此前一年，他被举荐参加博学鸿词科，但他坚守名节，严词拒绝。总裁徐元文也知道很难请动他。于是就请他的侄子万言去请他参与《明史》的纂修一事。万斯同尽管对康熙修《明史》的诚意如何不得而知，但他被写出传世《明史》的强烈愿望所支配，在得到老师的同意后，他与侄子一块儿来到北京。对万斯同的到来，徐元文真是喜出望外，立即请康熙帝授给他翰林院纂修官，但万斯同竟严辞拒绝，表示不入史馆，不受官衔，不要俸禄，只以布衣身份参与修史工作。此后他住在徐元文家中，《明史》草稿和史事分歧都由他审校裁定，他已成为《明史》事实上的总裁官。十余年后，徐元文罢官，继任总裁王鸿绪、陈廷敬仍旧请他于家中审定史稿。最后万斯同死于王鸿绪家中。誓死不与清朝合作的黄宗羲在送这个“布衣万某”的弟子北上时，告诫他“太平有道莫轻题”，万斯同严尊师教，直到他去世都保持着布衣百姓的身份。就在万斯同到北京后一年，黄宗羲也没能拒绝徐元文和另一总裁叶方蔼的邀请，他派自己的儿子黄百家北上参与修史。至此，可以说，康熙帝通过开馆修《明史》，起到了笼络人才、收服人心的目的。就在这期间，刘献廷也被万斯同邀请来参与纂修《明史》。他也是当时名满天下的大学者，与王夫之、顾培等为师友，交往密切。康熙二十六年（1687年），康熙帝下令修《大清一统志》，刘献廷和着名地理学家顾祖禹、黄仪也都到总裁徐乾学府下参与其事。这些人虽然始终保持着明朝遗民身份，但事实上在他们的内心里已发生重大变化。
康熙帝的宽大与安抚政策确实使汉族士大夫及在野的遗民感触颇深。大儒顾炎武曾在全国范围内联络抗清，九死一生。他虽然坚决拒绝与清朝合作，但晚年在给在朝为高官的外甥徐乾学等的信中，不止一次地表达了他对朝政的关注。黄宗羲不仅让儿子入史馆修史，还在自己的着述中多次赞誉康熙帝为“圣天子”，希望“同学之士，共起讲堂，以赞右文之治”。在《明史》开馆后的十数年间，尽管康熙帝不可能借此将满汉矛盾完全化解，但自清朝开国以来严重的反抗已经销声匿迹了，即使是思想对立也极大地缓和下来。一些入仕为官者为康熙帝的礼遇所感动，不仅尽心尽力地为天下大治出谋划策，而且还对康熙帝的个人品格与治国功绩盛赞倍至、歌功颂德了。
其实，康熙帝确实并不是真的想用选入的博学鸿词者修《明史》，他的主要目的在于缓解民族矛盾。这些人在修明史中并没有发挥多大作用。对康熙帝及清王朝来说，这些人只要肯合作，他们便取得了胜利。至于做什么，这不是他们所关心的。更何况其中一些人虽满腹经纶，却并没有修史的才能。所以他才同意徐元文、叶方霭、王鸿绪等任总裁者以私人名义请那些名士修史。当然对于修《明史》，康熙并不是一点作用也没起。由于他想利用修《明史》的机会，把散布于民间的大量稗官野史和私人着作统统收缴上来，把那些不利于王朝统治、煽动民族对立情绪的书籍全部清理一番，因此，《明史》开馆后，康熙帝多次下令，对进呈书籍者给以奖励，并指令地方官员在地方访买求购。大量的图书资料源源不断地流入京城，客观上为修明史奠定了基础。
此外，康熙帝修《明史》并非仅出于笼络人心的考虑，也不仅专注于对私修史书的清理，他对修出一部好的《明史》也确实表现出了相当的热情。当时初召入史馆的各位史官和延揽的史才，心中都存有顾虑：在修纂过程中若是触犯清王朝的忌讳，恐怕会惹来杀身之祸。为此当时总裁叶方霭就曾含蓄地向康熙帝提出，为防止材料相左，意见不一的情况，还是请皇帝下指示，“时沛纶音，一加申诫”，以消除“偏畸之见”。康熙帝对此表示理解，因此，在重开史馆之后，康熙帝便接二连三发布上谕说：明朝“时代既近，则瞻徇易生，作史昭垂永久，关系甚大，务宜从公论断”。又指出修史一定要依据事实，持论公允，“不应胶执私见，为一偏之论”。“元人讥宋，明复讥元，朕并不似前人，辄讥亡国也，惟从公论耳”。康熙帝的上谕使众人思想上的压力减轻了许多。《明史》初稿大致在康熙末年才完成，后来雍正、乾隆帝时期又做了一些修改，除了对满族兴起等一些史实做了改动外，在作为正史的二十四史中，仍然称得上是上乘之作，这是康熙帝在文化上的一大功绩。
博学鸿词科
博学鸿词科的开设
清入关后，凭借其强大的武力确立起对整个中国的统治，同时实行剃发、圈地、逃人、迁海等民族高压政策，导致清初民族矛盾空前尖锐。康熙继位之后，南明最后一个政权永历政权也被清军消灭了，清王朝开始出现一统天下的政治局面。深受汉族传统文化影响的康熙皇帝，知道满洲贵族若想长治久安就绝不能单纯依赖武力，必须要赢得人民的支持，于是逐步修订“逃人”“圈地”“投充”等含有民族压迫内容的政策、法令，借以缓和民族矛盾。康熙四年到六年（1665到1667年），废除窝主刺字的规定，并减轻对窝主及左右邻居的处罚。康熙十一年（1672年），撤销督捕衙门，地方各省有关逃人案件，除宁古塔仍听该将军审理之外，其它各省均由各省督抚审理，而不再让王公、将军等满族人来处理。圈地是清入关之初，为重建农奴制庄园而采取的野蛮手段，农民的土地大量被圈占，许多人失去了赖以生存的土地，成为无业游民，社会生产力亦遭到严重破坏，引起广大汉族人民的强烈不满。康熙八年（1669年），清政府下令，永行禁止圈占土地民房。修订“逃人法”，停止圈地，使顺治年间一度非常尖锐的民族矛盾缓和了下来。
顺治年间，对汉官极为歧视。朝官中，同一官职，满官品级却高于汉官。如满洲大学士、尚书、左都御史等官居一品，而汉大学士只有五品，尚书、左都御史为二品。在其他职务中也都是这样。这种明显的歧视，打击了汉官在国家治理方面的积极性，使他们备感耻辱。他们不愿意为清王朝出力办事，不少汉族官员仅是应付差事，混日子而已。康熙帝亲政后，立即下令将满汉官员品级划一。尽管实际上在每个衙门中仍是满官作主，但形式上满汉官员则平等了。在康熙帝亲政前夕，他又下令“各省督抚，不论满洲、汉军、汉族人，应简选贤能推用。至于提督总兵官，系防守地方，亦应不论满洲、汉军、汉族人，简选贤能推用”。此旨一下，清初地方总督、巡抚多由满族人充任的局面才有所改变。当然，这不完全是民族歧视的结果。清初，满洲贵族刚取得汉族人的天下，民族矛盾尖锐，用满族人可以放心，但对协调缓和民族关系不利。所以在相当长的时间内，主要使用的是汉军旗人。康熙帝既然明确表示不问满汉，但选贤能，对缓和对立情绪还是有一定积极意义的。
康熙初年，清统治者基本上有效地控制了全国，清朝政权渐趋稳固。但在江南地区，汉族知识分子依然充满着反满思想。顺治初年，清军下江南时实行的“留发不留头”的民族压迫政策，引起了江南人民的极大反抗。“嘉定三屠”“扬州十日”的惨景依然历历在目；且南明小朝廷覆灭不久，许多明朝遗臣依然存在，他们强烈要求恢复汉族人的天下。康熙十二年（1673年），清廷分封的三位汉族人藩王已经发展成为严重的地方割据势力，吴三桂打出“反清复明”的旗号，企图在感情上赢得明朝遗臣和汉族士庶的同情和支持。大批封疆大吏和统兵大将响应“反清复明”的口号，但他们中很多人不相信吴三桂。河北总兵蔡禄起而谋叛，危及京师；京师的杨起隆也诈称朱三太子，发动反清起义。在这种情况下，康熙进一步认识到，若想缓和满汉之间的民族矛盾，彻底平息汉族人的叛乱，只有取得汉族知识分子的支持。
自汉武帝罢黜百家、独尊儒术之后，孔子和儒家思想一直在中国占据了思想上的统治地位，广大汉族知识分子深受其影响。康熙自幼受汉族传统文化熏陶，对汉族传统文化抱有强烈而浓厚的兴趣，同时也深知欲使国家长治久安，必须依靠儒家思想。康熙八年（1669年）,他亲率诸王、百官拜谒孔子，由大成门步行至孔子牌位前，行二跪六叩头礼。
康熙祀孔，目的在于利用孔子及儒家传统文化，笼络广大汉族官员，加强统治。康熙九年（1670年）十月初九，颁布《圣谕十六条》，通行晓谕八旗并直隶各省府州县乡村人等，切实遵行，目的在于用儒家思想控制全国人民。康熙尊孔、以儒学治国的决心，笼络了广大的汉族官员，在一定程度上缓和了民族矛盾。
康熙十五年（1676年）清廷在平“三藩之乱”的斗争中取得了决定性的胜利。清廷在陕西、广东、江西等战场相继获胜，各路大军全力进攻湖南，围歼吴三桂之势已成，明朝遗臣复国梦最后破灭。康熙帝清楚，在大规模的战争结束之后，对立情绪肯定会逐渐缓和，因此，消除仇恨、表示诚意的合适办法是继续征召汉族知识分子到朝中为官。在平三藩之前的康熙九年（1670年），康熙帝以“孝康皇后升礼成”为词，颁诏天下，“命有司举才品优长”的遗老，举“山林隐遗”之士，征聘到京，以便任用。但效果不明显，宁波故明翰林院编修葛世振，关中名儒李鲹一见征召，竟称病坚决不就。后几年三藩之乱爆发，康熙帝虽然忙于战事，但却没有忘记笼络人心的大计。当康熙十七年（1678年）三藩被先后分化，叛乱即将被平定之时，一道谕旨由京城发往全国各地。为进一步笼络汉族地主和明朝遗臣，康熙十七年（1678年），宣布特开博学鸿词科，规定凡有学行兼优、文词卓越之人，不论已仕、未仕，由在京三品以上及科道官员，在外省的总督、巡抚、布政使、按察使等官员举荐，皇帝亲试录取。
“博学鸿词科”是康熙皇帝在总结我国古代科举制度的基础上创立的特别科目，是唐玄宗时期的“博学鸿词科”的发展。我国古代科举制有一个逐步发展和演变的过程。汉代，荐举和考试相结合，设有贤良方正、直言取谏、文学异等诸科，由丞相、列侯、州郡推荐，皇帝亲自考试录取。到了隋唐之际，科目渐多。隋炀帝大业二年（606年），设置进士科，“凭文取人，专主章句”，是考试科目中最难的一种。至唐玄宗开元十九年（731年），又创博学鸿词科。宋代继之，在进士及第者中挑选学问渊博、文辞清丽的秀士，因为要求太高、难度极大，因而未能普及推广。元明时期，仍以进士科为主，并专测试八股文章。清顺治二年（1645年），浙江总督张存仁首先向顺治帝献策，开科取士，以使从逆之念自息。顺治三年（1646年）首次举行会试，清朝科举成为定例。但八股取士，对于热衷于功名的年轻士子固然适宜，而对于那些眷恋明朝、拒绝与清廷合作的名士则不一定适合。因此，康熙皇帝决定一方面沿袭旧制网罗汉族士子，另一方面采取汉代荐举与考试相结合的办法，进一步笼络遵从儒家思想的名士，从感情上消弭汉族士子与满清贵族的矛盾，使之为清朝统治者服务。
开科取士
经各地荐举，共有170余名才学之士参加了“博学鸿词科”考试。
应该说在经过30余年的统治之后，即便是“三藩之乱”也无法撼动清王朝的地位，汉族士人“反清复明”的前景极为黯淡，广大人民对征杀与战乱早已厌倦，他们渴望有一个安定的社会环境。清定鼎中原后成长起来的一代人对作为“异族”的满清统治者已失去了父、祖辈那样炽烈的仇恨情绪。这一切是康熙帝施展策略的客观有利条件。但对于那些砥砺名节、抱有强烈民族情感的汉族知识分子，康熙帝的策略仍发生不了作用。如顾炎武，当时已经65岁高龄，当听说自己被征诏时，他当即表示宁死不从，如定要相逼，就只有一死，最后地方官也只得作罢。他的朋友，陕西李也被列入征召对象。尽管他以病为由加以拒绝，但却被连人带床一起抬到了省城，李绝食6天，并要自杀，才被放回家中。大儒傅山都被抬到京城外，却抵死不肯入城，大哭大闹，最后也被免征。其他如黄宗羲、魏禧等不是以自杀相胁对抗，便称病重。就是在名单中的应荐者，他们也并非都心甘情愿，许多不过是心存“走一遭”，以应付皇帝与地方官员而已。
但康熙帝对此已心满意足了，他要好好利用这一机会，表明自己尊崇儒家文化的诚意。
尽管南方战火正炽，然而京城还是歌舞升平的境象。十一月，各地被荐名士陆续抵达。康熙帝不急于开考，他发下旨意说：北京冬天白天时间太短太冷，不利于各才学之士展示自己的才华，故决定将考试日期延后，等来年天气转暖之后再行考试。同时命令礼部妥善安置应试者的食宿，每月每人发给银三两、米三斗，使应试者免除后顾之忧。
康熙十八年（1679年）三月初一，康熙帝一早先到堂子致祭，而后回宫登上太和殿。
在一片礼乐和传呼声中，应试者排队进入太和门，在太和殿前聚集。对皇帝行罢九叩三跪大礼后，被引导至体仁阁下依次就座，准备应试。大学士捧来试题，试题是《璇玑玉衡赋》《省耕诗·五言排律二十韵》。上午十时，康熙帝又降旨赐宴体仁阁，大学士向试者宣布：从来会试、殿试、馆试状元、庶吉士，皇上都不赐宴，今天赐宴表明皇上对他们的礼遇与重视。然后由大学士、掌院学士等官员陪宴、赐茶。席间，学士们还向应试者透露说：本来大家都是满腹经纶的，用不着考试，但考试更能显示才学，这是皇帝表示敬重的意思。
赐宴结束之后，考试才正式开始。不过，应试者个个都明白，这场考试不过是一个形式，试题对他们来说毫无难度，而且又如此张罗赐宴，哪里是考试呀!几个小时后，吏部将考卷收齐后，这场张罗半年的“博学鸿词科”便结束了。
考试次日，康熙帝在朝官和侍卫的簇拥下，带着试卷一路由京城南行，心情愉快。在河北定兴附近的十里铺村一连住了5天，然后康熙帝一行人到达保定，十四日返回京城。