从安顺场到泸定桥有300多里路程，红军冒着大雨，在大渡河两岸的悬崖陡壁上的羊肠小路疾进。朱德和战士们一样艰难跋涉，同时随时掌握进军情况，不断发出新的指令。先头部队红四团接到朱德的命令后，一昼夜急行军240里，在29日拂晓赶到泸定桥，抢占了铁索桥。
朱德来到泸定桥头，了解到前面过桥部队因为马匹不敢上桥，过得太慢，立即命令：马不敢上桥就把马眼睛蒙上拉过去，踩坏的桥板及时铺好，以免影响别人过桥！
红军胜利地通过了大渡河，蒋介石要红军重演石达开全军覆灭历史悲剧的妄想破灭了。
1935年6月，中央红军翻过终年积雪的夹金山，在山下懋功一带和由川陕根据地转战到此的红四方面军胜利会师。25日，在两河口举行庆祝会师大会，朱德热情地称赞了红四方面军屡挫强敌、发展壮大的英勇业绩，但张国焘在讲话中却流露出同中央北上方针相左的意向，从而给两军会师后的欢乐投下阴影。
第二天，中共中央政治局在两河口举行扩大会议，通过“决议”决定战略方针是集中主力向北，在运动战中大量消灭敌人。首先取得甘肃南部，以创造川陕甘苏区根据地。会后，朱德曾诚恳地同张国焘彻夜长谈，希望由第四方面军去占领松潘地区，打开北上道路，但张国焘认为松潘之敌强大，推诿拒绝了这个建议。
两河口会议后，朱德按“松潘战役计划”，率一方面军向北推进，接连翻过梦笔山、长坂山、打鼓山、拖罗岗等几座雪山，先头部队于7月16日攻占了靠近松潘的毛儿盖。
可是，在一方面军出发后，张国焘却拖延指挥四方面军北上。原来他在两河口看到一方面军兵力比四方面军少得多，个人野心膨胀起来。他唆使他的追随者以“解决统一指挥的组织问题”为借口，致电中央要求改组中央军委和红军总部，由张国焘担任中央军委主席并给以“独断决行”的权力，企图将红军置于他的控制之下。
为了维持两大主力红军的团结，中央政治局7月18日在芦花开会，接受周恩来的提议，将由他担任的红军总政委职务改由张国焘担任。同时，中央军委发出通知，仍以中革军委主席朱德兼总司令，任命张国焘为总政治委员，并规定一、四方面军会师后，一切军队均由中国工农红军总司令、总政委直接统率指挥。
但张国焘却心怀叵测，暗地进行反中央的活动。为了维护革命队伍团结的大局，朱德同四方面军指战员接触时，总是多讲他们的长处，多说鼓励的话，并推心置腹，以诚相待，因而受到四方面军指战员的拥戴。
8月初，在毛儿盖中革军委决定北进夏河等地，争取在洮河流域消灭阻敌，进入甘南。为此，将一、四方面军混合编为左、右两路军：左路军辖五、九、三十一、三十二、三十三军，由红军总部率领，奔阿坝，再北进夏河；右路军辖一、三、四、三十军，由党中央和前敌总指挥部率领，奔包座、班佑，再向夏河前进。
中央政治局还在离毛儿盖不远的沙窝开会，作出决议，重申北上抗日、创建川陕甘革命根据地的方针是正确的，而加强一、四方面军的团结则是实现这个方针的基本条件。
会后，朱德和红军总参谋长刘伯承率总部赴左路军集结地卓克基。朱德将和张国焘一起共事，他深知“这不是一件容易的事”。朱德在党内与同志之间一向宽宏大度，谦逊礼让，而张国焘一贯是妄自尊大，专擅用权。他在红军总部中竭力排斥朱德和刘伯承，以个人意志挟持总部领导，进而发展到同党中央对抗。
两路军分开后，党中央来电，准备改变原定主力在阿坝会合北上的方案，提出应“以主力从班佑向夏河急进”，“一、四方面军主力宜走右路”。但张国焘坚持西出阿坝，甚至主张深入到青海、宁夏、新疆。在这种情况下，中央政治局8月20日在毛儿盖再次开会，会议指出：企图使红军“主力西渡黄河、深入青、宁、新僻地是不适当的，是极不利的”，是“危险的退却方针”，因为它将适应敌人想把红军赶到人烟稀少的西部边陲地域的需要，会议决定要左路军向右路军靠拢。
8月底，党中央和右路军经过草地，到达包座、班佑地区，等候左路军前来会合。在党中央一再催促下，抵达阿坝的左路军才向东进入草地，向班佑前进。在草地艰难跋涉的第三天，一条南北流向的噶曲河挡住了前进的道路。由于刚刚下过一场暴雨，河水上涨，这使本不愿向右路军靠拢的张国焘找到了借口。他不经朱德同意，以“朱、张”名义致电中央，说噶曲河涨水，“不能徒涉和架桥”，“茫茫草地，前进不能，坐待自毙”，“决于明晨分三天全部赶回阿坝”，还提出要右路军撤向松潘。
朱德坚持执行中央意见，为了弄清噶曲河涨水情况，他亲自到河边，派警卫员去探测河水深浅。警卫员骑马过河又返了回来，证明队伍是完全可以通过的。朱德更坚持左路军过河向班佑前进，为此，同张国焘进行了激烈的争论。张国焘不顾朱德、刘伯承的意见，专断下令要左路军返回阿坝，并密电陈昌浩要右路军南下，企图分裂红军危害中央。9月10日凌晨，中央得知这一情况，为贯彻北上方针，避免红军内部可能发生的冲突，果断地决定率一、三军先行北上。11日抵俄界后，又致电张国焘，指示他立刻“率左路军向班佑、巴西开进，不得违误”。张国焘无视中央命令，又致电一、三军领导人，声称“一、三军单独东出，将成无止境的逃跑，将来真悔之无及”，要一、三军“南下首先赤化四川”。朱德断然拒绝在电报上署名。
两大红军主力在会合整整3个月后，被迫分离。对此，朱德心情十分沉重。他从大局出发，毅然决定留在这支队伍里，把它带回到党的正确路线上来。
张国焘回到阿坝，立刻大造反对党中央的舆论，并开始了围攻朱德。他唆使追随者同朱德谈话，要朱写反对中央北上的文章，朱德不答应。张国焘又在阿坝一个喇嘛寺召开会议，在会上攻击党中央北上是“逃跑主义”，鼓吹“南下”才是“进攻路线”。一些人跟着起哄，要朱德当众表态“同毛泽东向北逃跑的错误划清界限”，“反对北上、拥护南下”，朱德对他们不予理睬。
张国焘没有在阿坝会议上使朱德、刘伯承屈服，就又以各种名义开大大小小的会，一面不断地攻击党中央，一面给朱德施加压力，他的追随者甚至谩骂朱德是“老糊涂”、“老右倾”、“老顽固”。朱德很沉着，任他们怎么斗，怎么骂，总是不为所动，一言不发，有时干脆不去参加会议。
10月初，红四方面军南下到了卓木碉。张国焘在这里开会，继续散布攻击党中央的舆论，公然宣布另立以他为首的“临时中央”，并胁迫朱德表态，要朱德和毛泽东“划清界限”。朱德说：天下红军是一家。中国工农红军在党的统一领导下，是个整体。大家都知道，我们这个“朱毛”，在一起好多年，全国全世界都闻名。要我这个“朱”去反“毛”，我可做不到呀！不论发生多大的事，都是红军内部的问题，大家要冷静，要找出解决办法来，可不能叫蒋介石看我们的热闹。
张国焘为了扩大他“伪中央”的声威，宣布朱德为“中央委员”、“中央政治局委员”、“中央书记处书记”。朱德严正表示：你不能另起炉灶，你的作法我不赞成，我要接受党中央的领导，不能当你封的那个委员、这个委员。“我按党员规矩，保留意见，以个人名义做革命工作。”
长征到达陕北后的毛泽东、朱德、周恩来、秦邦宪。卓木碉会议后，朱德处境更加艰难。他和刘伯承住在一起，像被软禁了一样，他们不得不做万一不测的准备。
张国焘知道朱德和刘伯承在红军中享有极高的威望，终于未敢对他们采取极端手段。不久，刘伯承被调到红军大学工作，实际上解除了他的总参谋长职务。朱德被派到前方部队去，这使他有了接触部队的机会。
这时，蒋介石和四川军阀唯恐川西有失，成都难保，调集了80多个团20余万兵力阻挡红军。11月中旬，红军在攻占邛崃、名山之间的重镇百丈之后，遭到敌十几个旅的猛烈反扑，红军指战员浴血鏖战，与敌相持了7个昼夜，终因众寡悬殊，被迫撤出百丈。
11月，百丈之役失利后，南下红军被迫由进攻转为防御。严冬到来，部队棉衣无着，口粮不继，而防线不断被敌突破，处境日趋艰难。四方面军由南下时的8万人，锐减到4万人。挫折和失败使广大指战员认识到，张国焘的南下方针是错误的，这对朱德同张国焘的斗争是个转机。
1936年1月，中共驻共产国际代表团成员张浩(即林育英，1935年11月由苏联回陕北）致电张国焘，说明“共产国际完全同意中国党中央的政治路线”，认为“中央红军的万里长征是胜利了”。但没有承认张国焘自立的“中央”，而要他成立西南局，这对张国焘的分裂主义不啻是当头一棒，跟张国焘跑的人也表示要服从共产国际的决定。张国焘孤立了，朱德和刘伯承趁机做工作，要他取消自立的中央，服从党中央领导。
到了2月，战局的发展对红军更加不利。朱德和徐向前认为不能再继续同敌人拼消耗了，提出放弃建立川康边根据地的计划，转移到康北的炉霍、道孚一带休整部队，准备北上，与二、六军团汇合。
6月6月张国焘宣布取消伪“中央”，成立西北局，这标志张国焘的分裂活动终告破产。
7月1日，红二、六军团齐集甘孜，同红四方面军胜利会师。朱德讲话指出：我们要继续北上，要北上就必须团结一致，不搞好团结是不行的。在我们前进的道路上，还有人烟稀少的草地，我们要有充分准备，克服一切困难。会师后，根据中央军委命令，红二、六军团合编为红军第二方面军，贺龙任总指挥，任弼时任政委。
在甘孜，朱德主持召开由二、四两方面军领导人参加的会议，为“速出甘南”作出部署：四方面军分左、中、右三路纵队北上，二方面军稍事休整后分成两个梯队随左路跟进。根据朱德建议，会议决定任弼时随红军总部行动，刘伯承随二方面军行动。这是朱德经过认真考虑而做出的安排：任弼时是老资格的政治局委员，原则性强，随总部行动，可加强同张国焘斗争的力量；刘伯承随二方面军行动，可摆脱张国焘的控制，从另一个方面对张国焘起制约作用。
9月初，蒋介石在平息“两广事变”后，为阻止红军三大主力的会合，调胡宗南部由湖南兼程北进，企图抢占西兰大道，隔断红军会合的通路。据此敌情，朱德等在9月13日致电中央，提出“一、四方面军乘胡敌在西北公路上运动之时机，协同消灭其一部，二、四方面军尽力阻止和迟滞胡敌西进”的作战建议。毛泽东等同日回电要四方面军迅速以主力占领界石铺为中心之隆、静、会、定段公路及其附近地区，以二、四方面军为主力对东敌作战。此后接连四天，毛泽东等天天来电，通报敌情，要四方面军迅速北出至隆、静大道，进占界石铺及以西地段，否则将被敌截堵隔断，并说明一方面军已派第一师向隆、静大道北侧运动加以策应。
军机紧迫，朱德很焦急，他不断找张国焘、陈昌浩等商量四方面军行动问题，力主按中央要求迅速北上至隆、静大道。可是张国焘见一方面军抽不出更多兵力与四方面军共同夹击胡敌，将以四方面军为主迎敌，十分畏惧，便心生鬼胎，主张西渡黄河进入甘肃西北部。朱德先说服了陈昌浩同意北进实现同一方面军的会合，他们一起同张国焘的逃跑主义倾向展开斗争。
当时红军总部在岷州三十里铺开西北局会议，从9月16日开始连开了3天。每天会上，朱德都同张国焘争论红军行动方向问题，陈昌浩站在朱德一边，双方总是争论到深夜。会议开到第三天，张国焘以宣布辞职（他是西北局书记）相威胁。朱德气愤地说：“他不干我干！”找来作战参谋，挂起地图，着手制订部队行动计划。当天黄昏，张国焘又派人来通知继续开会，由于参加会议的多数人都同意朱德的主张，张国焘只得服从多数人意见，同意北上。
9月18日晚，朱德和张国焘、陈昌浩联名向在漳县的四方面军前敌总指挥部发布《通（渭）庄（浪）静（宁）会（宁）战役纲领》，决定四方面军立即北进，相机占领静、会及通、定西大道，以与一方面军会合为目的。同日，将这一作战计划电告中央。
可是，张国焘并不是真心同意这个决定。岷州会议一开完，他就赶到漳县的四方面军前敌总指挥部，向没有参加会议的前方负责人片面宣传他西渡黄河的主张，又提出一套西渡黄河、抢占永登、红城子作立足点的方案，并且不经朱德同意，命令部队停止北进，掉头向西。他还阴险地密令红军总部通讯部门所有未经他签字的电报一定不准发出，企图切断朱德同党中央和各方面的联系。
朱德得知张国焘擅自改变岷州会议决定，变北上为西进的情况，十分气愤，他认识到，这是关系到红军前途命运的大问题。他考虑了一夜，在9月22日凌晨2点致电张国焘等，表示对突然改变计划“不胜诧异”，“深为可虑”，指出“静会战役各方面均表赞同，陕北和二方面军也在全力策应，希勿失良机”。并提议在漳县召开西北局会议。接着，他不顾张国焘不准对外发电的禁令，排除阻挠，致电党中央和在陇南的二方面军贺龙、任弼时、刘伯承，告诉他们张国焘抵制会议决定的言行，朱德又发出电报通知参加过岷州会议的西北局成员兼程赶往漳县开会。
9月23日，西北局会议在漳县前敌总指挥部再次召开。朱德在会上同张国焘展开激烈争论，朱德严正表示，他坚持岷州会议原案，要张国焘对这个改变负责任，并把这个改变报告中央。
但是，张国焘的西进企图因黄河对岸已进入大雪封山的季节难以实现，西进的先头部队不得不返回岷州。张国焘骑虎难下，致电中央，表示接受党中央的领导，尊重党中央对四方面军行动的意见。9月27日，党中央来电明令禁止四方面军西渡，指出：一、四方面军合则力厚，分则力薄，仍宜依照朱、张、陈9月18日之部署，迅从通渭、陇西线北上。同日，朱德和张国焘、徐向前电告中央：尊重中央的指示和意见，“决仍照原计划东进”，“决不再改变”。中央回电表示对四方面军决定挥师北上赞同，并告一方面军加以策应的部署。
10月初，红四方面军先后通过西兰公路，在甘肃的会宁和静宁，实现了一、二、四方面军的胜利会师。不久，朱德和周恩来、彭德怀等统一指挥三个方面军在陇东环县取得山城堡战斗的胜利，给追敌胡宗南部以沉重打击，红军完成了举世瞩目的二万五千里长征。
从1934年10月到1936年10月，朱德终于完成把三大主力胜利会师，实现战略转移的历史使命。11月底，朱德率红军总部抵达陕北保安（今志丹县)，和中共中央会合。毛泽东对朱德克服张国焘闹分裂的斗争给予高度评价，说他“临大节而不辱”，“度量大如海，意志坚如钢”。