在出巡的十几天中，康熙帝将试卷浏览了一遍，大致说来还算满意；但也有一些应试者故意敷衍。康熙帝并不以为意，与阅卷官大学士李霨、杜立德、冯溥和翰森院掌院学士叶方蔼等共同商量录取。对那些最有影响、名气极大者，康熙帝认为应一律录取。本着这一原则，最后取中彭孙遹等12人为一等，李来泰等30人为二等。其中朱彝尊、潘耒等人甚至诗句不通、不合韵，毛奇龄诗中甚至有违碍字样，而严渑孙竟借口眼睛不好，只写了一首《省耕诗》了事，但他们照样被录取，并全部被授给翰林之职。其中朱彝尊、潘耒、李因笃等人从未涉足官场，康熙帝特加优待，都授为翰林院检讨。尽管授官后，有的人认为这是一种“失节”行为，心中极为不快，如李因笃授官之后不久，便数请“终养”，康熙帝也并不勉强他，最终让他回家奉养老母了。这种对遗民的宽忍重用，不但使清朝堂中满汉官员的对立情绪得到了缓和，而且在社会上产生了很大的影响，使汉族知识分子减轻了他们对清王朝的敌视与仇恨，康熙帝收服人心之策取得了初步成功。
其实康熙帝早在举“博学鸿词”之前，便注意到，开科举设特科、延揽山林隐逸这些办法还有局限性。对读书人召用，固然可以发挥广泛影响，但汉族地主有财势者和科举落第者对人心的向背也有了很大的影响。因此，康熙十三年（1674年），康熙帝在“三藩之乱”发生不久，他下旨在全国实行捐纳制度。允许那些热衷于功名却屡试不第、仕进无望而有家财者，出钱即可捐得知府、知州、知县或者监生、生员出身。以此来增强新政权对他们的吸引力，既可减少参与叛乱的人，稳定地方，又可扩大清王朝的统治基础，使他们自己的利益与清朝统治者的利益统一起来。而且，当时清廷的财政极为紧张，兵饷支出困难，正好借此一举两得。这一办法很快便显出成效。江南大批家有余资的地主文士中，每年都有相当多的人捐官、捐出身。仅苏州府属长洲和吴县在三藩之乱平定前3年，捐文武生员的即达到了800余人，而全国在3年之中竟有500余人捐为知县，占全部知县的1/3。
清政府每年仅捐纳一项就可收入白银达200多万两。这不仅大大缓解了军费的紧张，也对平定三藩之乱起到重大作用。此举在笼络人心方面比“博学鸿词”特科更加有效，且影响面也广泛得多。
那时，康熙皇帝尽管还年轻，但这些政策足以显示出他的成熟与老练。当他的目的达到后，他心中也很清楚，捐纳只是权宜之计，绝非拣选人才之法。那些花钱买官的人是不会白下本钱的，他们中的很多人一旦上任，便会疯狂地搜刮民脂民膏，鱼肉百姓，最终会导致吏治败坏，社会出现不稳定局面。他也多次下令禁止捐纳，指出那不过是一时权宜之计。不过他万万没有想到的是，其后代子孙也把这一弊政“发扬光大”，一再实施捐纳，最后使清朝的官场变成了市场，严重地损害和瓦解了清王朝的统治基础。
康熙创办博学鸿词科，进一步争取了汉族士大夫阶层和上层知识分子的合作，削弱了反清力量，使全国政局日益稳定。明清之际，江浙一带既是战乱之地，又是反满之士的荟萃之地，因而该地区受到了“博学鸿词科”的照顾。据统计，江南与荐者58人，浙江与荐者47人，两者合占总数的50%以上。经过应试，他们大多接受了清廷的官职，逐渐与清朝统治者走到了一起。另外，清政府以博学鸿词科录取人员纂修明史，在汉族知识分子中确立了正统地位，削弱了汉族人反满的思想意识。当年，庄廷私修明史一书，因有不满清王朝的思想而遭镇压，株连极广，成为轰动一时的大案。现在清政府主持编修明代历史，继续了后一朝代修前朝历史的中国修史传统，把清王朝置于了正统王朝的地位，巩固了清王朝的统治。
初兴文字狱
明史案
《明史辑略》招致祸端
康熙二年（1663年）五月，庄廷因私修明史，颂扬明王朝，被清王朝以毁谤当朝的罪名，把庄、朱两家和参与该书编撰的人及其父兄弟子侄年15岁以上者70人斩决，近千人被牵连，这即是清初最有名的文字狱——明史案。
庄廷，湖州吴兴人，其父庄允城为当地豪富。庄廷15岁经考试入国子监学习，中拔贡，后因病双目失明，以盲史自居，欲着书立说，传于后世。庄家与明天启年间文渊阁大学士朱国祯家为邻，朱国祯一生写有大量着作，晚年编纂《明书》一部，书中没有志、表、帝纪、世家，只有列传，但没有刊刻发行。朱国祯死后，家道败落，其孙辈穷困潦倒，打算将《明史》的书稿出售。庄廷闻讯，遂以银一千两购得，并聘请当时江浙名士茅元铭、吴之铭、吴之镕、张、唐元楼、严云起、韦全佑、蒋麟征等十余人，对全书加以修改润色；对明崇祯朝一事，则采用茅瑞征《五芝纪事》《明末崇祯遗事》对照删补。书编成后遂取名《明史辑略》。
顺治十二年（1655年）庄廷病死，其父庄允城为了却儿子心愿，邀请当时名士、崇祯十三年（1640年）进士李令皙为该书写序，并将参与修纂此书的18人的姓名写入书中，由庄廷珑的岳父、大富豪朱佑明出资，在南浔镇北圆通庵召工匠刻印。顺治十七年（1660年）冬，该书刊刻完成，开始流传于世。
庄允城在书中列出的编纂者都是一时名士，其中查继佐、陆圻、范骧三人名列其中，但并未征得这三人的同意，是庄允城久慕三人大名而擅自列入的。书刊行后，范骧旧友左布政使周亮工，发现书中所记明朝降表出自现任都察院左都御史龚鼎孳之手，怕龚因此恼羞成怒，追究起庄廷而使范骧等三人也受牵连，遂建议范骧等三人向官府检举，以此来脱离干系。顺治十八年（1661年），三人遂将此事报告给浙江学道。浙江学道胡尚衡接到范骧等三人呈报，即命湖州府学调查此事。
湖州府学教授赵君宋在接到浙江学道的命令后，为抢功劳，即用银六两购买了一部《明史》，命本学廪生俞世祯、陈旦开为之检阅磨勘，从中检索出数十条有碍当朝的话语，在学门前张榜公布，并打算把它上报给省学道。庄允城获悉后，立即拜访湖州分守道张武烈，又买通前守道、现任通政司王之祚，将剩下的《明史》分送给通政司、礼部、都察院三衙门，并向李焕宁行贿赂。李因此上报朝廷说，此书已呈交给三衙门，不再是私刻史书。
此事暂时平息下来。
但事情并未停止，赵君宋告发庄氏史事，在当地广为流传，因庄允城为当地富户，有不少人便想敲诈他。现任湖州知府陈永命的主考房师李廷枢，在听说此事后，立即买了一部《明史》去见陈永命，二人商定要敲诈庄允城，得利后二人平分。庄允城知道后，立即买通官员周国泰，要他送给陈永命数千两银子，陈永命得到贿赂后，即命将原书版毁掉。
李廷枢送书本为勒索，但现在竟没得到一丝好处，他一怒之下，将交给陈永命的书要了回来，把它送给了亲家吴之荣。
吴之荣，曾是湖州归安县令，在任期间，由于贪赃枉法，为乡人告发入狱，在狱中与李廷枢结好，遇赦出狱后二人结为亲家。吴之荣从李廷枢那里得到书后，立即拿着书到庄家勒索银两，庄允城以知府陈永命为后台，没理会吴之荣。吴之荣不甘心，又持书告于浙江将军柯奎。柯奎是满洲八旗将军，庄家得罪不起，遂托诸生徐秩三请苏松提督梁化凤致书柯奎，同时向柯奎送重礼。柯奎受礼后，即将原书还给吴之荣，并以“我系武职衙门，不便与闻”作为托辞。吴之荣无奈之下，又到庄家，向庄家要些银两，以保住面子。庄家有柯奎作后台，遂向守道张武烈告发吴之荣，张武烈即下令将吴之荣赶出境。吴之荣两次三番敲诈庄氏不成，遂把目标转向庄氏亲家——当地富户朱佑明。
朱佑明乃湖州巨商。清军南下时，他屯积居奇，遂成富翁。他原住石桥浦，该地临近太湖，为防“盗寇”，便于南浔镇购得董氏大宅，并将朱国祯家一块堂匾买下，题名“清美”，落款为“朱老年亲台”，正好与朱姓巧合。吴之荣为敲诈朱佑明，便在此匾作文章，说他与明臣朱国祯有关系，至今还挂他的匾，并不断到朱、庄二家索银，两家男人回避，以妇女数百人出来对付吴之荣。守道派官兵衙役前来干预，朱、庄二家遂出银两，贿赂官兵衙役将吴之荣再次押送出境。
吴之荣勒索不成反被羞辱，他发誓要报仇雪恨。康熙元年（1662年）六月，吴之荣将《明史》中指摘清朝、维护明王朝的“悖语”十数条抄下，以刻写逆书为名，并将书中印“朱史氏”下添刻“即朱佑明”四字，进京向刑部告发朱、庄二家。刑部接到告发，即于康熙元年（1662年）十一月，派满洲官员罗多至湖州府，调查此事。由于书板已被前任知府陈永命毁去，罗多遂将庄、朱二人及其家人押解入京，打入刑部大狱。同年十二月，庄允城病死于狱中。
千人大案
本来，吴之荣因痛恨庄、荣二人羞辱他才向刑部告发，又与作序者李令皙交情很深，故在告发时已将书中序文及参订者数面撕毁，因此案发时，对作序及编纂者并没有多少关系。但在有关案犯押解至杭州时，朱佑明恰与原湖州府学教授赵君宋同在一处。朱佑明认为赵君宋首告有功，必得重赏，遂以家产一半相赠，要求赵君宋包庇他。赵君宋即在审讯时说湖州府学藏有《明史》原本一部，其书无朱史氏之下“即朱佑明”四字，督抚官员不敢怠慢，急忙令官员到湖州府学，搜出原庄氏《明史辑略》一部，这样，作序的李令皙和10余名编纂者都被牵连在内，案情扩大了。康熙二年（1663年）正月二十日，湖州府城中文武官员率数百八旗兵，关闭城门，将书中所列之人的合家老小及仆役统统拿并归案，牵涉之人达到近千人。
康熙二年（1663年），刑部将此案上报朝廷，时值四大臣辅政时期，四大臣获知后，恼怒万分，决定从严追查此事，以达到杀一儆百的目的。五月，刑部审讯完毕后，拟定罪名上报朝廷。四大臣称旨，以庄氏《明史辑略》中有毁谤当朝之语，实属大逆不道之极，着将庄、朱两家和参与该书编撰及其父兄弟子侄年十五以上者70人斩决，其中有18人被凌迟处死。因庄廷珑已于顺治十二年（1655年）病死，清廷仍对其处以掘坟、劈棺、碎尸之刑，以示惩处；其父庄允城于康熙元年（1662年）冬死于刑部狱中，亦被处以戮尸。书中列出的18名编纂者中，除董二酉于决案前三年身死，查继佐、陆圻、范骧由于吴六奇为之说情而被释放外，其余全被凌迟处死。被凌迟处死的还有庄廷之弟庄廷钺、庄廷岳父朱佑明和为庄氏史作序的李令皙。
李令皙字霸回，归安县人，明崇祯进士，写得一手好文章。庄氏史书成时，因慕其名而请他作序。事发后，曾出资贿赂吴之荣，吴之荣遂将《明史》书中的序撕去，但等赵君宋举出其所藏原书后，李令皙也被捉拿归案，最后被凌迟处死，全家籍没，一家老小亦被斩决。
朱佑明，本只与朱国祯同姓而已，“朱史氏”也是朱国祯纂史时的自称，朱佑明与之毫无牵涉，但吴之荣痛恨朱佑明羞辱他，便拿“清美”匾与朱佑明对质。朱佑明因而也被凌迟处死，其三个儿子和侄子朱绎亦被处斩，全部家产籍没。
其他受牵连者，柯奎因满族人不识汉字，免予处死，但其将军之职被革去；原湖州知府陈永命因销毁书板之罪，自杀死于店中；刻工汤达甫、印刷匠李甫及卖书商等人，都被处以死刑。查、陆、范三名士在案发时即被抓获，但由于其没有参与修订，同时又最早向浙江学道揭发此事，加上查继佐旧友平南王手下广东提督吴六奇的开脱说情，康熙二年（1663年）三月，三人便回到浙江听侯审讯。浙江督抚上疏指出时，查、陆、范等三人在揭发中虽不及吴之荣坚决，但毕竟是首告，遂议不仅无罪，还应对此三人加以赏赐，最后释放。查等三人获释后，朝廷以其三家最先揭发有功，遂将庄、朱二家之家产，一半给告发人吴之荣，一半分给查、陆、范三家。陆圻谢而不受，庄、朱的家产全部为查、范及吴之荣所有。
吴之荣因揭发有功，名利双收，不仅得到了朝廷赐给他的朱佑明的家产，还加官晋级，至右佥都御史。但康熙三年（1664年）夏，吴之荣患恶疾而死。
《明史》案牵连千人，有70余人被处死，数十家惨遭灭门之灾，是清初最大的一起文字狱。那么，庄氏所着《明史辑略》哪些地方触犯了清廷的忌讳呢？据《明史辑略》传钞残本三册及陈寅清《榴龛随笔》所记，书中犯忌的文字，大概有以下几类：
第一，不尊称爱新觉罗皇室祖先，直呼其名，是犯了大不敬之罪。
第二，对太祖努尔哈赤大加贬低和歪曲，并将清之龙兴说成“滋患”“贼”“夷”等。
第三，对明清交战态度，站在明朝一边，维护明朝。
第四，清入关后不用清朝年号，而奉南明政权为正统。
清廷为何抓住此事而大加牵连呢？甚而抄书匠、刻字工人、装订者及书商都要被处以死刑呢？这种镇压是满洲贵族为巩固统治、压制汉族士人中的反抗思潮而采取的措施。满洲人以少数民族问鼎中原，自然遭到受“夷复之防”思想影响的汉族人的强烈的反抗，而清入关后实施的民族高压政策进一步激化了汉族的反抗情绪。而江南又是汉族知识分子大量集中之地，他们把南明小朝廷奉为正统，对刚刚入关的满洲统治者抱有强烈的不满情绪和蔑视之情。他们或隐迹山林，或削发为僧，而不愿与清王朝合作。同时，士子社盟活动也逐渐发展起来。士子集社结盟，对清王朝构成了潜在的威胁。顺治十七年（1660年）颁布的严禁盟令，即是出于对这一威胁的担心。《明史》案发生后，清王朝立即抓住此千载难逢的机会，向江南知识分子挥舞起屠刀，大肆杀戮士人，借此教训读书人的念旧厌新之情，打击他们心中存在的反清情绪，以巩固清王朝的统治。
《明史》案的惩处之严，株连之广，是以前的文字狱所无法相比的。它开创了有清一代文化禁锢的先河，对清人文化学术思想的发展产生了极恶劣的影响。
《南山集》案
从消弭民族矛盾、巩固清朝统治出发，康熙帝对于汉族士大夫始终采取以拉拢为主的手法，但是有些人的行动由于对其皇权有所威胁，因此他也坚决镇压。当时最使康熙帝不安的，就是汉族知识分子怀着民族感情，有复明的倾向。康熙五十年（1711年）十月，都察院左都御史赵申乔上奏皇帝，弹劾现任翰林院编修戴名世私刻《南山集偶钞》，有很多有悖于清朝皇室的话语，于是请求严加处分，康熙看后立即派人严查。这样，戴名世被投入监狱，从而引出清初又一起文字狱案——《南山集》案。