第二，农奴制的残酷压迫和剥削。土司制度是一种落后的世袭分封制度。土司在其管辖区域内有绝对权力，他把土民看作牲口一般，对他们任意买卖转让，或者用他们来祭祀鬼神和祖先。土民的所有财产都归土司所有，他可以任意占有他们的牛马，甚至他们的子女也归其所有。土民生孩子后要向上报，记入名册，长大后为土司做事，不许读书，即使有的地方允许读书，也不许参加应试，以免因为考上而脱离户籍。土司一旦为自己的儿子娶媳妇，那么土民们三年都不敢谈婚论嫁。如果有谁胆敢违犯土司的意志，不听调遣，就会抄没家产，本人及其家属就会被卖到各地去做奴隶，再严重的就会被残酷刑罚处死，如挖眼、折骨、剥皮等。在这里，土民只知土司的法，而不知道还有什么国法。在这样的环境下生活，怎不令人毛骨悚然？
同政治上的压迫一样，经济上的剥削也相当残酷。按照规定，各土司区向封建官府上交的赋税，应该根据土司区大小、人口多少和自然条件好坏而定，数量比内地一般要轻。
但各地土司都以向上交纳赋税为借口，从中勒索，进行盘剥，人民的实际负担因此增加了多少倍。而土司们乱派滥收的各种名目，令人瞠目结舌。
除了占有大量世袭领地外，土司还对农民的土地进行贪婪而疯狂的掠夺和抢占。雍正三年（1725年），云贵总督高其倬上奏汇报云南姚安府土同知抢占民地的情况说：“姚安府大姚县苴却、十马等地，方圆三百多里，农户很多，土地丰饶，现在的土同知高厚德的祖父高奣映为吴逆川东道时就开始侵占，到了高厚德又贿赂流官自己管理当地，征收当地钱粮。康熙四十七年（1708年）以进京费为名加派苴却、十马五千银两。百姓们无钱可以凑齐，他就带人强迫百姓写下卖地的契文。百姓们忍气吞声，只好答应。”湖广土司抢占土地的现象也十分严重。他们抢占的土地不仅有少数民族的，而且还包括很多汉族农民的。如容美土司田氏，所抢占的土地遍布石门、澧州、宜都、枝江等州县。雍正年间，在抢占长阳县民田时，等有人告到县里，田氏不但不予理睬，反倒抓走了好几十人。保靖土司彭氏，他抢占的民田钱财竟然有八百两，而且还让原来田地的主人交纳。由于土司疯狂抢占土地，使得许多良田落到他们手中。而土司又以守险抗敌为借口，不许开垦荒地。这样，广大农民真是走投无路了。
可见，雍正时期的土司制度不仅使地方经济文化的发展遭到破坏，不利于社会稳定，更重要的是使清朝政府的中央政令得不到有效的贯彻执行，也影响了地方吏治。看到土司制度存在的弊端和危害，封建统治集团内部一些人忧心忡忡，纷纷要求改土归流。康熙末年，云南永北人刘彬写出《永昌土司论》，指出了土司制度的危害，建议改土归流。雍正二年，幕客兰鼎元也提出削夺土司的办法：根据土司犯罪轻重，削减他的村落里数，如果罪行非常严重，不便改土归流，就除掉当地为恶的土司，把他的领地分给其子弟，以分化他的势力。
推行改土归流
随着土司制度对封建统治的危害进一步加深，雍正逐步认识到推行改土归流的必要性。
雍正二年（1724年）五月，他说：“现在天下同享安乐，而土民们却在受苦，朕实在余心不忍。”但这时他还是犹豫不决，并没有马上实行改土归流。同年十二月，他在广西巡抚李绂的奏折上批示说：“土司制度由来已久，一旦实行改土归流，将一些土司的袭位削去，肯定会使人心恐慌。”他还是怕万一考虑得不全面，将会生出乱子。直到鄂尔泰任云贵总督后，雍正才下决心在西南推行改土归流。
鄂尔泰，满洲镶蓝旗人，世代因袭贵族头衔，20岁中举人，21岁做了御前侍卫。但是因为他为人忠正不阿，不会逢场作戏、阿谀奉承，也不参与康熙末年诸位皇子争夺皇位的斗争，所以在官场很不得志。
康熙五十五年（1716年），鄂尔泰37岁，这才做到内务府员外郎。而和他同龄的年羹尧，则因为和雍正关系密切，又有雍正暗中相助，替他说话，所以30岁就是四川巡抚，40岁当了川陕总督。与春风得意的年羹尧相比，鄂尔泰的仕途无比艰难。后来，他曾作诗说：
“揽镜人将老，开门草未生。”这就是说自己年龄已经很大，而地位还是如此。可见他当时心情的忧郁。
也就是在这时，还是亲王的雍正就想把鄂尔泰拉拢过来，让人带话给他，求他办事，谁成想鄂尔泰竟严辞拒绝。他说现在皇上还健在，并多次下令不准臣下和皇子们来往，所以，不能答应雍亲王的事情。
从那以后，雍正不但没有对鄂尔泰怀恨在心，反而更加敬佩他，说现在能忠于康熙皇帝的人，将来一定能够忠于自己。所以雍正即位后，不计前嫌，对鄂尔泰破格任用，先把他调往云南督学，几个月后又升为江苏布政使。3年后升为广西巡抚，鄂尔泰还在赴任的途中，又因为云南土司事务刻不容缓，改调云南巡抚兼署理云贵总督的事务。在短短不到3年的时间里，鄂尔泰就由一个小小的郎官，被雍正提拔为封疆大臣。由此可见雍正对他是多么器重。
雍正四年（1726年）春，广顺土舍气焰异常嚣张，将清军营房烧毁，在这种紧急形势下，鄂尔泰主张对他们用兵，以警戒其他土司，使他们不敢再来侵犯。当时雍正刚将政敌剪除，政权得以巩固，而鄂尔泰德才兼备，就同意他用兵。四月事情平定之后，鄂尔泰到贵州长寨等地巡视，设立了长寨厅。长寨用兵，标志着雍正时期大规模改土归流的开始。
鄂尔泰在长寨用兵时，对土司、土舍的蹈袭阵法很是头痛，因为用兵的时候他们就会逃跑或者假装投降，等军队一走，他们又恢复原样，因此必须想个根本解决的办法。雍正四年（1726年）九月，鄂尔泰正式建议改土归流，并对其必要性、指导思想以及具体措施作了分析和说明，提出“计擒为上，兵剿为下”，雍正皇帝接受了他的建议。同年十月，雍正实授鄂尔泰为云贵总督，并兼兵部尚书，好让他更好地推行改土归流。
前述镇源土知府刁瀚及沾益土知州安于蕃，势力很大，占地很广，抢占土地，横征暴敛，作恶多端。雍正四年（1726年）六月，鄂尔泰发兵活捉刁瀚、安于蕃，在其地分别设镇原州（今云南省镇沅县）、沾益州（今云南省沾益县）。同年冬，乌蒙土知府禄万钟对东川攻杀劫掠，镇雄土知府陇庆侯与他狼狈为奸，鄂尔泰命令游击哈元生率军进行征讨，在四川军队的协助下大获全胜，随后清政府就在其地改设乌蒙府（后改称昭通府）和镇雄州（今云南省镇雄县）。雍正五年（1727年），广西泗城土知府岑映宸势力较大，经常领兵四千在南盘江以北地区来往，耀武扬威；等乌蒙改土归流之后，他撤去军队，收敛起来。
鄂尔泰到贵州南部巡视，准备派兵对他进行讨伐，岑映宸由于害怕就投降了。鄂尔泰便把南盘江以北划归贵州省，设立永丰州（后改为贞丰州，今贵州省贞丰县），又把泗城改为府（管理今贵州省凌云县）。这时梧州、柳州、庄远等地土民，因为土舍暴虐残忍、任意妄为，争相准备粮食请朝廷派兵，因此广西的改土归流和设官建制开展得很是顺利。
雍正六年（1728年）鄂尔泰开始着手处理贵州东南的土民问题。鄂尔泰认为清理贵州东南土民问题的关键在都匀府，其次是黎平府，再次是镇远，因此主张分清主次，逐个解决。于是鄂尔泰命贵州按察使张广泗领兵进入黎平府古州（今贵州省榕江县）地区的古州江流域、都匀府丹江（今贵州省雷山县）地区的小丹江（九股河上游）流域和八寨（今贵州省丹寨县）流域，镇压顽固土舍势力，在此基础上设厅，由同知管理当地百姓。
云贵、广西的改土归流，极大地影响了与之交界的湖南、湖北、四川等省。这些地方的土司，比较接近内地，势力不大，与地方政府的联系比较紧密，土、汉民经常交往。在云贵、广西等地轰轰烈烈的改流建制声势中，土民们纷纷逃向官府，请求改流建官。面对这样的形势，土司们被迫相继呈请交出世袭的印信，将自己的领地让出，表示真心归附。雍正六年（1728年），湖南永顺土司彭肇槐主动提出改土归流，雍正答应他的请求，封为参将，赐给拖沙喇哈番的世袭职务，还赏给一万两银子，允许他在祖籍江西置办产业、买房买地。雍正七年（1729年），在其地设立永顺府，并设桑植、保靖二县，由该府管辖。
在四川，经总督岳钟琪、巡抚宪德、总督黄廷桂等人的努力，大部分地区都推行了改土归流。雍正七年（1729年），天全土司改为天全州，土汉民杂居的黎大所改为清溪县，原来管辖这些地方的雅州直隶州改为雅州府。
经过几年不懈努力，改土归流在西南各省大部分地区实行。雍正八年（1730年），鄂尔泰筑桥于云、贵边界，因为这一年是庚戌年，雍正就把它命名为庚戌桥，来纪念鄂尔泰推行改土归流的功劳。因为云贵是改土归流的主要地区，所以，这一年可以看作是改土归流取得基本成功的一年。在改土归流的过程中，鄂尔泰先对实行改革的地方用兵，进行镇吓，然后再进行安抚，软硬兼施，政策得当，使得云南、贵州、广西、四川、湖南、湖北六省的改土归流成功推行。
改土归流后，清朝政府变革改流地区的赋役方法，将原来土司的征收制度废除，按照原来正常的赋税额，由各家申报田产，然后按亩征收银两，使无田的土民不必交纳赋税，并取消了原来土司的土贡。这样，土民在改土归流后，在一定程度上减轻了所受剥削。为减轻土民的赋税负担，清朝政府也采取了一些措施，如没收土司、土舍的田产，分给兵士，每人三十亩，实行军屯，所给土地为军田，允许兵士按民田价格进行买卖。对于土司强行购买的土地，土民可以按价赎回。在有些地方，甚至允许土民占有原来土司的部分土地。
但是，耕地不足的问题没有根本解决。
改土归流后，清政府在原来土司地方，取消土司世袭制度，设置厅、州、县等地方政权，派遣可以调换的流官进行一定时期的治理，这样就使原来土司、土舍地区与内地的政治经济联系进一步加强了，从而也促进了文化的发展。雍正十二年（1734年），署理湖南巡抚钟保认为自从永顺设府以来，文雅的风气日渐兴盛，上奏请求在府县设立学校，招收12名文武童生，在保靖等县设立训导，招收八名童生，并且在府城设立考棚，雍正表示同意。
雍正十三年（1735年），四川学政隋人鹏认为土民与汉民交往频繁，应当鼓励土民读书，让土民与汉民文武童生一起参加，雍正也同意了。
改土归流，将数百年以来的土司制度废除，必然会招致敌对势力的反抗。雍正十二年（1734年），贵州古州、台拱地方设官后，原来土舍势力还是比较大，总是想恢复原来的局面。雍正十三年（1735年），古州发生叛乱，雍正就任命贵州提督哈元生为扬威将军，湖广提督董芳为副将军，领兵进行讨伐，务必斩草除根，彻底解决叛乱，并任命刑部尚书张照为抚定苗疆大臣，到贵州处理苗疆事务。在贵州，董芳与哈元生二人不和，张照支持董芳，他们认为，从前改土归流存在失误，现在应该实行招安优抚，恢复旧日格局。因为意见不统一，将领失和，没有取得讨伐的成功。八月，雍正驾崩，乾隆继位，将张照召回，命张广泗为七省经略，进行平叛，第二年成功。
雍正时期的改土归流，是清王朝为巩固自己的封建统治，打击地方土司势力的一系列措施之一，但有清一代，并没有将土司制度彻底废除。就在雍正年间大规模改土归流运动进行的同时，清政府又设置了许多新土司。清代的土司总数和职衔比明代多，但制度也比明代完备得多，在西南和西北少数民族地区，一直实行这一制度，在政治、经济、文化等各方面无不对当地产生了重要影响。
雍正时期大规模的改土归流运动，沉重打击了土司割据势力，促进了当地的稳定，中央政府对边疆地区的统治大为增强，在一定程度上减轻了土司、土舍凌虐属民的现象；整顿赋役，兴办学校，使少数民族地区的社会经济、文化有所发展；由于政体统一，上下一致，使得民族杂居地战争的因素减小，社会秩序也趋向安定，有利于民族间的联系。因此，可以说雍正时期的改土归流，巩固了我国多民族国家的统一，促进了经济文化的发展。
签订《恰克图条约》
雍正四年（1726年），清政府命原理藩院尚书一等公隆科多察看喀尔喀边境，准备与俄国代表谈判，并派喀尔喀郡王、额驸策凌、散秩大臣四格等人协助谈判。同年夏，隆科多、四格与萨瓦在恰克图附近的布尔河会谈。萨瓦要求带商队与库尔齐茨基主教一起入京面见雍正，但隆科多却只允许萨瓦自己进京面见雍正，其他人留在原地，等谈判完后再决定是否可以去。十一月，萨瓦到达北京，朝贺雍正并与中国政府进行谈判，中方派吏部尚书察毕那、理藩院尚书特古忒、兵部侍郎图理琛等人参加谈判。这次谈判双方没有签署什么协议，只是就一般原则性问题进行了讨论。但萨瓦在北京期间，四处活动，收买了中国官员马齐，把中国谈判代表团的底牌搞到手，知道中方希望和平安定，就准备用武力相威胁，增兵边境，为沙皇攫取更多的利益。半年后，萨瓦回到布尔河，与隆科多、策凌、四格、图理琛继续谈判。隆科多坚决要求俄国将它所侵占的喀尔喀土地归还清政府，萨瓦竟要求中国放弃领土要求，并以武力相威胁。此时，隆科多因为私藏玉牒底本，被雍正从谈判代表团召回治罪，让策凌、四格、图理琛等与俄国继续谈判。隆科多走后，中国代表团没有坚持严正立场、坚决维护国家主权，于雍正五年（1727年）七月，在布尔河畔与俄国签订《中俄布连斯奇条约》,让给俄国恰克图以北的大片领土。之后，在这个条约和此前在北京达成的原则性协议的基础之上，拟定出总条约草案。雍正六年（1728年）五月，中俄双方代表在恰克图正式签字，条约也就开始生效。这就是历史上的《中俄恰克图条约》，其主要内容有：
第一，划定中俄喀尔喀地区边界，把恰克图作为分界点，东起额尔古纳河，西至沙毕纳依岭（沙宾达巴哈，位于唐努乌梁海地区的西北端）作为界线，线以南为中国，以北为俄国。第二，处理越境犯人，对以往逃犯不再追究，对越境者双方不再收容，并严加查拿，交由双方的边防人员处置。第三，双方贸易还按康熙时期的老办法，俄国商人3年至北京一次，每次不超过二百人，中国对其免收商税，零星贸易只能在尼布楚、色楞格二地选择进行。第四，规定宗教职能和留学生人数。规定在北京的传教士可增加到3人，中国允许俄国学童4人，来北京学习满文和汉文，并同意帮助俄国在北京建立一所教堂。雍正十年（1732年），新教堂落成。此后，俄国可以按期向中国派遣传教士团和留学生。