此外，光绪三十年（1904年）前后，其他一些革命小团体也纷纷成立。如福建的共和山堂、安徽的岳王会、江苏的励志学会、江西的易知社、云南的誓死会、贵州的科学会、四川的公德会、广东的群知社,还有励学斋等。
第五，作为资产阶级民主革命领袖的孙中山已被广大革命者认同和拥戴。
光绪二十六年（1900年）秋，孙中山在惠州起义失败后去了日本，到光绪三十年（1904年），他主要理论和实践贡献有三：一是，积极支持华侨和广大爱国知识分子的爱国活动，同他们的联系十分密切。光绪二十九年（1903年），东京留日学生拒俄义勇队和军国民教育会相继成立时，他秘密建立青山军校，招聘日本军事专家授课，使许多革命者都紧紧地团结在一起，“一时京滨道上往还频繁，总理所居，座客常不空也”。二是，从思想上、政治上“大击保皇毒焰”，把革命与保皇的界限分清，“使人人知所适从”。这几年，他最重要的着述有《中国问题的真解决》《驳保皇报书》《敬告同乡书》等。他尖锐地批判了保皇派的君主立宪思潮，从政治思想上为民主革命的发展清除障碍。三是，广泛团结和接纳革命者，积极做好建立全国性的政党组织准备。光绪二十九年（1903年）秋至三十一年（1905年）夏，孙中山为了“招集同志，合成大团”进行环球旅行。他先在越南河内，在华侨中建立兴中会分会，后取道檀香山、日本，而后前往欧洲、美洲。在檀香山，他整顿兴中会，创立“中华革命军”，提出“驱除鞑虏，恢复中华，创立民国，平均地权”十六字纲领。之后他在美洲参加致公党，把十六字纲领写进该党章程。孙中山转赴欧洲，在柏林、布鲁塞尔、巴黎等地，一些华侨和留学生对他表示热烈的欢迎。他在这些地区建立革命组织，均以此十六字为号召。孙中山这一理论，为全国政党的建立奠定了思想和组织基础。
中国同盟会的成立
随着革命形势的急速发展，原来由各革命团体分头活动的斗争形式，已经不能适应形势发展的需要。革命党人深切地感到组建一个全国性的统一政党来领导革命运动的必要性。
于是，革命领袖孙中山开始活动，他广泛接触革命团体的负责人，致力于建立起一个具有更广泛的社会基础和明确的政治纲领的革命政党。在与黄兴、宋教仁等人磋商后，孙中山决定成立一个全国规模的统一的革命组织，以便指挥全国革命斗争。经孙中山提议，该组织定名为中国同盟会，纲领是“驱除鞑虏，恢复中华，创立民国，平均地权”。光绪三十一年（1905年）七月二十日，中国同盟会成立大会在日本东京正式举行，孙中山以及兴中会、华兴会和光复会等革命团体的部分成员参加了这次会议。会议通过了同盟会的章程，选举出领导机构，孙中山被推举为总理。
同盟会的本部设在东京，本着三权分立的原则，在总理之下设有执行、评议、司法三部。执行部庶务科总干事由黄兴担任，总理外出时，本部工作由黄兴来负责主持。国内分设东、西、南、北、中五个支部，支部以下设各省区分会；在海外分设南洋、欧洲、美洲、檀香山四个支部，支部以下按国别和地区设立分会。
同盟会成立后，革命党人在组织建设上获得了迅速的发展。在短短的几年里，广东、广西、福建、浙江、贵州、湖南、湖北、江西、江苏、安徽、山东、陕西、山西、河南、直隶等国内各省份相继出现同盟会的分支组织，在海外的新加坡、马来西亚、菲律宾、檀香山等地革命党人的组织也有所发展。同盟会的分支组织的发展奠定了资产阶级革命运动全面高涨的组织基础。
光绪三十一年（1905年）十月三十日，同盟会的机关报《民报》在东京创刊。在《民报》的发刊词中，孙中山将同盟会的十六字纲领归纳阐发为民族、民权、民生三大主义，即三民主义。
民族主义内容包括“驱除鞑虏，恢复中华”，即推翻满清皇朝的统治，争取国家和民族的独立，也就是孙中山所说的民族革命。鉴于辛亥革命期间，许多革命党人存在浓厚的种族复仇主义思想，在解释民族主义时孙中山特别强调“对于满洲不以复仇为事”。他指出民族革命并不是要灭尽满族人，“我们并不是恨满洲人，是恨害汉族人的满洲人。假如我们实行革命时候，那满洲人不来阻害我们，决无寻仇之理”。可见，民族主义是反对腐败的满族统治者和由他们把持的腐朽政权以及那些反对革命、维护满族腐朽政权的汉族人，而不是针对所有满族人。这就是将民族主义同种族复仇主义区别开来。在当时，帝国主义成为清王朝的太上皇，清王朝已成为帝国主义统治中国的工具，中华民族与帝国主义的矛盾、人民大众与封建主义的矛盾，已集中体现在中国人民与清王朝统治阶级的矛盾上。因此，只有推翻清王朝的统治，才能拯救危亡，争取民族的独立。孙中山曾经指出：满清政府极端腐败，以致中国的形势非常危险，帝国主义者也企图瓜分中国，不进行革命就不能挽救民族危亡，不进行革命就不能驱逐帝国主义者，振兴国家。
民权主义的内容是“创立民国”，即推翻君主专制制度，建立资产阶级的民主共和国，也就是孙中山所说的政治革命。孙中山曾经明确指出，他所领导的革命不同于以“反满复汉”为宗旨的天地会，也不同于“只以驱除光复自任，此外无转移”的朱元璋、洪秀全，而是“驱除鞑虏，恢复中华之外，国体民生尚当与变革”“我们所主张的革命是三民主义和五权宪法的革命”。他一再阐明必须将民族主义和民权主义紧密结合起来，民族革命和政治革命一次完成，“我们推倒满洲政府，从驱除满族人那一面说，是民族革命，从颠覆君主政体那一面说是政治革命，并不是把它分作两次去做。政治革命的结果便是建立民主立宪政体。按照当前的政治形势，即使君主是汉族人，我们也不能不革命”。
民生主义的内容为“平均地权”，也就是孙中山所说的社会革命。孙中山主张核定地价，把革命后因社会经济发展而增长的地价收归国家所有，并逐步由国家向地主收买土地。
孙中山认为西方资本主义国家，就是由于没有能够解决好土地问题，才产生了各种矛盾和弊病。为了能够使中国在革命成功后避免资本主义的祸害，以致造成新的社会危机，他提出了民生主义，希望能够将政治革命和社会革命一次完成。
三民主义是一个比较完整的资产阶级民主革命的纲领，它的提出，对于统一革命党人的思想，动员、号召群众，起到了巨大的积极作用。但是，同盟会的纲领也有它的局限性，它没有明确提出反对帝国主义、封建主义的战斗口号，没有提出彻底的土地纲领。因此，它是一个不彻底的民族民主革命的纲领，这是由于中国民族资产阶级的软弱性和妥协性造成的。
此外，同盟会成员对其纲领的理解也各不相同。有的只是从单纯反满的角度去理解民族主义，有的乐于接受民族、民权主义，却不赞成民生主义。在组织方面，同盟会所计划中的组织系统，始终未能完备地建立起来。在支部一级，仅建立了海外的南洋支部和国内的南方支部。本部和地方分会之间联系不够密切。而且同盟会内部还存在着较为严重的派系斗争。这一切，都为日后革命运动的发展留下了隐患。
同盟会的成立及其纲领的形成，使中国革命有了一个领导核心和统一的指导思想，标志着中国资产阶级民主革命进入了一个新的阶段，预示着全国性的革命高潮即将到来。
在孙中山领导下同盟会成立后立即着手在两个方面展开了革命活动。一方面在政治思想上展开了对改良派的论战，另一方面发动了一系列武装起义。
就在同盟会成立的同年，迫于形势，清廷不得不宣布派五大臣出洋考察宪政，第二年又宣布了“预备立宪”。这一举动使流亡海外的改良派康有为、梁启超等人欢欣鼓舞，他们加强宣传，主张保皇立宪，坚决反对革命。康梁的活动使革命派意识到只有对改良派的改良主张进行批判，才能使民主革命的思想深入人心。于是革命党人在《民报》创刊号上发表文章，阐述三民主义学说，宣传以共和代专制，用革命救中国，并点名抨击了康、梁的观点。改良派立刻撰文反击。从光绪三十一年至三十三年（1905～1907年）间，革命派以东京的《民报》为阵地，改良派以横滨的《新民丛报》为阵地，双方展开激烈的论战。两派在新加坡、檀香山、旧金山和香港等地的报纸，也相继投入了战斗。
论战的中心问题是围绕着三民主义进行的，也即中国是否应以革命手段推翻清廷的统治，是否应当建立资产阶级共和国，是否应该改变封建的土地制度。
改良派赞成君主立宪，诋毁革命。他们攻击革命，认为革命必会引起社会动荡，招致外国干涉，导致国家灭亡。而采用改良手段，劝服清廷改良，实行君主立宪，就可以实现中国的富强。康有为诋毁革命是“杀人流血”，声称：“革命之举，必假借于人民暴乱之力，天下岂有与暴人乱民共事，而能完成者乎，终亦必亡，不过举身家国而同毙耳。”对此，革命党人针锋相对地反击：清廷不肯放弃一点权力，要它实行君主立宪是不可能的，而且清廷已经成为帝国主义侵略中国的工具，只有推翻清廷的反动统治，才能防止中国完全断送在它的手中。他们还指出，革命可以救人救世，不革命则只有腐败和苦痛。在革命战争中，不可避免的要杀人流血。但革命的目的是要以流血换来不流血，使得广大人民群众不再遭受反动统治阶级的蹂躏、屠杀。革命派认为，中国所面临的被瓜分的危险，不在于革命，而在于清廷的腐败和卖国。所以，推翻清廷的革命可以避免列强瓜分中国。
这次论战的又一个重点是中国是否能够建立民主共和国。康、梁一贯认为政治改革必须循序渐进，只有先经过一个长期的君主立宪阶段，然后才能实行民主共和制。如果跨越君主立宪阶段，骤然实行民主共和，最终仍将归于专制。对此，梁启超曾专门写了《开明专制论》和《申论种族革命与政治革命之得失》等文章来加以阐述。他的结论就是与其革命不如改良；与其共和，不如君主立宪；与其君主立宪，不如开明专制。革命党人则认为，中国人民完全有能力在推翻封建专制统治之后，建立起一个民主共和的国家，追求民主共和是世界潮流，是大势所趋。孙中山指出：不能说中国不能实现共和，如果说中国不能，是违反进化的道理的，并且世界上立宪的国家也必须经过流血，才得以立宪，同样流血，为什么不直截了当地实行共和，而实行不完备的君主立宪呢？至于国民政治素质不高这个问题，革命党人强调要以革命开民智来加以解决。
这场论战的双方在原则上分歧很大，但也有一些共同点，并都反映出了其理论上的幼稚和阶级的局限。尽管如此，这次论战仍具有重大的意义。在这场论战中，革命党人有力地辩驳了改良派的主张，揭露了他们反对革命的实质，从而进一步划清了革命与改良的界限，并且在理论战线上击败了改良派，使民主革命思想深入人心，促使革命形势蓬勃发展。
经过这场论战，就连立宪派也承认：数年以来，国中盛行革命论……革命派的旗帜更加鲜明，革命派的势力更加磅礴而郁积，下至贩夫走卒，莫不口谈革命，而身行破坏。以致主张立宪者都为他们的气势所震慑。
不幸的帝王婚姻
说来也巧，同治和慈禧不睦，始于慈禧为同治选后；而光绪与慈禧同样因为光绪大婚的事闹得很不痛快。光绪十三年（1887年）冬，17岁的光绪皇帝也要亲政了。按照惯例，自然是要先举行大婚典礼。慈禧太后此时的心境，与当年为同治皇帝选后时并无不同，仍然是想要在光绪皇帝身边安插一个自己人。因此，她安排了自己的亲侄女，都督桂祥的女儿参选。
清朝从建立之初就十分注重政治联姻和家族婚姻。政治联姻主要是满蒙之间的联姻，如努尔哈赤、皇太极、顺治等多人都娶了蒙古贵族女子为妻妾。家族婚姻其实是政治联姻的延伸，就是有亲戚关系的两族贵族子女成婚，诸如姑表亲婚、婚姻不拘行辈等。比如皇太极之时，兄莽古思一门姑侄三人共同嫁给了皇太极为妃，顺治皇帝就娶了母亲孝庄皇太后的哥哥的女儿为后，也就是说，顺治皇帝和他的皇后其实是表兄妹的关系。这也是满族人婚姻习俗的表现。
慈禧太后把自己的侄女安排进去，也就是想效仿孝庄太后。光绪帝并非慈禧亲生，而是慈禧的亲妹妹之子，这样算来，光绪其实是慈禧的外甥。也就是说，那位被慈禧安插进来的桂祥之女，实际上是光绪帝的表姐。
选后仪式安排在体和殿进行。这一天，备选的秀女依次排列在殿内，等待皇帝的挑选。
殿内放着一张小桌子，上面放着一柄金镶玉的如意，两个红色绣花的荷包。按照清宫惯例，皇后和嫔妃由皇帝亲自挑选，如果皇上看中哪位女子，欲立其为后，则将如意赐之，欲立为妃者，则将荷包赐之。慈禧在安排秀女顺序时，特意让自己的侄女排在首位。此时没有了慈安的掣肘，慈禧自然以为光绪会乖乖听从安排。
年轻的光绪并不笨，他自然知道慈禧只不过是安排了一出戏而已，所以他根本不想配合慈禧把这场戏演下去。当慈禧拿起如意，告诉光绪看哪个姑娘合你心意，就把如意赐给她的时候，光绪直截了当地说道，婚姻大事，还是皇爸爸来做主，儿臣就算了吧。谁知控制欲极强的慈禧并不答应。也许在她看来，过程和结果同样重要。你光绪必须按照我制定的规矩来。光绪毕竟年纪尚幼，看到慈禧如此作派，居然以为自己即将亲政，慈禧也要尊重自己的意见了。大喜之余，一把抓起如意，看也不看站在第一排的桂祥之女，径直走到站在第二排的江西巡抚德馨女儿面前，就要把如意赐给她。
就在这关键时候，慈禧再也忍不住了。她也顾不得皇家的体面，严厉地喝了一声：“皇帝！”光绪吃了一惊，愕然回过头来看着慈禧，此时慈禧却又闭上了眼睛，一语不发。只是朝着第一排的方向努了努嘴。光绪愣了一下，还是无可奈何地慢慢踅回身来，把如意重重地往桂祥之女的手中一塞，迅速回到了慈禧身旁。
光绪这个皇帝做得有点窝囊，虽然身为皇帝，可是面对专权的慈禧，也只有认命的份儿。光绪与表姐，也就是隆裕皇后在成婚前的关系一直不错，作为姐姐，隆裕对光绪特别照顾，就像对待自己的亲弟弟一样，两人的关系十分融洽。可是突然间，慈禧把自己的姐姐指给了自己当皇后，光绪心中实在难以接受。但为了服从慈禧，也为了讨好慈禧，光绪别无选择。