逮漕船过淮，又有积歇摊派吏书陋规，投文过堂种种费用。总计每帮漕要花费五六百金或高达上千金不等。此过淮之苦也。”运军运弁固然在受兑前后刁制州县办漕人员，遭百姓切齿，但他们同样处在重重压迫之中，不过日久自有应付之策而已。运军在开运时，多带南货（后来甚至明文规定可带货物的数量）,到通州后售卖，并且在回运时偷贩私盐借以牟利。可惜，没有持续多久，乾隆五十年（1785年）后，黄河屡次泛滥，运河河床愈益淤浅，“漕臣虑船重难行，严禁运丁多带货物，于是各丁谋生之计日绌矣。运道既浅，反增添夫拨浅之费，每过紧要闸坝，牵挽动须数百人，道途漫长，限期急迫，丁力又有诸多不利因素，实由于此”。正因为漕运关系到京师供应和军粮开销，一向被朝廷视为头等大事，但时间一长，不免又会生出许多弊端，及至嘉道年间，更成为清朝一个令人头痛的隐患，同时，也被强调实务、关心国计民生的封建官员和知识分子所关注。嘉庆朝，就曾因洪泽湖决口，运河水位下降而导致浅涸无法行船，故有人建议改从海上运输，但并未付诸实施。道光四年（1824年），南河黄水突然上涨，漫出堤堰，从高邮、宝应到清江浦，河道变浅受阻，运输艰难，又有人提出改海运的建议。道光帝命两江总督、漕运总督就所辖地方筹议。地方大员惮于更张，仍旧坚持引黄济运和盘坝接运的老办法，致使白白花费了120万两帑银，无济于事。道光帝十分焦虑，降调处分了两江总督等多人，派琦善为两江总督，陶澍为江苏巡抚，再次议海运办法。
这时，协办大学士、户部尚书英和也主张实行海运。他提出“治道久则穷，穷则必变。
河道既阻，重运中停，河漕不能兼顾，惟有暂停河运以治河，雇募海船以利运，虽一时之权宜，实目前之急务”。英和的建议受到道光帝的嘉许，于是，朝廷和地方共同筹划海运。
陶澍等人在上海设立海运总局，由江苏布政使贺长龄亲驻海口筹备监督。天津也有分局，由理藩院尚书穆彰阿率领仓场侍郎驻天津，验收漕米，并进行监督，以免有人趁机勒索。
道光六年（1826年）正月，漕米依次运抵上海受兑，之后交由沙船千余艘，分批开行，不到十天就到达天津。穆彰阿等负责验收米色，莹洁远过漕运。此次海运共运正耗各色米163.3余石，当年六月便全部结束。曾参预筹划和实施海运的魏源曾经评价这次海运的情况，他说：“是役也，其优于元代海运者有三因：曰因海用海，因商用商，因舟用舟。”“其优于河运者有四利：利国、利民、利官、利商”“国便、民便、商便、河便、漕便，于古未有”。
海运虽然颇有成效，但这种违反祖制的行为毕竟不易被接受。道光七年（1837年），运河畅通，朝廷又下令恢复了漕运。
盐政
盐政事关国课，一向为统治者所看重。嘉道以来，盐政败坏，官私费用繁多，麋集于盐务机构的大小官吏及窝商胥役中饱私囊，造成盐价昂贵，官盐滞销，私盐畅行，盐课收入明显减少。本来，两淮每年应行盐纲160余万引，而道光十年（1830年），淮南仅销50万引，累计亏盐税5700万两白银。淮北销20万引，累计亏盐税600万两。陶澍上疏，称两淮盐务，一直以来凋弊腐败，已经呈现出决裂的势头，整顿盐政显然是必须提到日程上来了。
整顿盐政由两淮大盐贩黄玉林案所触发。道光十年（1830年），有人向道光帝密陈黄玉林横行不法。黄玉林是福建人，为淮盐走私巨枭。据举报人称，黄玉林目中无人，十分嚣张，他以仪征老虎颈水次为汇聚运筹的根据地，以湖北阳逻、江西兰溪为屯私发卖的场所，干起贩盐勾当，“大者沙船载数千石，三两连樯，由海入江。小者猫船载百石，百十成帮，由场河入瓜口，器械林立，舳舻转动，长江千里呼吸相通”。他还贿赂各处关隘巡役，在大小衙门俱有耳目，随意出入长江各口岸，俨然为当地一霸。另外，黄玉林对于他的党徒，立有约束，只准私贩，不许劫盗客商，以此换取人心。道光帝接此密报，惊呼“江南为腹心之地，此等巨枭，肆行无忌，地方官竟毫无闻见。若恐查拿激变，不及早翦除，相率容隐，是不第为害盐务，且日久养疽贻患，必致酿成它患”。命令两江总督蒋攸铦“不动声色，密速掩捕。”不料，蒋攸铦竟以黄玉林“赴官自首，情愿效力赎罪”上报朝廷。道光帝因蒋攸铦处理不当，借口身患疾病撤了他的职，提升陶澍署两江总督。道光帝勉励陶澍说：看你为人爽直、勇敢，所以提拔你为两江总督，你应当肩负起重任，不负众望，不要避嫌，不要害怕吃苦，其他就不多说了。又嘱陶澍“河工盐务，均系兼辖，尤当实力讲求，破除一切积习，渐复旧规。曰：怎样做才能达到那种效果呢。曰：在得人。毋忽!毋忽!”
陶澍上任后，雷厉风行，整顿盐政，他先遵道光帝旨意处决了黄玉林，并陈奏了两淮盐枭的真实情况，有“回匪”“侉匪”和“非匪而暗地夹私者”“而盐枭麇集”“其弊一由成本渐积成多，一由藉官行私过甚，惟有大减浮费，节止流摊，听商散售，庶销畅价平，私盐自靖”。
道光帝很重视陶澍的陈奏，派大学士王鼎前往两江地区，与陶澍共同筹划盐务政事。
陶澍和王鼎共同拟定了15条章程向道光帝报告。王鼎又提出裁撤两淮盐政，将盐务划归两江总督管理，以减少机构重叠，政出多门的弊端。道光帝同意王鼎的建议。
从此，陶澍整顿漕粮海运之后，又实际领导了道光时期的又一次重大改革。陶澍的改革盐政即为改行盐票。改行盐票分两步走，第一步为肃清盐政。陶澍认为售盐的国家专利被地方盐商窃取，利权由上转移到下，恐怕豪强之徒据此得利，患祸比私枭还严重。他率先作出“缴还盐政养廉五千两，裁减衙门陋规十六万两有余”，又将“淮南之窝价，淮北之坝杠，两淮之岸费，分别减除，岁计数百万两，分别设立两库，内库和外库，有着不同的用途，正款贮内库，杂项贮外库，杜绝挪垫，革总商以除把持，散轮规以免淹滞，禁粮船回空带芦盐及商船借官行私。令行禁止，弊肃风清”。第二步，陶澍认识到盐在流通中有一定的规律，拟定盐票法，先在淮北一些地区试行。盐票上有斤数、运地的注明，盐商持票贩盐，先按规定赴场买盐，分销指定口岸，此举裁去了种种需索陋规。陶澍还在紧要关卡设置人员进行检察，查禁干扰正常贸易的地痞流氓。
盐票法试行后，盐的成本降低了，盐的质量也能保持纯净了，私贩无利可图，便改领盐票。这样，国家财政收入有了好转，盐枭也受到了很大打击。不久，整个淮北地区都改行盐票法。自从淮北改行盐票之后，盐政有了很大改观。道光十年至道光十七年（1830～1837年），两淮完成盐课4640万两，库贮实存300余万两。
陶澍晚年又在淮南推广盐票法，不幸中途病故，盐票法未能坚持推广下去，“然天下皆知盐票减价敌私，为正本清源之计”，各地纷纷效仿。后来，由于连年战乱，盐票法一度中止。至曾国藩整顿江南财政，盛称“淮北盐票立法本善”，并参照陶澍旧规，重申盐票制度，立《淮盐西岸认运章程》。可见，盐票法直至晚清，仍然有可取之处。
河工
清代治理黄河沿用以保漕为主的办法，即所谓的“束水攻沙”。淮扬运道的咽喉地带清口上下河段，处在要害地段，是沿河的中心问题，需要全力修治。康、雍、乾三朝黄河虽然不断决口，但旋决旋堵，两岸堤坝渐趋完整，中国传统的治河理论和技术亦有所发展。
乾隆后期，黄河泥沙淤积，河底连年垫高，旧方法已不能解决问题，黄河形势渐趋恶化。
嘉道时期，黄河日趋梗阻，河防日渐松弛，连年决口，泛滥成灾。嘉庆帝为此焦虑不堪，在御园旁修建河祠，岁时祈祷，末年又加河神金龙四大王、黄大王、朱大王封号。及至道光帝，已认识到要想根治黄河，必须另外寻找新的方法，他说：“朕思黄河受病已久，当此极弊之时，仅拘成法，加高堤堰，一时断难遽收成效，自应改弦更张，因势利导……所谓穷则变，变则通矣。”而这种认识，是很多人的共识，时任东河总督的张井即说：“今日治河，可谓穷矣，即使不以人力变之，河亦必将自变。”道光帝的想法与臣下不谋而合。但是，治河又不同于改海运与行盐票，可以在局部地区专责成，试举行。黄河横贯中国大陆，穿越九省，稍有更张，便如同牵一发而动全身，必须顾全大局。嘉道两帝固非昏庸之君，但他们的个人气质、魄力，以及清朝当时的国情及其地主阶级务实派的能力，都决定了当时根本不具备统筹安排、全面治理黄河的可能性。
嘉庆年间，清廷关于治河的策略，众说纷纭，朝廷上下没有一个统一的看法。治河的关键何在？人们的认识很不一致。嘉庆十年（1805年），两江总督铁保曾说：“河防之病，有谓海口不利者，有谓洪湖淤垫者，有谓河身高仰者。这三种说法先不要考虑，惟宜专力于清口，大修各闸坝，借湖水刷沙而河治。”仅据铁保的这段议论，就有4种不同的认识：
有的人认为海口是治河的关键，主张在黄河入海口筑堤束水，人工改道。有的人认为黄河泛滥的主要原因在于洪泽湖淤垫，主张挑挖清口与洪泽湖之间的引河。有的人认为治理黄河关键在于整治河身高仰的问题，主张以堤束水，以水攻沙。有的人认为清口是关键，主张保守五坝，蓄清刷黄。
这些主张各执一端，虽有一定道理，但也有局限性。庙堂之上争论不休，导致治河政策变更不已，始终提不出系统的治理方案，亦无法采取有效的治理措施。
朝廷河政混乱，亦表现在官员更换快、在任时间短上。自雍正七年（1729年），治河官员实行分段治理的形式，江苏境内黄河由江南河道总督（简称南河总督）负责，河南、山东境内黄河由河南山东河道总督（简称东河总督）负责。这样做，意在加强管理，却导致黄河治理处于分散状态，没有统一领导，组织松懈。而嘉道时期河道总督交替频仍，则是另一弊病。嘉庆朝共25年，南河总督便换了12任，东河总督换了18任，河道总督每一两年更换一次，有时甚至一年三易其人。朝廷政令朝出夕改，河臣走马灯般的更换，河政败坏，一天比一天严重。
道光时期，河政更加衰败。河工素称舞弊的渊薮。河务人员视河工为升官发财之阶，不但不担心黄河泛滥，反而希望黄河出事。当时，河工有岁修、抢修、另案。所谓岁修，就是每年例行的修葺。所谓抢修，就是由于河工出现险情，必须进行抢救修补的工程。所谓另案，就是始料未及的新情况，必须另案提请办理的工程。因为抢修时，物料大多抛在水里，被水冲走，难以稽核，可以任意报销，又可以邀功请赏，故河员多以抢修另案为幸事。所以当时的情况是，政治、河工、灾情形成连锁反应。而有识之士改革黄河秕政的任何主张，都会受到人为的抵制和破坏。魏源曾经评价此事，说：“南河东河数百十冗员，数百万冗费，数百年巢窟，一朝扫荡，故簧鼓箕张、恐喝挟制，使人口詟而不敢议。”关系国家利害，需要治理的不只是这一条河，而应当治理而没有治理的，也不只是这一条河。
道光朝，治河还未找到切实可行的办法。其治河方法仍然是加固南河两岸大堤，堤为石筑，高出盛涨水痕四五尺，堤顶宽一丈五尺至二丈，险要处还要设法拓宽。固堤工程于道光三年（1823年）五月完成，第二年十二月黄河发水，冲毁石堤11000万余丈，两江总督及南河总督均因此受到严惩。事后，东河总督张井总结道：“自来当秋伏大汛，河员皆仓皇奔走，救护不遑。及至水落，则以现在可保无虞，不再探求疏通河身的良策，渐至清水不能畅出，河底日高，堤身递增，城廓居民，尽在水底之下，惟仗岁积金钱，抬河于最高之处。”然而，张井也没有合适的措施和方法。山东巡抚琦善提出“改海口以减黄，抛护石坡以蓄清”。朝廷以为改海口是大事，应当长远考虑，不能只顾眼前，因此，治河仍然遵循旧制，以增培堤堰坝戗为主。这些方法只能治标，不能治本，不能解决黄河河身不断增高的问题，黄河问题依然没有得到彻底解决。
黄河旋决旋堵，旋堵旋决，朝廷无计可施。有时举措又大不利，如治河所用防御洪水冲击的物料，从汉朝起就有石、木、竹、草等多种，可到了清朝中期，却习惯用粱秸和谷子杆等，草料易腐，要年年加壤，又由于材料脆弱不坚固，多需抢修。嘉庆末年，南河河道总督黎世序用碎石坦坡，却受到有些人的恶意中伤。又如道光十五年（1835年），东河总督栗毓美改用抛砖法，于黄河一条支河险要处抛砖成坝，不久风雨大至，支河首尾决口数十丈，而抛砖堤坝却安然如故。后来，栗毓美经多方验证，达到良好的效果。当时，每方石价可购两方砖，于是，河工改用抛砖，令沿河居民设窑烧砖，于公于私都比较方便。这一方法实行数年，节省帑金300万，并有效地加强了河堤防御洪水冲刷的能力。没想到，这一颇有成效的做法却引来一些人的反对。朝廷竟惑于浮言，以溜深直则砖不可持，下令停止抛砖法。栗毓美据亲身实践，深知抛砖法优越，坚持己见，并于道光十九年（1839年）以砖工得力省费上奏朝廷。没想到最高统治者对抛砖法也不抱很大信任，仅同意在北岸、南岸各两处堤坝购砖备用。栗毓美任河道总督5年，黄河南段5年无大灾。他还利用有限的时间编成了《栗恭勤公砖坝成案》一书，详细记载了创用砖工的经过及具体办法。后来道光帝发现栗毓美实在是一个在治河方面不可多得的人才，遂特谕河南巡抚遇事不要横加阻拦。可惜，这时栗毓美病重，不能再为河工出力，不久便病逝了。魏源曾论及此事，称“若黎襄勤之石工，栗恭勤之砖工，即已有‘靡费罪小，节省罪大’之谤”。他感叹黎世序、栗毓美之治河，河员担心得不到利益，纷纷阻碍，害怕大事的大臣不愿承担责任，一定会究小节，纷纷阻碍。一人倡议，众人反对，还未兴天下大利，自身就犯下了天下大忌，治河怎么能获得成功呢？
道光时另一治河的大臣是王鼎。然而他的突出业绩也仅限于堵口抢险。道光二十一年（1841年），黄河在祥符决口，朝廷命王鼎以大学士身份兼河道总督，负责堵口抢险事务。
他亲临现场，监督夫役日夜施工，花费帑金600万，至第二年二月将决口堵上。可是，这时的黄河已是堵住南边，不能保证北边不溃堤，堵住下部，不能保证上部不溃堤，今年堵住了，不能保证第二年不溃堤。下游河道更是愈决愈淤，愈淤愈决。几个月后，黄河又在桃源决口，溜穿运河下注，正河断流。可见，道光朝的治河已经是心有余而力不足了。
在道光年间三大重要政务中，漕运和盐务改革，因上有道光帝支持，下有能干的官吏支持，原有的管理衙门或被主事大臣直接越过（如另组班子搞海运），或经过整顿（如淮北行盐票时权事归一之举），改革因此能够顺利实施。而河务却因障碍重重，积弊至深，终究没有好的结果。