海底来源说
在对待飞碟和E.T.来源问题上，也有人提出是来源于海底——水下文明说。提出这种假说的根据是有的目击案是从水下飞出飞碟或飞碟进入海中。在UFO界称这类飞碟为USO（不明潜水物）。这种假说的要点是有人认为在占地球2/3面积的海洋里，本来就进化出一种高级海底水下文明。他们像陆地上的人类一样生活在海底，有自己的生活方式，有自己的文明，利用飞碟出、入海域。海底来源说的另一派别是指从前曾生活在陆地上的先进民族，如玛雅人在遇到灾难时沉入海底，利用其高科技适应海底生存环境，后来就生活在海底了。最近有人在大西洋海底发现金字塔，就给这种假说增加了一个证据。对于前者假说的证据，是传说中的海底美人鱼，以及传说在十几年前前苏联海军从大西洋海底抓获美人鱼——小人鱼，报刊上曾刊登图像。美国人从虎鲨鱼胃中解剖出美人鱼骨骼，这都说明海底人是可能存在的。但是否是文明十分先进的民族，尚无直接证据。
至于USO的存在，在一定程度上能说明水下飞碟的存在，但不一定证明水下人的存在。因为如果飞碟是外星来客的话，它们也可能驻留在海底。因为海底安全，不易被人发现。就像地球人潜水艇一样游弋和休息在水下。尤其有人看到USO从江中出入，在湖中出入（如哥伦比亚的首都波哥大市郊就有飞碟出入湖底的案例，前苏联也有飞碟入湖中的案例，中国扬州的湖中也有USO出入的历史记载等）。这些都说明可能是外星飞碟在地球水下建立基地，便于安全和活动。关于水下来源说能否成立，还要时间去验证。多数UFO专家认为，湖底形成文明世界的可能性不大。
空中生物说
在UFO研究中，有很大部分的UFO显现出十分奇特的特性，如像彩虹般地在空中发光；有的亮光像幽灵般地游来游去，忽隐忽现（如1996年在福建船上拍摄到的2个UFO）。在外国的好多UFO现场录像中也有奇特表现，荧光般地忽闪忽灭、蝴蝶般地灵活飞行等等。尤其有的UFO在空中是半透明状；有的可改变形状；1996年，美国的哈勃太空望远镜在太阳系边缘处拍到了透明状彩虹般的生命体，有时是人形，有时又散去不见。因此有人提出UFO“空间动物说”。这种说法最为神奇。但很早就有人提出过。早在1949年，美国空军在执行一项索撒计划（是代号，是一项军事秘密计划）中，发现太空生物。当时发表在1949年4月27日的报纸上。文中写到：“暂且不考虑它为某种奇异的、大气层外的生物。它的许多行径都非常接近动物习性……”当时报纸还刊登了照片。
提出空中生物说的最早的人是美国宾夕法尼亚州的圣特马斯市的强菲利蒲贝撒。他1946年6月之前就提出该学说。1947年7月正式向美空军提出。他认为UFO是空中生物的一种，结构非常稀薄，具有物质化或非物质化的能力，推进是靠一种心电感应所产生的能源来进行。他们认为没有空气的太空能像海洋一样（无空气），也存在生物，而且是大大小小、尺度不一的生物。其中有肉眼可见的，有肉眼不可见的，还有半透明状的。有的还会变色，就像变色龙一样，也可变成透明体。
澳洲也有人于1955年在瑞士的“未知”杂志上撰文支持此观点。该人士（尤氏伯爵夫人）说：太空生物有如同微生物般的游弋特性。美国在1946年6月24日首先发现飞碟并提出“飞碟”一词。肯尼斯·阿塔德（1915年生）也支持这一说法。当时他称这种生物为宇宙波鲁达——宇宙精灵。
在动物学家、异常现象研究者中，也有大量的人支持这一学说。他们说太空生物可能是等离子体状、阿米巴原虫状、非固体、液体、气体，是物理态的第四种状态即等离子体态。可能是存在于不可见光谱之中。比如红外线频段。他们认为这类生物是低智的。但是否如此，还待探索。他们相信，在不久的将来，会将这类生物捕获，从而打开揭示UFO之谜的隙缝。
通过哈勃太空望远镜摄影发现的太空生物状照片，这更加支持了这一学说。我们在期待这一学说能得到进一步证实，给UFO研究增加新的内容。
平行宇宙说
也有人认为飞碟和E.T.来源于另一个世界。这个世界与我们地球实体世界是平行并存的。另一个世界是隐形的，是超地球生命。持这种观点的人怀疑研究UFO的其他学说是否方向错了，否则，为什么找不到真正的证据呢？这种假说日本又称为是“异次之说”。平行宇宙说认为世界上存在平行宇宙；另一个宇宙中有一种“超地球生命”（UT）与地球人生命并行，只是波动水平不同，另一平行世界里无时间概念，故和我们处于不同时态。持这种态度的代表人物是美国的记者强·A·基尔，他认为UFO超越了我们的理解能力范围，且能自动合成多种物体（达100种以上）。这种“超地球生命”可以操纵地球人类心灵。实际上，持这种学说的人承认平行世界中的那种生灵是高智能的、隐形的，但能操控地球人类，甚至可以与地球人进行心灵沟通。
美裔法籍天文学家兼电脑专家杰克·F·巴雷士（1939～）也赞同这一学说。他说：某种具有智慧的生物体，长期以来，操纵着世界的宗教运动，影响着天使、亡灵、妖精等的灵异现象。能轻易地移动家俱发出声响，并破坏它（有人称为鬼动现象，西方称这种“鬼动现象”为波鲁达盖丝特）。杰克所说的现象，即超高智的脱离肉体的E.T.可能是存在的。这种超高生命体具有通灵能力，可能收获地球人的思维波，因而也达到无所不知。通俗地讲，具有心灵感应能力。我们也可以把这种E.T.理解是高层次的宇宙人、是高维次的生灵。有人在研究宇宙全息信息通信时，收到大量的E.T.信息，很可能就是这类E.T.的信息。据信息说，他们有的位于银河系内，有的则位于河外星系。如此说来，平行宇宙在空间维次上又是与现有宇宙交叉存在的，但又不会“碰车”，因为隐形世界和显形世界是并行的。打个比方，无线电是到处存在的，与现实世界交叉并存，但又不占空间，有谁被无线电波撞伤？但它确实存在，又可操控遥控设备、远方机器人，这就是并行宇宙的形象比喻。
关于并行宇宙学说的另一个有力支持者，就是有的E.T.确实是隐形的，有的可以隐形和显形。黑龙江省五常市山河屯林业局红旗林场凤凰山1994年6月发生的飞碟击昏案（青年职工孟照国远距离被飞碟击昏，长达1个多月神智不清）中的E.T.就是隐形的，常人看不见，只有有功能的人可以看见，如哈尔滨市有功能的人见过，孟照国也可见到。这就为此种学说提供旁证。凤凰山E.T.也可以进行意念传感，除孟照国自述能收到外，某些功能人也能收到，而且也有使孟家物体移动的致物现象。这难道是巧合吗？此外，有一位中国学者在欧洲讲学期间，也遇到“鬼动”现象，并在子夜被穿墙过壁而入的E.T.扶起，还谈了话，然后消失，这与孟照国的经历十分相似，同时也又一次旁证了些种学说的可能性。尽管听起来十分神奇。
又如1971年，在英国约克夏的柯群格雷村有人拍摄到“妖精”形象。
这种假说的困难之处就是过于神奇，常人不易接受。同时利用常规的照相、摄像手段目前无法拍到证据照片和录像带，故增加了说服人的难度。另外，按雷尔等人介绍，上帝、天使等人物也都是另一个宇宙空间星球上的人类，他们是实体人物还是无肉体的隐形人类，日前尚有矛盾之处，还待进一步探究。
精神映射说
在解释UFO现象的过程中，精神映射说认为UFO现象是由人的心理无意识的精神幻化成物体的过程，也就是精神变物质的过程。这一点就好像某些佛家高僧能生成“舍利子”一样，是精神体的物化过程。
这种学说是由两位美国研究家罗·E·克拉克（1946～？）和罗连克尔曼依据瑞士心理分析家和精神病理学家卡尔高斯特福·杨达博士的无意识典型构成UFO的学说发展而来的。他们认为E.T.、飞碟、圣母玛利亚等都是由“精神能源”引起的，作为一种假说存在，但实际案例中证据不多。因此，此科学说还需实例来验证。
2004年在澳大利亚墨尔本拍摄。一个市政交通雇员在拍完一条水平铁路叉口照片后，将照片输入计算机后，照片的天空上出现一个不明飞行物体。
时间隧道说
时间隧道说又称时间旅行说。这种假说是说有些UFO（飞碟）来到我们未来的世界，他们来时不是经过空间，而是穿越时间。飞碟穿越时间隧道不用时间或用极少时间或超越时间，这种隧道如果真存在，将来可以作为星际航行的工具和通道。但是这种假说过于深奥，很难让人理解。这种时间隧道和空中走廊的概念完全相悖。这种理论已超出目前地球人常规理解能力，目前尚无更确凿的证据可以证明时间隧道的存在，只是有飞碟忽隐忽观现象，但是否走的是时间隧道，还无法定论。持这种假说的人有法国的路涅菲尔（1904～？），他曾在GEPAN的杂志《宇宙之现象》中发表论文，简述这种观点，目前支持此观点的人并不太多。
超能阴谋说
持这种假说的人认为某些具有特异功能的人（又称超能人）利用自己的超能和心灵感应能力制造UFO形象，从而达到某种目的。杰克巴雷博士就提出这种设想，并著有《欺瞒之使者》一书（1979年出版）。书中介绍有人可控制他人意志，并可制造出对方影像。通过这种方法来达到个人或集团的目的——宣传宗教等。实质上和精神映射说类似。另外，这种假说不能说明超人功力有多大方可出现上述情景。该学说证据较少，也受到不少人的抨击。
出生创伤幻觉说
所谓出生创伤幻觉说是指某些人在出生时受到外伤后，尤其是出生时产生心灵痛苦，于是在催眠术下产生空想的UFO和E.T.事件。尤其近10多年来，在催眠术下有不少人讲述自己有过被劫持且在飞碟内受过身体检查等经历，有人就认为这是一种心理幻觉，是由于某种原因引起的心理创伤而造成的幻觉。因为人的大脑有一种自我编辑、自我成像功能（比如做梦就是这种功能的一种体现）。这种幻觉（包括视觉和听觉等）可以在外界声音、图像、语言诱导下生成，或者将儿时的牢固记忆再现。出生创伤说的创始人阿尔宾罗森博士（1929～？）是美国加州州立大学教授，1970年宣传此学说。并与催眠术专家威廉.C.马寇博士、UFO研究专家强德雷拉一起对未见过UFO的人且UFO知识极少的人作催眠术，催眠结果叙说的与有UFO经历的人类同。而且这种有出生创伤的人有UFO四类接触幻觉的人现在还有。因为出生时的婴儿形象——大头与UFO四类接触幻觉中见到的E.T.形象类同。
假说里提出的较多关键问题都有确凿的证据给以证明。任何一种假说如没有实例证明，那么它就显得软弱无力。同时不是互相排他性的假说，那么每一种假说都可能具有一定的参考性。或者具有揭示UFO和E.T.真假的一定的现实意义。
UFO和E.T.现象已向人类的智慧提出正式挑战，如何破译UFO之谜，已成为全人类共同努力的方向。因此，联合国1978年通过决议，提请全球各国都要重视UFO研究，并将研究结果及收集的目击案向联合国汇报。国际宇航会议每年一次的年会也增设了SETI（寻找外星文明）的研讨小组，将寻找外星文明、破译飞碟之谜的课题当成正规的科研课题来抓。同时，过去一向否认E.T.存在的天文界人士现在也开始正式研究E.T.，有人设想CETI（与外界人通信）活动，因此，在寻找E.T.来源时，应该应用全方位多角度广角思维的方法才能适应UFO探讨，任何固定模式的迟滞常规思维都是无济于事的。随着时间的推移，UFO案例的增多使得人们的认识有了新的提高，对UFO持肯定论者的人数越来越多，对UFO的认识深度也越来越深。相信不会太久，地球人会解开这个不解之谜的。