船队准备应战。陈祖义率众海盗来袭时，郑和早有准备，用火攻烧毁海盗船，杀伤海盗5000余人。此后郑和又设法将陈祖义等人活捉，囚于船中带回南京。永乐皇帝当着各国使者的面下令杀掉了陈祖义，并斩首示众，警示他人。郑和在下西洋过程中，除了与海盗斗争外，还和一些类海盗人物也进行过较量，他在东南亚海域铲除了海盗匪患，维护了海上交通安全。二、倭寇和王直当国家政策与社会利益和经济要求发生矛盾时，违法商业活动和走私会大行其道。明朝政府严厉限制中国与日本的贸易，只允许实行朝贡勘合贸易。即外国商人随“贡使”来到中国，由市舶司将其货物以“贡品”名义“朝贡”给朝廷，中国方面则把商品回赐结这些“仰慕天朝威仪”的外国人，嘉靖初为三年一贡，允许每次三条船200人。后来因日本商贸使团间发生了“争贡之役”，朝廷停止中日勘合贸易。从而导致两国贸易只能秘密进行。
最初，从事走私贸易的商人们把据点设在中国沿海一些小岛上，最有名的是双屿港，由中国商人许氏兄弟经营。随着16世纪双屿港被毁灭，长期以来的贸易网络被破坏，原来的秘密贸易变成了公开的海盗活动。日本一直想与中国进行贸易，明政府严厉限制中日贸易，导致日本只能通过秘密贸易获得中国商品，现在走私贸易又被破坏，激发了日本西海岸领主们派出武士袭击中国沿海，形成了倭寇问题。倭寇一词，最早出现在朝鲜史书中，从字面意思来，指日本海盗，但是它的成分是在变化的。前期倭寇主要由日本人组成，元末明初就在中国沿海活动。后期倭寇中，日本人减少，变成以中国人为主体，里面还有少量西来的欧洲人加入其中。而对中国构成巨大威胁的也是后期倭寇，他们在嘉靖年间对沿海袭击最频繁。这些倭寇的首领就是大名鼎鼎的王直。王直，徽州歙县人，出身于商人家庭，从小任侠仗义，聪明过人。王直年轻时就不安本分，喜欢与地方上一些豪强如叶宗满、徐惟学、谢和以及方廷助等往来。据说王直曾对这帮同伴表示道：中国的法度太森严了，稍稍不注意就会触动法律坐牢。而科举也只对那些酸气十足的读书人开放，我们何不到海外去闯荡一番，说不定还会有些大作为。只困在这小小的“一撮土”上有什么意思呢？
遂于1540年同徐惟学、叶宗满等趁明朝海禁松弛之机远赴广东沿海打造货船，载着明王朝严禁出海的硝磺、丝绵等物品抵达日本、暹罗等国，进行贸易往来。仅仅五到六年时间，王直就获得了巨额利润，成为违禁贸易的暴发户。当时活跃在海上的主要商业集团有两个，一个以福建人李光头为首，另一个以徽州人许栋兄弟为首。许栋的商业集团最初与葡萄牙合作，后来又有日本私商入伙，基地设在宁波双屿港。由于王直与许栋是同乡，便加入了他的商业集团。许栋和李光头因从事海盗活动相继被杀后，王直继续从事海外走私贸易，当时江浙海面海盗团伙众多，形势复杂，王直依仗强大实力和自己的聪明才智，消灭多股海盗，千里海疆均归王直控制，集海商集团首领与海盗总头子于一体，并取得中日之间海上贸易的垄断地位，新入海通番的船只都只有悬挂王直的旗号才敢在海上行驶。王直战胜其他海盗过程中，有明朝官府的暗中支持。但王直凭借荡平海盗的功劳，多次上书明朝廷要求放开海上通商贸易，引起了明政府的不满，政策发生转变。政府相继派朱纨等人领兵夹击王直。王直战败，只好将活动基地迁至日本，力图重振旗鼓。日本各地方大名（相当于中国的诸侯）对王直的到来相当友善，所定对外贸易政策为王直提供了客居的良好条件。王直善于拉拢、结交朋友，取得了许多日本人的信任，他定居日本平户（今属日本长崎县），挂起了“徽王”的旗号，以平户为基地吸收反明势力，不仅招集国内亡命之徒，而且还用巨资勾结日本真倭门的多郎、次郎、四助四郎等为羽翼，并利用日本浪人向中国沿海地区发动多次跨海攻击。不可否认，明廷的禁海政策和清剿行动极大地限制了王直等人的海上贸易活动，也限制了沿海居民乃至一些海商巨富的生存和财路，引起了这些人的不满和反抗，这些人同图谋劫掠中国东南沿海的倭寇相结合，必定成为明朝的心腹大患。1552年，经过几年的准备，王直率庞大的武装船队进犯东南沿海，首先吞并了广东海盗首领陈思盼所部，然后率数万倭人及乱民驾船千余艘自浙江舟山、象山等处登岸，流劫于台、温、宁、绍间，攻陷城塞，杀掠居民无数。次年3月，王直纠集福建漳州和广东的海盗及各路倭夷大举入侵，战舰百余艘，遮天蔽日。
南自台州、宁波、嘉兴、湖州、苏州和松江，北至淮北，沿海数千里同时告急。王直等与倭寇攻陷浙江昌国卫（今浙江象山县），四月侵犯苏州和松江等地，破上海县，在江阴肆意劫掠，并进攻乍浦。八月，洗劫金山卫，犯崇明及常熟、嘉定。1554年1月，从太仓一路烧杀劫掠至苏州，攻占松江。四月攻陷嘉善，破崇明，进入崇德县。六月经吴江抵达嘉兴，洗劫一空后回到屯柘林，一路上官军望风披靡，风声鹤唳。自此，王直的海盗集团已经彻底走向了勾结倭寇劫掠中国东南沿海地区财富和杀戮中国百姓的道路，成为嘉靖时期的倭寇的首领。王直还占据定海城，自称“净海王，并长期盘踞在那里。明朝政府斗不过王直，就改换手法，逮捕了王直徽州老家的老母、妻儿做为人质。另一方面，负责东南沿海的抗倭重任总督南直隶、浙、福等处军务兼任浙江巡抚胡宗宪派人到日本，同意解除海禁开市通商。1556年，王直派人传话，表示愿意听从命令，协助剿除松江各处流民，以此换得明政府开放沿海贸易的许诺。胡宗宪慨然答应，将王直诱骗回国。王直一回来就被打入大牢。由于当时沿海形势紧张，胡宗宪不敢贸然杀掉王直，许其活命，把他软禁在杭州两年多，希望海盗们失去首领后自行解散，但效果不大。两年后，即1559年，王直被朝廷下令斩杀于杭州。王直死后，当时人都认为王直以威信雄霸海上，没有其他罪状，将其杀掉，有些过份。明朝末年，徐光启还在为他鸣不平，认为：“王直一向居于海岛上，没有亲身入犯沿海，招他回来，酌情给他一官半职，使他帮组国家消灭海盗，岂不更好？”
连有远见的官员就在为他鸣冤，十分明显，捕杀王直还是有些失策。到今天，关于王直的是非功过，人们还在争论不休，看来给这样一个人物作出客观评论还需要假以时日。当时的海盗除了王直外，还有徐海、陈东等人。王直死后，经过明朝一些将领如戚继光、俞大猷等努力，最终将倭寇问题解决。明朝在荡平倭寇过程中，也发现海禁政策有问题，经过反复，在明穆宗上台后，开放海禁，允许民众进行海上贸易。当然海禁一开，日本想获得的物品也能通过贸易获得了，也就没必要派海盗来抢劫，再加上日本这时已重新统一，新政府禁止海盗行为。这些导致倭寇没有再出现。三、明朝重要首领海盗倭寇问题的解决，只是没了日本海盗的来袭。海盗活动并未在中国沿海消失，特别是明王朝衰落的背景下，海盗们反而更加活跃，出现了众多着名的大盗。有必要进行介绍。林道乾，盘踞于东南亚，主要活动区域在中国沿海和东南亚海域。林道乾曾有占据福建、广东等沿海一些岛屿的计划，被官府察觉后，只身逃走。又周游琉球、吕宋等地方，也无隙可乘。一次路过大昆仑岛，见其风景特异，四面平壤沃土，五谷俱备，不种自生，中国草木无不有。道乾遂登陆建房留居，自称海外扶余。由于此岛常遭台风袭击，造成人、船损失，放弃该岛离去。l573年，林道乾率人马航海到柬埔寨，喜逢同乡杨四，两人即结为“刎颈之交”。杨四从小随父亲到柬埔寨，父亲死了后，为当地一长老收养为子。林道乾在杨四的帮助下晋见寨主，受到礼遇，命统率一些部属。过后，林道乾在当地民众及杨四等人的协助与掩护下，挫败了明王朝官兵与安南国都统莫茂洽的搜捕行动。之后去了暹罗，林道乾亦受礼待，国王与之“歃血为盟誓”，不准明朝政府入境追捕，还特许林道乾在国内自由活动，使他得以建设海港，从事贸易。林道乾建成港口后，亲自主持港务，经营与中国本土贸易，商船往来不绝于海；国内旧部众闻林道乾海外侨寓落户，航海投奔而往者数千人，并在那里安家立业，长子孙。林道乾一方面从事贸易活动，另一方面仍热衷于海盗活动。他的海盗事业受到欧洲人注意。更有意思的事，林道乾妹妹亦为一海盗，在东南亚一带至今还流传着她的一些故事，当地人还修灵慈宫纪念她，遵奉她为神。一位中国女海盗成为人们祟拜的女神，这在中外海盗史上是绝无仅有的。还有个特别的海盗——颜思齐值得详细讲。因为没有颜思齐，就没有后来的郑芝龙，没有郑成功也就没有收复台湾的郑成功。颜思齐，是福建海澄县人，年轻时勤勤恳恳从事裁缝职业，但老被当地地主欺负，一怒之下打死狗仗人势的地主家奴，畏罪逃往日本长崎平户。当时，德川幕府已经统一日本，平户成为与中国与欧洲交往的唯一口岸。颜思齐在这里重操旧业，仍以裁缝为生，由于技术好，很快就发家致富，之后又投身中日贸易，也获得成功。
思齐一向仗义疏财，发达后，更积极为流寓日本华人提供帮助，所以为他们信赖与敬重。他广交朋友，同陈衷纪、杨天生、陈勋、张弘、林福、林朔、王平、张辉、黄昭、黄碧、李俊臣、何锦、高贯、余祖、方胜、张寅、傅春、唐公、黄瑞郎、郑玉、刘宗赵、杨经、李英、庄佳、洪陛和郑芝龙等一帮青年人结为兄弟。颜思齐年纪最长，时年三十六岁、被众人推戴为首领。日本平户当局任命他为甲螺（头目）。这帮华人青年中的杨天生、洪陛、张弘、林福、李俊臣、陈衷纪等人，长期居住于长崎平户。其中杨天生与颜思齐关系甚为亲密，两人结为生死之交。杨天生是晋江县人，精明能干，算法精敏，武艺高强，最熟大刀，且言语便捷，足谋多智，是思齐的谋士。有一日，两人一起喝酒，喝到大醉时，思齐感叹曰：“人生如朝露，若不能扬眉吐气，简直就是虚度岁月，羞作丈夫！”天生回答曰：“只要我们有远大志向，都可以成为尧舜一样的圣人。”当时幕府对旅日华侨实行高压政策，秉政官员也专横跋扈，他们对此常常言行激烈，引起当地官吏注意。1624年，颜思齐等因不满日本德川幕府的统治，密谋造反。事情败露，幕府派兵搜捕，思齐率众仓皇分乘十三艘船出逃。逃至九洲西海岸的外岛洲，众人商量对策，陈衷纪建言：“一向说疏球（即台湾）为海上荒岛，其实不然，土地肥沃，现在攻占这里，然后征伐四方，则大业可成。”颜思齐接受了这一建议，率众弟兄驾船往台湾。台湾当时控扼南北航道，战略位置重要，但明政府重视不够，没有军队加以控御，是一个逃亡的好地方。
选择台湾，是一个有眼光的决策。八月二十三日，颜思齐率船队到达台湾，在笨港（今北港）靠岸登陆。众人看见岛上地肥水美、大片荒野未辟，都决意在此开疆拓土，干一番事业。乃率聚伐木辟土，构筑村寨。当时，台湾土着民以为外敌入侵，发起攻击。思齐派人加以安抚，商定好疆界，土客倒也互不侵扰。在笨港东南岸的平野（今新港），思齐规划建筑了营寨，中间为大高台，使之成为组织指挥垦荒的中枢。与此同时，派杨天生率船队赴漳、泉故里招募移民，凡愿来台湾者，每户给银4两，牛1头。受此鼓励，前后累计有三千余人来台湾。颜思齐将大陆移民分成十寨，发给耕牛、农具等，开始了台湾最早的大规模拓垦活动。垦荒需要资金投入。为了解决资金问题，颜思齐挑选了一批有航海经验的漳、泉人士，以原有的大船，利用海上交通之便，开展和大陆的海上贸易，同时进行海盗活动，对过往的中国船只和欧洲船只进行抢劫。1625年9月，因粮食歉收，思齐和部众到诸罗山捕猎以代粮食，不幸染上伤寒病。数日后一病不起，英年早逝，年仅三十七岁。临终时，他召集众人诀别，留下遗言鼓励诸人：“与诸君共事二载，本期望创建功业，扬中国声名。今壮志未遂，中道夭折，公等其继起。”颜思齐死后，安葬于嘉义县尖山山巅，今其墓犹存。他的开拓台湾业绩，至今受到后人世代缅怀。为表达对这位开台英雄的敬仰之情，人们在云北县北港缜兴建了“颜思齐先生开拓台湾登陆纪念碑”，在嘉义县新港乡妈祖宫前，兴建了思齐阁，供人凭吊。四、海盗王——郑芝龙、郑成功父子颜思齐死后，郑芝龙继位首领。