稻田土一般是直接从稻田挖取含水量适中的土，将大土块拍碎打散，使最大的土粒直径不超过3厘米为宜。土坯土是用干土坯破碎而成的大小不一的土粒。用筛眼大小不同的筛子将破碎的土粒分别过筛，直径2—3厘米的土粒称之为粗土。直径0.5—1厘米的土粒称之为细土。人工合成土是用塘泥或稻田泥加入稻壳或麦壳制做而成的。一般每100公斤泥土加入稻壳110公斤和1公斤石灰，将它们搅拌均匀制成颗粒状即可。
根据世界各地的使用情况来看，腐质土是最好的覆土材料，但一般不易得到，既使可以得到价格也比较昂贵，所以一般采用土坯土较好。
2、覆土时间和方法：一般播种15—20天后，菌丝吃料约2/3时，掀去地膜并及时覆粗土。先用2%的石灰水澄清液用喷雾器将准备好的粗土粒喷湿，使其吸透水无白心，湿而不粘，然后用塑料膜盖严闷12小时。之后将其轻轻铺于菇床料面上，将培养料盖严为宜，厚约3厘米。覆土后，及时补足水分，使土粒充分吸水，促使菌丝向土粒上攀爬。此后每天只向空间喷水，以保证菇房空气湿度在75%。覆粗土约7天左右，土粒缝隙间有菌丝长出。此时应及时覆细土。细土同样用2%的石灰水澄清液喷湿，使其吸透水无白心，湿而不粘，用塑料膜闷12小时后，将细土轻轻铺于粗土粒上，厚约1厘米左右。细土覆完后，也要补足水分，使土粒充分吸水，以促使菌丝发育。
3、覆土后的管理；覆土到出菇约20天左右，这一时期主要是加强菇房通风管理和水分管理。粗土覆好后，及时向菇床重喷水一次，使土粒吸足水分。之后，每天只向空间喷水，保持菇房空气湿度在70%左右，促使菌丝生长。约7天后，土粒间有菌丝长出，这时及时覆细土。按要求覆好细土后，及时向菇床土粒上喷水，使土粒吸足水分。此后每天向菇床和空间喷水1—2次，保持土粒湿润和空间湿度在75%左右。另外，自第一次覆土后，要加强菇房通风管理，每天通风2—3次，每次1—1.5小时，以确保菇房空气清新，促进菌丝的正常发育和菇蕾的形成。
（九）出菇管理
双孢菇从播种到出菇，一般为35—40天。出菇管理主要是水分管理，通风管理，温度管理和光照管理等几个方面。但要想获得高产，除加强上述几个方面的管理之外，还要加强病虫害防治和营养物质的及时补充。
1、水分管理：出菇时要求菇房空气相对湿度为90%左右。一般每天向菇床和空间雾喷2—3次即可。但也不能教条，必须根据天气状况灵活掌握，阴雨天可少喷或不喷，干热天要勤喷，但每次要少喷，切忌大水喷。另外，菇密多喷，菇稀少喷，前期多喷，后期少喷。
当第一茬菇长到黄豆大时，需重喷水1—2次，每天喷1次。重喷水后，停水2天，之后每天喷水2—3次，一般是早、中、晚各一次。第一茬菇采收后，停水1—2天，之后继续喷水，直到第二茬菇长到黄豆大时，再重喷水一次，停水1天，然后每天喷水2—3次。如此循坏，直到三、四茬菇采收完为止。注意，到后期要适当减少喷水量。另外，喷水后要打开门窗加强通风。再则，采菇前最好不喷水，以免手捏处菇盖变红，影响质量。
2、通风管理：双孢菇是一种好氧性食用菌，无论是菌丝体生长阶段，还是子实体形成发育阶段，都需要大量的氧气，才能保证其正常的生长。出菇时，每天要通风2—3次，每次1—1.5小时，当外界气温过高时，应早、晚多通风，中午尽可能不通风或少通风。大风天要关闭门窗，停止通风。阴雨天可日夜通风。通风时要注意菇房的保温和保湿，切记出菇时菇床失水，以免造成菇蕾干死。气温过低时还要设法增加菇房的温度，减少通风量。
3、挑根补土：每次采菇后，菇床上残留的死菇、老菇根要及时清除干净，以免腐烂而引起病虫害，从而影响出菇，造成产量下降。另外，每次采菇后，要用湿润的细土将采菇时带走的泥土补平，将外露的菌丝盖严，以免影响出菇。
4、温度管理：双孢菇出菇时对温度的要求比较严格，高于或低于出菇温度，就会严重影响出菇，甚至不出菇。因此，对于不同的品种，一定要搞清楚它的出菇温度，要严格按照它的出菇温度要求安排出菇时间。如浙农一号的出菇温度是15—18℃，就必须要达到这一温度范围，低于15℃或高于18℃就会停止出菇。
5、光照管理：双孢菇不喜阳光，它在弱光或无光条件下生长良好。尤其是子实体，在弱光或无光条件下子实体洁白脆嫩，菇质优良，因此，在子实体生长阶段，应尽可能使菇房黑暗无光照。如果菇房太亮或光照过强，子实体菌盖颜色变深或出现破裂现象，就会严重影响质量。
6、病虫害防治：出菇时，菇房门、窗要安装纱窗和门帘，以防室外虫害飞入菇房为害，造成产量下降。同时还要加强病害的预防。为防止病害发生，就要注意防止菇房发生高湿高热和通风不良现象。一旦发生病虫害，就要及时对症治疗以免影响产量和质量。
1、双孢菇生产过程中常见病害虫害及防治措施：
（1）竞争性真菌病害：是指与食用菌菌丝体争夺养份而侵染培养料的其它有害真菌，也就是我们常说的杂菌。如绿霉、根霉、曲霉、链孢霉等。这些病菌多发生于发菌期。引起发病的原因主要为培养料发酵不彻底、菇房灭菌不彻底、接种工具和手消毒不彻底，发菌期通风不够等。其为害症状特点分别为：
（1）、绿霉菌：发生初期，培养基上长出白色、纤细、稀疏的菌丝。随后变成灰白色绒毛状，产孢区排列呈同心轮纹，并出现淡绿色粉状霉菌孢子。由于孢子数量不断增多，老熟菌落转为深绿色，范围逐渐扩大。其菌丝能分泌毒素，抑制双孢菇菌丝生长。
（2）、毛霉和根霉：发生初期，菌丝稀疏细长，生长迅速。4—7天后，灰白色的气生菌丝生长茂密。后期气生菌丝顶端形成许多圆球形小颗粒，并由黄白色变为黑色。其菌丝在培养料中扩大蔓延，分泌有机酸和毒素，抑制双孢菇菌丝生长。
（3）、曲霉菌：与根霉污染相似，培养料受其污染后，很快长出黄绿色或黑色颗粒状霉层，但颗粒粗糙成粉粒状。其菌丝分泌毒素抑制双孢菇菌丝生长。
（4）、链孢霉菌：初期菌丝呈白色棉絮装，很快气生菌丝顶端形成大量桔黄色链状串生的分生孢子。随着菌落转为淡红色粉沫状。其菌丝分泌毒素，抑制或杀死双孢菇菌丝。
以上杂菌，一旦污染了料面，如果是局部污染，应及时将其连同培养料一块挖去，且尽量多挖去其周围的培养料，并注意不要将其撒落在其它料面上，然后用新的腐熟培养料及时填补好并补播菌种。如果培养料大多被杂菌污染，应全部清除，并将菇房重新彻底消毒灭菌，然后及时重新上料播种。同时要找出杂菌污染的原因并及时纠正管理方法。
（2）致病性真菌病害：是指能够侵染食用菌菌丝体或子实体，并导致食用菌菌丝体或子实体萎缩、霉烂、变形或死亡，从而造成产量和品质下降的有害真菌。双孢菇生产过程中的常见病主要有以下几种类型：