80年代中期以来，在改革开放新形势下，原有的学校功能和活动范围均有变化，计划体制下的机制和结构已渐不适应;同时，教育经费的投入单靠政府拨款已远不能满足学校需求，投资渠道也在发生变化。如何在新时期调动教职工积极性，提高效率和活力，建设第一流的综合大学，向管理要效益，就成为东大面临的巫需解决的重要问题。
从1988年到1992年，我校分三步进行了校内管理体制改革，在全国高校中是领改革之先的。
第一步是1988年，对校机关进行机构调整和人员精简，实行“三定”:定任务、定岗、定编。取得的主要成效是:①理顺关系。明确原本不具备党政管理职能的业务部门不属机关序列，作为院直属单位或挂靠有关部门，如学报、高教研究所、档案馆、电教中心等。②明确职能。进一步确定各部门任务;撤销一些临时机构，合并一些交叉重复机构。③重新定岗、定编，根据部门任务、职责，重新核定岗位、职数、编制，一律从紧。结果当年撤并处级机构4个，占总数2100;精简干部136人，占总数28.690o。富余人员主要四个去向:回系继续搞教学、科研;充实基层组织;到经济实体、后勤服务部门;临近退休者作过渡编制，待退休后自行减员。.④清退1983年6月以后机关内以工代干人员，减少临时工。
第二步是1991年，我校作为国家教委确定的校内管理体制改革的试点学校，在全国高校中率先进行校内管理体制改革，重点是人事、分配制度改革。当时为了解决“干多干少一个样，干好干坏一个样”和教学任务完成不够理想的状况，韦任校长和学校党政领导一班人决策，使用量化的方法，采用了工作量计算的概念，将党政工作、教学工作、科研工作均纳入工作量计量范围。其中科研工作是以研究经费到达学校帐号的数字来计算编制的，可以精确到每一个人。教学上主要以有效课时等来计算;党政工作以各类岗位满工作量来计算。在实施中不断完善，后来对大项目、大课题实行倾斜政策，允许多用一点编制，但各大科研基地仍坚持“少而精”和“宁缺毋滥”的原则，不许浪费资源。在这种情况下，教师纷纷争取教学任务，也积极到校外争取科研任务。几年后，学校科研经费空前增长。实践证明，这种量化方法提高了人的工作积极性，确实是好处多多。但在实施中也要适度，因为如果过份强调工作量，也会对教学、科研等创造性劳动中不宜量化的部分带来负作用。
第三步是1992年，学校提出按“三大块”深化学校综合改革的思路。将全校工作分为教学科研、校办产业和后勤服务三大块，其中教学科研包括党政机关，这一块按照事业单位的机制，在精兵简政基础上“吃皇粮”。校办产业按照企业机制运行，自负盈亏，1992年组建了“东大科技实业(集团)总公司”(简称“东大集团”)，与学校科技开发院是两块牌子，一套班子，统一领导校办产业，与学校的关系是全员总承包。后勤部门实行“小机关，大服务”的半事业型半企业型的机制，总务处机关干部减少52%，取消各科室，按工作类别组建了12个相对独立的经济实体，如饮食服务中心、水电服务部、车队等，进行有偿服务，与学校也是承包的核算关系。运行机制改变仅半年，就已初见成效，不仅服务态度、质量、效益有提高，而且职工收人也有明显增长。
1989年至1993年，曾先后有上百所高校来东大访问、交流改革的经验，大家一致认为改革使学校的综合实力上了一个新的台阶。