崇德年间的议政王大臣会议虽然还保持着后金政权时期最高权力机构的地位，但其权限已明显缩小，这主要是因为天聪五年（1631年）设置六部后，诸凡八旗官员在各机关的任免与调动，旗下差役之征发，财物之分拨，科举之举行，战俘之处置，各旗案件之审理，殿、堡、山陵工程之兴修等政务，已由各部分别处理。只有在各部不能决断时，才由议政王大臣会议议决。其议处的内容多为满洲王公大臣刑案的审理，另外是军务，即所谓“凡遇出师，必先议定而行”，所以主要是兵、刑二务。
另外，经过天聪一朝皇太极同与其汗权抗衡的三大贝勒的斗争，身为皇帝的皇太极，至崇德建元已基本树立起了皇权专制的尊威，凌驾于“共议国政”机构之上，掌握了宗室贵族议政人员的任免权。天聪初，宗室诸贝勒，尤其是充当旗主的和硕贝勒是作为当然议政者干预朝政的，崇德后，皇帝逐渐取消了这种当然议政的资格。为了加强议政职能，皇太极开始将宗室中一部分较低级的贵族——贝子、公等提拔起来参与议政。从行政程序上看，各部重要政务必须先上奏皇帝，皇帝认为有必要共同议决的，才交由议政王大臣会议讨论，但议政者也只能“候旨齐集”，听从皇帝的临时传旨。这就是说，皇帝的意志决定了议政王大臣会议的职能的发挥。在崇德年间清政权的君主专制集权体制下，皇帝已将议政王大臣会议成员的任用、职掌的行使等权力控制在皇权的范围之内。
清兵入关，定都燕京，多尔衮以摄政王的身份执掌朝中大权。由于在皇太极暴逝之后，满洲王公曾展开过一场激烈的争夺皇位的斗争，两白旗王多尔衮、多铎、阿济格，与正蓝旗、两黄旗王大臣矛盾尖锐，与镶蓝旗王济尔哈朗等人也是貌合神离，所以多尔衮摄政之初（入关前），即借口诸王贝勒商讨国政是“盈廷聚讼、纷纭不决，反误国家政务”，限制他们参与朝政，禁止诸王公贝勒贝子等入朝办事。另外也由于入关初王公大臣领兵在外，所以这一时期诸王贝勒大臣很少共议大政。
顺治七年（1650年）至康熙十二年（1673年）左右，是议政王大臣会议职掌最广泛，权限达到其顶峰的时期。其中前十二年即顺治七年（1650年）至顺治朝终，又是议政王大臣会议的成员迅速扩充、成分复杂化的时期。
顺治七年（1650年）以后，尤其是在清世祖福临亲政后，议政王大臣会议的组成规模急剧扩大。首先是，一大批宗室贵族如亲王多尼、顺承郡王勒克德浑，贝子务达海、锡翰，公汉岱，承泽亲王硕塞、谦郡王瓦克达，济尔哈朗之子世子济度（后袭父和硕亲王爵，号简）及敏郡王勒都、安郡王岳乐，贝勒尚善、杜尔祜、杜兰，显亲王富绶等，在顺治七至九年（1650～1652年）的三年中，纷纷开始议政。若加上诸王之首郑亲王济尔哈朗及理政三王巽亲王满达海、端重亲王博洛、敬谨亲王尼堪，议政的宗室贵族人数几乎达20人。另外，议政大臣也在人数上大大增加，仅顺治八年至十二年（1651～1655年）所任命的议政大臣就多达30人。而且成分非常复杂，其中八旗蒙古固山额真开始被任命为议政大臣，六部满蒙尚书全都是议政大臣。顺治九年至十三年（1652～1656年）几年间，内院大学士满洲旗人希福、额色黑，汉军旗人范文程、宁完我也一度参与议政。其他人甚至连皇帝的侍从——内大臣、侍卫，以及在王府中掌管事务的长史、无职的旗下闲散也被任命为议政大臣。以上宗室贵族全部手握权力，掌政统兵，是清廷军政大权的核心；议政大臣中，八旗满蒙固山额真、六部满蒙尚书是清廷军政要员。因此，这阶段的议政王大臣会议，实际是清廷所有掌握军政大权的宗室贵族及八旗满蒙旗人大员的联合会议。人员数量的增加，成分的复杂化，表明它比入关前的崇德朝大大发展了。值得强调的是，这一议政机构虽然成员多达几十人，但在实际议政时并没有这么多，因为当时清廷多处用兵打仗，有些人出兵在外。扩大议政成员，一部分原因也是为了保证在战时中央有足够的议政成员。
其职权范围的显着扩大，远非入关前可比。政务的纷繁，也促使议政的形式复杂化，除了有宗室贵族组成的议政王会议和满蒙人员的议政王贝勒大臣会议，还有上述成员与大学士九卿翰詹科道等满汉官员的联合会议。后一种形式中，议政王大臣充当的角色仍然为主持者和决策者，所以可称作是扩大的议政王大臣会议。所议处的政务主要有如下几项：
第一，谳断刑狱，议处宗室王公及满汉大僚，复审重大刑名案件。
第二，商议宗室王公、满洲大臣对爵职的承袭。
第三，商讨军务，议定对策及出兵方略。
第四，对汉藩王及其属下的处理。
第五，议决少数民族问题。
第六，调处满汉矛盾，维护满族统治者的经济利益。
第七，奉旨议选重要官员。
第八，惩治渎职官员，整饬吏治。
第九，议定典制，改革、完善行政制度。
以上所列，仅是选择其较有影响的事项，作一简要介绍。由所有掌军政大权的宗室贵族、满蒙军政要员联合组成的议政王大臣会议所议处的上述九项事务，基本占据了这一时期全部政务的主要方面，仅凭这几点就可了解到，议政王大臣会议是当时清廷的最高权力机构，这一机构入关后从成员到职掌、权限的扩大与发展，是满汉官僚联合统治的政体建立后，满族上层统治集团占据核心和主导地位的集中保证。另外，由于当时满汉民族矛盾日趋尖锐化，满族统治者虽然在中央各机关中起用了许多汉族官员，实行满汉复职制，但他并未放松对这些汉官的警惕性，因而那些机要政务及重大政事，需要专门由本民族人员组成的机构商议处理。从这方面讲，议政王大臣会议又是在满汉矛盾的情况下，对满汉复职制进行的一种非常必要的行政补充，它保证了满族建立全国统治的顺利进行，维护了满族贵族的政治、经济利益，发挥了入关前所不能起到的作用，这是它在这一历史时期的主要职能所在，也是这一机构职掌扩大与发展的主要原因。
职权弱化
康熙十二年（1673年）以后至雍正朝军机处设立，是议政王大臣会议组成人员的成分较为单纯、职掌范围缩小并较为固定的时期。顺治十八年（1661年）南明最后一个政权——永历桂王政权的覆灭，基本结束了清王朝统一全国的战争，清廷也随之对议政王大臣会议进行精简。康熙元年至十一年（1662～1672年），对议政成员实行了三次裁减。一次是康熙元年（1662年），吏部因正白旗议政大臣名额太少，奏请补齐。圣旨下，以“满洲蒙古都统及尚书俱系议政大臣”，不但未补缺额，反而将其他旗所设平均员数的议政大臣悉数裁撤。一次为康熙八年（1669年），又因议政人员复杂泄漏了机密，停止王府长史及闲散议政大臣议政。经过这两次大裁减，议政大臣基本上只剩下在中央机关中任职的满蒙都统（即原固山额真）、大学士、尚书及皇帝的御前扈从人员——内大臣。此后，议政大臣主要由这几种官员充任。康熙十一年（1672年），又对议政王大臣进行了裁撤。三藩之乱发生的时候，议政王、贝勒、贝子仅杰书、岳乐、福全、勒尔锦、察尼、董额（或作洞鄂）、尚善、温齐、苏努等数人。这些王、贝勒、贝子之所以能够参与议政，主要是皇帝根据他们的行政能力，而不是根据其爵级和地位。旗主、入八分王公等八旗贵族议政资格的彻底取消，八旗平均员额的议政大臣的取缔，标志着八旗各自作为独立的政治单位参与议政的时代宣告结束，八旗联旗议政制彻底瓦解。此后的议政王大臣会议是完全处于皇帝控制下的、由中央各机构官员组成的旗人会议机构。议政的王、贝勒、贝子等被皇帝或任、或免于议政，根据需要又随时撤裁或恢复之事，也常有发生。康熙三十六年至六十一年（1697～1722年）这二十几年中，这一机构中已无王、贝勒参与议政，因而文献上仅仅将其称为“议政大臣会议”。雍正、乾隆两朝初年，任命宗王总理政务，宗王再次参与议政，但他们已不称议政王，类似以前的低级宗室，只是被授以议政大臣，目的是为了缩小他们与其他议政官员的地位差距，便于地位较低的官员发表意见，这对议政机构职能的发挥非常有利。将王贬为大臣，也是皇权有意削弱宗王权势的一种措施。
康熙十二年（1673年）至雍正朝设立军机处这50多年中，议政王大臣会议所处理的政务除了官员服饰、八旗重要旗务、王公及功臣爵职之承袭、重大丧礼等一般性事务外，主要有以下四项：其一，议处军务。其二，有关蒙古各部、西藏等少数民族事务的处理。其三，处理与沙俄边界问题。其四，谳审重大刑案，平定三藩之后，凡跟随吴三桂叛上作乱被拿获，或败后又降清者，如耿精忠、马宝、彭时亨、谭天秘等20多人，皆由议政王大臣审讯，全部处以凌迟、立斩枭示的极刑。并对触犯军法的带兵宗室贵族、官员审察议定，或削爵，或免死革职、籍家。
康熙后期的储位之争，及雍正初清世宗与皇子党、擅权重臣的矛盾，成为皇帝在行政中需要重点解决的问题，议政王大臣会议审拟狱案这一专职，又一次发挥了它的作用，在皇帝的操纵下，打击清除了威胁皇权的政治势力，维护了皇帝的专制集权。
逐渐消亡
军机处设立之后至乾隆五十六年（1791年）这60余年，是议政王大臣会议的成员有所缩减、职掌显着减少、渐趋名存实亡、直至最终消亡的阶段。
自雍正中设军机处后，对准部用兵的军务及其相关的少数民族事务，就已全部归到军机处进行处理。此后至雍正朝终，议政王大臣会议的职掌明显减少。
作为处理机要政务的重要机构，议政王大臣会议对其成员的要求理当为数量上的精简与质量上的干练。但充任议政大臣者“半皆贵胄世爵”，即出身于满族贵族、勋旧世家者居多。到了康熙后期，他们也已经丧失了其祖辈们在开国立基时期那种勇武淳朴之风，仰赖祖宗的荫庇而养尊处优，“不谙世务”者相当多。至于宗室贵族，不仅行政能力很低，而且以其尊贵身份高居于其他议政大臣之上，导致这一机构的职能不能正常发挥。另外按旧制，满蒙都统、尚书等大多兼议政大臣，人员数量较多，且很繁杂，康熙虽采取排斥宗室贵族及裁汰冗员的办法以提高其行政效能、防止泄密，如康熙二十四年（1685年）三月，以满蒙都统人员多，且“不晓达事务者甚多”，而废除其议政资格，只令商议兵事时参与。康熙三十六年（1697年）以后，基本不再任用下五旗王、贝勒、贝子议政。但对于这个落后的贵族性议政祖制，康熙却缺少根本废除的勇气，无法从根本上触及这个陈旧祖制的弊端。
勇于改革，施政严猛的雍正，则已不顾及于此，最终还是采取巧妙的釜底抽薪的方式，设军机处于易于保密的近御之处，排除宗室贵族和众多的议政大臣，“设立军机大臣，择阁臣及六部卿熟谙政体者兼摄其事……然后机务慎毖，议政之弊始革”。在对机要事物进行处理的过程中，这些从众大臣中特选的少而精的军机大臣，则成为皇帝得心应手的合适的人选。
更主要的原因还在于，经过康熙一朝，满汉统治者基本融为一体。所以这一满汉大臣共同参与的处理军机要务的军机处才会出现。
乾隆初，议政王大臣会议的职掌在一定程度上又有所恢复。这是由于乾隆帝出于对皇父雍正帝之严苛政治有所缓和的目的，本着“法祖”的原则，在典制改革方面所作的一系列调整。因而议政王大臣会议得以按照落后的祖制延续存在。满蒙官员在他们被任为大学士、尚书、左都御史等职务后，仍按照旧例，兼授议政大臣的职衔，但他们所议事务除了某些军务外，更多的是琐碎政务，如出师告捷、祭堂子典礼之类。勘审宗室王公等重刑案，则已由宗人府宗令等人负责。军务及重要的少数民族事务，主要由军机处处理。既然如此，议政王大臣会议已不必也不应该继续存在下去了。大约在乾隆二十几年以后，议政大臣一职已经没有了实权，只是作为满洲大臣的一种荣誉头衔。就像乾隆帝在上谕中所说：“国初以来，设立议政王大臣……自雍正年间设立军机处之后，国事皆系军机大臣每日召对承旨遵办，而满洲大学士、尚书仍旧俱兼议政虚衔，但无应办之事，纯属名不符实。”议政王大臣会议在乾隆五十六年（1791年）终于被宣布取消，至此，它在延续了一百多年后最终走完了其全部政治旅程。
大兴文字狱
伪孙嘉淦奏稿案
乾隆十六年（1751年）前后，在社会上流传着一份伪托工部尚书孙嘉淦名义的奏稿。
奏稿长达万余言，主要内容是指责乾隆皇帝有“五不解、十大过”，对乾隆皇帝本人和他执行的政策及朝廷权贵重臣进行尖锐的抨击和无情的弹劾，特别是指责乾隆南巡和冤杀名将张广泗，成为当时世人瞩目的重大政治事件。
孙嘉淦在康、雍、乾三朝为官，历任侍郎、尚书、督抚，最高官职为协办大学士。为官期间，以正直能干、敢于直言而闻名，到了晚年在官民中具有相当高的声望。于是出现了以他的名义指责朝政的奏稿。
乾隆十六年（1751年）六月，这份伪奏稿首先出现于贵州。七月初二，云贵总督硕色将情况密报乾隆皇帝，说发现“密禀一纸，词殊不经”，系到云南的过客抄录传播。其所抄传播之词是假托廷臣名目，甚至伪造朱批，大胆诽谤朝廷，内容极为荒诞不经，并将传抄的伪稿一齐呈送给乾隆帝。
乾隆帝闻奏之后，认为这份伪奏稿假托廷臣名目，捏造皇帝批语，纯系大逆恶徒“逞其狂悖”。但是，乾隆皇帝又不愿对这种直接把矛头对准他本人的激烈的指责言辞，公开地进行追查。又因伪奏稿在其他处尚未发现，故追查也完全没必要全面铺开，遂责令步兵统领舒赫德、直隶、山东、山西、河南、湖北、湖南、贵州等省的督抚秘密缉访，勿使有关人等“得有漏网”。