现在，我们已到了20世纪与21世纪相交的时间段，高校传统的社会功能又有了发展变化。从20世纪初到80年代，大学以教学为主，即是以培养本科层次的大学生为主。80年代以来，科学研究的趋势迅猛，这一方面是改革开放后，在科技和经济上的国际竞争变得直接而明显，另一方面是培养硕士、博士研究生这样高层次人才已成为高校重要教学任务，而培养研究生的教学方式主要是科学研究。90年代中前期，国内一批重点大学已提出了研究生教育与本科生并重的口号。我们学校也是从1995年左右加大研究生培养规模和力度的。现在，“知识经济”又初见端倪，社会赋予高校参与高科技开发和产业化的时代功能。虽然早在80年代中期，大学就有了“创收服务”的一块功能，但实际上发展得并不理想，因为大学要想靠经商来增加办学经费，几乎是不大可能的。大学的优势是科学知识和关键技术。我校自1997年底以来，由校长顾冠群院士提出，与大中型企业建立联合研究院的思路，在实践中取得了较好效果。
近年来，我校与南京地区的大中型企业联系，先后与熊猫集团、跃进汽车集团、同创集团等单位联合申请承担地方重大科技攻关任务。1997年后，我校又相继与国内5家大型企业集团组建研究院，其中与南京熊猫集团、深圳华为公司、南京跃进汽车集团等建立的是非独立法人的联合研究院，不仅每年有固定的科研经费，而且学校科研人员直接参与企业产品的更新开发和企业的长远发展规划，使产学研合作真正成为推动企业发展、带动学科建设的有效形式。
1997年底，我校从长远合作的思路出发，按照市场规划，由一批博士生导师、教授领衔，与无锡小天鹅集团等单位合股建立了“东南大学无锡应用科学与工程研究院”。该研究院与其他形式的科研联合体不同的是:它以企业为主体，以市场为导向，以知识技术为依托，以现代企业制度为规范，具有独立法人地位，实现了科技经济一体化，学校以知识投人参与生产。这一新型的产学研合作形式已引起了知识界和企业界的广泛关注。
产学研合作还促进了我校科研投资渠道的多样化，来自企业的科研经费在全校科研经费中的比重不断提高。“八五”期间，全校3亿元科技总投人中，企事业单位委托开发的经费有1.2亿元;到1996年，企事业委托经费占科技总投人的6800以上，初步形成“为市场服务，靠市场吃饭”的科研新格局。1997年，全校科研经费超亿元，居江苏高校首位。1998年科研经费又达1.36亿元的新高，真正表现出产学研一体化的强大力量。