在内部管理中，马云很清醒，他知道自己的长处和短处，所以他能摆正自己的位置，不当英雄只当凡人，不做皇帝只做员工，善待同事与人平起平坐，是马云管理的主张。马云出色的口才，能在危机时刻驱散人们的种种疑虑和恐慌；马云聪明的做人之道，能把内部矛盾成功地化解，能让员工热情澎湃地为阿里巴巴打拼；马云英明的策略之术，数次将阿里巴巴挽救于狂澜之中。对待雅虎的员工，更显示了马云管理艺术的神奇魅力，马云这个“后娘”当的仁至义尽，彻底否定了“一朝天子一朝臣”的论调。
1．敞开心扉，善待身边的每一个人
自己有一颗平常心才能让员工放下心。
管理大师约翰·科特说：“作为一个领导者，许多时候，并不一定需要宏篇大论，领导者只要注意一下感情上的细节就会产生惊人的效果。”
马云是一位成功者，但成功者必须要有自己的实力。商业领域需要的是那种综合素质最佳的“极品男人”，而马云正是这样的人。领导者需要服众，才能上下齐心达到目标。领导力是管理的关键，责任心是管理的基础，亲和力是管理的辅助条件，实力是管理的资本，威望是管理的保证。马云成功地做到了这些，所以他顺利地实现了自己的梦想。马云的魅力就是走到哪里都能与人打成一片。
马云在公司内部始终把自己定位为一个为员工提供便利的人。他已经学会了摆脱恐惧，学会摆脱了去争取公司内外认可的需求，他发现了一个真实的自我。马云非常关注人与人之间的沟通技巧、矛盾的解决和团队建设。在开诚布公的交流中，他感受到了巨大的满足和欢乐。一种内在的爱取代恐惧成为马云的驱动力，因此他也成了他的团队的精神领袖和心灵导师。
在阿里巴巴公共办公区里，马云经常会笑容可掬地走到某位员工身旁，亲切地与其交流，拍着他的肩膀倾听其说出工作中的难题。这种上下级的沟通方式，既不会让员工感觉拘谨，又能及时了解他工作的状态。时间一长，员工们也逐渐习惯甚至爱上了这种特殊的上下级沟通方式，这也就成为阿里巴巴的一种文化——“闻味道”。
从小受澳大利亚籍义父的影响，马云非常善于和人沟通，在阿里巴巴业务尚不成气候的阶段，马云不断出现在各种能够提升阿里巴巴国际知名度的场合演讲、以及接受海外媒体采访，在海外树立了良好的国际化形象，为阿里巴巴赢得了海外投资者和海外买家的关注。马云也利用其本人的魅力，来招揽人才，另外，马云对于整个管理团队也是敞开心扉，以诚相待。
在阿里巴巴，有一件更有趣的事，阿里巴巴的任何一名员工可以直接称呼马云的名字。公司员工之间直呼其名或许并不算太奇怪，但老板和员工之间这样“不成体统”的现象的确是很少见。但是，在阿里巴巴这种“犯上”的现象是很正常的。
这或许和马云当教师的经历有关。对于自己当教师的那段经历，马云认为对自己日后创业也有帮助。马云说：“我跟学生之间是真诚的感情，后来跟同事之间也是这样一种关系，不像老总与下属的关系。”怪不得他公司的员工都是直呼其名，外人尊称他马总时，他也很不习惯，赶紧纠正：“别叫我马总，叫马云！”
时间一长，马云在员工心里像朋友，像老师，像家人。他们眼里的马云为人非常好，非常善良，比较照顾周围的人，而且不是应付也不是应酬，而是发自内心的关心。他把员工当成自己的朋友，他付出从来不讲回报，他很平等待人，而且做得很公正。很多事情员工觉得很难做好时，马云会说：“你看我们还有这么多希望。”员工们觉得跟马云工作很高兴。生活永远是两面的，人看到一面特别耀眼就看不到另外一面，马云启发他们去看到另外的一面，困难的时候阿里巴巴人也没怎么愁云惨淡，很开心就过来了。马云的性格也很好，这些都影响了他的员工。可是，在阿里巴巴人心里，对马云的评价是很高的，这绝不是言不由衷的奉承而是发自内心的真诚。
在国内，有些企业管理者为了树立自己的绝对权威，可以说是处心积虑，用心良苦，甚至不惜用“杯酒释兵权”的手段。而马云却从来没考虑过这些，尽管他已经在自己的团队中有着很高的威望。但马云并不希望自己被神化，也不希望公司员工对他搞什么个人崇拜，他甚至都不希望自己的员工是为了他马云而工作。但是，尽管马云不希望被神话或者崇拜，他希望员工能认可自己的理念、思想、战略战术，他说：“一个CEO他最后要取得的决定权不是人，是他讲的理念思想、战略战术是不是确实有理。所有人都觉得你说的有理，他们就会跟着你。”
马云以其独有的魅力赢得了所有的尊重，正是应了马云常说的那句话：“自己有一颗平常心才能让员工放下心。”
马云最大的领导特质就是建立团队的能力。众所周知，IT业是一个英雄辈出的行业。但随着经济日益全球化，这个行业越来越理性，市场越来越规范，英雄也越来越少，团队协作更多的被提倡。马云说：“单靠个人或者少数人的力量已经不行了，个人英雄的时代业已结束。”
马云认为，企业家是具有思想，会合理组织既定资源，能把企业带向正确方向的掌门人、决策者、指挥者，同样张瑞敏也认为，企业家是优秀的经营者，是一个群体，是决策正确、指挥科学的群体。
虽然对领导者的定义见仁见智，但是人们对于领导本身素质的要求却是大同小异的。马云在培养领导人才方面积累了许多宝贵的经验。一般说来，所有领导都应具备的基本素质包括高智商、科技和专业知识、商业头脑、执行能力、战略能力、经验等，但要成为一位真正的领导，仅具备这些基本素质还是远远不够的，还必须拥有诚实守信、乐于沟通、主动热情、自我批评、终身学习等价值观。马云在这方面绝对是一位大师级人物。
2．拒绝崇拜，不能把自己当英雄
如果别人把你当英雄的时候，你千万不能把自己当英雄，如果自己把自己当英雄，必然要走下坡路，你从此再也不是英雄！
“发展依靠员工”是马云经常挂在嘴边的话。在马云眼里，一个企业管理者不必样样精通，一个管理者必须学会借鉴众人的智慧和力量，而自己则是这个团队的驾驭者。人们指责过阿里巴巴的商业模式，但从来没有人指责阿里巴巴的团队。毫无疑问，阿里巴巴的成长应归功于一大群优秀的阿里巴巴人。而这群一度叱咤风云又特立独行的阿里巴巴人聚拢在一起，又应归功于马云。究竟马云施了什么魔咒，使这么多优秀的人能心甘情愿地甚至是降身份、降收入去跟他捕捉一个在当时还非常遥远的未来？
与生俱来的使命感，不仅笼络了随同马云创业的18位“绿林好汉”，还吸引了众多高手的加盟。
1999年9月，阿里巴巴正式成立后，瑞典银瑞达公司的副总裁蔡崇信飞赴杭州洽谈投资。和马云谈了4天后，蔡崇信说：“马云，那边我不干了，我要加入阿里巴巴！”马云求之不得：“好！你来帮我管钱。我不会管钱，我最多管过200万元人民币。”蔡崇信的加盟使马云如虎添翼。1999年10月29日，由高盛公司牵头，瑞典银瑞达公司等联合向阿里巴巴投资500万美元。随后，阿里巴巴又从软银孙正义手中获得了巨额投资。
2000年5月，雅虎搜索引擎专利发明人吴炯被阿里巴巴吸引，放弃上千万的收益加盟阿里巴巴。继蔡崇信、吴炯之后，阿里巴巴吸引了更多高素质人才的加盟。2001年，在GE工作了16年的关明生加入阿里巴巴，就任阿里巴巴的首席运营官；2003年，微软（中国）原人事总监和联想网站原财务总监也加盟阿里巴巴。这些人在原来的公司都已经做到了高层，阿里巴巴没有用高薪挖他们，在职位上也没有升迁。他们看重的不是这些，他们看重的是阿里巴巴的企业文化和前景。
此时，阿里巴巴已经从十八罗汉变成了一个300多人的跨国公司。将这样一群哈佛大学的毕业生和一些杭州师范学院毕业的人统一在一个团队中，是一件相当有挑战性的工作。
众多高手加盟阿里巴巴，首先是因为阿里巴巴所在的是朝阳行业；其次因为它是一个奇特的公司，对企业的价值观、文化之类的东西很疯狂。可以说，如果没有马云对公司文化和价值观近乎偏执的坚持，阿里巴巴不会有这么大的吸引力，也不会有这么大的凝聚力。如今阿里巴巴已经有近6000人，按照计划，阿里巴巴B2B公司今年将招收2001名员工。2007年，除了引进人才，有良好的机制，进行资本运作，扩大阿里巴巴的影响力、扩大整个公司的收入以外，马云与高层团队一起为阿里巴巴制定了一本阿里巴巴的基本法。
马云之所以大量地招兵买马，吸纳众多的高端人才，一方面是企业的迫切需要，另一方是马云懂得依靠他人的力量来管理公司。马云说，自己不懂财务不要紧，他可以让懂财务管理的专业人士去负责；自己不会说专业的投资术语也不要紧，他可以让懂投资的专业人士全权负责。马云以一个豪杰的胸怀来大胆放权，让这些人为阿里巴巴贡献自己的力量，所以马云才拥有了今天出色的团队。
马云说：“不懂的人要对懂的人要足够信任。”这一点，我们又可以有一百个理由相信马云做到了。马云总是在强调自己用人的诀窍：用人最大的突破就是信任人。事实上，不仅是蔡崇信，其他几位高管和马云配合得都非常默契，而马云也一直把他们当作最大的骄傲。重要的，最难能可贵的是，马云有自知之明，他知道自己的长处和短处，不会“以己之短攻彼之长”。
很难想像，阿里巴巴和淘宝网的创造者马云不懂电脑，对软件、硬件一窍不通。但马云认为，一个成长型企业成功的第二个原则是：打造一个明星团队，而不只是拥有明星领导人。马云最欣赏的就是唐僧师徒团队，他说：“唐僧是一个好领导，他知道孙悟空要管紧，所以要会念紧箍咒；猪八戒小毛病多，但不会犯大错，偶尔批评批评就可以；沙僧则需要经常鼓励一番。这样，一个明星团队就成形了。”在马云看来，一个企业里不可能全是“孙悟空”，也不能都是“猪八戒”，更不能都是“沙僧”，他说：“要是公司里的员工都像我这么能说，而且光说不干活，会非常可怕。我不懂电脑，销售也不在行，但是公司里有人懂就行了。”
马云认为，中国的企业往往是领导人成长最快，能力最强，其实这样并不对，他们应该学习唐僧，用人用长处，管人管到位即可。毕竟，企业仅凭一人之力，永远做不大，团队才是成长型企业必须突破的瓶颈。大智者，贵在有自知之明。
3．经营人心，用态度去影响别人
这是一件好事，“非典”成为凝聚人心的时刻。
马云在近几年高速的扩张中，坚持给每一批加入阿里巴巴的新人上一堂企业价值观课。阿里巴巴在价值观上有著名的“六脉神剑”论：客户第一、团队合作、拥抱变化、诚信、激情和敬业。马云最善于施展自己的影响力进而打造阿里巴巴的团队凝聚力。对此，有人说马云善于打造凝聚力，有人说马云对员工施展一种精神巫术。但不管怎样都说明了马云是一个非常出色的管理者。
提到阿里巴巴的凝聚力，我们不能不说这个卓绝的团队在2003年“非典”时期的惊人表现。2003年春天，一场让全世界惶恐的疾病在中国的南方暴发并迅速蔓延，当时医学界还没有能够确定疾病的原因和性质，因此只能含糊地称之为“非典型肺炎”。
杭州一共发现了4名“非典”患者，其中有一位就是阿里巴巴的员工。现在阿里巴巴的员工回忆起当时的情况，有些举重若轻的感觉，“现在我们会开玩笑说知名度真的提高了很多，现在不仅仅是商界的人知道我们公司，每一个杭州人，无论老人还是小孩都知道了我们公司的名字。不过当时真的挺可怕的，上街根本不敢说自己在阿里巴巴上班，不然大家就像见到了老虎一样恐惧。一直到隔离结束以后走到街上，都会遭到不正常的待遇，人们还会指指点点说，‘非典’来了。”压力更大的是马云，一面要给被感染的那名员工家属道歉，一面要给整座办公楼里面的其他公司解释，而且人家还未必领情甚至有的人冲到阿里巴巴来大闹：“你们为什么要派人到广州去，是你们把‘非典’招来的！”这是外界的指责，阿里人内部呢，难道也军心涣散、乱成一团吗？非常令人欣慰，答案是否定的。在马云的带领下或者说在一种叫做使命感、价值观的神奇力量的指引下，阿里巴巴的员工表现了顽强的战斗力、超凡的凝聚力。
由于整个公司的办公区都被完全封锁，几乎所有的员工都要被隔离在家。但是，业务照常开展，员工们把电话带回家去办公，家里全部装上宽带！在整个隔离期内，阿里巴巴给客户的感觉就是一切正常，没有人能感觉什么异样。员工们在家用电话与客户联系、沟通，没有因为这场灾难而影响到他们的工作。
难能可贵的是，在灾难面前，没有员工抱怨疫情怎么会出现在自己的公司或者抱怨他们的老板把“非典”“招”来了。在这个时候，他们更多的是彼此之间的相互鼓励，“非典”成了一个高度凝聚人心的时刻！网络也成了“不能面对面却能心贴心”的重要工具。
当时，为了解除单身员工独处的心理孤独问题，阿里巴巴人内部甚至利用视频等技术手段，在全公司范围内举办了好几次卡拉OK大奖赛！而且，同事们之间利用电子邮件或者即时通讯工具的交流比平时在办公室时更为频繁了，内部交流畅通无阻。仿佛又回到了2001年互联网寒冬时期那个“外面很冷，我们里面是热火朝天”的时代！马云自己也亲自加入到这种交流中来，他很珍惜这种机会，又找回了湖畔花园一起艰苦创业时的感觉了！
只要同心协力、众志成城，就没有打不赢的战役。最终，我们看到的是这样一种令人欢快、欣慰、激动、落泪的结局：感染“非典”的那名员工完全康复，所有被隔离的员工都被确诊正常，阿里巴巴的电子商务优势在这个灾难时期得到社会各界的一致肯定与赞赏，营业额突飞猛进！在危机之中，湖畔花园那边又传来了淘宝成功上线的喜讯！
尽管事后当马云回忆起“非典”的时候，他一如往常地用他的方式来诠释，“这是一件好事，‘非典’成为凝聚人心的时刻”。他说这是一场灾难，对于全中国人来说都是如此，但是也正因为如此，对于全中国人来说都是一次凝聚人心的机会。他说当时已经有几百人的阿里巴巴从一个小型的公司重新回到了一个团队的时代，灾难使得可能存在的办公室政治的萌芽，使人事之间必然出现的隔阂，因为被动的隔离、因为距离上的隔离反而消弭于无形了。