院系设置和管理创新“国立第四中山大学”的校名存在时间是1927年6月9日至1928年2月28日，虽然只有八个多月，但在办学方面却有一个质的飞跃，成为老东大与中央大学之间承上启下、建设现代综合大学的关键性中介环节。
这个时期在院系设置和领导管理体制上有一系列创新。
(1)规模扩大，学科扩充，实科教育扩展。第四中山大学由以东大为主体的九校联合组建。九校中除政法大学外，全部都是农、工、商、医等当时称为实科教育的高等学校。本以文、理、农、师范科著称的东大，此时在学科领域方面有了很大扩充。全校共有教员257人，学生1421人。
(2)各个学术领域的组织结构从“科”改为“学院”，体现了层次提升的飞跃。从前各个学术领域均称“科”，如文科、理科、工科等，自第四中山大学起，改称“学院”。国立第四中山大学设九个学院和一个统辖全省教育行政的教育行政院。九个学院共设36个系科，开课367门。东南大学于1924年停办时工科原只有三个系，此时增为七个系科。其他学院的系科、师资、图仪设备也都有所增加。
(3)从校情出发，建立民主办学的机构和议事程序。1924年3月皖系军阀执政时的教育部粗暴更换东南大学校长，取消了东大董事会，于是，东大自主成立了校务委员会。至三年多后的第四中山大学，从校情出发，不再设董事会，而以校务会议为具有一定民主决策程序的领导机构。校务会议负责审议大学本部的预算、院系的设置和废止、大学课程、各种规章、学生的测育、校舍建筑、设备添置以及校长交议的事项。
校务会议以校长、秘书长、高等教育部长、各学院院长、图书馆馆长及教授代表组成。教授代表须为本大学的专任教授或讲师，于每学年开学后两星期内投票选举产生。选举办法又分两种，一种是各学院选举一人，另一种是由大学全体教授、讲师组成的“教授会”
在全校投票选举10人，这样有一半左右的教授代表不是一个局部(学院)的代表，而是全体教师的代表，使校务会议所作的决定，具有较为广泛的民主性和群众基础。
1927年10月23日公布了参加校务会议教授人选的结果，由全体教授、讲师选出的代表竺可祯、吴有训等8位，其中竺、吴两位后来分别成为著名的浙大校长、中大校长。各学院选出的代表有闻一多、宗白华等15位，共计23位。
校务会议除临时委员会外，设九个常设委员会，有政治训育、群育、招生、图书、出版、卫生、体育、校景、稽核委员会。
议事程序是由与议题直接相关的委员会先议出两个不同方案，再拿到校务会议上讨论，各抒己见，最后进行表决，以少数服从多数的原则，做出决定。