1966年6月，“文化大革命”风暴席卷全国，我校也“停课闹革命”了。几年中的棍乱、折腾、损害，自不待言。
1971年6月19日，国务院发出了《关于大专院校放暑假和招生工作的通知》，并批转了招生的具体办法，当时学生条件是有初中以上文化程度的工人、贫下中农、解放军战士和青年干部。招生办法是实行群众描荐、领导批准和学校复审相结合的办法。
根据上述指示，南工自1966年停止招生6年后，于1972年春季恢复招生，学制3年。首届工农兵学员于1972年4月28日人学。自1972年至1976年，南工连续招收五届工农兵学员，总计3898人。
经过3年的学习与实践锻炼，在广大教师辛勤培养下，半数以上勤奋学习的学员能达到教学计划的要求，虽然质量不能与“文革”前本科生相比拟，但绝大部分毕业生走上工作岗位以后，经过“再学习”及实际锻炼，均能承担相应的工作。其中有些佼佼者，以后又努力攻读，获得了硕士、博士学位，有的还升职为副教授、高工、教授、博士生导师。
“文革”初期，学校处于基本瘫痪状态。可是，1972年恢复招生及恢复教学、科研工作后，教师们即抓紧有利时机，接受并从事科研、生产任务。到“文革”后期，还设法编写、出版科研著作。这些工作都为以后的发展作好了业务上的准备，以致“文革”一结束，学校一些实力雄厚的专业便能很快复苏，并在新的起点上发展。
如建筑系在1972年恢复招生后，抓紧安排教学、科研及生产任务。为了提高教学质量，教师编写了20余本讲义。对几位早有科研成果的老专家，也积极组织力量整理出版他们的科研著作，如刘敦祯教授的《苏州古典园林》，杨廷宝教授的《综合医院建筑设计》等。同时，派出教师去设计单位合作承担了一些重大的工程设计项目，如北京航空港、南京长江大桥桥头堡等，获各方好评。土木、建筑两系参加设计的五台山体育馆，后荣获全国优秀设计银质奖。
又如无线电系在1972年恢复招生时，为适应国家仪器制造工业复苏后的需要，开设了“电子仪器及测量技术”专业，历年毕业生很受用人单位欢迎。同时，该系又把雷达专业拓宽口径，在国内首先创办了“微波技术”专业。该系在微波、毫米波方面做了一些科研，这种领先的基础工作使得“文革”后在此批准建立了“毫米波”
和“移动通信技术”的国家重点实验室。
70年代中前期，我校一些老教授开始密切关注国际上新学科和前沿科技进展，在用于计算机的大规模集成电路方兴未艾之际，已看到了发展光电子技术的超前必要性。时任电子工程系系主任的阂咏川教授在国内最早倡导并亲自创建了激光专业，其主导方向是光电子技术，故以后又更名为“光电子技术”专业，该专业从70年代中期开始至今20多年，已培养出多届本科生、硕士和博士人才。现在，光电子技术被国际上列为21世纪初期的十大关键技术之一，由此可见我校当初创办者的远见。
1972年，自动控制系计算机专业先后完成数控绘图切割机和电子航迹仪的研制工作，为造船工业和海军建设作出了贡献。
从1969年底开始，动力系承担了“磁流体发电”的研究任务。
以后，该项目每年都有新的进展。在“文革”后，1983年成立了“热能工程研究所”，研究重点转向洁净煤的燃烧，“八五”期间已列人国家科技攻关重大项目，在全国同行中有较高的学术地位。
70年代初，我国电子对抗事业的发展，急需一种微波放大器—波长lOcm的储频行波管，这种军用器件属国外禁运物资。电子工程系的教师们与电子管的工人一道，在缺少技术资料及设备的情况下，日夜加班，攻克难题，花一年多时间就研制成功了。1974年首批生产20只，至1980年共生产500多只，为加强国防力量作出了贡献。1978年，该成果获全国科学大会奖。
再如陈景尧教授，不管环境多么险恶，坚持多年搞科研，完成了论文:“论气泡、液滴和固体圆球在粘性液体中的运动”，发表在《中国科学》杂志上，具有较高的学术水平，得到海内外科学家的好评。吴大榕教授在偏瘫的情况下，仍坚持基础理论的研究，并风雨无阻地柱着拐杖，到课堂中听青年教师讲课，并热情辅导，直到1979年再次患脑溢血而辞世。钱钟韩教授在“文革”中虽屡遭批斗，但仍主动协助测振仪的生产，为了改进生产技术，自己花钱买材料、原料，在家里搞研究，有了新想法和试验结果，就向生产单位提出建议，使产品质量不断提高。
由于师生员工的努力，在“文革”后期，全院共完成600余项科研任务，其中280多项是技术改造性质的，350多项是科研、试制、设计和技术革新项目。在所有项目中，有40多项达到国内先进水平，16项为国家填补了空白，如电航I型罗经、钢筋混凝土、受弯构件变形裂缝计算方法、地铁双工电台、数控切割机等。
正因为有了这些热爱祖国的教育、科研事业的教师员工们在逆境中坚持工作的基础，我院才能在1978年召开的全国科学大会上，有29个项目荣获科技成果奖，另有20个项目获江苏省科学大会奖。