嘉庆二十年九月，陶澍奉旨巡视江南漕务。陶澍离京后，沿途明察暗访。一个月后，他抵达江苏清江浦。一听说巡漕大臣来了，办理漕政的官吏大都前去拜访送礼。陶澍以旅途劳累为由，一个也不接见，但将礼物全部收下了。10天后，陶澍已掌握了漕官的清廉或贪贿状况，宣布接见所有办漕官吏。升堂后，师爷宣读了送礼官员名单和礼品礼金后，贪官们满头大汗，不敢抬头。宣读完毕后，陶澍一拍惊堂木，针对送礼的官员说：“尔等凭俸禄哪有上千银两送礼，分明是敲诈勒索、贪赃肥己。今日暂不治尔等之罪，但所送财礼全部没收，发回地方作为修建书院经费。”然后，他对全体漕官说：“各处所欠漕粮，限一月之内交割清楚，违者从严惩办。”
一个月后，陶澍再次升堂议事，宣布将所有官员分为三等：凡漕粮任务如期完成，又未送礼的，定为上等，申报朝廷，官升一级；漕粮任务完成好，但送了礼的，记过一次，定为中等，不奖不罚；对两名自认为有后台、称病不理漕务、又有贪贿行为的官员，定为下等，革除官职，强令变卖家产，赔偿历年贪污亏欠的漕银。这样一来，漕务大有起色。
据记载，陶澍巡漕“仅半载而办五百万石之米，为前后十余年所未有”。特别是漕官不敢再贪污勒索，这大大减轻了老百姓的负担。
但漕粮浮收之弊最终没有得到根本性解决，失败的原因是多方面的。尽管嘉庆的出发点很好，采取的措施应该说也系统全面，之所以仍不能杜绝漕粮浮收问题，自然有其制度方面的根本缺陷，这就是漕运制度的不完善或违背价值规律所致。
加强海防，查禁鸦片
防范侵略
嘉庆帝在当政的20多年中，除了着力于内政的整饬和全力扑灭农民起义而外，由于西方资本主义势力的东侵，他也不得不处理棘手的同资本主义国家的关系问题。
嘉庆十年（1805年），英国有4只护货兵船来到了广州，同时还给大清皇帝带来一封英王书信，信中表示英国愿意出兵帮助大清剿除起义军。嘉庆帝对英国的这个举措表现了高度的警惕，对英王文书中的出兵意向，他明智地加以拒绝，表示：“海洋地面，番舶往来，原应内地官兵实力查缉，焉有借助外藩消除奸匪之理？”同时，嘉庆还谕令粤督倭什布严密防范：“护货兵船向来必有湾泊处所，总当循照旧规，勿令任意越进为要。”然后又对即将到任的粤督那彦成，“修明武备，整顿营伍……以慑外夷而靖海疆”。
嘉庆十三年九月，英国又借口帮助澳门葡人抵御法国，将带有炮械火药的兵船4只停泊在香山县属鸡颈洋面。随后这些兵船的300名英国士兵，公然在澳门登陆，占领了澳门东西炮台。后来，英舰见广州毫无准备，竟将兵船驶进澳门，停在黄埔，有一些士兵驾坐着三板船至省城外，总兵黄飞鹏一看有外国士兵乘船靠近，便向那几条船开炮示警，轰毙英兵1名，伤3名，英军被迫陆续撤退。嘉庆帝接到澳门传来的奏报十分重视。为此，他严正声明，葡人与法人互相争杀，是他们之间的事，只要不妨碍我大清国，我们并不过问。但是，无论是中国与外藩都各自有一定疆界，我大清的兵船可从来没远涉外洋，到你们那屯兵驻扎。而你们英国兵船竟敢驶进澳门登岸居住，未免太冒昧了！他还一针见血地说：帮护葡人也好，效力“天朝”也好，统统不过是他们的借口，究其真实动机不过是找机会霸占澳门。他严正警告英国侵略者：“即速撤兵开帆”，“若再有延挨，不遵法度，则不但目前停止开舱，一而即当封禁进澳水路”，“并当调集大兵前来围捕”。同时，他又以五百里特急谕令，命令粤督吴熊光：“边疆重地，外夷竟敢心存觊觎，饰词尝试，不可稍示以弱。”“当密速调派得力将弁，统领水陆官兵，整顿豫备，一有不遵，竟当统兵剿办，不可畏葸姑息，此事于边务夷情，大有关系。”然而粤督吴熊光、粤抚孙玉庭只顾惦记着税收一事，并没把边防重视起来。嘉庆非常生气，传谕申斥粤督吴熊光、粤抚孙玉庭“懦弱不知大体”。他认为，一个国家的边防重地“任令外夷带兵阑入，占据炮台，视为无关紧要，不知有何事大于此事者？”嘉庆帝将严重失职的吴熊光革职，并于十四年三月将其遣戍伊犁，孙玉庭革职罢归。英国侵略者面对戒备森严的广东海防，只好“开帆远去”。
十四年，贸易季节来临时，嘉庆帝指示新任粤督百龄：英吉利“素性强横诡诈”，“于本年该国货船到时，先期留心侦探，如再敢多带夷兵欲图进口，即行调集官兵相机堵剿。”
以上情况表明，嘉庆帝对来自西方的侵略者保持了高度的警惕，实行了坚定明确的抵御政策。
这件事过后，英国护货兵船并没有把嘉庆的警告当回事，仍不遵定制，不仅不停泊外洋，有时甚至将兵船驶至虎门。十九年二月，嘉庆帝令现任粤督蒋攸铦：如果英船再违定制，就向他们开炮。同年，他批准了蒋廷铦提出的防备方案，采取“坚壁清野”的措施，对中外贸易交往作了以下规定：严禁民人私为夷人服役；洋行不得搭盖夷式房屋；铺户不得用夷字店号；清查商欠不得滥保身家浅薄之人承充洋商；不准内地民人私往夷馆。在加强广东方面防备的同时，对居住京师的外国人也加强了管理。当时，在京师充当钦天监监正、监副，以及在内阁充当翻译的外国人计11人。十六年，嘉庆帝饬令其中4人回国，对仍居留京师的7人，采取措施对他们的行动加以限制。这些措施都是在英国兵船屡犯广东之后采取的，因而具有正当的防卫性质。
查禁鸦片
对于外敌入侵，嘉庆帝一直态度鲜明：人不犯我，我不犯人；人若犯我，我必犯人。
对于从乾隆朝以来已逐渐成为社会公害的西洋鸦片流毒，嘉庆帝更是主张严加禁止。他对鸦片流毒造成的危害有清醒的认识。嘉庆十五年（1810年），广宁门巡役查获身藏鸦片烟6盒入城的杨姓烟贩，嘉庆帝严谕指出：“鸦片烟性最酷烈，食此者能骤长精神，恣其所欲，久之遂致戕贼躯命，大为风俗人心之害，本干例禁。该犯杨姓，胆敢携带进城，实属藐法，着即交刑部严审办理”，并要求各部门及粤海关严行稽查。他根据当时“嗜食者颇多，奸商牟利贩卖接踵而来”的严重情况，采取一系列严厉措施加以禁止。
嘉庆十五年三月，为严断鸦片流入京城，除令崇文门税务机构于所属口岸稽查外，他又令“步军统领五城御史于各门禁严密访查，一有缉获，即当按律惩治，并将其烟物毁弃”。为杜弊清源，他命闽、粤督抚“关差查禁”，“毋得视为具文，任其偷漏”。
十六年三月，因湖北巡抚钱楷上疏力陈烟害，嘉庆帝再次指出：“鸦片烟一项，流毒无穷，无赖匪类沉迷癖嗜，刻不可离，至不惜以衣食之资恣为邪癖，非特自甘鸠毒，伐性戕生，而类聚朋从，其踪迹殆不可问，大为人心风俗之害。”并要求各海关严加禁遏，一旦案发，“失察卖放之监督及委员吏役人等一并惩办不贷”。
十八年七月，他“申禁私贩鸦片烟，定官民服食者罪”。
二十年春天，两广总督蒋攸铦和广东巡抚董教增联合建议制定《查禁鸦片烟条规》：西洋商船到港待检查确无鸦片后，始准卸货；减免官员以往失察的处分，以免瞻顾；该管官查获邻境兴贩首犯及鸦片烟应按量议叙，200斤纪录一次，1000斤加一级，5000斤以上准送部引见，军民人等查获100斤以上赏银10两，以次递加，赏银由失察地方官赔交；有徇情故纵者立即拿问，兵差诬拿者以诬良治罪。嘉庆批准了这一章程，并降谕旨指出：“鸦片烟流毒甚炽，当向该夷人等明白晓谕，断不准销售。嗣后夷船到澳，均须逐船查验，如一船带有鸦片，即将此一船货物全行驳回，不准贸易；若各船皆带有鸦片，亦必将各船货物全行驳回，俱不准其贸易，原船即逐回本国。”此后在禁烟杜源方面有较大的进展，粤省陆续查获一些烟案。
嘉庆帝对鸦片的严厉禁止，在当时对抑制鸦片的泛滥起到了一定的作用，对道光朝的禁烟运动也产生了深远的影响。可惜的是，大批朝臣官员们在吸食鸦片中欺上瞒下，一边禁毒一边吸毒，禁烟运动就成为“贼喊捉贼”的官场游戏。
除禁烟外，嘉庆对外商偷运白银出洋问题亦高度重视。十九年，苏勒额奏称：洋商每年将内地足色银两私运出洋，复将低潮洋钱运进中国，任意欺蒙商贾，以致内地银两渐形短绌，请严加禁止白银出洋。嘉庆帝认识到，若将内地银两每年偷运出洋百数十万，岁积月累，于国计民生均有关系，命令粤督立即查明每年洋商偷运白银出洋的实数，订立章程，严密禁止。
嘉庆朝的保守政策
严行矿禁
中国自古东临太平洋，北接荒芜人烟的西伯利亚，西北是塔克拉玛干大沙漠，西南为喜马拉雅山，在这样一个封闭的环境之内生存，养成了国人含蓄内敛、保守中庸、消极忍耐的农耕性格。故历朝封建政府皆重农抑商，重伦理文采，轻科技实用，拒绝蓬勃的商业发展。
嘉庆自然也不例外。他对待开矿，一开始就摆出了极其严峻的态势，因为他害怕“滋生事端”。嘉庆亲政后第一次接触有关矿业问题是在嘉庆四年（1799年）三月，两广总督吉庆针对民间私采生铜一事上奏疏称：“广东采挖黎地石碌铜斤，试办一年，额已短缺，且该处滨海临洋，多人前采，恐致滋生事端，似应亟行停止。其省局鼓铸，仍请运用滇铜。”
他立即批复说：“所办甚妥，所见极是。仍用滇铜，不必开采。”嘉庆批复的文字虽然不多，但观点鲜明，态度也很坚决。广东省在乾隆初年获得开发矿业的权利，原本来之不易，因为这是当时两广总督鄂弥达会同巡抚杨永斌，带头向顽固守旧的禁矿派发起了猛烈冲击的结果，这在我国矿业史上有“鄂氏三疏”之称，从而使广东成为继云南之后经廷议获准全面开发矿业的省份。可是嘉庆刚亲政，便将这一可喜的势头压下去了。自此以后，嘉庆便在矿业政策上不断倒退，变得愈来愈顽固和僵化。
嘉庆十四年八月，直隶提督薛大烈等查获民人路成章私运大批生铜，据称系购自八沟那个地方，本来打算运到京城里去卖掉的。此事居然也惊动了日理万机的嘉庆，竟将此列为要案，亲自进行处理。他立即指示薛大烈即日赶赴八沟，尽快查明该地是否确有铜矿，是否有人违禁私挖，抑或是贩自别地。薛大烈倒也聪明，他很快就联想到嘉庆六年平泉州四道沟曾呈请开采铜矿而未获准之事，随即查实这批私运生铜确实是从四道沟私挖之矿所得。薛大烈马上又跑到四道沟，将私采铜砂的徐振等人拿获归案。嘉庆听说薛大烈查明白了，竟像打了胜仗一样高兴，一面赞扬薛大烈“能于多年旧案记忆明确，办理不致费手，尚属能事”，命交部议叙，参与查缉有功的李学周等人，亦命优先升补；另一方面对缉获各“犯”，命解赴热河，交军机大臣会同行在刑部审拟具奏，对在逃各犯，着热河道等严缉归案审办。此案从发现至审结，嘉庆一抓到底，突出地体现了一个“严”字。
另外，嘉庆不仅对金、银、铜、铅等金属矿禁得很严，就连日常生活及鼓铸冶炼所必需的煤矿，也屡谕禁采，即使是小规模的开采，亦不予允准。嘉庆十一年（1806年）十一月，科布多参赞大臣恒伯奏称：洪果尔托洛海山产煤甚旺，民人内有情愿前往挖取者，请旨限以30人前往开采。嘉庆则立即批驳说：“所奏非是。口外蒙古地方，向无开挖煤窑之例。洪果尔托洛海山在扎哈沁牧界以北，伊等平日虽不在彼住牧，如准民人挖煤，相沿日久，民人积众，难免不滋生事端。所奏不准行，并着申饬。”对于旗人申请采煤，嘉庆从宽裕旗人生计出发，虽曾网开一面，有所宽容，但仍有诸多限制。
嘉庆推行这种消极倒退的禁矿政策，在廷臣中并非无人反对，只不过是人数较少，又不敢与他正面冲突罢了。
禁止流民出关