童妃与福王失散后，虽然沦落民间以乞讨为生，但她始终没有放弃寻找福王的努力，盼着和他团聚。
皇天不负苦心人，她终于打听到了福王朱由崧在南京登基的消息，兴奋的心情难以抑制。她急忙去寻找邹太妃，哪知一到太妃的住处才知道，太妃已经被皇上接走了。童妃就又回到自己的住处等候，也冀望南京能派来使者接她进宫。可是左等右等，南京方面始终没有传来一点信息，好像她根本不存在似的。她只好毛遂自荐，自己跑到南明河南巡抚陈潜夫官邸，自报名号，称自己是当今圣上的原配妻子童妃。曾与福王生过一个儿子，后来因为战乱而离散了，现千里寻夫。并将何时嫁给福王，何时逃出等情事说得详详细细，不由人不信。她最后强调说，有已被迎进南京做了皇太后的邹太后为证。
陈潜夫对她的叙述深信不疑，不敢怠慢，备了皇后仪仗，并迅速通知朝廷，说皇妃还活着，并且吹吹打打地将童氏从河南先送到湖北汉口，再有镇守荆楚的左良玉护送。一路旌旗飞扬，冕旒秀发，牙樯锦缆，直到金陵水门停泊。所过州县，早有地方官员争先以皇室之礼迎候。
据计六奇的《明季南略》记载：童氏也觉得自己就要成为皇后了，便趾高气扬起来。如果饭菜不够好的话，她就会大发雷霆，有时还会掀翻桌子。人就是这样，得意时往往忘形，而很少想起先前的艰难。所有人无不认为童妃就是当今圣上的妃子，巴结还来不及呢，也便没人计较，也便理所当然地认为，这大概就是皇后脾气吧！
文武官员们如此热烈隆重的礼遇，不料弘光却无动于衷，态度与冰霜一样，甚至听了怒不可遏，弄得这些文臣武将们一个个丈二和尚，摸不着头脑，不知如何进退了。
当时弘光皇帝安于江南一隅，整日纵情淫乐。他招了不少秦淮歌妓，从晨至夕，唱着缠绵悱恻的江南小曲，在靡靡之音中挨过时光。大臣们终于觑着机会，撺掇越其杰上前呈报：“陛下，童妃已经到了南京，可否安排相见？”
弘光皇帝眯着那双酒意正酣的双眼，不耐烦地道：“何来妖妇？我不认识她，交锦衣卫处理就是了。”
朱由崧拒不召见，并要把童妃交付锦衣卫审理，这大出大臣们的意料，一个个狐疑满腹，也不敢再问。只可怜了童妃孤身一人，几经辗转，受尽了战乱之苦，千里跑来投亲，满以为从此便可以跟随皇帝享皇妃之福，重温昔日夫妻恩爱的旧梦，哪知竟被押到锦衣卫监狱来了。
自从童妃到南京后，虽然弘光表面上不承认，可内心里还是焦躁不安。他知道，自己作福王世子时曾娶黄氏为妃，黄氏不久去世。后又娶李氏为妃，李自成兵陷洛阳，李妃不知去向。就在他继承福王王位时，又封了一位童妃，曾生一子，但没养活，在逃难战乱中又与童妃失散多时，现在哪还把童妃放在心上了。
越其杰将童妃交给锦衣卫指挥都督冯可宗审理。毕竟是皇妃，冯可宗一点也不敢马虎。他将童妃安排在监狱里最好的房间，送最好的食品。这童氏虽然玉颜憔悴，云髻欹斜，但童妃与生俱来的体貌与大家举止，自非平常凡俗女子可拟，首先生了怜悯之情。
他试探着问了一句：“你说你是皇妃，有何物证？”
童妃委屈而凛然地说：“没有什么物证，只有患难的夫妻之情。见了皇上，他自然知道我是不是童妃了？”童妃心生悲哀，说完忍不住伤心的大哭起来：“我与他乱世相逢，患难与共，他竟然忘得干干净净，我来投奔他连面都不见。早知道一到南京就被送进监狱，还不如在河南被叛军抢去或杀了。做一个妇人，嫁着了皇帝还是这样结果，那平民百姓不知要怎样受尽凌辱呢！”
冯可宗听罢哭诉，很是同情，极力安慰，表示要尽力向皇上如实禀报。因为童妃识文断字，冯可宗便拿来了纸笔。童妃就将自己和弘光皇帝之间的往事，包括相逢的时间和恩爱的细节，他们流散的过程，天气的冷暖变化，都一一写得详细。冯可宗仔细地看了一遍，感觉非身临其境者，是不能为之的。况且童妃字迹隽秀，文采斐然，是确然受过良好教育的女子，冯可宗更加相信了童妃所言非妄。
当冯可宗拿着童妃的书信，呈给弘光时，弘光脸色陡变，看都不看就丢到地上：“朕不识之，速加严讯！”
冯可宗看皇帝不耐烦还斗胆多了一句嘴，问了一句，您不看她的书信，能否召童妃进宫，确认一下真假？皇帝先是沉默了一会儿，突然非常气恼地说：“这个人自称是童妃，真是妖妇，她全是一派胡言乱语，若明天来一个张妃，后天来一个李妃，朕是不是都要相认？”
很明显，皇帝是铁了心的不认童妃了，可冯可宗还这样不识时务，自然没有他的好果子吃。弘光正式下令，撤销冯可宗的审讯官之职，查他的背景，改由太监屈尚忠审理。
冯可宗只得委婉地托监牢的看守转告童妃，皇帝不认识她了。听到这不幸的消息，童妃终日在狱中哭骂，绝食抗议。本来长期的颠沛流离童妃的身体已经染病在身，加上在南京的精神打击，几天功夫，绝望的童妃看上去都脱了人形，像骷髅一般的难看。太监见皇帝不认她，也索性施加凌辱。
见此情景，刘良佐等朝臣，上疏力争：“童氏必定不是假冒。”极言皇上为群臣所欺，将使天伦灭绝。
连马士英也认为：“如果不是关系真情，谁敢自称是陛下的王妃？”
但弘光始终既不见面也不回应。
弘光为堵住悠悠之口，便下一道手谕：
朕元妃黄氏，先朝册封，不幸夭逝。继妃李氏，又已殉难。登极之初，即追封后号，诏示海内。卿为大臣，岂不闻知？童氏不知何处妖妇，诈冒朕妃。朕初为郡王，有何东西二宫？据供是邵陵王宫人，尚未悉真伪。若果真实，朕于夫妻之间，岂无天性？况宫媵相从患难者颇多，夫妻之情，又岂群臣所能欺蔽？宫闱攸关风化，岂容妖妇阑入？国有大纲，法有常刑，卿不得妄听妖讹，猥生疑议。
屈尚忠可不像冯可宗那么有耐心去辨明真伪，见皇上不认，就动用大刑，严加拷讯。童氏始终矢口不移，坚称自己就是童妃。最后实在被折磨得不行了，只好改口说，自己是假冒的。满希望以自己的妥协换取一条生路，谁知屈尚忠在得到了供词后，便于1644年7月1日的深夜，密令狱卒将她勒死在狱里，此案算是了结了。
也有记载说，她是在备受酷刑、精神失常之后，被带回扔进地牢，三天以后就死在那里了。
也有记载说，她是绝食而死的，还在监禁中流产了一个胎儿（温睿临的《南疆遗史》）。
总之，这桩案件，使得一时之间“中外哗然”。