第二次英荷战争爆发时正值英国斯图亚特王朝复辟，1660年查理一世之子查理二世与资产新贵们达成协议，返回英国，随后被立为国王。查理二世登基后不久为拉拢海军，特授予英国海军“皇家海军”的称号，并任命他的弟弟詹姆士·约克公爵统帅海军。与此同时，查理二世为了继续打击荷兰颁布了一个更加富有进攻性的新《航海条例》，英国在海外向荷兰殖民地展开了新的攻势。但此时的英国海军在经历克伦威尔经年累月的征战后，由于英国外债高筑，海军军费也屡遭欠拖，海军实际军费不及预算的2/3，这导致这个需要高昂费用维持的军种士气低落、舰船保养不足，战斗力下滑明显。相反，荷兰在第一次英荷战争战败后，并没有从此蛰伏，而是一直养精蓄锐希望重新夺回制海权。特罗姆普死后荷兰任用了德·奈特海军上将，并重新调整了海军作战思想，德·奈特海军上将认为，第一次英荷战争中，荷兰是败在了用简单的护航对抗英国的封锁，被动而低效，荷兰应该是用海军主力战舰与英国进行大规模海上决战，并且，应该建立英国那样的职业海军，而不再依靠雇用商船。荷兰海军战略思想确立后就开始了大规模的海军复兴计划，荷兰新战舰很快接连下水。至1664年，海军已拥有103艘大型战舰，战舰火炮共计4869门，人员21631人。
另外，从海军战术上，由于英国在第一次英荷战争中的纵列队形战术优势明显，由此导致了这种战术迅速在欧洲获得普及。尽管特罗姆普早就注意到了英国这种战术的突出之处，但荷兰在整个第一次英荷战争期间一直没有采用，直到第二次英荷战争爆发后荷兰才开始普及这种战术。
英国在取得第一次英荷战争的胜利后就开始将目标转向了荷兰广阔的殖民地贸易，因为这是荷兰另一个支柱经济，只有夺取了荷兰的殖民地才能彻底击败荷兰。1663年，英国的组建了“皇家非洲公司”，并开始向荷兰在非洲西岸的殖民地发起攻击，并于次年将荷兰人从这里驱逐出去，英国取代荷兰人开始了象牙、奴隶和黄金贸易；1664年4月，英国派遣一支海军远征队占领了荷兰在北美的新阿姆斯特丹，并改名为纽约。
英国一系列的攻势终于激怒了荷兰人，已经潜心发展了十年的荷兰海军此时已经恢复了元气，1664年8月，德·奈特率领8艘战舰收复了被英国占领的原荷属西非据点；1665年2月22日，荷兰正式向英国宣战。
在第二次英荷战争期间，由于荷兰海战思想已经由简单的护航转变为寻找战机进行海上决战，因此在海战的次数上大为减少，但一旦发生战事往往都是大规模海战。这时荷兰已经吸收了英国在第一次英荷战争期间许多先进的战术思想，并且战舰在装备和火炮技术上都得到明显的提高，因此，这大大增加了双方的毁伤率。
至于战场仍然是以多佛尔海峡和北海为主，第二次英荷战争主要经历了6场海战。
1、洛斯托夫特海战（1665年6月13日）
1666年6月11日洛斯托夫特海战爆发。1665年6月13日，英荷两国舰队在英国洛斯托夫特港附近的北海海域狭路相逢。当时英国的约克公爵指挥的舰队共有109艘军舰、28艘纵火船和7艘通信船。荷兰雅各布·奥普丹（瑟纳尔）海军上将指挥的舰队共有103艘军舰、11艘快艇、11艘纵火船和12艘加利翁型帆船，这是一支混合舰队——荷兰舰队中许多舰船其实是由商船改装。英荷两支舰队在数量上旗鼓相当，但在海战中却显出了英国舰队炮火强大、密集的优势。
洛斯托夫特海战从拂晓开始，荷兰人起初占据顺风的有利位置，但荷兰人没能抓住这个有利时机首先开战，而是直到风向已经变为逆风后才开战。双方舰队都开始了整齐的列队炮火齐射，当整齐的队形逐渐被炮火打乱后，双方进入了混战，并整整持续了一整天。双方不仅互相用密集的炮火猛轰对方，而且还数次出现了接舷战；双方的纵火船在战场中不停地穿梭游动，如同海中的火鲨鱼一样吞噬着海面上的舰船。最终，英国的炮火优势逐渐开始让荷兰人感到难以支撑，就在此时，荷兰舰队统帅雅各布·奥普丹海军上将的旗舰突然中弹爆炸，雅各布·奥普丹海军上将当场阵亡，荷兰舰队失去了统一的指挥；紧接着，荷兰巨舰“奥兰奇”号在接舷战中俘虏，随后被焚毁。荷兰舰队急忙纷纷退出战场，幸好英国舰队由于混乱未能及时展开追击，荷兰舰队才幸免于难。在这次海战中，英军击沉荷军舰船14艘，俘获18艘，荷军6000人战死或被俘。而英军仅损失2艘战舰，伤亡和被俘约1000人。格斯托夫特海战是英荷双方之间一次单纵队对垒，这很好地比较了当数量上相当的纵队对决的时候孰优孰劣。荷兰舰队中由于许多参战的船只都是由商船临时改建的，因此在炮火上、防护上、协调能力上都没有英国职业战舰那样的水平，因此，这次海战后欧洲各个海洋强国意识到，雇用商船组成临时舰队的模式已经过时，今后能否取得海战胜利的关键应该是那些职业的海军战舰。
在经过这次海战后荷兰人仍然没能打破英国人的制海权，但这个时候一个意外的事件帮助了荷兰人，那就是1664年至1665年重新爆发的黑死病，黑死病曾经于14-15世纪在欧洲大面积暴发。这次黑死病的重新爆发对英国来说损失远大于战争灾难，从1665年5月至9月，伦敦死亡人数由43人迅速发展到31159人，增加了700多倍！伦敦约有10万人先后死去，相当于伦敦总人口的1/4，这是一场天灾，英国和欧洲大部分地区陷入恐慌。
尽管荷兰也没能幸免于难，但荷兰并没有因此疏于战备，而是良好第利用了这次难得机会，并且荷兰于1661年1月成功地获得了法国和丹麦的支持，法国和丹麦不但向荷兰提供支援，而且与荷兰结成同盟，这迫使英国不得不分兵对付法国和丹麦。1661年1月，荷兰又先后同法国、丹麦结成反英同盟。
2、四日海战（又称敦刻尔克海战，1666年6月11日至14日）
1666年6月11日，德·奈特率领一支由84艘战舰组成的舰队起航，舰队上共有4600门大炮，2.2万人。英国舰队仍由蒙克统帅，共有78艘战舰、4500门火炮、2.1人。
由于担心法国舰队可能前来参战，英国不得不让鲁珀特亲王率20艘战舰应付可能出现的法国人，这就使得本来占据数量优势的英国人变成了劣势。在第一天的激战中，荷兰舰队凭借数量上的优势和顺风的有利风向，一度曾将蒙克舰队包围，但英国舰队的奋力反击并没有让荷兰人的优势变成胜利，英国的“绥夫蒂秀尔”号被俘获，舰队司令贝克利阵亡；而荷兰的先遣舰队司令艾弗森也被击中。
第二天，双方仍未打破僵局，但英国已经渐渐感到不支，因为由于数量上存在差距，英国战舰毁伤严重。
第三天，在经过又一轮炮战后，英国仅剩下30艘战舰还能保持战力，这最终迫使蒙克做出了撤退的命令，英国舰队开始逐渐西撤。英国最大的风帆战列舰、先头舰队旗舰“皇家亲王”号被荷兰舰队追击后搁浅，舰队司令阿伊斯秋投降，荷兰人焚毁了这艘战列舰。
但英国人这时却得到了意外的补充，原来是鲁珀特亲王的舰队并没有发现法国人，于是前来与蒙克舰队残部会合。
第四天，由于英国舰队中间出现一个空隙，荷兰人立即进行切入、分割，德·奈特随后亲率主力对英国舰队发动猛烈攻击，这导致英国舰队陷入一阵混乱，荷兰人趁机对英国舰队进行了严重打击。
第四天的战斗从清晨一直持续到夜晚，荷兰人尽管倾注了全力，但始终没能全歼英国舰队，英国舰队在深夜的大雾中撤出了战斗。
四日海战中英国损失了17艘舰船，其中三艘是旗舰，阵亡8000名，被俘3000人；荷兰方面损失了6艘战舰，伤亡2500人。
3、古德温海战（1666年7月1日至4日）
由于英国舰队在四日海战中损失严重，这导致英国在短时间内失去了制海权。德·奈特对泰晤士河封锁了一段时间，然而由于英国拥有强大的工业基础，战舰修复和补充能力很高，仅仅一个月，英国舰队就基本恢复了作战能力。7月1日，蒙克的60战舰与英国一支100艘军舰（其中71艘是战列舰）的舰队遭遇，双方激战了两天。3日，荷兰进行增援；4日，鲁珀特亲王的舰队也进入战斗。这场海战英军损失10艘军舰，死伤1700多人，被俘2000余人。
4、北福兰角海战（1666年8月4日至5日）
在经过几次海战后荷兰人占据了上风，德·奈特随后率89艘战舰和20艘纵火船溯泰晤士河而上，准备进攻伦敦。英国方面派出90战舰和20艘纵火船迎击。
但荷兰这次却犯了一次错误，他们不应该与英国人进行纵队列阵炮战，因为英国舰队在射程和射击精确度上比荷兰要具有优势，因此荷兰在这次海战中损失较大，荷兰损失了20艘战舰，伤亡7000人；英国仅损失1艘战舰和3艘纵火船，伤亡不到300人。英国人重新夺回了制海权。
5、“霍尔姆斯篝火”（1666年8月8日）
“霍尔姆斯篝火”对英国人来说是一个意外的惊喜，这是一次突然袭击，但战果却十分辉煌。1666年8月8日，英国的霍尔姆斯率领一支小型分舰队对荷兰的弗利兰岛进行突袭，荷兰人根本没想到英国人会袭击这个小岛，因此荷兰在此聚集了近200艘商船，喜出望外的英国人迅速放出了纵火船，而荷兰人仅仅派出了两艘战舰进行拦截，结果很快被英国舰队击沉。这最后导致了150多艘荷兰商船被毁，这是一个惊人的损失，因为它超过了英国舰队在整个战争期间给荷兰造成的损失的总和。
“霍尔姆斯篝火”烧红了荷兰人的屁股，但英国人也没能笑多久，也许是天怒人怨，1666年9月10日，一场突如其来的大火吞噬了整个伦敦，这远比“霍尔姆斯篝火”更为壮观，这场大火整整燃烧了4天4夜，伦敦城2/3被毁，经济损失超过800至1000万镑，这相当于两次英荷战争的费用。这场大火与黑死病一样立即让英国软弱了下来。从1667年1月开始，英国不断与荷兰方面取得联系，希望进行和平谈判。
尽管荷兰在战争中同样损失严重，但“霍尔姆斯篝火”事件却让荷兰人怒火中烧，荷兰人一边与英国人开始举行谈判，一边却准备报复。就在布雷达会谈期间，荷兰元首德维特秘密下达了进攻伦敦的命令。
6、泰晤士奇袭
“霍尔姆斯篝火”并没有烧毁德·奈特的主力舰队，为了报复英国人，他策划了一次大胆的突袭作战计划：他计划溯泰晤士河而上袭击伦敦。1667年6月19日，德·奈特一支由24艘战列舰、20艘小型船、15艘纵火船组成的舰队悄悄航行到泰晤士河口。在夜晚涨潮之时借助顺潮溯入泰晤士河，首先占领了英国希尔内斯炮台，夺取了贮存在此地的四、五吨黄金以及大量木材、树脂等物质。随后荷兰舰队不断沿着泰晤士河寻找并击毁发现的英国舰船，并且对伦敦金进行了炮击。22日，荷兰舰队长驱直入到达查塔姆船坞，一举摧毁了停泊的18艘战列舰中的6艘，其中蒙克的旗舰“皇家查理”号被荷兰人带回国内。此后荷兰舰队对泰晤士河进行了长达数月的封锁。
这次奇袭给英国造成了近20万镑的损失，荷兰人报了一箭之仇。瘟疫、伦敦大火和荷兰人的奇袭最终导致英国人不得不屈服，1667年7月31日，两国签订了《布雷达和约》，英国重新放宽了《航海条例》，放弃了在荷属东印度群岛方面的权益，并归还了在战争期间抢占的荷属南美洲的苏里南；荷兰也做出了让步，承认英国拥有哈得逊流域和新阿姆斯特丹，并承认西印度群岛为英国的势力范围。