司寨为清军攻占后，滑县成了清军最后要攻取的目标。该地“城坚厚，外砖内土中沙，火炮攻之，遇沙而止”，起义军凭借这些有利条件，顽强地进行了抵抗，使清军“围之数旬不克”。不料清军暗挖地道，内埋炸药，将城墙炸塌二十余丈，趁势涌入。双方在城内巷战。牛亮臣、徐安国劝李文成的妻子张氏妆扮成难民出城，张氏坚定地表示：“城亡与亡，不死非英雄”，并“挥刀巷战，击杀数人”，然后“阖户自缢”。起义军首领宁元成、王道漋、刘宗顺、冯相林等全部死于战斗中，牛亮臣、徐安国等被俘后械送京师被杀害。天理教起义被清军镇压下去。
嘉庆帝整饬吏治
限制进贡
统治阶级过分聚敛财富而激化社会危机是清朝中衰的根源，对此嘉庆帝深有体会，因此他一开始亲政，便从自身做起，下诏限制进贡，希望老百姓能够以此避免官吏的额外剥夺。
嘉庆四年（1799年）正月十五日，嘉庆帝亲政伊始，就总结太上皇禁止进贡珍宝古玩的禁令未得贯彻的原因，认为“只因和珅揽权纳贿”，终造成“屡经禁止，仍未杜绝”的局面，故下诏重申：“试思外省备办玉铜瓷书画插屏挂屏等件，岂皆出自己资。必下而取之州县，而州县又必取之百姓，稍不足数，敲扑随之。以闾阎有限之脂膏，供官吏无穷之朘削，民何以堪。况此等古玩，饥不可食，寒不可衣，直粪土之不若，而以奇货视之可乎？国家百数十年来，升平昌阜，财赋丰盈，内府所存陈设物件，充牣骈罗，现在几于无可收贮之处。且所贡之物，断不胜于大内所藏。即或较胜，朕视之直若粪土也。朕之所宝者，惟在时和年丰，民物康阜，得贤才以分理庶政，方为国家至宝耳。”再有“年节王公大臣督抚等所进如意，取兆吉祥，殊觉无谓。诸臣以为如意，而朕观之转不如意也，亦着一并禁上”。
嘉庆帝的三令五申在朝野上下却没有引起什么反响。就在当年的八月，福州将军庆霖置禁令于不顾，仍然依照旧例进贡。嘉庆帝十分恼火，斥责官场上这种阳奉阴违的习气，多年积累之下已经难以冲破，认为这种机巧逢迎，钻营附势实在祸国害民。他在宣谕中再次进行剖白：“朕如此披诚训谕，而内外臣工，多有不能深信朕者，必欲陷朕好货之名，快其私愤，便其私图，虽系以小人之心，度君子之腹，不足与较，然朕之苦衷，亦不可不宣也。”
庆霖被革职留任，作为后人教训。然而，嘉庆五年（1800年），皇三子上学，肃亲王永锡不识鉴诫，仍预备玉器陈设等物，派肃王府太监，私下转交皇后馆房太监递进。嘉庆帝得悉，下旨严责，令将进呈之物，当面掷还永锡。
嘉庆四年（1799年）正月十九日，嘉庆帝又禁止役使新疆叶尔羌民众采玉，革除了乾隆末年的另一弊政，命令就地抛弃已采玉石，采玉民众首领赏给缎匹，百姓赏给银两。上谕传至叶尔羌，采玉民众兴高采烈，内地的玉价却备受打击，骤降十之七八。
下诏求言
下诏求言是嘉庆帝整饬吏治的又一措施。嘉庆帝亲政之后，即晓谕九卿科道、内外臣工，以及庶民布衣奏事言政，以便疏民隐，理庶政，监督吏治。这种做法值得称道的地方就在于广开言路，放开了对批评的箝制。尹壮图曾因忤逆乾隆帝而遭遣，嘉庆四年（1799年），嘉庆帝将其召回北京，希望直言参政。尹壮图将回到京城，旋即上书奏称：“现今所急者川省军务，尤莫急于各省吏治。吏治见澄清，贼匪自然消灭。贼匪不过癣疥之疾，而吏治实为腹心之患也。以今日外省陋习相沿，几有积重难返之势，惟在亟宜剔刷，破格调剂，庶乎有益，似非徒仗雷霆训谕所能耸其听也。臣以为除弊者不能搜其作弊之由，则弊终不可除。治病者不治其受病之根，则病终无由治。伏查乾隆三十年（1765年）以前，各省属员未尝不奉承上司，上司未尝不取资属员，第觉彼时州县俱有为官之乐，闾阎咸享乐利之福，良由风气淳朴，州县于廉俸之外，各有陋规，尽足敷公私应酬之用。近年以来，风气日趋浮华，人心习成狡诈。属员以夤缘为能，上司以逢迎为喜，踵事增华，夸多斗靡，百弊丛生，科敛竟溢陋规之外，上下通同一气，势不容不交结权贵以作护身之符。此督抚所以竭力趋奉和珅，而官民受困之原委也。”尹壮图官场潦倒，在地方上蛰居了10年，再没有指摘最高统治者的锐气。但是他对问题看得很透彻，视吏治败坏为心腹大患和社会败坏的根源，值得赞赏。大学士王杰可以说是朝廷中头脑最清醒，最奉公守法的大员，他也上疏表达了与尹壮图大体相同的见解，奏请皇帝“追溯旧章”“博访众论”“思至当之方”
改革流弊，肃清驿站，“以杜亏空”“以挽积重之势”。
王杰与尹壮图等在上疏中说的，裁陋规，倡节简，讲求爱民之术，奖擢清廉之员，都是以维护统治阶级的根本利益为宗旨，以保清王朝江山永固为目标的，与嘉庆帝整饬吏治的初衷相统一，故得到褒扬鼓励。翰林院编修洪亮吉上书军机王大臣直言政事，就没有这么好的运气了，洪亮吉奋笔从“风俗则日趋卑下，赏罚则仍不严明，言路则似通未通，吏治则欲肃而未肃”四方面，对嘉庆帝整饬吏治“当一法祖宗初政之勤，而尚未尽法。用人行政，当一改权臣当国之时，而尚未尽改”加以批评。他明说自嘉庆帝四年“三四月以来，视朝稍晏”,而“退朝之后，俳优近习之人，荧惑圣听者不少”，身边唯一没有的就是敢于直言提出意见和建议的人，坦率地陈说，“犯颜极谏，虽非亲臣大臣之事，然不可使国家无严惮之人”，认为现今办事缺乏效率，“处事太缓”,“千百中无一二能上达者，即能上达，未必即能见之施行”，况“以圣天子赫然独断”欲了结一事尚属不易，“事事不得平者，不知凡几”。因此提出“设官以待贤能”，凡召见“必询问人材，询问利弊”，提倡“集思广益之法”,因为即便圣明如“尧舜之主，亦必询四岳，询群牧。盖恐一人之聪明有限，必博收众采，庶无失事”。这一疏稿，浩浩荡荡，针砭时政，切中肯綮，精辟入理，在清代谏章中也属凤毛麟角。但疏稿中“视朝稍晏”、“荧惑圣听”之语，以及重新起用“严惮之人”“犯颜极谏”的建议，被视为“指斥乘舆”，忤逆犯上，部议照大不敬律准备判处他斩决。嘉庆帝虽怒其语戆，仍放其一条生路，将其发配伊犁充军。洪亮吉一心报国，将身家性命置之度外，终因上疏而被惩处。而嘉庆帝亲政之初，大张旗鼓地“诏求直言，下至末吏平民，皆得封章上达”，到头来则自己缺乏贯彻的度量，始倡终弃，自然与预期相去甚远，就连他自己也发现“罪亮吉后，言事者日少”，特别是“于君德民隐休戚相关之实，绝无言者”。
言路虽然“似通而未通”，嘉庆帝下诏求言之举毕竟撬松了清朝由来甚久的思想钳制政策。后来的知识分子更由此找到呼吸的缝隙，“相与指天划地，规天下大计”，清朝万马齐喑的沉闷得以改观。
整饬失败
嘉庆帝整饬吏治的结果，恰似他广开言路的努力，可谓靡不有始，鲜克有终。因此，嘉庆朝的吏治与乾隆末叶相比，好不到哪儿去。官吏串通舞弊，贿赂公行，肆无忌惮。嘉庆十四年（1809年）淮安府报灾办赈，江南总督派候补知县李毓昌查赈。当时，查赈官大多敷衍了事，甚至更敲诈索贿，上下相蒙，亟亟营私。但李毓昌却是个办事认真的人，查出山阳县知县王伸汉捏报户口，浮冒赈款3万两。王伸汉急忙用重金去贿赂李毓昌，遭到拒绝。王又忙请知府王毂出面说情，再次被拒。王伸汉做贼心虚，恐丑事外场，就买通李毓昌的仆人，夜进毒酒，再用布带将李毓昌勒死。次日，知府王毂收受王伸汉白银一千两，草草验尸，以李毓昌自缢上报完结此事。李毓昌的叔父见死者身有血迹，疑点很多，便赴京告状。这一山阳县杀官灭口案真相大白后，嘉庆帝命斩王伸汉，绞王毂，恶仆受极刑。一波方平，一波又起，这年冬天，京城又发生一起大案。三个工部书吏私雕假印，捏造事由向户部三库及内务府广储司领取银两。帑银领取的手续相当严密，先要工部尚书签押，然后通知户部，经过户部大员复查之后，才能领得帑银。但是朝廷大员因循怠玩全不以政务为重，书吏们便串通一气巧为谋划，专趁朝廷大员宴饮谈笑之时，送上文稿。
大员随手画押，有时甚至由幕友代画。这些书吏用这种办法先后领取总计达上千万两之巨的白银。事情败露后，为首3人当即处斩，从者2人秋后处决，余犯7人发往黑龙江为奴。工部、户部尚书因为玩忍职守被降职处分。嘉庆二十四年（1819年），更有兵部失印大案。
自嘉庆帝决心整饬吏治，严格规章制度起，历时20余年，至嘉庆二十五年（1820年），他仍在慨叹“怠惰玩公，积习甚为可恶”，足见求治与整肃根本没有效果。
整治河防与漕运
整顿河防
河防日坏，河患益烈，这是乾隆皇帝扔给嘉庆帝的又一大难题。乾隆晚年，出任河督者大多出于和珅门下，河督一职成了一项肥缺，甚至是先纳贿才得以委任。任职的官员，其精力和着眼点，只是死死地盯着那一笔笔河工巨款，而对治河能否有成效却全不在意，甚至是乐闻水患，借以增加侵吞中饱的机会。
嘉庆元年（1796年）六月，河决丰汛，冲开南运河佘家庄堤，由丰、沛北注金乡、鱼台，漾入微山、昭阳各湖，穿入运河，漫溢两岸，江苏山阳、清河等多处被淹。南河总督兰第锡拟导水入蔺家山坝，引河分达宿迁诸湖，泄水仍入河下注，于漫口西南挑挖旧河，引溜东趋入正河，并绘图上奏。这是嘉庆即位后所接触的第一桩重大河工案，所以特别重视，他指示说：“朕阅图内漫口处所系属东南，而漫水系敷余回溜，转向西北冲开大堤，看来大溜并未掣动，而奏折及图内俱未声说，朕意何不于高家庄坐弯处所，向东开挖引河，引水东注，归入正河。其西北圈堰，仍一面堵闭，使漫水不致淹及金乡、鱼台一带，岂不较易为力。着交苏凌阿、兰第锡将是否如此办理之处，详悉覆奏。”与此同时，嘉庆了解到山东布政使康基田经理河务有年，治河成绩尚着，便派康基田“前赴工所会勘筹办”。
从嘉庆这些指示中可以看出，嘉庆对于治理河务从一即位就非常重视，并非高高在上，闻而不问，而且也多少能看出点门道，还能提出一些自己的意见。更可贵的是嘉庆对于这类关乎国计民生的大事，并不自以为是，个人说了算，而是持虚心的征询态度，对兰第锡如此，对康基田亦如此，很有点乃祖康熙的遗风。
嘉庆之所以如此重视治理河务，其基本出发点是为了“安民”，尽可能地减少社会不安定的因素，如果臣下违背了这一宗旨，嘉庆的态度是非常严厉的。四年六月，新任东河总督吴璥就因此碰了钉子。他上任未久，即奏请增河工料价，归地粮摊征。嘉庆一看到奏章，就气不打一处来，虽然知道吴璥“熟谙河务”，专业素质较好，也没有因此对他偏袒，而是当即严旨切责说：“河工需用物料价值，例有正项开销，岂容轻议加增？！乃该督等以筹备帮价为词，于地粮内按年摊征银十四五万两，使豫省群黎均受其累，为民上者岂忍出此？！虽所称酌添运费，每秸一斤只系五毫，而一经州县吏胥之手，则层层加派，所征必不只此数，且议加之后，不能复减，非暂时借资民力，竟永远累及闾阎矣。”结果，刚上台的吴璥因为违背了“安民”的宗旨，触怒龙颜，很快被交部议处，受到了“革职留任”的处分。
嘉庆八年（1803年）九月十三日，河决豫省封丘衡家楼，这可以说是嘉庆期间河工的一件大事。这次决口来得十分突然，因当时“已过霜降，水落归槽，方期各工巩固”，水势来得非常凶猛，“南岸滩咀逼溜北趋，以致堤根刷陷”，开始时过水30余丈，数日间塌宽竟至500余丈，“势如建瓴，以致掣动大溜，甚为浩瀚”。东北由范县一直到张秋，穿运河东趋盐河，经利津入海。直隶长垣、东平、开州等地都是洪水泛滥成灾。当嘉庆帝接得署东河总督嵇承志的飞报后，非常重视，立即采取了特急措施，委派吏部尚书刘权之、兵部右侍郎那彦成驰赴河南勘办，于一切有关溜势、抢筑、堵口、灾情以及蠲赈的奏报，均破例许以五百里奏闻。事实证明，决口之所以能顺利合龙，与嘉庆帝亲自部署抢修关系重大。
在这段时间里，嘉庆帝几乎全力以赴，监督饬令抢险救灾的相关事宜。他指示山东巡抚铁保亲往查勘运道，一面注意进行抚恤；为确保漕运预为筹划，又指示直隶总督颜检查明河溜所经州县救灾情况，“据实奏闻”；同时指示东河总督嵇承志“相度情形，速备工料，上紧堵筑”，并叮嘱说：“衡工培筑工程，需料繁多，一省今年间有旱蝗，一时难于采买；畿辅地方，秋收丰稔，购办较易。该督当预饬邻近之正定、顺德、广平、大名等属多为预备，一俟豫省需用协济，即可照数解住，着嵇承志、马慧裕通盘核计，随时具奏。”嘉庆帝曾自称是“宵旰系怀，无时或释”，难怪他的部署安排，考虑得如此细致具体。
治理漕运
在认真治理黄河的同时，嘉庆帝还对漕务之弊进行了认真的处理，这主要是围绕漕粮浮收问题展开的。乾隆中期以后，漕政日趋腐败，勒索陋规的问题严重，漕务之弊：一是对农民的敲榨，如收粮时用大斛克扣外，又有如“淋尖”、“踢斛”、“捉猪”、“样盘米”、“贴米”、“水脚费”、“花户费”、“验米费”、“灰印费”、“筛费”、“廒差费”等诸多名目的勒索，“总须二石五六斗当一石”。二是漕务官员肆意贪污，勒索漕规，“每办一漕，额多之州县官立可富有数十万之巨资。”因此人民所受额外剥削极为繁重。
至嘉庆初年，漕粮浮收问题更加严重，有“每石加至数斗及倍收者，所收未至三分之一本色已足，则变而收折色。小民不肯遂交折色，则稽留以花消其食用，呈验以狼藉其颗粒，使之不得不委曲听从。虑上司之参劾也，则馈送之；又屡地方讼棍之控告也，则分饱之”。又承办采买之弊，上司发价既克减于前，纳仓又浮收于后，美其名为出陈易新，核其实则倍出倍入。上司知其然也，领价则多方扣之；吏胥利其然也，交价又从中侵之。当时，“利归州县十二三，利归丁胥差役十七八。每办一漕，以中数言之，门丁、漕书各得万金，书伙以十数，共二三万金，粮差正副三五十人，人二三百金。又一二万金粮书二三百人，人一二百金，又三四万金受规上下诸色人等在外，民膏安得不竭，国课安得不亏！”因此，漕粮浮收问题成为引起江南社会矛盾激化的一个重要原因。
在白莲教大起义的打击下，嘉庆认识到整理势在必行，因而在亲政之初就多次降旨，剔除漕政积弊，令有漕地方督抚“务须督饬所属，留心查察，勿使州县藉端勒索，睃削累民，倘有前项情弊，即行据实严参办理，”“仍敢复蹈前辙，一经发觉，朕惟有执法从事，决不宽贷。”表达了整顿漕政的决心，并在随后采取了多种措施和实际行动。