康熙对靳辅抱有很大期望。但靳辅此时已年老体衰，在奉命向山西督运救灾漕粮时，因操劳过度在河南荥泽县病倒。皇帝闻讯，特命其子治豫前往探视，又命内大臣明珠往视，传谕留淮调理病情。但靳辅终因病情过重，于三十一年（1692年）十一月去世。康熙降旨悼念，下部议恤，赐祭葬，谥文襄。靳辅卧病时，接连上疏“陈两河善后之策及河工守成事宜”几万言，又“请豁开河筑堤废田之粮，并清淤出成熟地亩之赋”。康熙高度重视靳辅的建议，对其一一加以研究。其中仅高家堰堤外另筑小堤和引黄水内灌使淤平洼地两项未用，其他如重视黄河险工、加筑中河遥堤、塞张庄运口、修骆马湖石闸及占用民地豁免钱粮，涸出腴地查出升科等，一一采纳，并逐项落实。
从康熙二十九年（1690年）到康熙三十六（1697年）年，康熙此时专注于边患，无暇亲临河工，只能依靠河督。康熙三十四年（1695年），于成龙因父丧回旗守制，康熙命漕运总督董安国继任总督。但此人“于河工不亲巡历”，凡事都交与手下人办理，毫无建树，而且他还别出心裁，竟在临近黄河海口的马家港筑拦黄大坝，堵塞黄河河水下流，河工日坏。
面对这样的无能河臣，康熙更加思念靳辅。
治理黄淮
康熙三十六年（1697年）五月，征讨噶尔丹的战争胜利结束，天下没有大事，只有黄淮水患严重，经常决口，淹没了大量的土地和房屋，所以当时的主要任务就是治理黄淮。
康熙三十八年（1699年）正月，他决定第三次向南出巡，检查河道，制定策略。二月初三出发。三月，康熙南巡再经高家堰、归仁堤等处，亲自测量洪泽湖水位，发现清口、高家堰洪泽湖水低，黄河的水位较高，导致河水逆向流入湖中，湖水则无处可流，因此泛滥成灾，水淹兴化、盐城等七个州县。要从根本上治理，必须加深河底；而河直则流急，流急则沙自刷而河自深。因此康熙帝提出将清口西黄河弯曲处浚直，并将黄河南岸近淮之堤往东延长二三里，这样就可以使湖水斜行进入黄河，就不会使黄河的水发生倒灌现象。
这是康熙经过实地考察并总结经验教训后提出的治河总设想，即筑坝与深挖河身共同实行。
为解决下流入海问题，康熙命拆毁拦黄大坝。三月十一，康熙乘船从运河出发到了扬州，在新丰处停下来，叮嘱河臣增筑运河堤岸，并提出开挖芒稻河、人字河，引水归江的建议。
这是康熙总结前人靳辅治河思想与经验，并有所补充和发展而提出来的。靳辅重视筑堤束水攻沙，康熙在此基础上采用了浚直河道急溜刷沙法。另外，靳辅只考虑上河，没有顾及下河，为了护堤保运，大量利用减水坝，以致下河七州县经常被淹；康熙则上河、下河兼顾，尽量少用减水坝或将其改成滚水坝，想尽办法减轻和防止下河灾情。至于改修清口，导黄稍北，也是康熙的新举措。后来康熙概括自己的治河思想是：闭六坝以束淮敌黄，通海口以引黄归海。
为安抚人心，康熙沿途还赈济灾民，大行恩蠲。康熙三十八年（1699年）三月谕：“蠲免江南、浙江各省州县康熙三十四、五、六年（1695～1697年）民间拖欠钱粮及淮安、扬州地区康熙三十七年（1698年）未完之地丁漕项等银十九万两，米麦十一万石。”由于淮扬一带长期有水灾之害，米价昂贵，很难维持生活，于是康熙又命户部截漕粮十万石，发往高邮、盐城、宿迁、桃源等重灾区，低价粜卖。康熙此次南巡，最远到达杭州。四月十三日返回途中路过江宁，亲自拜见明太祖陵，并命巡抚宋荦、江宁织造曹寅负责维修，康熙亲题“治隆唐宋”殿额。五月十七日，康熙返回京城。
四十二年（1703年）正月十六日至三月十五日，以淮黄告成，康熙进行第四次南巡，这次南巡主要是验收张鹏翮三年来所建河工项目。检验结果，康熙帝对其整体上还是满意，仅在微小地方作些补充和调整。如至桃源烟礽、龙窝等地，顶部十分危险，命增筑挑水坝，其中一些卑矮堤工也命增高；行至中河仲庄闸口，见其与清口相对，命改由杨家庄出口。
康熙帝回銮时，仔细检查翟家坝、高家堰等处堤工，见王公堤单薄，命加帮高厚；高家堰大坝有一些残缺的工程，命即兴修；又命选职衔稍大、身家殷实者担任高家堰防险；行至清口，命将西坝加长数丈康熙帝。又赐张鹏翮御制《览淮黄成》和《河臣箴》诗。他在诗中写道：“使清引浊须勤慎，分势开疏在不荒。虽奏安澜宽旰食，诫前善后奠金汤。”告诫他不要疏忽，要继续努力做好善后工作。康熙帝并赐张鹏翮父张禛鲐“神清养志松龄”匾额。回到京城第二天，他对大学士等说：“向来黄河水高六尺，淮河水低六尺，不能敌黄，所以常患淤垫。今将六坝堵闭，洪泽湖水高，力能敌黄，则运河不致有倒灌之患，此河工所以能告成也。”三月十八日，康熙五十大寿，他以“四海奠安，生民富庶，而河工适又告成”，特颁诏天下，皇恩永在。
康熙的最后两次南巡康熙于四十四年（1705年）二月初九至闰四月二十八日进行第五次南巡。这次是为了亲自检查中河南口改建工程，准备善后之规，其他“有应加修防者，亦随宜指示，以图经久”；除此之外，上一次南巡正赶上山东灾害严重，经两年大力赈济，不知“民间生聚果否殷阜”，也需要看看。三月初八日，康熙阅视杨家庄新开中河闸口及附近堤岸、民居。回到行宫，他写了两首诗。其第二首写道：“春雨初开弄柳丝，渔舟唱晚寸阴移。庙堂时注淮黄事，今日安澜天下知。”高兴之情，跃然纸上。
康熙以实事求是态度对待河工，认为河工虽然已告成，“善后方略更为紧要”，特别要注意如何防止清口一带黄水倒灌问题。由于河工很难解决的问题是黄河水不倒灌，所以河臣往往回避此事，即使倒灌，也不敢完全承认。康熙认为黄水暴涨暴落，不可避免会发生倒灌，不能因此说治河失败，而应防患于未然，积极主动采取对策。他对张鹏翮说：“朕今亲临阅视，修建天妃闸甚当。倘黄水涨至五六尺，清水不涨，势弱不敌黄，黄水必然倒灌，亦必致之理，岂可因此即谓治河失策乎？若遇倒灌，即将天妃闸暂下板，蓄清水全力敌黄。
不过数日，黄水即退。遇粮船过时，即起板开放，若黄水不灌，不必下板。”除此之外，他针对应修挑水坝、帮修卑薄堤坝等问题提出了建议，目的也是为了“蓄清敌黄”。他见高家堰石堤还没有最终完成，便批评张鹏翮说：“尔等惟见清口之水流出即，不思防御，倘高家堰六坝之水泛溢，则清水力弱，而黄水必复致倒灌矣。高家堰所关紧要，宜谨识之，毋忽。”可以看出康熙第五次南巡时仍强调实事求是防治水患，这对于巩固治水的成果非常重要。
张鹏翮与两江总督阿山、漕运总督桑额，于康熙四十五年（1706年）视察洪泽湖西岸泗洲溜淮套一带地形与水情，为免洪泽湖水侵入泗洲、盱眙，提出在溜淮套一带另开河道，直接到达张福口，以分淮水之势，避免洪泽湖水异涨，确保高家堰之堤无险。但此项工程巨大，张鹏翮不敢独自做主，遂上疏康熙，恳请皇上躬临阅视。这时康熙年岁已高，不想亲自去，但是因大臣们再三要求，遂于康熙四十六年（1707年）正月二十二日至五月二十日进行第六次南巡。
康熙四十六年（1707年），康熙在清口上岸，在溜淮套一带查看地势和水情。他发现溜淮套地势甚高，即使挖成也不能直过清口，无助于泄出高家堰之涨水，而且挖开这条河要占去大量民田，毁坏坟冢。于是康熙立即对此建议加以否决，并对阿山、张鹏翮等大加斥责，命此河断不可开，同时命疏浚洪泽湖各口，加强排水，挑蒋家坝、天然坝一带旧河，以通粮船。二月二十二日，康熙把当地各官召在岸边跪成一排，指责张鹏翮身为河督，唯以虚文为事。张鹏翮害怕至极，于二十七日具疏请罪，康熙命将张鹏翮及联合请开溜淮套的督抚俱严加议处。康熙积累了一些治河的经验，认为治河之道“不可执一”。他说：“朕自甲子年（康熙二十三年即1684年）至今六次南巡，详观河形，一年异于一年。”这次南巡他担心的不是以前的黄水倒灌，而是“清水敌黄有余”。因而主张：“使淮水稍泄其流，乘水未长时预为绸缪，将来水虽大涨，必不致于危险”。他还强调：“应将大墩分水处西岸草坝再加宽大，使清水多出黄河一分，少入运河一分，则运河东堤不致受险；又于蒋家坝开河建闸，由人字河、芒稻河引水下江，由下河及庙湾等处入海，不惟洪泽湖之水可以宣泄，而盱眙、泗州积水田地，也可逐渐排出。水小，则下板蓄水敌黄；水大，则启板泄水，且便于商民舟楫往来。其祥符闸，口门甚窄，趁此黄水水位不是很高时，委干员将归仁、安仁、利仁三闸改宽泄水，则徐州一带民田可无淹没之虞矣。”把这些安排好了，他才回到北京。五月二十五日，康熙结束南巡回京后，立即革去阿山的尚书职务，并削掉张鹏翮太子太保之衔。
康熙治水比靳辅又有所进步。在治水理论上，他反对人顺水性之说，而坚持让水顺人意。在实践上，他果断关闭高家堰的唐埂六坝，以蓄清敌黄，解决积沙淤塞清口、黄水倒灌问题。在思想上，他为人民着想，终不开减水坝，以免淹没人民田宅。康熙三十八年（1699年），康熙第三次南巡的各项部署，是其治河方案的全面体现；后三次南巡，对这一方案进行了检查和补充。实践中，根据时宜，大胆创新，百折不挠，终于获得巨大成功。
康熙南巡六次，从背景、主要活动和所采取措施来看，都是为了进一步促进生产和巩固政权。据《淮安府志》记载：康熙南巡治河见成效后，黄河20年间无大水患，解决了土地被淹问题，耕地大量增加，加上清政府推行休养生息政策，使社会生产很快发展起来。
社会安定，归根到底是人心的稳定。因此康熙在南巡中也采取了许多赈济灾民、蠲免赋税的措施，来安抚百姓，稳定社会秩序。康熙南巡所经东南沿海各省，特别是山东、江苏、浙江，一直是经济文化兴盛之地，文人荟萃，士绅集中，传统的道德观念在人们心中根深蒂固，人们眷恋故明王朝，以明为正统的思想一直比较强烈。直到康熙四十七年，浙江大岗山还出现过以“反清复明”为口号的农民起义，因此在江南地区有必要实行笼络汉族绅商士子的政策。所以康熙南巡时，不辞劳苦，屡谒明陵，拜祭孔子，进一步笼络汉族绅商，以赢得汉族地主及知识分子支持。
尊儒重道，笼络人心
修订明史
康熙年间，清廷开始组织纂修《明史》。
清朝定鼎北京的第二年便开始了编纂《明史》一事。清廷统治者任命了一些汉族知识分子主持此事，但那群人中有不少曾在明朝为官，现在又入仕清朝，对修《明史》他们不仅感到汗颜，而且担心《明史》修成会暴露出他们的种种劣迹。加上战乱频多，胜负难料，资料散在各地，一时无法收集齐全，所以完全没有什么进展。散居民间的有气节的汉族士大夫，有的不甘心清王朝取代明王朝的地位，为抗清排满而积极奔走，他们当然不愿意去做修《明史》之事。当清王朝已基本确立了对全国的统治之时，这些人见复明无望，为表达对故国的怀念，许多人开始埋头着述明史，以此来抒发对新王朝的不满。这是清初军事对抗结束后，最令清统治者头痛的问题。毕竟，纂修《明史》不仅能激发汉族士大夫们的民族情感，甚至有可能使已渐趋沉寂的思念故明之情和反清情绪重新抬头。康熙初年，四辅臣当政时发生的庄氏《明史》案正是对那些敢于借着书来诽谤新朝者的惩戒。
禁止私人修史的历史，可一直追溯到唐朝。也是从唐朝开始便形成了新兴王朝为前朝修史，由政府组织人员、设置史馆来进行的传统。顺治二年（1645年）下令编修明史即是此传统的继续，当然也是清政府希望以官修代替和禁止私修的重要举措。但是有强烈民族意识的汉族知识分子并没有被“文字狱”吓倒。就在康熙帝亲政前后的十余年间，大儒王夫之写成了《永历实录》、黄宗羲编着了《永历纪年》、张岱有《石匮书后集》，甚至牵连到《明史》案中的查继佐，仍不怕清廷的文网威胁，写成了数百万言的《罪惟录》。这些书都是关于明代历史的重要着作。许多人在极端艰苦的环境中搜集资料、考证史事，希望能写出一部流传后世的《明史》。他们抛弃一切杂念，决不仕清，不为利禄所动，不为生死所迫，专心着述，“穷年累月，矻矻不休”。然而，由于缺乏足够的财力支持，资料难以搜集，一己之力也难以应付繁重的工作，他们要达到目的是极为艰难的。
早在康熙四年（1665年），山东道御史顾如华上疏给康熙帝，向他提出修明史的建议，指出大量搜集资料很重要，但最关键的还是应选择博学之士，共同纂修编辑，“然后把修成的结果上交给满汉总裁，由他们决定书的内容的取舍保留与否，最终完成全书的纂修，并呈交给皇上御览，使它成为一代信史”，留传后世而不朽。修《明史》是清王朝立志完成的任务，而汉族士大夫又极为关注，把它当作怀念亡明的寄托；而这些汉族名士既不能以高官厚禄去诱惑，何不拿他们一直耿耿于怀的修《明史》一事来做契机，让这些名播天下的大儒出来为皇上效劳？这样既可以显示出清王朝的“德意”和皇上的宽大心胸，同时也提供了汉族知识分子走上与政府合作的一条途径。康熙帝后来采纳了此建议。他下令开“博学鸿词”科，并将所有取中之人全部任为史官，并亲自关注《明史》的纂修工作。与此同时，在修纂总裁官徐元文的推荐下，康熙帝又特旨召用着名学者李清、黄宗羲、黄虞稷及姜宸英等人。尽管黄宗羲以自己年老体衰以及老母在堂为由拒绝与清廷合作，但康熙帝也不怪罪他，还令地方官派人到他家中将他有关《明史》的着作抄录下来，以示对他的尊重。
康熙帝这一政策在召用万斯同、刘献廷等人时取得了较大的成功。
万斯同是浙江宁波人，自幼博闻强记，后拜黄宗羲为师，“博通诸史，尤熟明代掌故”。