淮海战役总前委书记，又任渡江战役总前委书记，指挥百万雄师打过长江去，推翻国民党反动统治。随后，又率大军挺进大西南，解放大西南。
1949年2月，中共中央决定，中原军区野战军改编成中国人民解放军第二野战军，刘伯承任司令员，邓小平任政治委员，同时还决定，在与国民党政府进行和谈的同时，加紧渡江作战的准备，决定以二野、三野100万兵力，准备发起渡江战役，夺取国民党统治的中心京沪杭地区。2月11日，中央军委又决定淮海战役总前委仍旧行使领导渡江战役的军事和作战职权，邓小平仍被委任为总前委书记。
1949年3月，中共七届二中全会在西柏坡召开，邓小平出席了会议并讲了话。会后召开的座谈会上，受毛泽东委托，邓小平制定了华东局的管辖范围和人事安排方案，并受命兼任中共中央华东局第一书记。
这时的邓小平已经集五大职务于一身——渡江战役总前委书记、华东局第一书记、中原局第一书记、第二野战军政治委员、第二野战军前委书记。会后，毛泽东又召集邓小平等人，商讨渡江战役作战问题。毛泽东亲口对邓小平说：“交给你指挥了。这些都定了。”这充分表明了中共中央、中央军委、毛泽东对这位身高不到1.6米，年龄仅45岁的“打不倒的硬汉子”的高度信任和器重。
邓小平不负重托，3月12月邓小平和陈毅一道赶赴安徽肥东县瑶岗村。随后邓小平连续主持召开总前委会议和华东局会议，对渡江战役的有关部署进行了充分的讨论。然后，邓小平亲自起草了《京沪杭战役实施纲要》，4月1日，他又召集有关同志进讨论，随即报中央军委，4月7日，中央军委批准了该纲要。
4月，李宗仁的南京政府撕去“和谈”外衣，拒绝在国共双方代表国拟定的《国内和平协定》上签字。毛泽东主席、朱德总司令随即发布《向全国进军命令》。20日夜，以邓小平书记的总前委统一指挥我百万雄师，分中、东、西三路大军在西起九江东至江阴长达1000多里的漫长战线上，以排山倒海之势，一举突破了国民党长期苦心经营的“号称固若金汤”的长江防线。4月23日，我军攻占了国民党中央政府所在地南京，昔日总统府上的青天白日旗缓缓落下，蒋氏王朝退出了中国历史舞台。4月27日夜，渡江统帅邓小平和陈毅赶到南京，走进了总统府。多年后，女儿毛毛问邓小平：“你们在蒋介石的总统宝座上坐过了吗？”邓小平微笑了：“总要坐坐嘛!”
随后，上海、江苏、安徽、浙江、江西等省相继获得解放。邓小平以华东局第一书记的身份，主持了过去国民党统治中心华东地区的工作。
1949年8月4日，邓小平以渡江战役总前敌委员会书记身份，参加了在北京举行的政治协商会议筹备会，向全体代表汇报了渡江战役的情况，受到了毛泽东和全体代表的称赞，邓小平的报告，被代表们不断的热烈掌声打断，这充分显示了对邓小平的军事指挥才能的高度评价。当邓小平讲完后，毛泽东、周恩来、刘少奇、朱德、任弼时等中央领导纷纷走过来和邓小平握手致意。这可以算是对以邓小平为代表的广大渡江战役的指战员的一种由衷的敬意，也同样可以算作为即将成立的新中国而浴血奋战的无数中华儿女的一种深深感念。
1949年10月1日，对于具有五千年历史悠久传统的中国来说，这一天，翻开了崭新一页。邓小平这位久经沙场的统帅站在天安门城楼上，注视冉冉升起的五星红旗，不禁感慨万千!他也许会想起少小赴法，接受共主产义信念，成为一个革命者的情景，他也许会想到坚持正确路线，而被下放劳动忍饥挨饿的惨状。他也许会想到当年立马太行，抗日杀敌的艰辛，也许他更应想起的会是解放战争最高兴的三年，也许……
参加完开国大典后，邓小平的军事任务并没有结束。渡江战役，解放了江南广大地区，中国革命在全国范围内取得基本胜利。然而蒋介石并没有心甘，他不惜血本，将其残部中仅有的两个主力集团布防在华南和西南两个地区。
为了取得中国革命的完全胜利，中央军委发出了向华南、西南进军的命令。为了进军西南，中共中央决定成立由邓小平、刘伯承、贺龙等24人组成的中共中央西南局委员会，邓小平任第一书记，刘伯承、贺龙分别任第二、第三书记。
1949年10月20日，刘伯承、邓小平率第二野战军总部从南京出发，向西进军。根据中共中央的战略部署，邓小平和刘伯承制定了以大迂回、大包围解放西南的战略方针。11月1日，邓小平和刘伯承指挥第二野战军发起了进军大西南的川黔战斗。二野五兵团在总前委书记邓小平的指挥下重创宋希濂部后，于11月21日，一举攻占了洛阳市。随后刘邓又指挥部队连续作战，于12月9日在大渡河两岸将宋希濂主力全歼，并活捉了宋希濂。邓小平深知应对敌穷追猛打，不给其喘气机会，又指挥三兵团迅速向重庆挺进，于11月30日粉碎了蒋军在长江南岸的负隅顽抗，一举解放了重庆。
重庆失守后，蒋介石将其最后一支主力胡宗南集团撤至成都地区。为了全部彻底地消灭敌人，刘邓决心将胡宗南部全歼于成都盆地，将革命进行到底。随后，第二野战军在邓小平的指挥下用了不到16天的时间，切断了胡宗南集团的逃路，并从东西南三面对成都布成了口袋阵线。与时同时，还开展了大规模的政治瓦解工作，在我军强大的军事包围和政治攻势下，胡宗南见势不妙，于12月28日乘飞机逃离成都，否则他也将成为邓小平的俘虏。接着，成都被围的国民党高级将领纷纷起义，拒绝起义的残部在突围时被全歼。成都战役大获全胜。1949年12月底，刘伯承和邓小平率领中国人民解放军第二野战军进军大西南的战斗胜利结束，共歼蒋军正规军和地方部队99万人。
至此除西藏外，西南四省全部解放。解放后邓小平任中共中央西南局第一书记、西南军政委员会副主席和西南军区政治委员。他和刘伯承、贺龙在指挥部队清剿土匪顽敌的同时，注意团结一切可以团结的人，分化争取敌人营垒中一切可以争取的人，调动各方面的积极因素，谨慎稳妥地消除历史遗留的民族隔阂，促成各民族的团结；发动和依靠群众顺利完成土地改革和其他社会改革，加强各级政权建设；迅速恢复工农业生产，兴修成渝铁路等等，很快改变了那里的混乱的局面，开创了西南地区稳定、发展的新局面。
1950年2月，西南军政委员会召开会议，研究解放西康的有关问题。右起：贺龙、刘伯承、邓小平。在大西南，还有一块最后待解放的国土，那是素有“世界屋脊”之称的西藏。解放西藏，原定是由彭德怀的部队完成。由于地理条件，正在莫斯科访问的毛泽东亲自致电中共中央并转邓小平，决定将进军和经营西藏的任务改由中共中央西南局和第二野战军完成。接到中央命令，邓小平二话没说，承担了这一艰巨任务。随后，邓小平连续主持召开中共西南局常委会议，商讨进军西藏的有关事宜。1950年11月7日，刘、邓致电中央表示坚决执行中央指示，并报告了进藏计划。
进军西藏的目的在于推动西藏的和平解放。1950年5月邓小平主持起草向中央报告了与西藏地方政府和平谈判的十大政策，但少数民族分裂分子拒不接受。为此，邓小平决心以军事手段打开和平解放之门。
1950年10月发起了昌都战役，历时18天歼灭藏军5700余人，打开了进军西藏的东部门户，为和平解放奠定了军事基础。
1951年2月，在中央政府和平诚意的感召下，西藏地方政府派出了以阿沛·阿旺晋美为首的代表团前往北京。于5月23日签订了《中央人民政府与西藏地方政府关于和平解放西藏办法的协议》，宣布西藏和平解放。
1951年11月根据西南军区部署，十八军攀越了十余座雪山峻岭，跨越近百条怒涛激流，穿过漫长的原始森林和无边的沼泽草地，历经千辛万苦，终于进入西藏，大西南全境解放。
邓小平从一位军事教员，到年仅24岁的中共中央秘书长，又到立马太行的邓政委，然后又从中原打到华东，打过长江，进军大西南，邓小平以其卓越贡献无可争辩地进入了中共着名军事家之列。
新中国成立后，邓小平于1949年10月任中央军委委员，1954年任国防委员会副主席，1959年任中央军委常务委员，在领导国防与军队现代化建设上作出了贡献。
1973年，在国难之际，毛泽东想起了邓小平，请他来做“军师”。邓小平第二次复出，临危受命，发出“军队要整顿”的号令，人民军队面貌一新。