我校的土木工程学院，于1997年10月15日正式成立。该学院是在1923年创立的土木工程系的基础上建立的，是我校工科方面继交通学院之后的第二个学院。首任院长是蒋永生教授，总支书记是黄安永教授。
土木工程学院有光荣的历史。当年创办土木系的奠基人是著名的茅以升教授。建国以来，又得益于一批杰出的教授:金宝祯、徐百川、梁治明、刘树勋、丁大钧、方福森、胡乾善、唐念慈、鲍恩湛、李荫余、宋启根、吕志涛等的严谨治学和开拓创新。
土木工程学院内设建筑工程系、建设与房地产系、工程力学系、环境工程系、实验中心，以及土木工程研究所、工程力学研究所、预应力研究所、空间结构与形态研究所、建筑工程抗震减震研究中心、建筑物可靠性鉴定与加固中心、东南地下建筑结构研究中心、高强混凝土及高性能混凝土研究开发中心、房地产研究所、建筑监理研究所、物业管理研究所、环境工程所等研究机构。
学院还设有为教学、科研服务的大型结构实验室，办学实验室，水力学实验室，结构力学实验室，环境工程实验室，计算机及CAD中心室。具有国内历史悠久、专业藏书丰富的土木工程图书馆和资料室。
学院有多个政府部门授权的机构:江苏省动态计量测试中心(04号站)、东南大学桩基动态检测系统计量授权站、江苏省建筑结构质量检测中心、建设部建设监理培训中心等。此外，还有教学、科研与生产相结合的基地，有东南大学建筑设计院土木工程设计所、东南建设咨询监理总公司土木工程学院分公司、华东预应力中心及东南大学预应力开发部等。
1997年10月土木学院成立之际，该学院共有教职工102人，其中教授17名，博士生导师8名，副教授和高级工程师34名。学院设有本科专业2个，专升本专业1个，硕士专业10个，博士专业2个。1997年有本科生944名，硕士生135名，博士生40名。
科学研究、教学改革及教材建设是土木工程学院建立前的三个特色。1986年以来，我校土木系获国家级科研奖6项，省、部级科技进步奖39项;国家级优秀教学奖4项，部、省级奖18项，省级优秀课程3门;在国内外权威刊物上发表论文700余篇，出版教材和专著60余部。
建院不久，就有三个喜讯传来，一是吕志涛教授新当选中国工程院院士;二是江苏省建委加盟共建土木学院;三是“土木工程”博士后流动站被批准设立，现在已有博士后人员进站工作。