黄观听到了这个消息后，说：“吾妻女有志气，早已料定有今日！只可惜收不到她们的尸，只能收她们的魂魄葬于江上了。”
对妻女进行“魂葬”以后，黄观找到神乐观，将宝玺交还建文帝，然后哭别出观，踉跄而行。几天后，他头戴纱帽，身着朝服，于罗刹矶向东跪拜后，投急流而死……有人见到黄观死前向东跪拜的情景，报与朝廷，这使纪纲，也使永乐皇帝感到沮丧。因为，好容易才获得宝玺的下落线索，转眼之间，又石沉大江渺无音讯了。于是他们以打捞黄观遗体为名，在罗刹矶附近江底搜寻了很多次，但都没捞到宝玺。
“向东跪拜？！”永乐皇帝沉思片刻，说，“难道建文父子已东奔淮上，与铁弦、盛唐、梅殷一起？”
不久，因兵溃惟上而就擒的铁弦被押上了金殿。永乐皇帝很高兴，想问他建文父子的下落，又不便当庭明问。因为在人们的心目中建文早已死了，而且葬了，怎么还要追问下落？岂不是自相矛盾？于是，只好善言抚慰，以暖其心；心暖自然就能说出真相了。
谁知，铁铉一上殿，就不肯跪；左右卫士推他匍地，他就反背坐在地上。不等永乐皇帝开口说话，他就大骂起来：“反王朱棣，破我京师，踞我朗堂，逼我幼主自焚，有何面目见老皇帝、皇后于地下呢？”
永乐皇帝一怔，从他的骂语中听出：建文没有去他那里，他也以为建文死了；那还留他何用？留他在这儿骂人么？他忙怒喝一声：“你转过背来，听朕说话！”
“我只南面拜幼主，绝不向反王！”
“推出去，磔了！”
“是！”
铁铉死时，才37岁；儿子被充军河池；83岁的老父亲和母亲被安置海南。幸亏他还死得早，还没有被太多地株连到亲人家族；自后，天性残忍的陈瑛进京后，对文武奸佞的酷刑就大不相同了。
铁弦死后，盛庸大为恐慌，忙率余部投降。这时，高巍怎么办呢？他这位书呆子，迂腐而又愚忠。他既不讨建文帝欢喜，在顺境中得不到应有的封赏；也不甘屈膝投降永乐皇帝，不愿在逆境中丧失士大夫气节。于是，只好上吊自杀了！死前唯一的憾事是不知幼主身在哪里，埋在何方，不知道该往哪个方向跪拜。
盛庸请降时，御史陈瑛曾力劝永乐皇帝不允，但永乐皇帝想的是弄清建文父子下落，因此就立即同意了。并且，他特别恩准盛庸仍守淮安重地，还赐敕书说：“今铁弦就获，诺郡都平定了；只山东尚有乱兵，故命卿镇守推安。朕念山东久困兵灾，急于转输之苦，卿宜辑兵养民，以称朕意。”
敕书的言外之意是：你如果知道建文父子的下落，就早点交出来，免得山东兵民又遭战乱之苦。但是，这封敕书下达后，久无动静，从高巍上吊前不知向何方跪拜来看，盛庸那儿也不可能窝藏建文了。
在东边，现在只剩下梅殷还拥兵淮上了。永乐皇帝叫陈瑛、纪纲去好言劝告宁国公主，劝她写封亲笔信，招梅殷回京城；但是，宁国公主担心梅殷回来后，遭到迫害，坚持不肯写信。当时，陈瑛、纪纲急了！他们也不管什么孝慈皇后的亲生女，什么永乐帝的同胞姊妹，就大肆吓唬了一番，逼得宁国公主没有办法，只好咬破手指，写了一封血书给梅殷。言外之意就是：这封信是被迫写的，你自己审时度势看着办吧！
梅殷接到这封血书后，大哭了一场；他一心挂念宁国公主的艰难处境，就不顾自己的安危，毅然冒险进京了。
进京以后，他们不但没有受到任何处置，而且立即得到永乐帝的召见。永乐皇帝还在偏殿设宴，为他们夫妇压惊接风，并亲切地对梅殷说：“驸马久驻淮上，劳苦了！”
“劳而无功，反而有过。”
“无过无过。当年父皇托你和朕共辅建文，是遵奉圣谕嘛！
你不让朕借道而过，是各为其主嘛！算不得什么罪过！今后只要与建文一刀两断，见而逮之，则不但无过，而且有功！”
“建文不是已经死了吗？还怎么见而逮之？”宁国公主大惑不解地问。
“啊？”永乐皇帝语塞了，顿时觉得自己说快了，说漏了嘴……梅殷以为永乐皇帝是在开玩笑，便也附和着说：“是呀！臣这个功是立不成的了！但求无过，也就心满意足了！”
“啊？”永乐皇帝又失望了。由此可以断定梅殷也根本不知道建文父子的消息。看来建文东奔的可能性很小很小了。但是，为什么黄观要向东跪拜呢？这时，陈瑛、纪纲来报：“已绑练子宁到，请陛下发落。”
“召进殿来！”
“是。”陈瑛、纪纲立即将练子宁推到永乐皇帝跟前。
永乐皇帝说：“你是个敢于直言不怕死的，是个天生的谏才！所以，朕不杀你，你应归顺朝廷！”
“我早已是大明朝廷重臣，还有什么要归顺的？”
“朕要你归顺永乐新朝！”
“哼！归顺反贼，我岂不背叛朝廷了？”
“住口！”永乐皇帝大怒起来，厉声喝道，“练子宁，你别敬酒不吃吃罚酒！”
“哈哈哈……反贼的酒，只能笼络反贼的心，对不怕死的忠臣来说，毫无效应！”
“陛下，逆臣嘴硬，当割去他的舌头！”纪纲说。
“嗯。”
但被割掉舌头的练子宁仍手舞足蹈地跳闹不已……永乐皇帝怒不可遏了，喝道：“推出去磔死！”
“是！”
这时，陈瑛跪奏说：“陛下，练子宁辱慢圣君，按律应诛三族！”
“这……只杀其全家，不杀姻亲三族，可一律充军！”永乐皇帝在盛怒下作出了决断，虽然十分严厉，但比陈瑛所拟议的要宽大很多。
陈瑛、纪纲杀了练子宁全家，连他的从子也不放过。当时，还有一位从子在嘉定县任知县，闻讯后同妻子沉刘家河而死。
从这天起，梅殷夫妇更加看出陈瑛、纪纲的狠毒，避而远之。
过了几天，卓敬又被纪纲的锦衣卫抓到，押上了金殿。这位洪武二十一年的进士，颖悟过人，读书一目十行；他上知天文、下知地理，尤其精通律历兵刑，对诸子百家无不博究，而且长得一表人才，风姿健美。他慷慨而立，娓娓而谈，满朝文武，无不叹服。当年，永乐皇帝进京看到过他，说过：“国家养士20年，唯得了一个卓敬！”因此，永乐皇帝根本不想杀他，—开始就为他开脱说：“你不赞成齐泰、黄子澄之流那样恶意削藩，而主张善意徒藩。要将朕徙封南昌，是你的主意吗？”
“是的，但不是什么善意！”
“那是恶意啰？”
“也不全是恶意。不过是你善则我善，你恶则我恶；你恶亦无用，南昌比北平容易制服一些。如此而已，岂有他哉？”
“啊，这么说来，你也是存心不良，离间骨肉！”
“对！”卓敬厉声答道，“你存心不良在先，怎怪我离间骨肉在后？只可惜幼主不用卓敬之言，才有今日之痛！”
“胡说！打入大牢！”
“是。”陈瑛又密奏说，“卓敬无法无天，当殿羞慢圣君，按律应诛其九族！”
“且慢！怜他是个人才，给他一个悔过自新的机会。”永乐皇帝不允，叫陈瑛召姚广孝来问。
事前，陈瑛挑拨离间，在姚广孝面前说了卓敬的坏话；姚广孝想起了早年在京师受到卓敬呵斥的旧嫌，便对永乐皇帝说：“臣不知卓敬是什么人才，只知方孝孺是个天才，如杀方孝孺，则天下读书种子绝了！”
“哦？”永乐皇帝见姚广孝憎恶其人，终于下决心杀了卓敬且诛其三族……
【选贤任能的明成祖】
朱棣刚即位时，全国的政治局势是严峻的。由于朱元璋在强化君主专制时，滥用刑罚，大杀功臣，明初的君民关系、君臣关系本来就相当紧张。朱棣又是以武力夺取到皇位的，用封建正统观念来衡量，这是大逆不道的行为，因此朱允炆的一部分臣属拒绝同他合作，另一些人则持观望态度。此外，许多藩王手握重兵，对他的皇位也是一个潜在的威胁。为了解决这些问题，消除不安定的因素，巩固自己的统治，朱棣在政治上进行了一系列调整和改革。
朱棣认为“致治必资贤才”，不团结、不依靠一大批贤明能干的臣僚，就不可能达到天下大治。但是，要想让臣僚乐于尽心效力，君主对他们就必须推诚相待，否则，君主对臣僚心存疑忌，他们谁还会尽力呢？所以即位后，朱棣强调要推诚任贤。
对跟随他起兵夺位的“靖难”功臣，他一般都不会过河拆桥，而是厚加赏赐，妥善安排，同享安乐。就是对朱允炆的故吏，他也不一概排斥，而是尽力争取，只要他们真心归附，他都既往不咎，量才录用。
入宫时缴获了一千多份建文朝的大臣奏章，朱棣下令把涉及军马钱粮数目的留下，其余的通通销毁。他问身边的几个朱允炆旧臣：“里面大概也有你们的奏章吧？”有人回答：“我实在没有写过。”他就说：“你认为没有上过奏章，就贤明吗？食其禄则思任其事，当国家危急之际，左右大臣都无一言行吗？我不痛恨那些效忠于建文帝的人，而是痛恨那些诱导他破坏祖宗法制的人。你们过去做他的大臣自应对他效忠，现在做我的臣下则当效忠于我，过去的事就不必再提了。”话说得很明白，只要现在愿意为朱棣服务的，他就既往不咎。他不仅这样说，而且是这样做的。
郑赐原先任北平参议，在朱棣手下办事甚为卖力，后来被朱允炆提拔为工部尚书，曾督师阻扼燕军，因而被列入奸臣名单遭到逮捕。朱棣责问他：“你为何背叛我？”他回答说：“我不过是对皇上竭尽臣职罢了！”朱棣便笑着把他释放，任命为刑部尚书。有人曾指控黄观、廖升等人“死心塌地为建文帝效劳”，要求逮捕治罪，朱棣立即严肃地指出：“我所杀的不过是齐泰、黄子澄数辈。后来，有些被列入奸臣名单的人都宥罪任用了，何况你说的这几个，还不在奸臣名单中哩！他们过去的事就不要追究了！”因此，有不少朱允炆的故吏先后归附，和朱棣原来的臣属同心协力，励精图治。
在明代历史上，明成祖朱棣是继明太祖朱元璋之后的又一位有作为的君主。如果说明王朝的建立者是朱元璋，那么使明王朝得到进一步巩固和发展的则是朱棣。他在政治、经济、军事以及外交方面采取了许多重大的措施，推动了明初经济的恢复和发展，促进了多民族国家的统一。但是他好大喜功，国力消耗很大。而且由于朱棣是以藩王起兵，从侄儿手中夺取帝位的，因而历来受到许多封建文人的责难和否定。其实，以才能和政绩公允而论，朱棣仍不失为一位有作为的封建皇帝。