明清以来，几乎所有的史书都断言，童氏如她自己所说是真正的妃子。既然童妃是真正的妃子，那么，这就出现了另外一个问题，人们对于弘光皇帝来历的怀疑了，从而引发了南明王朝最严重的一场信任危机。
人们不禁要问，弘光皇帝为什么那么坚决地拒绝承认童妃的身份呢？是不是他有难言之隐？或是怕她看出什么破绽？南明王朝，从官到民，从朝到野，不少人心里都画了一个大大的问号，人们把当初迎立福王时的种种蹊跷联系起来了。据当时最广泛的说法，是凤阳总督马士英急于拥立新君，曾与幕僚密谋，拥立藩王，抢得头功，这样以后朝廷的事情才可以朝着有利于自己的方向发展。挟其私心，马士英便派其私人顾问杨文聪，“持空头笺，命其不问何王，遇先至者，即填写迎之。文聪至淮上，有破舟河下，中不数人，或曰：福王也”。就这样，福王被马士英接在营中，能证明福王身份的，也仅仅是一个王侯的印玺。
人们普遍推测，其实真正的福王已经死了。因为福王从许州出奔之后，有好几个月时间，他的履历行状记载不详。自然也不排除有不逞之徒，杀死福王夺得印玺，从而冒名顶替福王，承继大统。因为皇位这个东西，金光灿灿，十分诱人。古往今来不知有多少豪杰枭雄，拼却了性命都不可得，而仅凭一个王侯的印玺，就可轻而易举唾手得到，天下没有比这种风险更值得一冒，更有价值的了。这样一个冒名顶替者，自然难以逃过曾经是他亲密爱人的妻子的法眼。
当时的东林复社党人鼓动最力，他们得知童妃下狱后，如获至宝，大造舆论。他们质疑弘光皇帝的合法性，闹得朝野一片喧哗。在他们看来，福藩继统，就等于承认自万历以来，他们在残酷的党争中是最后的失败者。东林复社党人自然不承认这种失败，正像童妃案给阉党一派提供机会一样，也给东林复社党人提供了一次难得的机会。他们抓住童妃事件大做文章，必欲推倒福藩另立新君才肯罢休。弘光朝廷越描越黑，朝野上下，都认为童妃是真的。这事一直折腾到南明小朝廷覆亡，才算罢休。
也许有人要问，为什么邹太后不出来证明一下真伪呢？在此引用二则古人的记述，就非常能说明问题了。一则是黄宗羲的记载：“甲申七月壬辰，皇太后至自民间。弘光趋迎，屏人密语者久之，遂为母子”。与此大同小异的，是林时对在《南都三大疑案》的记载：“（弘光）登极后，太后亦自河北至。帝不出迎，群臣奉凤舆至内殿下舆，帝掖后至殿隅，密语移时，群臣拱立以俟，秘弗闻。半晌始下拜恸哭，人皆疑揣。乔大理圣任先生在班行目击者，曾面语余。或云：帝实非真世子，福藩有一审理貌类，因冒认。语时戒勿，同享富贵。”
有以上史料可知，太后明知是假，但为了富贵和性命，只得保守秘密。那么人们又要问了，为什么不如法炮制，反正真正的福王已经死了，完全可以做童妃的工作，也让她守口如瓶，不去戳破，从而拥有皇后之名，岂不两便？这你就不清楚后宫斗争的血腥了。况且弘光是一个苟且偷安、追求享乐的人，而后宫佳丽历来善妒，认下童妃，就等于自己成了童妃手中的人质，还能为所欲为？而最干净彻底的解决办法就是杀了童妃，如此方可永绝后患。
总之，童妃事件给南京政权带来了重大的信任危机。
一方面东林党人言之凿凿，断定弘光帝是一个异姓子弟的冒牌货。而马士英等“奸雄”为了攫取定策之功，放着潞王朱常 这样的正宗“贤王”不立，却拉来一个身份不明的人拥上皇帝宝座，居心叵测，是古来大奸。弘光皇帝和马士英一派自然不会善罢甘休，展开反击。于是，朝中党争前所未有的激烈起来。风雨飘摇的小朝廷就在这种内耗中，亡国无日了。