80年代初，我校通过“七五”项目的实践，“八五”项目的争取，学校自身科研实力和研究特色已逐步明朗。鉴于东大在电子信息、能源、交通、土建等学科领域具有明显优势，领导下决心在优势领域突破，集中力量，抓好攻关项目，占领制高点。
1990年4月，在全校科研工作会议上，顾冠群副校长作出以"3255”为主体，带动学科发展的部署。所谓“3255"，即三项攻坚任务—燃煤增压流化床燃烧燃气/蒸气联合循环发电，20万千瓦发电机组的稳定运行，新型显象管、显示器研究;二项新技术—末制导技术和水下测试技术;五项高新技术开发应用—微电子技术，复合材料，节能灯制造设备及系统，交通运输工程及其计算机辅助技术，以及自动化仪表、传感器及系统;五个科学实验室和基地—移动通信国家重点实验室，毫米波技术国家重点实验室，建筑CAD重点实验室，分子电子学重点实验室和CIMS网络/数据库技术开发实验室。这些项目的完成和实现，可带动学校除文科外的各学科的发展，要求跨系、所、多学科组织起来联合攻关。
经过5年努力，这个计划不仅圆满完成，而且递生出许多新的更大的研究空间。如三项攻坚技术，第一项技术在“九五”继续作为国家重大科技攻关项目，逐步走向工业化，总经费4800多万元;第二项技术的成果使该基地建成一个国家工程研究中心;第三项技术的成功吸引了国际上著名的菲力浦公司，在我校建成一个跨国科研基地。在这计划的实施过程中，还产生一批学术领导人，其中产生了三位中国工程院院士:顾冠群、吕志涛、钟训正。
东大在着重抓好科技攻关“主体”的同时，也十分重视基础和应用基础研究，使之具有较高水平。李嗣范教授主持的“三毫米波段的技术基础研究”重大项目获经费190万元，于1991年11月圆满完成，通过专家组验收。韦任教授主持的“分子器件基础研究”总经费160万元，1992年2月通过国家自然科学基金委员会中期检查。还有，国家科委重大基础研究“攀登”计划项目“认知科学中的若干问题”总经费500万元，东南大学亦为牵头单位之一，何振亚教授并被聘为首席科学家。另外，从90年代以来，全校各院、系、所教师们主动申请承担国家和省的应用基础研究项目，每年总有几十项至上百项，有效增进了东大工科科研的理论功底和开拓了技术源泉。
在这种奋发向上的学术气氛中，文科、管理学科等也在不断拓进，1997年，我校的艺术学学科和管理工程学科均成为国家授予的博士点。