《恰克图条约》签署后，清朝政府即开始两路进军，征讨西北部的噶尔丹策凌。派出军队后，雍正就命满泰、阿里海到土尔扈特，利用它和准噶尔部的嫌隙，拉拢土尔扈特，使准噶尔陷于孤立的地位，同时又派使者到俄国，通告清政府征讨准噶尔一事，希望俄国不要支持噶尔丹策凌，不要企图利用中国内乱来分裂中国。《恰克图条约》规定了中俄喀尔喀地区的边界，而俄国人如果不想违约的话，就不要公开大规模地支持准噶尔叛乱。同时，清政府也在喀尔喀地区加强了军事防务，设立59个卡伦（边防哨所），黑龙江将军统辖东边12个，喀尔喀内部管理西边47个。因此，《恰克图条约》的签订，为抵御俄国封建沙皇势力的入侵、保卫喀尔喀地区领土、平定准噶尔叛乱、防止俄国对中国内政进行干涉起到了一定的促进作用。但清政府在贸易、宗教方面也对俄国作出了巨大让步，兴建教堂就是一例。在领土上，中国也是作了很大让步。在贸易方面，俄国在恰克图建立贸易市场，中国则在它的对面建立买卖城，成为中俄双方互相买卖的场所。《恰克图条约》签订后，俄国商人不再经由尼布楚、黑龙江到达北京，而是由买卖城经张家口抵达北京，不需要再向东绕一圈。此后买卖城一线成了俄国商队的主要道路，给俄国带来了很多实惠，这些都是其他西方殖民者无可比拟的。
设立军机处
军机处推演历程
雍正元年（1723年）八月，青海的和硕特蒙古部落首领罗卜藏丹津率部叛乱，叛军攻打西宁，形势危急，于是雍正命令川陕总督年羹尧出兵平定这场叛乱。经过激烈的交战，10万余名叛军投降清军，叛军首领罗卜藏丹津逃往柴达木。雍正二年（1724年），清廷封四川提督岳钟琪为奋威将军，再次率兵追杀逃往柴达木的叛军余部，经过化装的罗卜藏丹津再次逃到了准噶尔部。准噶尔部本来就与清廷为仇作对，在康熙年间就曾爆发过叛乱，在被康熙亲征平定后，准噶尔首领噶尔丹的侄子策妄阿拉布坦又率领部下侵入了西藏。
康熙五十七年（1718年）康熙命皇十四子胤禵为抚远大将军，指挥大军进藏平叛。康熙五十九年（1720年），清军重创准噶尔叛军。康熙六十年（1721年），抚远大将军胤禵驻扎到甘州（张掖），对准噶尔叛军采取进攻态势，双方处于相持状态。罗卜藏丹津逃到准噶尔后，清廷给准噶尔部写信要求送还罗卜藏丹津，策妄阿拉布坦拒绝交出。这时雍正刚即位，地位还不稳固，政府也没有充足的财力。这样，清朝暂时没有发兵主动进攻，采取了守势，但是清廷一刻也没放松对准噶尔同西藏关系及准噶尔对喀尔喀蒙古侵扰的注意。雍正五年（1727年），策妄阿拉布坦死，其子噶尔丹策凌继位，雍正认为时机成熟，开始筹划用兵事宜，计划讨伐准噶尔，以免去国家心腹之患。
雍正七年（1729年）二月，一切准备就绪，雍正发布了上谕，在上谕中他罗列了准噶尔的罪行，大举发兵进攻准噶尔。可路途太遥远了，一切军需粮草供应，急切需要有一个机构专门办理，而且军报很多很紧急，也需要快速的处理，更需要谨慎周密。为了战事的顺利进行，雍正在雍正七年（1729年）六月发出一道上谕，设立军机房，并命怡亲王允祥、大学士张廷玉、蒋廷锡主持办理军需一应事宜，办公地点在隆宗门内、乾清门外偏西的小平房内。雍正八年（1730年），改名为办理军机处。雍正十年（1732年）春，雍正皇帝下令大学士们商议确定军机处的印信。三月初三，大学士们遵照圣旨商议后上奏请求用“办理军机处印信”的字样，雍正立即下令交给礼部去进行铸造，并决定把大印保存在军机处，委派专职官员负责管理，同时将大印的样式通知各省和西北的两路军营。从这以后，军机处成为正式的固定机构。
军机处设立之初，主要办理与战争有关的事务。雍正九年（1731年），世宗认为山东登州是滨海重镇，所辖地方太大，只有六千兵丁，怕不够用，遂命军机大臣详细讨论，是否适当增加兵士的数量。雍正十年（1732年），西路军大本营要移驻穆垒，雍正皇帝经过慎重选择，定六月初四为移营的开始行动日期，在四月十三日命令军机大臣将日期通知岳钟琪，并要求务必将一切事宜提前留意准备完毕，但一定注意要谨慎周密，以防泄漏机密。随着时间的推移，军机处的办事范围扩大到所有的机要政事。
雍正每天召见军机大臣。寅时（3～5点）军机大臣、章京进入值房，辰时（7～9点）皇帝召见，如果有紧急事务，提前召见，每天召见一次，有时一天几次。军机大臣在接受皇帝召见后退回到军机处，按照皇帝面授的旨意，书写文件，基本内容是告诫臣工，指示用兵方略，检查核对政事，指责查问量刑处罚是否得当。撰批抄写完毕后，密封发出，叫作“寄信上谕”，因由内廷直接寄出，故又称“廷寄”。后经张廷玉规划，形成一套完善的制度。凡给经略大将军、钦差大臣、参赞大臣、都统、副都统、办事领队大臣、总督、巡抚、学政的，叫“军机大臣字寄”；凡给盐政、关差、布政使、按察使的，叫“军机大臣传谕”。字寄、传谕的封函表面都注明“某处某官开拆”，封口处盖有军机处印信，保密程度较高，且传递速度快捷。当面接受皇帝的口头旨意，起草抄写，发送上谕和圣旨是军机处的主要任务。军机处根据函件内容决定递送速度，函件封好口后交给兵部，由驿站来传递送达。凡是在信皮上标着“马上飞递”字样的，每天要走三百里；如果碰到紧急情况，则另外在信封上标有每天要走的路程里数，或者是四五百里，最快的是八百里。这种方式确保了中央政府指令的严格执行，传递的速度又比其他公文要快得多，提高了清朝政府行政机构的办事效率。另外，官员上奏的折子，皇帝亲自阅览批示后，在每天的寅、卯两个时刻发到军机处抄写副本进行存档。
军机处的规章制度大多数是由大学士张廷玉按照皇帝的意思草拟制定的，以后才逐渐完善起来。
军机处体制特殊，有官职没有官员，所有官员都是兼任的，没有专职官员。主管军机处的官员叫作军机大臣，具体办事的官员叫作军机章京。军机大臣俗称大军机，或者叫枢臣，从满、汉大学士、尚书、侍郎、京堂（即院、寺等衙门的堂官）内专门选定，或者是由军机章机提拔充当，没有确定的人数，一般三至十人。凡被皇帝特简到军机处兼军机大臣的官员，称为“军机大臣上行走”或“军机处行走”，资历浅的军机大臣称“军机处学习行走”或“军机大臣上学习行走”，待一二年熟悉业务后，再去掉“学习”二字。满汉军机大臣各以一个官员为首领，称领袖、领班、揆首、揆席、首席。军机章京开始时由军机大臣在内阁中书和六部司员内挑选任用，没有确定的官员。嘉庆四年（1799年）后，改由内阁、六部、理藩院保送中书、郎中、员外郎、主事、笔帖式等官，经军机处考取引见后，记录下名字等待递补，确定满族人、汉族人章京名额各为16人，后来又增加了额外的汉族人章京一到20名。兼军机章京的官员称“军机处司员上行走”或“军机处司员”，乾隆四十五年（1780年）后，一律改称“章京上行走”。军机章京分两班轮流当值，每班满、汉各八人，由军机大臣委派资深章京二员为每班的领班和帮领班。
军机大臣的任用，主要取决于他同皇帝私人关系的亲疏，不问出身，只用皇帝自己认为亲近可靠的人。雍正年间，担当过军机大臣的有怡亲王允祥、大学士张廷玉、蒋廷锡、鄂尔泰、马尔赛、平郡王福彭、贵州提督哈元生、领侍卫内大臣马兰泰、兵部尚书性桂、内阁学士双喜、理藩院侍郎班弟、銮仪使讷亲、都统莽鹄立、丰盛额等。他们的官职，由正一品至从四品，地位相差悬殊，但他们都是深得雍正信任的宠臣。军机大臣中，经常以官员品级高的、资历深的做“领班”，被称作首席、首揆、揆席，实际上军机处并没有正式的首长，军机大臣间也没有隶属关系，各自办理皇帝交办的事宜并单独向皇帝负责。军机处办公地点在皇宫之内，就在皇帝寝宫的旁边，替皇帝办理各种国家军政重要的事务，地位非常特殊。为了防范军机处权力过大危胁到皇帝的权力，军机处没有正式的官员，军机大臣、军机章京均为各衙门官员临时调来兼任，他们人虽在军机处，但编制和归属仍旧归属原来衙门。他们之间虽有上下级关系，但后者不是前者的绝对下属，很难结成死党，而且如果有专权或者超越自身权限的举动，随时都有可能被皇帝撤去军机大臣的职务。所以这些军机大臣只有绝对听从皇帝的命令。同时军机大臣奉皇帝的旨意撰写、草拟机要政务和用兵的重大军事命令，进一步削弱了内阁的权力，这样内阁就只是草拟一般平常事务的文件了。内阁的职责权限也被大大降低了。军机处从一开始就是为办理军务而设，雍正在任命满族人军机章京时又多是从议政处调来，因此使清初以来成立的专门负责处理军务的议政处也逐渐名存实亡。可见，军机处的设立，大大加强了君主专制的集权。
军机处的内部机构在史书上没有确切的记载，只是知道军机大臣办公处称军机堂，满、汉军机章京办公处称满屋、汉屋，对外行文时叫作满军机处、汉军机处。在宫内，军机堂对面的左、右两边，是满屋和汉屋，而军机堂在隆宗门内靠北、乾清门外西侧。此外，军机处还有两个附属机构：一个是方略馆，开始设立于康熙二十六年（1687年），是为编写《平定三逆方略》而专门设立的，书写完后就被撤掉了。乾隆十四年（1749年），在编写了《平定金川方略》后，就成了固定设置的机构。方略馆由军机大臣一人任总裁，内部下设文移处、纂修处、校对处，誊录处、纸库、书库、档案库等机构，由满、汉纂修官、提调官、收掌官、校对官等分工负责。另一个附属机构是内翻书房，最早设置于雍正、乾隆年间，由军机大臣一人兼内翻书房的管理大臣，下设提调、协办提调、收掌、掌档、翻译等官共数十名，专门负责管理皇帝的上谕、圣旨、日常生活的记录、诗词文章、书论、经论，以及对册文、敕文、祝文、碑文、经史、讲章等进行满文、汉文的翻译工作。
雍正死后，乾隆继位。守丧期间，曾经把军机处改为总理处，到乾隆二年（1737年）又设立了军机处。乾隆初年军机大臣傅恒开创了一个人不单独接受皇帝的旨意，一个人不单独写谕旨，改原来军机大臣“单独觐见”皇帝为“一起朝见”的作风，更加强了封建君主的绝对权力。
清代军机处，是清王朝最高统治者在无意之中发现的军机房这一临时机构的基础上，有意识地进行加强而发展起来的，最终使它成了清代所特有的政治机构。它直接接受皇帝的旨意，经手办理一切重大政务，从而把军机处变为中央的主要政府机关之一，实际上是皇帝内廷的办公厅或机要室。随着军机处的确立，整个国家的施政渠道做了彻底的改变。
官员向皇帝上报事情，按照原来的制度分为题本、奏本两个途径，“公事”使用“题本”，“个人私事”使用奏本，都由内阁接受办理。军机处设立后，皇帝亲自书谕或面授谕旨，军机处密寄各处，扩大奏折的使用范围，使题本成为例行公事的赘文。到了光绪二十七年（1901年）把题本也改为奏本，彻底取消了题本这种方式。
由于军机处的办公地点就在皇宫大内，就在皇帝寝宫的旁边，它的一切活动都在皇帝的直接指示和严密的监视之下进行，因而更方便了皇帝权力的行使。因此军机处这个机构一旦建立起来，就受到雍正及其后的历代皇帝的重视，一直沿用没有废除，并逐步地完善了它的保密措施，成了即使是王公大臣要不是奉了皇帝的专门旨意，也不得随便出入的场所。皇帝召见军机大臣，太监不能站在旁边；王公大臣如果有人接到皇帝的特别旨意要到军机处听宣读上谕或圣旨，读皇帝朱笔批阅的文件或各地的奏折，只能在军机处帘堂内侧身而立，其他的官员一律不准私自进入；军机处挂的帘子外，窗户外，台阶下也不许不相关的人偷看，军机处章京的值房也是这样。承担撰写上谕圣旨的任务，必须在军机处写，而且必须当天写完，而其他的事务都不允许在军机处办理。都察院派出满汉御史各一名，每天在军机处值房处巡察。军机处的印信也特别注意严加防范。钥匙均为领班之军机大臣佩带，如果有事需要使用军机处的大印，值日的章京就向奏事处提出请示，并用金牌作为证明。金牌宽五分，厚一分，长约二寸，上面刻着“军机处”字样。在这种严密监视之下，军机大臣只能兢兢业业、小心翼翼地完全听命于皇帝。这种君主极权专制的局面使封建皇帝非常满意，嘉庆年间，御史何元烺以“军务经久告蒇”为由，请求更改军机处的名称，遭到嘉庆皇帝的严厉训斥。即使在清末大改官制的高潮中，军机处也在不被考虑的行列，这成了清朝的制度。
设立军机处的意义
军机处的建立，具有重大的历史意义。
首先，军机处的建立，促进了康乾盛世的巩固和发展。
康熙皇帝到了晚年，施政的缺点是过于仁慈宽厚，面对着皇子们争当太子的争斗，官员腐败之风盛行，财政出现危机，西北战事不断，朝中官员朋党林立这些难题，康熙皇帝早已是力不从心了，他认为“增加一处利处的同时就会产生一处弊端”“,多一事不如少一事”。
雍正帝登基之前已在藩邸40余年，“对于这些事情的好坏，事情处理的得与失，没有不了解的”，并对怎样解决这些弊端已经有了“深刻的了解和认识”。针对康熙帝晚年“治理天下一定要以宽厚仁慈为目标”的片面思想，雍正帝提出治天下“一定要看它所处的时期，仔细审视这件事的具体情况，应该宽就宽，应该严就严”，只有“宽厚和严厉相互补充”，才能治好天下。
由于雍正帝改革的思想明确，态度坚定，措施得当，10年左右的时间就产生了显着的效果，不仅使康熙时期的积极成果得到巩固和发展，而且为乾隆时期的鼎盛奠定了良好的基础。所以说，雍正的改革，对于康乾盛世起到了承上启下的巨大作用。而雍正的改革之所以能够贯彻到全国各个方面，初期的改革成果之所以能在后期得到巩固和发展，很重要的一个原因，就是军机处的建立使皇权得到高度的集中和有效的使用。
其次，军机处的建立，标志着中国封建君主集权专制已发展到了顶峰。