在葬礼结束后，顺治帝又掀起出家当和尚的轩然大波，他让和尚为自己剃度，以表示弃天下如敝屣的决心。顺治的出家念头在董鄂氏去世时已经萌生，但他的未了情还要用手中的权力去了结——追封董鄂氏为皇后、为她举行隆重的葬礼，一旦把这两件事办妥，他就要遁入空门了。
顺治的剃度，实际是一个从渐悟到顿悟的过程，从顺治十四年十月初四在海会寺同和尚憨璞会面后，顺治又同玉林、木陈、行森等禅师频繁接触。这当然有争取逃入空门士人的考虑，因为自唐宋以来，士大夫在政治上遭遇蹉跎后，往往出佛入老，以期得到心灵上的某种慰藉。
据当时在华的外国传教士维克特·瑞奇（Vctor Ricci）所记：“许多忠于明朝的志士们不愿受满洲统治而出家当了和尚，不少学者、诗人、画家栖身寺庙。”他们中有的以“思明”为法号；有的“以忠孝作佛事”，每到崇祯忌日“必素服焚香，北面挥涕”，十几年如一日；也有的慷慨赋诗：“一声长啸出红尘，忠孝原来是法身”，以诗言志；还有的把时人悼念在煤山（今景山）自缢的故君——崇祯的诗文，编辑成册，名曰《新蒲绿》。“儒之门几无人”“率被释氏牵之去”以及空门不空，在当时都是非常突出的。
顺治先后诏令在禅门中颇有影响的玉林、木陈禅师进京论道。木陈不仅是“新蒲绿”的编辑者，还在顺治八年到舟山的普陀寺开堂说法，而当时的舟山在鲁王朱以海的控制之下，其政治倾向不言而自明。木陈在进京后，被顺治安排在西苑（今北海、中南海在当时称为西苑）居住堪称是志趣相投，心有灵犀。
顺治的博学多闻、礼贤下士，已经把木陈胸臆间的故国之思、华夷之别荡涤殆尽。在其离京前夕（顺治十七年五月）曾挥毫写下：“惜别君王重，多愁会晤难。何由能缩地，长此共盘桓。”惜别之情、眷恋之意已经跃然而现。
“从今不哭《新蒲绿》，一任煤山花鸟愁”的木陈，在南归后还写了一篇颇有政治色彩的文章《从周录》，不但曲解了孔子的“郁郁乎文哉，吾从周”之意，还对明清鼎革的合理性进行了论证，其文曰：“向使殷之丧师，同于明之亡国，武王之兴同于世祖之兴，则伯夷将弹冠入周，安事首阳清饿哉！乃世固有非宗臣，非国士，往往托首阳以自高，则已违乎周、清从违之义矣。”这一番议论，即使是降清多年的洪承畴、吴三桂等也未能杜撰得出，此木陈已非彼木陈！而木陈“以比丘尼不得为君父报仇”的告诫，更是顺治期待已久的。
满汉合作基础的扩大，已经是不争的事实。然而礼禅也是个双刃剑，即瓦解了禅门，使得相当一部分禅师接受了明清鼎革的现实。与此同时也把顺治的思绪引向了空门，他曾对木陈说过“朕于财宝固在不意中，即妻孥亦觉风云聚散没甚关晴”。顺治甚至拜玉林为师，法号“行痴”，用现在的话也算得上是个在家修行的居士了，兼之又有董鄂氏同他机锋问答，别有一番情趣在心头。
关于顺治出家在很长的一段时间被炒得沸沸扬扬，吴梅村还以此为题写了首长诗。而在《清诗纪事》中还收录了一首署名为福临写的“西山天太山慈善寺题壁诗”。虽然可以断定此诗并非顺治所作，但其中的“天下丛林饭似山，钵盂到处任君餐。黄金白玉非为贵，惟有袈裟披最难。朕乃山河大地主，忧国忧民时转繁”以及“我本西方一衲子，因何流落帝王家！十八年来不自由，江山坐到几时休”等句，确实反映出顺治不堪尘世礼法束缚的心境。
产生于清乾隆时期的著名小说《红楼梦》中便安排主人公贾宝玉在林黛玉被封建礼教夺去生命后，毅然抛弃荣华富贵出家当了和尚，很可能就是有感于顺治强烈的出家之念。
该书作者曹雪芹的祖母就是康熙皇帝的乳母之一，作者在童年时很可能听到有关顺治试图遁入佛门的真实情况，正是有了这种生活积淀，《红楼梦》这部巨著也才具有如此强的震撼力。
但顺治的出家，也是竹篮打水一场空。
及时赶到北京的玉林制止了顺治的出家之举。玉林明确表示：如果皇帝不放弃出家之念，就将烧死行森。熊熊燃烧的柴堆迫使顺治让步，依然留在尘世当皇帝。为此他安排最得宠的太监吴良辅作为皇帝的替身在悯忠寺出家，以了结皇帝的未遂之愿，并在十八年的正月初二御驾降临悯忠寺，参加吴良辅的剃度仪式。
过度的悲伤、主持葬礼的疲惫以及出家未遂的失意都伤害了顺治帝本来就多病的身体。顺治在十几岁时得了肺结核，竟至到了吐血的地步。结核病人在患病之初，表现出病态的亢进，用中医的观点来解释就是阴虚阳亢，而当时顺治又处于青春期，纵欲之事时有发生。然而病态的亢进耗尽了他体内的元气，以至才20岁出头就已经阴阳俱虚，气血两亏。
顺治对董鄂妃的宠爱并非一般人所想像的“独承雨露”，实际上皇帝同她经常“分床而居”，彼此如同老友一般，更多的是心灵上的沟通。而董鄂妃的去世，已经使得顺治的命门火虚弱到随时就能熄灭的程度。
顺治在参加吴良辅的剃度仪式后5天去世，按照他的遗嘱：由行森在景山举行火化仪式，奉命来京的行森在四月十七日为顺治举行了秉炬，其遗体及生前御用物品全部焚烧。
顺治的骨灰葬在他生前择定的墓地——位于遵化马兰峪的清东陵。
令顺治没能料到的是，他逝后的谥号“章”也未能系在董鄂氏的皇后谥号上，这就意味着孝献皇后不可能配享太庙……然而无论是礼教还是名分，对于紫禁城里所发生的长达数年的惊世骇俗的生死之恋，不也都是无可奈何吗？