顺治七年（1650年）十一月十三日，多尔衮带领王公大臣及八旗固山额真、官兵等去边外狩猎。十二月初九日摄政睿亲王多尔衮死于喀喇城，终年39岁。当时外国传教士猜测“八成是打猎跌伤致死的”，谈迁《北游录》有记载说是多尔衮当时膝盖有伤，由于用错了药，导致死亡。总之，在权力斗争一触即发之际，一位如此关键的大人物突然死去，确有几分神秘色彩。多尔衮一死，英亲王阿济格与大学士刚林便展开了斗争。多尔衮曾在临死前单独召见过阿济格，阿济格立即派遣三百精骑火速赶往京城，却被大学士刚林抢先。
刚林关闭城门，严加防犯，阿济格则在自己的精骑入京之时被郑亲王济尔哈朗派重兵监视起来。
福临对多尔衮专权朝政十分怨恨，但听到多尔衮的死讯，还是诏告天下，令臣民易服举丧。柩车至京，他率诸文武百官穿上丧衣，出迎到东直门外五里处，跪奠三爵，大哭不止。二十日下诏颂扬多尔衮平定中原之功，谦让之德，而且“中外丧仪，合依帝礼”。
二十五日追尊多尔衮为懋德修道广业定功安民立政诚敬义皇帝，庙号成宗。多尔衮死后也备享殊荣。与此同时，福临第二天下令，命大学士刚林等把多尔衮王府中的所有信符一律收贮内库，又命吏部侍郎索洪等把赏功册收回大内。接下来以不尊多尔衮的罪名清除其亲信英亲王阿济格。
顺治八年（1651年）正月十二日，福临在太和殿宣布亲政，时年14岁。由于多尔衮野心勃勃，凡国家大事都不与福临商议，又阻止词臣朝夕进讲，所以年仅14岁的福临既缺乏亲政的实际经验，又缺乏这方面的理论知识。但从多尔衮死后他和满洲贵族的争权斗争中，我们能看出他机智善谋、老练果断、临危不乱等优秀的政治品质。他自知年幼，不能知人善任，也不可能事必躬亲，应该主次分明，独揽大权。就在多尔衮死后半个多月，他便传谕议政大臣等说：“国家政务，悉以奏朕，朕年尚幼，未能周知人之贤否。”“遇紧要重大事情，可即奏朕，其诸细务令理政三王理之。”谭泰等人奏曰：“议推大臣，恐不免稍迟。”顺治帝说：“迟而得当，何伤。但速而不得其人，是所忧也。”他首先认为吏刑户三部事务重大，于是依照诸位大臣商议的结果，各设尚书二员。规定这三部遇以下事务必须上奏：官员升转迁除，官员过犯及大辟等罪，钱粮库物出入，此外的事务要酌情启奏。而他则得以依事之轻重缓急，统领全局。一个年仅14岁的少年，对政事措置有度，从容不迫，确实非常难得。多尔衮猝死，福临提前亲政，这一突发事件，并未引起大的动荡。虽有斗争，却也只限于宫廷之内，并未影响整个社会的稳定和前线的战事，权力的转接基本上顺利实现了。
福临的母亲，孝庄皇太后在他亲政期间，起到了不小的作用，她告谕顺治皇帝说：“为天子者处于至尊，诚为不易，上承祖宗功德，益廓鸿图；下能兢兢业业，经国理民，斯可为天下主。”目的是要顺治皇帝唯才是举，亲贤臣，远小人，赏罚分明、公正，提倡节俭，戒骄戒躁，努力学习，不耻下问。其中最主要的是教导顺治帝如何用人，并能一语中的，指出清初政事得失的关键，从而显示了孝庄皇太后的政治才能及其对福临亲政的特殊作用。
从顺治亲政后的行为举措上看，他是谨遵母亲的教诲的。
清除多尔衮势力
顺治八年（1651年）二月二十二日，顺治列举多尔衮罪状14条之多，成800多字的诏书，昭示全国。第一，太宗死时，诸王、贝勒、大臣等以死盟誓，扶立皇上，根本就没想立摄政王，只有他弟弟多铎一个人劝说他摄政。第二，与他同为辅政大臣的还有多铎与济尔哈朗，但多尔衮擅自专权，根本不让济尔哈朗参予朝政，却任他的弟弟多铎为辅政叔王。第三，背弃誓言，肆意妄为，打着皇父摄政王的招牌，把扶立皇上的功劳，全部据为己有。又将在太宗文皇帝平日里恩遇下的将军们出生入死立下的赫赫战功归在自己头上，只字不提朝廷的恩典。第四，使用只有皇上才享有的仪仗、音乐、侍卫，建造与皇宫相同的宫殿。第五，擅自使用府库中的财物，包括银两珍宝，织造缎匹等，相当奢靡，且从不贡献给皇上。第六，网罗皇上侍臣，有伊而登、陈泰一族、刚林一族、巴尔泰一族等。第七，亲自来皇宫院内，认为太宗文皇帝的皇位是夺来的，并以此要挟辖制皇上的侍臣。第八，以莫须有的罪名逼死肃亲王，又纳其妃，将官兵户口财产等项，给了皇上之后又擅自收回，以饱私囊。第九，欲抢走皇上侍臣额尔克戴青。第十，一切政事及批票本章都用皇父摄政王旨，而不用皇上之旨。第十一，把自己的母亲供奉在太庙有悖常理。第十二，全凭他个人好恶给人加官晋级，而且还私自加封自己的妻子。第十三，不令诸王、贝勒、贝子、公等侍候皇上，竟然把自己尊为圣上，让他们去府前问候。第十四，私造帝服，藏匿御用珠宝。诏书最后说：“朕闻之，即令诸王大臣，详细审问，逐件皆实……据此事迹看来，谋篡之事果真。谨告天地宗庙社稷，将伊母子并妻，罢追封，撤庙享，停其恩赦，布告天下，咸使闻知。顺治八年（1651年）二月二十二日。”最后根据诏书，罢除多尔衮的母亲和妻子的封号，并把她们的灵位撤出庙享，对多尔衮掘墓鞭尸。
如果把诏书与八年前多尔衮加封“叔父摄政王”时所颁的册文，两相比较，功与罪，判若天壤。册文颂多尔衮硕德丰功，“高于周公”，甚至有些是“周公所未有，而叔父过之”。颂功与伐罪，均夸大其辞；元勋与罪魁，变在旦夕，这是权力斗争中常见的现象。
福临亲政后，为多尔衮摄政期间被无故杀害的豪格平反，并且对他表示沉痛的悼念，又加封他的儿子为和硕显亲王。经各部商议，遏必隆、希尔良、希福、祖泽润、雅赖、纳穆海、噶达浑、敦拜、觉善、马喇希、法喀等被认为是为多尔衮所害，于是分别恢复世职。
因何洛会诬告而连坐的杨善、罗硕等，也各复原职。
班首范文程、刚林、祁充格都是多尔衮执政时的文臣，刚林以辅助多尔衮的罪名，被处死并没收家产。祁充格因为与刚林同谋叛逆而被处死，家产全部没收。范文程虽受多尔衮重用，可一直与多尔衮保持着相当距离，他一开始被革职留任，但很快又官复原职。
福临亲政后，确实想建立自己的功业。他把多尔衮的一系列罪状公之于众；清除了多尔衮的亲信；起用了被多尔衮罢免的大臣；平反并追复了遭多尔衮迫害的亲王、郡王的爵位；下令坚决废弃多尔衮当年执行的扰民政策和奢华工程，并酌情进行了适度改革；以身作则，努力学习儒学，尤其是其中的政治理论；重视任用汉官，倡导汉化，倡导以文教德化治理国家。
接着，福临解除了济尔哈朗辅政大臣一职，以避免权臣专政，并在顺治九年（1652年）正月三十日谕内三院：“以后一应奏章悉进朕览，不必启和硕郑亲王。”随后，为了表示抚慰，又赐金册金宝加封济尔哈朗为叔和硕郑亲王。
在这场激烈而尖锐的政治斗争中，福临大获全胜。他卓越的政治才能和从容不迫的气度在其中表现得淋漓尽致。可见，虽然当时他年龄很小，却并不乏独断朝纲的智慧和勇气。
一百多年后，清乾隆皇帝决定为多尔衮平反伸冤。乾隆三十四年（1769年），他下令让内务府修缮多尔衮墓地和住宅。乾隆四十三年（1778年），他发布诏谕，认为多尔衮于大清功不可没，毕生忠于朝廷，功绩卓着，没有什么大的过失。因而正式宣布恢复多尔衮睿亲王封号。几天后，又依据大臣们的主张，让多尔博的四世孙承袭王爵。多尔博是多铎之子，曾过继给多尔衮为嗣。
至此，曾为清朝立下过汗马功劳，又扶持福临主持朝政的摄政王多尔衮，终于又得到了清政府的认可。
巩固皇权
对于已经成为真正皇帝的顺治来说，接下来要做的事是进一步加强皇权，巩固实力。顺治继承了其父手下亲掌的镶黄、正黄两旗，恢复了被多尔衮打击的两黄旗贵族的地位，提升两红旗的满达海、瓦克达、杰书、罗可铎等，又把原来多尔衮手下实力最雄厚的正白旗收归己属。至此，顺治皇帝独有三旗，实力大大加强。同时，他谕令两黄旗和正白旗合称上三旗，体制高贵，直接为皇帝亲辖；诸王贝勒统辖的其他五旗称为下五旗，改由皇帝任命。八旗中这种等级的区别从此成为定制，它们无论在体制上还是在实力上，都无法像在关外时那样再与朝廷相抗衡了。顺治对八旗的这一改革，为皇权的进一步加强提供了军事上的保障。
另外，为了笼络人心，进一步集中自己手中的权力，顺治一面对八旗大臣普施皇恩，大加赏赐；一面竭力栽培扶植擢升忠于朝廷之臣，扩大议政王大臣会议的成员和权限。早在努尔哈赤时，便实行八和硕贝勒共议制；皇太极登位后，又增设八大臣与三大贝勒等偕坐共议政事，后设立专任议政大臣。由此便形成皇帝之下最高议政机构——“议政王大臣会议”，又叫“议政王贝勒大臣会议”。它是君权上升王权下降的产物，也是皇太极抑制身为旗主的亲王郡王的产物和重要手段。顺治初年，由于多尔衮独掌大权，议政王大臣会议的作用不很明显，权势显着下降。顺治帝继承和发扬先皇制度，增加议政人员，扩大其职权和影响。顺治八年十月，他先后多次下谕，将对自己忠心的鳌拜、瓦克达、巴图鲁詹、布丹、杜尔德等人授为议政大臣。并且取消了多尔衮设置的理事三王，委任诸王管理六部事务。这样，顺治既拉拢了八旗王公和忠于自己的亲信，巩固了自身统治，增强了实力，提高了威望，又防范了少数亲王权力过大，分散皇权。
但是随着功劳渐多，议政王大臣会议的权力越来越大，这又使顺治十分担忧。为了分散议政王大臣会议的权力，加强皇权，顺治就仿明制设立了内阁。内阁在明朝是辅佐皇帝办理国家政务的机关。清王朝在关外时虽然没有设内阁，但也建立了相似的机构——文馆，利用降清的明朝官吏翻译汉文书籍，记注时政得失。天聪十年三月，皇太极改文馆为内三院——内国史院（掌管记注诏令、编纂史书、撰拟表章等）、内秘书院（负责撰写与国外来往书信、撰拟敕谕、祭文等）、内弘文院（负责注释历代行事善恶、御前进讲、颁行制度等）。顺治十五年（1658年）正式称内阁，设官有大学士、学士、侍读学士、侍读、典籍、中书、中书舍人等，大学士皆冠以殿阁之名，称为中和殿（乾隆十三年裁，增体仁阁）大学士、保和殿大学士、文华殿大学士、武英殿大学士、文渊阁大学士、东阁大学士等，常设满、汉各二人，正一品。其权之重在于“掌钧国政，赞诏命，厘宪典，议大礼、大政，裁酌可否入告”。尤其是进呈章奏和代拟批旨，就是所谓“票拟”，关系更大，所以内阁大学士是事实上的宰相。
在对八旗内部进行调整的同时，顺治也对内宫宦官制度进行了一番改革。顺治于十年六月下谕仿明制设立太监机构十三衙门，首为乾清宫执事官，次为司礼监、御用监、内官监、司设监、尚膳监、尚衣监、尚宝监、御马监、惜薪司、钟鼓司、宣殿局、兵仗局。在此之前，皇上的衣食住行各种事务，皆系内务府承办，太监只听从差使，未设衙门。设十三衙门，内务府所管之事就大为减少，十一年内务府竟被裁掉，皇上诸事悉由十三衙门经管承办。这种做法，违背了满洲旧制，招致满汉大臣的共同反对。但是顺治以“分设衙门，使各司其事，庶无专擅欺蒙之患”为由拒绝撤销十三衙门。但鉴于明朝宦官专权、祸国殃民的教训，规定“寺人（太监）不过四品，凡系内员，非逢差遣，不许擅出皇城；职司之外，不许（太监）干涉一事，不许招引外人，不许交结外官”，“如有内外勾结”，“审实一并正法”。并在宫门立十三衙门铁牌，上刻敕谕严禁太监干预政事的条文，如有“犯法干政，窃权纳贿，嘱托内外衙门，交结满汉官员”等事“即行凌迟处死”。这在一定程度上也保障了皇权的集中。不过由于顺治对太监实际上的宠幸，上述措施没有彻底执行，太监们对限制他们的政令逐渐熟视无睹，权力也逐渐增大，以致顺治十五年三月，发生了外官陈之遴、吴惟华、陈维新、胡名远、王回子等人与太监吴良辅勾结、行贿受贿之事。事情败露后，陈之遴等人被罢官、流放。但是顺治对宠爱的吴良辅，却是百般庇护，一直留在宫中。
巩固皇权的活动在顺治的筹划下，紧锣密鼓地进行着，同时吏治问题也开始纳入顺治的重视范围。清初对吏治败坏之祸国殃民认识很深，多尔衮就一直强调严惩贪官，严令“但有枉法授赃及逼取民财者，俱计赃论罪，重者处死”。顺治亲政后，继承和发展了此方针，并屡下严谕。八年（1651年）闰二月初七，顺治指出：国家纪纲，首重廉吏，下谕都察院，“治国安民首在严惩贪官”，“欲严惩贪官，必在审实论罪”，“大贪官员问罪至应死者，遇赦不宥”。十二年，又下谕加重惩处：“内外大小官员，凡受赃至十两以上者，除依律定罪外，不分枉法不枉法，俱籍其家产入官。”十六年，他下令，把“贪官赃至十两者，免其籍没，责四十板流席北。其犯赃罪应杖责者，不准折赎”。从顺治八年到十七年，他严惩贪官40余人，分别处以降级、革职、处死等惩治。
针对贪污成习，举荐冒滥的现象，顺治在严惩贪官的同时，亦谕令督抚对属官“严加甄别，有德有才兼通文史者保奏”，那些“不堪为民牧者立行参劾，不得姑留地方害民”。为了及时发现并惩处为祸一方的官员，他加强对内外官员的监督，尤为重视都察院和御史的作用，向各地派出大量御史，作为皇帝的“耳目”以“简任巡方”、“察吏安民”。他还下令满汉官员互参，即互相监督，“如汉官玩误，满官据实奏闻；如满官执延，汉官亦据实奏闻”。
顺治非常欣赏与佩服朱元璋诛戮大臣，以重法治世的经验。他惩贪决心坚定，无奈事与愿违，贪官问题屡禁不止，惩贪与澄清吏治的其他问题一样，终顺治一朝，都未能解决好。
惩治了有问题的官员，还要提拔一些好的官员为自己办事。他认为“知府乃吏民之本，若尽得其人，天下何患不治”，而全国百余府中有三十府最为重要。为选好知府，他于十二年正月下令“在京各衙门满汉堂官三品以上及在外督抚，各举才行兼优堪任知府者一人，详开履历事迹具奏，吏部再加察议，奏请定夺，以备前三十处知府之用”。有时他将随时发现的人才越级提升。一日他微行入翰林院，见庶常胡兆龙独自学习清书（满文），他当即传旨“超升学士三级为侍读”。